Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011583.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11616, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2910
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.18, T:0.42
Found at i:287 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1--2910 Score: 4296
Period size: 154 Copynumber: 18.9 Consensus size: 154
* * *
1 TCCACTGTAAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTTTTATTTTGGGTCCTTGTCGGGGCCCATTA
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGG-CC-TATCGGGGCCCATTA
* * * *
66 GTGACGTTTCGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCGATTGTTTATGGCCT
64 GTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCT
131 AACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
129 AACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
*
157 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCT-TCCGGGGCCCATTAG
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT-CGGGGCCCATTAG
* * * * * *
221 TTTCGTTTTGAATTGTCATCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTGTTTCCATTGTTTATGGGCTA
65 TTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTA
*
286 ACTATAATCATTTTGCTGAGATTAG
130 ACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
*
311 TCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* * *
376 GACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTAT-GCCTAA
66 TACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
* *
440 CTATAATTATTTTGGTGAGATTGG
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* * *
464 TCCACTTTGATGTTTTTAGCACATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* * * * * *
529 GACATATTGAACCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGCTTATGG-CTAA
66 TACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
*
593 CTATAATTATTTTGGTGAGATTAG
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
*
617 TCCACTGTGTAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTTG
1 TCCACTGTG-AAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAG
* * * *
682 TGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAACCTCAATGCTTTTCTTTTCCATTGTTTA-GGCCC
65 TTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTC-TTTCCATTGTTTATGG-CC
746 TAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
128 TAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
*
773 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACCACTTGTTA-TTTGGGCCTATC-GGG-CCAATAG
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA-CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAG
* * *
835 TT-TGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTA
65 TTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTA
899 ACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
130 ACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* *
924 TCCACTGTCGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTAGTTTGGGTCCGTATCGAGGGCCCAA
1 TCCACTGT-GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGG-CC-TATCG-GGGCCC-A
** *
989 TTAGTTTTGTTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG
61 TTAGTTACG-TTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG
1054 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
125 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* *
1084 TCCACTGTGAAG-TTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGCCCTATCGGGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* *
1148 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAA
66 TACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
*
1213 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAC
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* * * *
1237 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACAATTTTTATTTTGGGCCTATCGGAGCTCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* *
1302 GACGTTTTGAATCGTCTTCTATTT-GCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
66 TACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
*
1366 C-ATTAATAATTTTGGTGAGATTAG
131 CTA-TAATCATTTTGGTGAGATTAG
* ***
1390 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTTTTA-TTTGGGCCTATCTATGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
*
1454 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
66 TACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
*
1519 CTATAATCATTTTGGTGAGTTTAG
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
*
1543 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCAATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
** * *
1608 TTTGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAA
66 TACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
*
1673 CTGTAATCATTTTGGTGAGATTAG
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* *
1697 TCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCAATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
** * * * *
1762 TTTGATTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTA-AGCATTA
66 TACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC-CTA
1826 ACTATAATCATTTTTGGTGAGATTAG
130 ACTATAATCA-TTTTGGTGAGATTAG
* * * *
1852 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTTTTATTTTGGGCCTATTGGGGCTCATTAGG
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* * * *
1917 GACGTTTTGACTCGTCTTCGACTT-GCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAA
66 TACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
1981 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* * * *
2005 TCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTCG-TATTTTGGGCCTATCAGTGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* * * *
2069 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCTATGCTTTTCTTTCCATTGTTTGTGCCCTAA
66 TACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
*
2134 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAC
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* * * *
2158 T-CACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACAATTTTTATTTTGGGCCTATCGGAGCTCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* * *
2222 GACATTTTGAATCGTCTTCTATTT-GCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
66 TACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
*
2286 C-ATTAATAATTTTGGTGAGATTAG
131 CTA-TAATCATTTTGGTGAGATTAG
* * *
2310 TCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTTTTATTTT-GGCATATCGGGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* * *
2374 GACGTTTTGAATCTTCTACGATTT-GCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
66 TACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
*
2438 C-ATTAATAATTTTGGTGAGATTAG
131 CTA-TAATCATTTTGGTGAGATTAG
* * * * *
2462 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTCTGGACCTATAGAGGCCAATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* * *
2527 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTATTTCCATTGTTTATGCCCTAA
66 TACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
*
2592 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAC
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* * *
2616 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACAATTGTTATTTTGGGCTTATCGGGGCCAATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
** * * ** *
2681 TTTGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCGGTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAA
66 TACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
2746 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* *
2770 TGCACTGTGAAGTTTTTAGATCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* * * * *
2835 TCCGTTTTAAATCGTCTTCTATTTGGAAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAA
66 TACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
2900 CTATAATCATT
131 CTATAATCATT
Statistics
Matches: 2515, Mismatches: 205, Indels: 70
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
151 60 0.02
152 381 0.15
153 704 0.28
154 988 0.39
155 147 0.06
156 96 0.04
157 4 0.00
158 37 0.01
159 6 0.00
160 92 0.04
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.18, T:0.42
Consensus pattern (154 bp):
TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
TACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
Found at i:570 original size:307 final size:308
Alignment explanation
Indices: 1--2910 Score: 4346
Period size: 307 Copynumber: 9.5 Consensus size: 308
* * *
1 TCCACTGTAAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTTTTATTTTGGGTCCTTGTCGGGGCCCATTA
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGG-CC-TATCGGGGCCCATTA
* * * *
66 GTGACGTTTCGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCGATTGTTTATGGCCT
64 GTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCT
131 AACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTA
129 AACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTA
* * * *
196 TTTTAGGCCT-TCCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATTGTCATCGATTTGGCAACCCTCGATG
194 TTTTGGGCCTAT-CGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATG
* ** *
260 CTTTTGTTTCCATTGTTTATGGGCTAACTATAATCATTTTGCTGAGATTAG
258 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
*
311 TCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* *
376 GACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATG-CCTAA
66 GACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAA
* * * * *
440 CTATAATTATTTTGGTGAGATTGGTCCACTTTGATGTTTTTAGCACATTTGGAACACTTGTTATT
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT
** * * * *
505 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACATATTGAACCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTT
196 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTT
* * *
570 TTCTTTCCATTGCTTATG-GCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAG
261 TTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
*
617 TCCACTGTGTAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTTG
1 TCCACTGTG-AAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAG
* * * *
682 TGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAACCTCAATGCTTTTCTTTTCCATTGTTTAGGCCCT
65 TGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTC-TTTCCATTGTTTATGCCCT
747 AACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACCACTTGTT
129 AACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA-CACTTGTT
* *
812 A-TTTGGGCCTATC-GGG-CCAATAGTTT-GTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATG
193 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATG
873 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
258 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* *
924 TCCACTGTCGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTAGTTTGGGTCCGTATCGAGGGCCCAA
1 TCCACTGT-GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGG-CC-TATCG-GGGCCC-A
*** *
989 TTAGTTTTGTTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG
61 TTAGTGACG-TTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG
* *
1054 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG-TTTTAACTCATTTGGAACACTT
125 CCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTT
* *
1118 GTTATTTTGGCCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCA
190 GTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCA
*
1183 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAC
255 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* * * *
1237 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACAATTTTTATTTTGGGCCTATCGGAGCTCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* *
1302 GACGTTTTGAATCGTCTTCTATTT-GCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
66 GACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAA
* *
1366 C-ATTAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTTTTA-
131 CTA-TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
*** *
1429 TTTGGGCCTATCTATGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCT
195 TTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCT
* *
1494 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGTTTAG
260 TTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
*
1543 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCAATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
*** *
1608 TTTGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAA
66 GACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAA
* *
1673 CTGTAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATT
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT
* * * *
1738 TTGGGCCTATCGGGGCCAATTAGTTTTGATTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTT
196 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTT
* **
1803 TTCTTTCCATTGTTTAAGCATTAACTATAATCATTTTTGGTGAGATTAG
261 TTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCA-TTTTGGTGAGATTAG
* * * *
1852 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTTTTATTTTGGGCCTATTGGGGCTCATTAGG
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* *
1917 GACGTTTTGACTCGTCTTCGACTT-GCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAA
66 GACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAA
* *
1981 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTCG-TATT
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT
* * * *
2045 TTGGGCCTATCAGTGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCTATGCTT
196 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTT
* *
2110 TTCTTTCCATTGTTTGTGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAC
261 TTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* * * *
2158 T-CACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACAATTTTTATTTTGGGCCTATCGGAGCTCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* * *
2222 GACATTTTGAATCGTCTTCTATTT-GCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
66 GACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAA
* * *
2286 C-ATTAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTTTTAT
131 CTA-TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
* ** * *
2350 TTT-GGCATATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCTTCTACGATTT-GCAACCCTCAATGCT
195 TTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCT
* *
2413 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAAC-ATTAATAATTTTGGTGAGATTAG
260 TTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTA-TAATCATTTTGGTGAGATTAG
* * * * *
2462 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTCTGGACCTATAGAGGCCAATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
** *
2527 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTATTTCCATTGTTTATGCCCTAA
66 GACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAA
* *
2592 CTATAATCATTTTGGTGAGATTACTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACAATTGTTATT
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT
* * * * * **
2657 TTGGGCTTATCGGGGCCAATTAGTTTTGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCGG
196 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTT
2722 TTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
261 TTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* *
2770 TGCACTGTGAAGTTTTTAGATCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
** * * *
2835 TCCGTTTTAAATCGTCTTCTATTTGGAAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAA
66 GACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAA
2900 CTATAATCATT
131 CTATAATCATT
Statistics
Matches: 2361, Mismatches: 208, Indels: 64
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
303 1 0.00
304 59 0.02
305 286 0.12
306 464 0.20
307 574 0.24
308 472 0.20
309 179 0.08
310 90 0.04
311 66 0.03
312 78 0.03
313 92 0.04
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.18, T:0.42
Consensus pattern (308 bp):
TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
GACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAA
CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT
TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTT
TTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
Done.