Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011609.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11642, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3384
ACGTcount: A:0.38, C:0.18, G:0.19, T:0.25
Found at i:281 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1--2593 Score: 3899
Period size: 154 Copynumber: 16.9 Consensus size: 154
* * *
1 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTTAAAACGGAACTAATGAGCCCCGATAGGCCC
1 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
** *
66 AAAATAACAAGTGTTCTGAATGAGCTAAAAACATCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
66 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
*
131 AGTTAGTCCATAAACAATGGAAAG
131 AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
* *
155 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGAACTAATGGGCCTCGATAGGCCC
1 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
*
220 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTTACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
66 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
* * *
285 AGTTAGGCCATAAAAAAAGGAATG
131 AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
* ** * * ** * *
309 AAAAGCATTGAGGTCTGATAAATCGAAGACGATTCAATACGTCACTAATGGAACCCAATAAGCCC
1 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
* *
374 AAAATAAGAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATTATTAT
66 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
*
439 GGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
131 AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
* * * * * * *
463 AAAAGCATTGGGGTTTGCTAAATCGAAGACGATTCTATACGTCTCTAATGGGCCCCAATAGGCCC
1 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
* * * * *
528 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGTGCTATAAACTTCAAAGTGGACTAATCTAAACAAAATGATTAT
66 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
*
593 AGTTAGGCCATAAACAGTGGAAAG
131 AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
* * * * *
617 AAAAGCATTGACGTTTGCCAAATCGATGAAGATTCAATACGTCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
1 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
* * *
682 AAAATAACAAGTGTTGCAAATGAGCTAAAAATTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAATTGATTAT
66 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
* *
747 GGTTACGCCATAAACAATGGAAAG
131 AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
* * * *
771 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAATGGAACTAATGGGCCCCGGTAAGCCC
1 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
* * * * *
836 AAAATAACAAGTGTTCCAAATAAGCTAAAAACATCACAGTGGAGTAATCTCAGCAAAATAATTAT
66 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
* *
901 AGTTAGGGCATGAACAATGGAAAG
131 AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
* * *
925 AAAAGCA-TGAAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAATACGTCACTAATGGGCCCCGAAAGGCC
1 AAAAGCATTG-AGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGGCCCCGATAGGCC
* * *
989 TAAAGTAACAATTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTA
65 CAAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTA
*
1054 TAGTTAGTCCATAAACAATGGAAAG
130 TAGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
* * * * *** **
1079 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGAAGTTTCAATACGTCACTAATTTTCCCTAATAGGCCC
1 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
*
1144 AAAATAACAAGTATTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
66 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
1209 AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
131 AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
* *
1233 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAATACGTCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
1 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
* * * *
1298 AAAATAACAAGTGTTCCAACTGAGCTATAAAGTTCAGAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
66 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
*
1363 AGTTAGACCATAAACAATGGAAAG
131 AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
* * **
1387 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACAGAACTAATGAACCCCGATAGGCCC
1 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
1452 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
66 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
1517 AGTTAGG-CATAAACAATGGAAAG
131 AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
* * * *** * **
1540 AAAACCATTGAGGTCTGACAAATCGAAGACGATTC-AAACCAAACTAAAGGAACCCGATAGGCCC
1 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
*
1604 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTTACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
66 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
*
1669 AGTTAGGTCATAAACAATGGAAAG
131 AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
* * * *
1693 -AAAGCATTAAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACAGAACTAATGGG-CGCG-TAGGCCC
1 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
* * * * *
1755 AAAATAACAAGTATTCCAAATGTGCTAAAAACTTCATAGTGAACTAATCTCACCAAAATTATTAT
66 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
1820 AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
131 AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
* *
1844 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGAACTAATGGGCCTCGATAGGCCC
1 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
1909 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
66 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
1974 AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
131 AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
* *
1998 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAATACGTCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
1 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
2063 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
66 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
2128 AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
131 AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
* * *
2152 AAAAGCATTGAGGTTTGCGAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGTCCACGATAGGCCC
1 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
* * *
2217 AAAATCACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAAGTTCACAGTGGACAAATCTCACCAAAATGATTAT
66 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
* * * *
2282 AATTAGGCTATAAACGATGGAAAA
131 AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
* ** * * *
2306 AAAACGCATTGAGGTTTGCCAAACCGAAGACGATTCAGTACGTCACTAATGGTCCCCGATAGGCA
1 AAAA-GCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGGCCCCGATAGGCC
*
2371 CAAAAT-AC-AGTGTT-CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGCCTAATCTCACCAAAATGATTA
65 CAAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTA
2433 TAGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
130 TAGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
* * *
2458 AAAAGCATTGAGGTTAGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGAACTAATGGGCCTCGATAGGCCC
1 AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
* * *
2523 AAAATAACAAGTGTTCCAAAAGAGCTAAAAACATCACAATGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
66 AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
2588 AGTTAG
131 AGTTAG
2594 TGATGCGCCA
Statistics
Matches: 2211, Mismatches: 217, Indels: 22
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
151 146 0.07
152 249 0.11
153 93 0.04
154 1662 0.75
155 61 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.19, G:0.19, T:0.22
Consensus pattern (154 bp):
AAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGCACTAATGGGCCCCGATAGGCCC
AAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTAT
AGTTAGGCCATAAACAATGGAAAG
Done.