Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011613.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11646, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2723
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.20, T:0.38
Found at i:349 original size:154 final size:153
Alignment explanation
Indices: 1--2329 Score: 3389
Period size: 154 Copynumber: 15.2 Consensus size: 153
* * *
1 CTCATTTGCAACACTT-TTA-TTTGTGCCAATCGGGGCCCATTAGTGACG-TTTGAATCGTCTTC
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
* * * * *
63 GATTTGGCATCCCTAAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGACCTAACTATAATCATTTTGG-GTG
66 GATTTGGCA-ACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
*
127 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAA
130 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
**
151 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATAAGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
* *
216 GATTTGGCAACCGTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTTTGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
66 GATTTGGCAACC-TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
* *
281 ATTAGTCCACTGTGTAGTTTTTAA
130 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
** *
305 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTCT-GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCATTTTGAATCGTCTT
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTT-TGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTT
* * * * **
369 CGATTTGCCAACCCTTAATGTTTTTTTTTTTAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
65 CGATTTGGCAA-CCTCAATG-CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
434 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
128 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
* * * **
460 CTAATTTGGAACACGTGATATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTC
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
* * * *
525 GATTTGGCAACCCTAAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGACCTAACTATAATCATTTTGGGGAG
66 GATTTGGCAA-CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
*
590 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAA
130 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
** *
614 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTA-AAGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATTGTCTTC
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
* * * * *
678 GATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATAGACTAACTACAATCATTTTGGTCAG
66 GATTTGGC-AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
*
743 ATTAGTCCACTGTGATGTTTTTAG
130 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
* **
767 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTC
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
** *
832 GATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTAAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAG
66 GATTTGGC-AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
*
897 ATTAGTCCACTGTGATGTTTTTAG
130 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
* ** *
921 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATTGTCTTC
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
* *
986 GATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAG
66 GATTTGGC-AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
*
1051 ATTAGTCCATTGTGAAG-TTTTAG
130 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
* ** *
1074 CTCATTT-GAACA-TTGTTA-TTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCCG-TTTGAATTGTCTTC
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
1135 GATTTGGCAAACCTCAATGAC-TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGA
66 GATTTGGC-AACCTCAATG-CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGA
1199 GATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
129 GATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
* * * *
1224 CTCATTTGGAACACTTGTTA-TTTCGGCACAATCGGGCCCCATTAGTGACGTTTTGAATCATCTT
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGC-CTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTT
* * *
1288 CGCTTTGGTAACCCTCAATGCCTTTCTTTCCATT-TTTAATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
65 CGATTTGGCAA-CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT-ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* *
1352 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTCTTAT
128 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
* **
1378 CTCATTTGGAACACTTGCTA-TTTGGGCCTATC-GGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTC
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
* * *
1441 GATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGCCTAAATATAATCATTTTGGGGAG
66 GATTTGGCAA-CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
* *
1506 ATTAGTCCACTGTGAAATTTTTAA
130 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
* *
1530 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATAGGGGCCCATTAGTGATGTTTTGAATCGTCTTC
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
* *
1595 GATTTGGCAACCCTCAATGCTTTT-TGTTCCATTGTTTTTGGCCTAACTATAATCATTTTGGGGA
66 GATTTGGCAA-CCTCAATGCTTTTCT-TTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGA
*
1659 GATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAA
129 GATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
*
1684 CTCATTTGGAACACTT-TTATTTTGGGCCTATAGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
*
1748 GATTTGGCAACCTTAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGA
66 GATTTGGCAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGA
1813 TTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
131 TTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
* ** *
1836 CTCATTCGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTA
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
* *
1901 GATTTGGTAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGAGAG
66 GATTTGGCAA-CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
1966 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
130 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
* ** *
1990 CTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATAAGGGCCCATTAGTGACATTTTGAATCGTCTTC
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
*
2055 GATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCAAACTATAATCATTTTGGTGAG
66 GATTTGGC-AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
2120 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
130 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
* * * * * *
2144 CACATTTGGAACACTTATTATTTTGAGCCTATCGGGGACCATTAATGACGTTTTGAATCGTCTTT
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
* * * *
2209 GATTTGGCAAACCTCAATACTTTTCATTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGGGAG
66 GATTTGGC-AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
*
2274 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAA
130 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
2298 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
2330 ATGGGCCCTG
Statistics
Matches: 1995, Mismatches: 156, Indels: 52
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
149 91 0.05
150 58 0.03
151 14 0.01
152 253 0.13
153 367 0.18
154 1069 0.54
155 143 0.07
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.19, T:0.40
Consensus pattern (153 bp):
CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
GATTTGGCAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGA
TTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
Found at i:1542 original size:306 final size:307
Alignment explanation
Indices: 1--2329 Score: 3445
Period size: 306 Copynumber: 7.6 Consensus size: 307
* * *
1 CTCATTTGCAACACTT-TTA-TTTGTGCCAATCGGGGCCCATTAGTGACG-TTTGAATCGTCTTC
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
* * * * *
63 GATTTGGCATCCCTAAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGACCTAACTATAATCATTTTGG-GTG
66 GATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
* *
127 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATAAGGGCCCA
131 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT-CGGGCCCA
* * *
192 TTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AACCGTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTTTG
195 TTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG
* *
256 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGTAGTTTTTAA
259 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
** *
305 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTCT-GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCATTTTGAATCGTCTT
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTT-TGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTT
* * * * **
369 CGATTTGCCAACCCTTAATGTTTTTTTTTTTAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
65 CGATTTGGCAACCCTCAATG-CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * *
434 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACGTGATATTTTGGGCCTATCGGGGCC
129 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC-GGGCC
* * * *
499 CATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTAAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTAT
193 CATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT
* * *
564 GACCTAACTATAATCATTTTGGGGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAA
258 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
** *
614 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTA-AAGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATTGTCTTC
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
* * * * * *
678 GATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATAGACTAACTACAATCATTTTGGTCAG
66 GATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
*
743 ATTAGTCCACTGTGATGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCA
131 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCG-GGCCCA
* **
808 TTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTAAATTGTTTATGG
195 TTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGG
* *
873 CCTAACTATAATCATTTTGGTCAGATTAGTCCACTGTGATGTTTTTAG
260 CCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
* ** *
921 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATTGTCTTC
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
* * *
986 GATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAG
66 GATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
*
1051 ATTAGTCCATTGTGAAG-TTTTAGCTCATTT-GAACA-TTGTTA-TTTGGGCCTATCGAGGCCCA
131 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCG-GGCCCA
* *
1112 TTAGTTCCG-TTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGAC-TTTCTTTCCATTGTTTATG
195 TTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG-CTTTTCTTTCCATTGTTTATG
1175 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
259 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
* * * *
1224 CTCATTTGGAACACTTGTTA-TTTCGGCACAATCGGGCCCCATTAGTGACGTTTTGAATCATCTT
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGC-CTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTT
* * *
1288 CGCTTTGGTAACCCTCAATGCCTTTCTTTCCATT-TTTAATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
65 CGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT-ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * *
1352 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTCTTATCTCATTTGGAACACTTGCTA-TTTGGGCCTATCGGGCCC
129 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGCCC
* * *
1416 ATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATG
194 ATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG
* * * *
1481 GCCTAAATATAATCATTTTGGGGAGATTAGTCCACTGTGAAATTTTTAA
259 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
* *
1530 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATAGGGGCCCATTAGTGATGTTTTGAATCGTCTTC
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
* *
1595 GATTTGGCAACCCTCAATGCTTTT-TGTTCCATTGTTTTTGGCCTAACTATAATCATTTTGGGGA
66 GATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCT-TTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGA
* *
1659 GATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTT-TTATTTTGGGCCTATAGGGGCCC
130 GATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT-CGGGCCC
* *
1723 ATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AACCTTAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG
194 ATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG
1787 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
259 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
* ** *
1836 CTCATTCGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTA
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
* *
1901 GATTTGGTAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGAGAG
66 GATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
* *
1966 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATAAGGGCCCA
131 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT-CGGGCCCA
* *
2031 TTAGTGACATTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGG
195 TTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGG
*
2096 CCAAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
260 CCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
* * * * * *
2144 CACATTTGGAACACTTATTATTTTGAGCCTATCGGGGACCATTAATGACGTTTTGAATCGTCTTT
1 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
* * * * *
2209 GATTTGGCAAACCTCAATACTTTTCATTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGGGAG
66 GATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
*
2274 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
131 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
2330 ATGGGCCCTG
Statistics
Matches: 1842, Mismatches: 156, Indels: 50
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
302 9 0.00
303 217 0.12
304 56 0.03
305 32 0.02
306 525 0.29
307 377 0.20
308 432 0.23
309 191 0.10
310 3 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.19, T:0.40
Consensus pattern (307 bp):
CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
GATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGCCCAT
TAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
Done.