Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01011615.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11648, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 817

Length: 1363
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.18, T:0.41


Found at i:347 original size:154 final size:154

Alignment explanation


    Indices: 1--1363  Score: 1924
    Period size: 154  Copynumber: 8.9  Consensus size: 154

                                                                *   **       
          1 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTTTTTATATTGTTT
          1 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT

                                                    *                        
         66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAA-A-TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
         66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT-AAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC

                     *      *  *     
        129 ACTTGTTATTTTGGGCGTATCGAGG
        130 ACTTGTTATATTGGGCCTAACGAGG

            *    *                                  *                        
        154 ACCATGAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCATCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
          1 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT

                             *                                 *  *          
        219 ATGGCCTAACTATAATCGTTTTGGTAAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTATCTAATTTGGAACA
         66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA

                *                *  
        284 CTTGATATATTGGGCCTAACGGGG
        131 CTTGTTATATTGGGCCTAACGAGG

                  *            *              *              * *       *     
        308 CCCATTGGTTCCGTTTTGATTCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTATCCTTTCCAATGTTT
          1 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT

                                     *   *  *                                
        373 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAATCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
         66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA

                    *         *     
        438 CTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGG
        131 CTTGTTATATTGGGCCTAACGAGG

              *      **                       *                       *      
        462 CCTATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGTCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCTTTGTTT
          1 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT

               *                     * *            *          *             
        527 ATGTCCTAACTATAATCATTTTGGTGATATTAGTCCACTTGGAAGTTTTTATCTCATTTGGAACA
         66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA

                               * *  
        592 CTTGTTATATTGGGCCTAATGGGG
        131 CTTGTTATATTGGGCCTAACGAGG

              *                               *              * *       *     
        616 CCTATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTATCCTTTCCAATGTTT
          1 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT

                                     *   *  *                                
        681 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAATCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
         66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA

                    *         *     
        746 CTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGG
        131 CTTGTTATATTGGGCCTAACGAGG

                     **                                                  *   
        770 CCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTTTTT
          1 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT

                            **                                 *  *          
        835 ATGGCCTAACTATAATTGTTTTGGTAAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTATCTAATTTGGAACA
         66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA

                   *      *         
        900 CTTGTTAGATTGGGACTAACGAGG
        131 CTTGTTATATTGGGCCTAACGAGG

                                              *              * *       *     
        924 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTATCCTTTCCAATGTTT
          1 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT

                 *                   *   *  *                                
        989 ATGGCTTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAATCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
         66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA

                    *                
       1054 CTTGTTATTTTGGGCCTATA-GAGG
        131 CTTGTTATATTGGGCCTA-ACGAGG

                     **                       *                              
       1078 CCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGTCAA-CCTGCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
          1 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCT-CAATGCTTTTCTTTCCATTGTT

                   *                  * *                       *            
       1142 TATGGCCAAACTATAATCATTTTGGTGATATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTATCTCATTTGGAAC
         65 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC

            *              *  *   *  
       1207 GCTTGTTATATTGGGGCTTACGGGG
        130 ACTTGTTATATTGGGCCTAACGAGG

                                                  *                  *       
       1232 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTGTTT
          1 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT

                 *                   *             *                         
       1297 ATGGCGTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGGAAC
         66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCA-TTTGGAAC

              
       1362 AC
        130 AC


Statistics
Matches: 1065,  Mismatches: 138, Indels: 12
        0.88            0.11        0.01

Matches are distributed among these distances:
 152    2  0.00
 153   88  0.08
 154  962  0.90
 155   13  0.01

ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.18, T:0.41


Consensus pattern (154 bp):   
CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
CTTGTTATATTGGGCCTAACGAGG

Found at i:565 original size:308 final size:308

Alignment explanation


    Indices: 1--1363  Score: 2174
    Period size: 308  Copynumber: 4.4  Consensus size: 308

                                              *              * **   ** *     
          1 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTTTTTATATTGTTT
          1 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTATCCTTTCCAATGTTT

                                     *   *  *      *                         
         66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGA-AATAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
         66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAATCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA

                           *        *    *   **                             *
        130 CTTGTTATTTTGGGCGTATCGAGGACCATGAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCA
        131 CTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCC

                                                     *                       
        195 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCGTTTTGGTAAGATTAGTCCACTTT
        196 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTTT

                                        *                   
        260 GAAGTTTTTATCTAATTTGGAACACTTGATATATTGGGCCTAACGGGG
        261 GAAGTTTTTATCTAATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACGGGG

                  *            *                                             
        308 CCCATTGGTTCCGTTTTGATTCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTATCCTTTCCAATGTTT
          1 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTATCCTTTCCAATGTTT

                                                                             
        373 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAATCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
         66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAATCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA

                                      *                               *      
        438 CTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCTATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGTCAACCC
        131 CTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCC

                             *         *                     * *            *
        503 TCAATGCTTTTCTTTCCTTTGTTTATGTCCTAACTATAATCATTTTGGTGATATTAGTCCACTTG
        196 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTTT

                         *                             *    
        568 GAAGTTTTTATCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAATGGGG
        261 GAAGTTTTTATCTAATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACGGGG

              *                                                              
        616 CCTATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTATCCTTTCCAATGTTT
          1 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTATCCTTTCCAATGTTT

                                                                             
        681 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAATCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
         66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAATCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA

                                                                             
        746 CTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCC
        131 CTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCC

                                *                   **                       
        811 TCAATGCTTTTCTTTCCATTTTTTATGGCCTAACTATAATTGTTTTGGTAAGATTAGTCCACTTT
        196 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTTT

                                           *      *      *  
        876 GAAGTTTTTATCTAATTTGGAACACTTGTTAGATTGGGACTAACGAGG
        261 GAAGTTTTTATCTAATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACGGGG

                                                                             
        924 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTATCCTTTCCAATGTTT
          1 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTATCCTTTCCAATGTTT

                 *                                                           
        989 ATGGCTTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAATCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
         66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAATCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA

                               *                                      *      
       1054 CTTGTTATTTTGGGCCTATAGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGTCAA-CC
        131 CTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCC

                                           *                  * *            
       1118 TGCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCAAACTATAATCATTTTGGTGATATTAGTCCACTT
        196 T-CAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTT

                          *         *              *  *      
       1183 TGAAGTTTTTATCTCATTTGGAACGCTTGTTATATTGGGGCTTACGGGG
        260 TGAAGTTTTTATCTAATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACGGGG

                                              *   *          * *             
       1232 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTT-CAATTGTT
          1 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTATCCTTTCCAA-TGTT

                  *                   *   *  *      *                        
       1296 TATGGCGTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGGAA
         65 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAATCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCA-TTTGGAA

               
       1361 CAC
        129 CAC


Statistics
Matches: 979,  Mismatches: 73, Indels: 6
        0.93            0.07        0.01

Matches are distributed among these distances:
 307   88  0.09
 308  881  0.90
 309   10  0.01

ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.18, T:0.41


Consensus pattern (308 bp):   
CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTATCCTTTCCAATGTTT
ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAATCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
CTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCC
TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTTT
GAAGTTTTTATCTAATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACGGGG

Done.