Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011616.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11649, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1837
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.41
Found at i:475 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1--1837 Score: 2805
Period size: 154 Copynumber: 11.9 Consensus size: 154
* * *
1 TAGTCCACTGTGAAGTTATTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCAATCGGGGCCCCTT
1 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
* * * * *
66 AGTTCCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAATCCTCGAA-GCTTTTCTTT-AAGT-TTTATGCC
66 AGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC-AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
*
128 CTAACTATGATCATTTTTGGTGAGAT
130 CTAACTATAATCA-TTTTGGTGAGAT
* * * * *
154 TAGTCGACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTATTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCCTT
1 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
* * *
219 AGTTCCGTTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTAAATGCATTTCTTTCCATTGTTTATGGC
66 AGTTCCG-TTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
284 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
130 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
309 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
1 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
* * * *
374 AGTTCCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAATCCTCGAA-GCTTTTCTTT-AAGTTGTTTACGG
66 AGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC-AATGCTTTTCTTTCCA-TTGTTTATGG
437 CCTAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
129 CCTAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
* * *
463 TAGTCGATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
1 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
* *
528 AGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTAAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCA
66 AGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCC
*
593 TAACTATAATCATTATGGTGAGAT
131 TAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
*
617 TAGTCCACTGTGAAG-TTTTAAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCAT
1 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAA-CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCAT
681 TAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
65 TAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
*
746 CTAACTATAATCATGTTGGTGAGAT
130 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
* *
771 TAGTCCACTGAGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCAATT
1 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
* *
836 AGTTCCGTTTAGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTATTTATGGCC
66 AGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCC
901 TAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
131 TAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
* * * *
925 TTGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCATATCGGGGCCTATT
1 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
* * * * * *
990 AGTTCTGTATTGAATCATCTTCGATTTTGCAATCCTCGAA-GCTTTTCTTT-AAGTTGTTTATGG
66 AGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC-AATGCTTTTCTTTCCA-TTGTTTATGG
*
1053 CCTAACTATAATCATTTTGGTAAGAT
129 CCTAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
* * * * *
1079 TAGTCAATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTATCGGGGACCATT
1 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
*
1144 AGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCAATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCC
66 AGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCC
* *
1209 TAACTATAATTATTATGGTGAGAT
131 TAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
*
1233 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGGG-CCAT
1 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC-GGGGCCCAT
* * * * *
1297 TAGTTCCGTTTTGCATTGTCTACCATTTGGCAAACCTAAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
65 TAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
1362 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
130 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
1387 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
1 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
* * *
1452 AGTTCCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAATCCTCGAA-GCTTTTCTTT-AAGTTGTTTATGG
66 AGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC-AATGCTTTTCTTTCCA-TTGTTTATGG
1515 CCTAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
129 CCTAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
* * * * * *
1541 TAGTCGATTATGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGTCCATC
1 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
*
1606 AGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCAGTTTTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGG
66 AGTTCCGTTTTGAATCGTCTTC-G-ATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGG
* *
1671 CCTTACTATAATCATTATGGTGAGAT
129 CCTAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
* * *
1697 TAGTCCACTGTTAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATT
1 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
* *
1762 AGGTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTAAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCC
66 AGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCC
1827 TAACTATAATC
131 TAACTATAATC
Statistics
Matches: 1536, Mismatches: 126, Indels: 43
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
153 84 0.05
154 1194 0.78
155 103 0.07
156 154 0.10
157 1 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
AGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCC
TAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
Done.