Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011627.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11660, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:864 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 1--3767 Score: 5507
Period size: 152 Copynumber: 24.7 Consensus size: 153
* * * * *
1 ACACTTGTTATTTTTCTCTATCGGGGCTCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTTTTCGATTTGGAAAC
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
*
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTCGGTGAGATTAGTCCACT
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* * *
131 GTGAATTTTTTGGTTCA-TTGGA
131 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* *
153 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTTCGTTTTCAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
218 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCCACT
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* *
282 GTGATGTTTTTAGCTCATTTGAA
131 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * * *
305 ACACATGTTATTTTGCGCTATCGGGA-CCATTAGTGATG-TTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAA
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-AAA
* * * *
368 CC-TCAATGCCTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTTGGTGAGATTAGTCTA
65 CCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTTGGTGAGATTAGTCCA
432 CTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
129 CTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * *
457 ATACTTGTTATTTTCGGC-CTATCGGGGA-CCATTAGTGACGTTTTGAAACGTCTTCGATTTGGC
1 ACACTTGTTATTTT--GCTCTATC-GGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-
* * * * * *
520 AAAGC-TCAATTCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTCAGATTAGTC
62 AAACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTC
584 CACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
127 CACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * * *
611 ACACTTGTTATTTTGGGC-CTATCGGGAACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTCCGATTTGGCA
1 ACACTTGTTATTTT--GCTCTATCGGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAA
* *
675 ACCTTCGATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGACCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
64 ACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
* *
740 TTGTCAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
129 CTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* *
765 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTACTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
* * *
830 CCTCAATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
*
895 GTGAAGTATTTAGCTCATTT-GA
131 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * *
917 ACACTTGTTATTTTGAGC-CTATCTGGG-CCCATTAGTGACCTTTTGAATCGCCTTCGATTTGGC
1 ACACTTGTTATTTT--GCTCTATC-GGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-
* * * *
980 AAACC-TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTATATGGCCTAACTATAATCATTTTGTTGAGATTAGTA
62 AAACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTC
*
1044 CATTGTGAAG---TT-GCTCATTTGGA
127 CACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* *
1067 ACACTTGTTATTTTGGGC-CAATCGGGGCCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
1 ACACTTGTTATTTT--GCTCTATCGGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-A
* *
1131 AACC-TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCC
63 AACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCC
1195 ACTGTGAAGGTTTTTAGCTCATTTGGA
128 ACTGTGAA-GTTTTTAGCTCATTTGGA
* * * *
1222 ACACTTGTTATTTTGGGC-CTATCGGGGA-CCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTCCGATATGGC
1 ACACTTGTTATTTT--GCTCTATC-GGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGA
* * *
1285 AACCTTCGATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGACCTAACTATAATCATTTGGGTGAGATTAGTCC
63 AACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCC
* *
1350 ATTGTCAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
128 ACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * *
1376 ACACTGGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTTCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGAAAC
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
*
1441 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAAATTAGTCCACT
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
*
1505 GTGAAATTTTTAGCTCATTTGGA
131 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* *
1528 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTTCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGAAAC
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
1593 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCCACT
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
1657 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
131 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * *
1680 ACACTTGTTATTTTTCTCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
1745 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTACGTCCAC
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTA-GTCCAC
1809 TGTGTAAG-TTTTAGCTCA-TTGGA
130 TGTG-AAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* *
1832 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTTCGTTTTCAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
1897 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCCACT
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
*
1961 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGAA
131 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * *
1984 ACACATGTTATTTTGCTCTATCGGGGA-CCATTAGTGATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAA
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATC-GGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-AA
* * * * *
2048 ACC-TCAATGCCTTTCTTTCCATTGTGTATGGTCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCTA
64 ACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
2112 CTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
129 CTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
*
2137 ACACTTGTTATTTTCGGC-CTATCGGGGA-CCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC
1 ACACTTGTTATTTT--GCTCTATC-GGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-
* * * * * *
2200 AAACC-TCAATTCTTTTCTTTCCACTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTCAGATTAGTC
62 AAACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTC
2264 CACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
127 CACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * *
2291 ACACTTGTTATTTTGGGC-CTATCGGGAACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
1 ACACTTGTTATTTT--GCTCTATCGGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAA
*
2355 ACCTTCGATAC-TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
64 ACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
* *
2419 TTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTAGA
129 CTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
*
2444 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
2509 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
2574 GTGAAGTTTTTAGCTCATTT-GA
131 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * *
2596 ACACTTGTTATTTTGC-CTATCGGGGA-CCATTAGTGACCTTTTGAATCGCCTTCGATTTGGCAA
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATC-GGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-AA
* * *
2659 ACC-TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTATATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTACA
64 ACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
*
2723 CTGTGAAG---TT-GTTCATTTGGA
129 CTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
*
2744 ACACTTGTTATTTTGGGC-CTATCAGGGA-CCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGA
1 ACACTTGTTATTTT--GCTCTATC-GGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGA
* * * * * *
2807 AACC-TCAATTCTTTCCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTAAGATTAGTCC
63 AACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCC
2871 ACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
128 ACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * * *
2897 ACAATTGTTATTTTGGGC-CTATCCGGGA-CCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTCCGATTTGGC
1 ACACTTGTTATTTT--GCTCTAT-CGGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGA
* *
2960 AACCTTCGATGCCTTTCTTTCCCTTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCC
63 AACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCC
*
3025 ATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
128 ACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* *
3051 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTATTCGATTTGGAAAC
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
*
3116 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAAGTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCCACT
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
3180 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
131 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * *
3203 ACACTTGTTATTTTTCTCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
*
3268 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAAATTAGTCCACT
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
3332 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
131 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
*
3355 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
* * * * * *
3420 C-TCAATTCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTATAGTAAGATTAGTCCACT
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
3484 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
131 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * * *
3507 ACAATTGTTATTTTGGGC-CTATCGGGGA-CCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTCCGATTTGGC
1 ACACTTGTTATTTT--GCTCTATC-GGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGA
* *
3570 AACCTTCGATGCCTTTCTTTCCCTTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCC
63 AACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCC
3634 ACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
128 ACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * *
3660 ACACTTGTAATTTTGCTCTATTGGGACCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
3725 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
Statistics
Matches: 3328, Mismatches: 228, Indels: 118
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
147 7 0.00
148 18 0.01
149 79 0.02
150 232 0.07
151 215 0.06
152 1201 0.36
153 806 0.24
154 575 0.17
155 192 0.06
156 3 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (153 bp):
ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
Found at i:3606 original size:457 final size:458
Alignment explanation
Indices: 1--3767 Score: 5552
Period size: 457 Copynumber: 8.2 Consensus size: 458
* * *
1 ACACTTGTTATTTTTCTCTATCGGGGCTCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTTTTCGATTTGGAAAC
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
*
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTCGGTGAGATTAGTCCACT
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* * * **
131 GTGAATTTTTTGGTTCA-TTGGAACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTTCGTTT
131 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTGACGTTT
*
195 TCAATCGTCTTCGATTTGGAAACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
196 TGAATCGTCTTCGATTTGGAAACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
* * *
260 CA-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGATGTTTTTAGCTCATTTGAAACACATGTTATTTTGCGCT
261 CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGC-CT
*
324 ATC-GGGACCATTAGTGATG-TTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCAATGCCTTTCTTTC
325 ATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AACCTTCAATGCCTTTCTTTC
* *
386 CATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTTGGTGAGATTAGTCTACTGTGAAGTTTTTAGCTCA
389 CATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCA
451 TTTGGA
453 TTTGGA
* * ** *
457 ATACTTGTTATTTTCGGC-CTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAAACGTCTTCGATTTGGCA
1 ACACTTGTTATTTT--GCTCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-A
* * * * * *
521 AAGC-TCAATTCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTCAGATTAGTCC
63 AACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCC
*
585 ACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGC-CTATCGGGAACCATTAGTGA
128 ACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT--GCTCTATCGGGACCCATTAGTGA
* * * *
649 CGTTTTGAATCGTCTCCGATTTGGCAACCTTCGATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGACCTAACT
191 CGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACT
* *
714 ATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCATTGTCAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT
256 ATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT
* ** * *
779 GCTCTATC-GGGACCCATTACTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAACCCTCAATGCCTTT
321 GC-CTATCGGGGA-CCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCAATGCCTTT
*
843 CTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTATTTAG
384 CTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
908 CTCATTT-GA
449 CTCATTTGGA
* ** * *
917 ACACTTGTTATTTTGAGC-CTATCTGGGCCCATTAGTGACCTTTTGAATCGCCTTCGATTTGGCA
1 ACACTTGTTATTTT--GCTCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-A
* * * *
981 AACC-TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTATATGGCCTAACTATAATCATTTTGTTGAGATTAGTAC
63 AACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCC
* * * *
1045 ATTGTGAAG---TT-GCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGC-CAATCGGGGCCCATTAGTTA
128 ACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT--GCTCTATCGGGACCCATTAGTGA
* *
1105 CGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAAC
191 CGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-AAACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAAC
1169 TATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT
255 TATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA-GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT
* * *
1234 TTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTCCGATATGGCAACCTTCGATGCCT
319 TT--GCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCAATGCCT
* * * *
1299 TTCTTTCCATTGTTTATGACCTAACTATAATCATTTGGGTGAGATTAGTCCATTGTCAAGTTTTT
382 TTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
1364 AGCTCATTTGGA
447 AGCTCATTTGGA
* * *
1376 ACACTGGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTTCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGAAAC
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
*
1441 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAAATTAGTCCACT
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* **
1505 GTGAAATTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTTCGTTT
131 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTGACGTTT
*
1570 TGAATCATCTTCGATTTGGAAACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
196 TGAATCGTCTTCGATTTGGAAACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
*
1635 CA-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTTCTCT
261 CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGC-CT
* ** * * *
1699 ATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAACCTTCGATGCTTTTCTTTCC
325 ATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCAATGCCTTTCTTTCC
1764 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTACGTCCACTGTGTAAG-TTTTAGCTCA
390 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTA-GTCCACTGTG-AAGTTTTTAGCTCA
1827 -TTGGA
453 TTTGGA
* *
1832 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTTCGTTTTCAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
1897 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCCACT
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* * *
1961 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGAAACACATGTTATTTTGCTCTATCGGGGA-CCATTAGTGATGTT
131 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGCTCTATC-GGGACCCATTAGTGACGTT
* * * *
2025 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCAATGCCTTTCTTTCCATTGTGTATGGTCTAACTATA
195 TTGAATCGTCTTCGATTTGG-AAACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATA
*
2089 ATCATTTTGGTGAGATTAGTCTACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTCGG
259 ATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT--G
* *
2154 CCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCAATTCTTTTCT
322 CCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AACCTTCAATGCCTTTCT
* * * *
2218 TTCCACTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTCAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCT
386 TTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCT
2283 CATTTGGA
451 CATTTGGA
** ** *
2291 ACACTTGTTATTTTGGGC-CTATCGGGAACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
1 ACACTTGTTATTTT--GCTCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAA
*
2355 ACCTTCGATAC-TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
64 ACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
* * **
2419 TTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTAGAACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTTTCGT
129 CTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTGACGT
2484 TTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATA
194 TTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATA
2549 ATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTT-GAACACTTGTTATTTTGCC
259 ATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGCC
* * *
2613 TATCGGGGACCATTAGTGACCTTTTGAATCGCCTTCGATTTGGCAAACC-TCAATGCTTTTCTTT
324 TATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AACCTTCAATGCCTTTCTTT
* * *
2677 CCATTGTATATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTACACTGTGAAG---TT-GTTCA
388 CCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCA
2738 TTTGGA
453 TTTGGA
* * **
2744 ACACTTGTTATTTTGGGC-CTATCAGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAA
1 ACACTTGTTATTTT--GCTCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAA
* * * * * *
2808 ACC-TCAATTCTTTCCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTAAGATTAGTCCA
64 ACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
*
2872 CTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACAATTGTTATTTTGGGC-CTATCCGGGA-CCATTAGTGA
129 CTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT--GCTCTAT-CGGGACCCATTAGTGA
* * * *
2935 CGTTTTGAATCGTCTCCGATTTGGCAACCTTCGATGCCTTTCTTTCCCTTGTTTATGGCCTAACT
191 CGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACT
*
3000 ATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT
256 ATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT
** * * * *
3065 GCTCTATC-GGGACCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTATTCGATTTGGAAACCTTCGATGCTTTT
321 GC-CTATCGGGGA-CCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCAATGCCTTT
*
3129 CTTTCCATTGTTTATGGCCTAAGTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
384 CTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
3193 CTCATTTGGA
449 CTCATTTGGA
*
3203 ACACTTGTTATTTTTCTCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
*
3268 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAAATTAGTCCACT
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
3332 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTGACGTTT
131 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTGACGTTT
* * *
3397 TGAATCGTCTTCGATTTGGAAACC-TCAATTCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAAT
196 TGAATCGTCTTCGATTTGGAAACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
* * * *
3461 CATTATAGTAAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACAATTGTTATTTTGGGCC
261 CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT--GCC
* *
3526 TATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTCCGATTTGGCAACCTTCGATGCCTTTCTTTC
324 TATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCAATGCCTTTCTTTC
*
3591 CCTTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCAT
389 CATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCAT
3655 TTGGA
454 TTGGA
* * *
3660 ACACTTGTAATTTTGCTCTATTGGGACCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
1 ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
3725 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
66 CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
Statistics
Matches: 3016, Mismatches: 235, Indels: 119
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
452 5 0.00
453 159 0.05
454 122 0.04
455 58 0.02
456 566 0.19
457 726 0.24
458 456 0.15
459 293 0.10
460 491 0.16
461 78 0.03
462 62 0.02
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (458 bp):
ACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAC
CTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGCTCTATCGGGACCCATTAGTGACGTTT
TGAATCGTCTTCGATTTGGAAACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGCCTA
TCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCAATGCCTTTCTTTCCA
TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTT
GGA
Done.