Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011632.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11665, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1948
ACGTcount: A:0.21, C:0.18, G:0.18, T:0.42
Found at i:288 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1--1948 Score: 2769
Period size: 154 Copynumber: 12.6 Consensus size: 154
* *
1 TCGATTTGGAAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGTCTAACTATAATCATTTTGGTG
1 TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * *
66 AGGTTTA-TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAGCACTTGTTATTTTAGGCCTATCGGGGA
66 A-GATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGA
*
130 CCATTAGTGACGTTTTGAATCATCT
130 CCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
*
155 TCGATTTGGCAAACCTCAATGATTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
1 TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * ** * *
220 AGATTTGTCCACTGTGAAGTTTTTTGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGTTCCTATCGAGGCC
66 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGAC
285 CATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
131 CATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
* *
309 TCGATTTGGC-AACCTTCGATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
1 TCGATTTGGCAAACC-TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
*
373 GAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGAGA
65 GAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGA
*
438 CCATTAGTGACGTTTTGAATCGTTT
130 CCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
* *
463 TCGATTTGGAAAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGGCTAACTATAATCATTTTGGT
1 TCGATTTGG-CAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
*
528 GAGATTTA-TCCACTGTGAAGTTTTTTAGCTCATTTGGAGCACTTGTTATTTTTGGGCCTATCGG
65 GAGA-TTAGTCCACTGTGAAG-TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTA-TTTTGGGCCTATCGG
*
592 GGACCATTAGTAACGTTTTGAATCGTCT
127 GGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
* *
620 TCGATTTGGCAAACCTCAATGATTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTA
1 TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * * * *
685 AGATTAGTCCACTTTGATGTTTTTAGCTCATTTAGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAACGGGGCC
66 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGAC
** *
750 CATTAGTTCCGTTTTAAATCGTCT
131 CATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
774 TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
1 TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * * *
839 AGATTTGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCAATTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTTTCGGGGTC
66 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGAC
* **
904 CATTATTTCCGTTTTGAATCGTCT
131 CATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
* * * * * * * *
928 TCAATTTGGCAATTCC-CGATGATTTTCTTTCCATTCTTTATGCCCTAACAATAATAATTTTGGT
1 TCGATTTGGCAA-ACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
* * * *
992 GAGATTAGTACACTGTGAAGTTTTTAGGTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGC
65 GAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGA
** *
1057 CCACCATTGACGTTTTGAATCGTCT
130 CCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
** *
1082 TTAATTTGGCAAACCTCAATTCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
1 TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * * * *
1147 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGGTCATTTGGAACACTTGTTATTCTGTGCCTATCGAGGCC
66 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGAC
* ** * *
1212 CATTATTTCCATTTTGAATTGTCT
131 CATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
* * *
1236 TCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTTTGGCCTAACGATAATCATTTTGGTG
1 TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * * * * *
1301 AGATTGGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTCGGAACACTTGTTATTCTGGGCCTTTCGTGGTC
66 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGAC
* **
1366 CATTATTTCCGTTTTGAATCGTCT
131 CATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
* * *
1390 TCGATTTGGCAATTCC-CAATGCTTTTCTTTCCATTCTTTATAGCCTAACTATAATCATTTTGGT
1 TCGATTTGGCAA-ACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
* ** * * *
1454 GAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCGTTTGGAACACTTGCAATTTTGTGCCTATCGAGGC
65 GAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGA
* **
1519 CCATTAGT-TCTGTTTTGAATTTTCT
130 CCATTAGTGAC-GTTTTGAATCGTCT
* *
1544 TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATCGCCTAACTATAATCATTTAGGTG
1 TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* *
1609 AGATTAGTCCTCTATGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGAC
66 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGAC
*
1674 CATTAGTGACGTTTTGATTCGTCT
131 CATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
* * * *
1698 TCGATTTGG-AACCCTTCGATGCCTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
1 TCGATTTGGCAAACC-TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
1762 GAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGA
65 GAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGA
1827 CCATTAGTGAC-TGTTTGAATCGTCT
130 CCATTAGTGACGT-TTTGAATCGTCT
* * **
1852 TCGATTTGGCAAACCTCAATGGCTTTTTTTTTTACCATTGTTTATGTCCTATTTATAATCATTTT
1 TCGATTTGGCAAACCTCAAT-GC--TTTTCTTT-CCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTT
1917 TGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC
61 TGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC
Statistics
Matches: 1610, Mismatches: 162, Indels: 39
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
153 17 0.01
154 1281 0.80
155 101 0.06
156 98 0.06
157 55 0.03
158 23 0.01
159 35 0.02
ACGTcount: A:0.21, C:0.18, G:0.18, T:0.42
Consensus pattern (154 bp):
TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGAC
CATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
Done.