Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011644.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11677, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1777
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.18, T:0.41
Found at i:347 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1--1777 Score: 2871
Period size: 154 Copynumber: 11.6 Consensus size: 154
* * *
1 TCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAATACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* *
66 TCCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGTCTTTTCTTTCCTATTTGTTTATGGAC
66 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG-CTTTTCTTTCC-A-TTGTTTATGGCC
131 TAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
128 TAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
*
158 TCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
** * *
223 GACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAA
66 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
*
288 CTATAATCATTTTGGTCAGATTAG
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* * * *
312 TCCATTGTGAAATTTTTAGCTTATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
** * *
377 GACGTATTAAAT-GTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
66 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
441 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* *
465 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGTCTATC-GAGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* * *
529 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAGACCTCAATGCTTTTCTTTCCCTTGTTTATGGTCTAA
66 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
594 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* * *
618 TCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGAAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* * *
683 TCCATTTTGAATCGTCTCCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
66 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
748 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* * *
772 TCCACTGTGATGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAACGAGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
*
837 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGTCTAA
66 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
902 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* *
926 TCCACTGTGAAATTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* *
991 CCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGC-TTTCTTT-CATTGTTTATGGCCTAA
66 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
*
1054 CTATAATCATTTTAGTGAGATTAG
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
1078 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
*
1143 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTATTTATGGCCTAA
66 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
* * *
1208 CCATAATCAATTTGGTCAGATTAG
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* * * * *
1232 TCCATTGTGAACTTTTTAGCTTATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGCCCTATCGGGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
** * *
1297 GACGTATTGAATCTTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
66 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
*
1362 TTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* *
1386 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTGGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
1451 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
66 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
*
1516 CTATAATCATTTTGTTGAGATTAG
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* * * *
1540 TCCACTGTGAAATTTTTAGCTCATTCGGAGCACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
**
1605 GACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
66 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
* * *
1669 CTATAATCATTTTGGTAAGACTAA
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* * *
1693 TCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACGGGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
*
1758 TCCGTTGTGAATCGTCTTCG
66 TCCGTTTTGAATCGTCTTCG
Statistics
Matches: 1505, Mismatches: 111, Indels: 12
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
152 158 0.10
153 389 0.26
154 849 0.56
155 1 0.00
156 11 0.01
157 97 0.06
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
CTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
Found at i:1045 original size:460 final size:462
Alignment explanation
Indices: 1--1777 Score: 2927
Period size: 460 Copynumber: 3.9 Consensus size: 462
* *
1 TCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAATACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGT
* *
66 TCCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGTCTTTTCTTTCCTATTTGTTTATGGAC
66 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG-CTTTTCTTTCC-A-TTGTTTATGGCC
131 TAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
128 TAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
*
196 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
193 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* * *
261 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTCAGATTAGTCCATTGTGAAATT
258 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
* * *
326 TTTAGCTTATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTAAAT-G
323 TTTAGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTAACGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCG
390 TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTG
388 TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTG
455 GTGAGATTAG
453 GTGAGATTAG
*
465 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGTCTATCGA-GCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGT
* * *
529 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAGACCTCAATGCTTTTCTTTCCCTTGTTTATGGTCTAA
66 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
*
594 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGAAACACTTGTTATT
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT
* ** * * *
659 TTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTTCCATTTTGAATCGTCTCCGATTTAGCAAACCTCAATGCTT
196 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTT
* *
724 TTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGATGTTTTT
261 TTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
* * ** *
789 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAACGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
326 AGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTAACGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCT
*
854 TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGTCTAACTATAATCATTTTGGTG
391 TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
919 AGATTAG
456 AGATTAG
*
926 TCCACTGTGAAATTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGT
* *
991 CCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGC-TTTCTTT-CATTGTTTATGGCCTAA
66 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
* *
1054 CTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT
**
1119 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTT
196 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTT
* * * * *
1184 TTCTTTCCATTATTTATGGCCTAACCATAATCAATTTGGTCAGATTAGTCCATTGTGAACTTTTT
261 TTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
* * * *
1249 AGCTTATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGCCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCTTCT
326 AGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTAACGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCT
*
1314 TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAATTATAATCATTTTGGTG
391 TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
1379 AGATTAG
456 AGATTAG
*
1386 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTGGT
1 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGT
1451 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
66 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
* * * *
1516 CTATAATCATTTTGTTGAGATTAGTCCACTGTGAAATTTTTAGCTCATTCGGAGCACTTGTTATT
131 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT
*
1581 TTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AACCTCAATGCTT
196 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTT
* * * *
1645 TTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAATCCACTTTGAAGTTTTT
261 TTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
* * **
1710 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACGGGGCCCATTAGTTCCGT-TGTGAATCGTC
326 AGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTAACGGGGCCCATTAGTGACGTAT-TGAATCGTC
1774 TTCG
390 TTCG
Statistics
Matches: 1218, Mismatches: 90, Indels: 13
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
460 671 0.55
461 268 0.22
462 182 0.15
463 46 0.04
464 51 0.04
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (462 bp):
TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGT
TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT
TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTT
TTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
AGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTAACGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCT
TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
AGATTAG
Found at i:1178 original size:614 final size:615
Alignment explanation
Indices: 1--1777 Score: 2961
Period size: 614 Copynumber: 2.9 Consensus size: 615
* *
1 TCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAATACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTT-GAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
*
66 TCCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGTCTTTTCTTTCCTATTTGTTTATGGAC
65 TCCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG-CTTTTCTTTCC-A-TTGTTTATGGCC
*
131 TAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
127 TAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* ** *
196 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
192 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* *
261 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTCAGATTAGTCCATTGTGAAATT
257 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAATT
* * * * *
326 TTTAGCTTATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTAAAT-G
322 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCG
390 TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTG
387 TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTG
* *
455 GTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGTCTATC-GA
452 GTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
* * *
519 GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAGACCTCAATGCTTTTCTTTCCCTTGTT
517 GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTATT
* * * *
584 TATGGTCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
582 TATGGCCTAACCATAATCAATTTGGTCAGATTAG
*
618 TCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGAAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGT
1 TCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGAAA-ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
* * * *
683 TCCATTTTGAATCGTCTCCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
65 TCCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
*
748 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGATGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT
130 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT
*
813 TTGGGCCTAACGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTT
195 TTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTT
*
878 TTCTTTCCATTGTTTATGGTCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAATTTTT
260 TTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAATTTTT
**
943 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTCCCGTTTTGAATCGTCT
325 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
* *
1008 TCGATTTGGCAAACCTCAAAGC-TTTCTTT-CATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTG
390 TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
1071 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCC
455 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCC
1136 CATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTATTTAT
520 CATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTATTTAT
1201 GGCCTAACCATAATCAATTTGGTCAGATTAG
585 GGCCTAACCATAATCAATTTGGTCAGATTAG
* * *
1232 TCCATTGTGAACTTTTTAGCTTATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGCCCTATCGGGGCCCATTAGT
1 TCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTT-GAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
** * *
1297 GACGTATTGAATCTTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
65 TCCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
*
1362 TTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT
130 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT
*
1427 TTGGGCCTATCGAGGCCCATTGGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTT
195 TTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTT
* *
1492 TTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGTTGAGATTAGTCCACTGTGAAATTTTT
260 TTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAATTTTT
* *
1557 AGCTCATTCGGAGCACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
325 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
*
1622 TCGATTTGGC-AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTA
390 TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * * * *
1686 AGACTAATCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACGGGGCC
455 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCC
*
1751 CATTAGTTCCGTTGTGAATCGTCTTCG
520 CATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCG
Statistics
Matches: 1088, Mismatches: 66, Indels: 14
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
613 101 0.09
614 733 0.67
615 148 0.14
616 14 0.01
617 92 0.08
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (615 bp):
TCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTT
CCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAAC
TATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTT
TGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTT
TCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAATTTTTA
GCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTT
CGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGA
GATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCC
ATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTATTTATG
GCCTAACCATAATCAATTTGGTCAGATTAG
Done.