Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011666.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11699, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 1--2171 Score: 3246
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* * * * *
1 TAATCATTTTGGTGGGATTAGTCCACTGTGAAGTTATTAACTCGTATGGAACACTTG-TATTTTT
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* * **
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65 GGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AAACCTCAATGCTTT
129 TCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
129 TCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
* * *
155 TAATTA-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTATTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* * * * * *
219 GGACTATCGAGGCCCATAAGTTCCTTTTTGAATTGTCTTCGATATGG-AAATCCTCGAA-GCTTT
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*
282 TCTTT-AAGTTGTTTATGGCCTAACTA
129 TCTTTCCA-TTGTTTATGGCCTAACTA
* * * * *
308 TAATTATTTTGGTGAGATTAGTCGATTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGTACACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* * *
373 GGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCATCGATTTGGTAAACCTCAATGCTTTTC
66 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
*
438 TTTCCATTGTTTATAGCCTAACTA
131 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
*
462 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* * *
527 GGCCTATCGAGGCCCATAAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCTAAACCACAATGCTTTT
66 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AAACCTCAATGCTTTT
*
592 CTTTCCATTGTTTATGGCCTAAATA
130 CTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
617 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
** * * *
682 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCATCTTCGATCTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
66 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
747 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
131 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
*
771 TAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* * * * *
836 GGCCTATCGGGGCCCATTAGGTCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAAATCTCCATGCTTTTC
66 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
901 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
131 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
*
925 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTTGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* * * *
990 GGACTATCGAGGCCCATTAGTTCCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTCT
66 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTT-CCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTT
*
1055 CTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTA
130 CTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
*
1080 TAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
** * * *
1145 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTAACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTGAAAGCTTTTC
66 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
1210 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
131 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
* * *
1234 TAATCATTTTGGTGATATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAATACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* ** *
1299 GGCTTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTTCAAATGCTTT
66 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TC-AATGCTTT
1364 TCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
129 TCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
*
1390 TAATCATTTTGGTGAGAGTTAGTCCACTGTGAAATTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT
1 TAATCATTTTGGTGAGA-TTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT
* * * *
1455 GGGCCCATCGAGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTT
65 GGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTT
*
1520 CTTTCCATTGTTTACT-GCATAACTA
130 CTTTCCATTGTTTA-TGGCCTAACTA
* *
1545 TAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTGATTTGGAACACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
1610 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
66 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
*
1675 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACCA
131 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
* * * * * * *
1699 TAATCAATTTGGTCAGATTAGTCCATTGTGAACTTTTTAGCTTATTTGGAAAACTTGTTATTCTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* * * * *
1764 GGACTATCGGGGCCCCTTAGTTCCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGTAATCCTCGAA-GCTTTT
66 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC-AATGCTTTT
*
1828 CTTT-AAGTTGTTTATGGCCTAACTA
130 CTTTCCA-TTGTTTATGGCCTAACTA
* * * * * *
1853 TAATCATTTTGTTGAGATTAGTCGATTGTGAAGTATTTAGCTAATTTCGAACACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* * * *
1918 TGCCTATTGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCATCGATTTGGCAAACCTCAATGCTCTTC
66 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
*
1983 TTTCCATTGTTTATAGCCTAACTA
131 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
*
2007 TAATTCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTTGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT
1 TAA-TCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT
*
2072 GGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCATCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTT
65 GGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTT
*
2137 CTTTCCATTGTTTATAGCCTAACTA
130 CTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
2162 -ATATCATTTT
1 TA-ATCATTTT
2172 TGATGCGCCA
Statistics
Matches: 1841, Mismatches: 154, Indels: 44
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
152 4 0.00
153 101 0.05
154 1110 0.60
155 481 0.26
156 52 0.03
157 93 0.05
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
Found at i:736 original size:309 final size:308
Alignment explanation
Indices: 1--2171 Score: 3246
Period size: 309 Copynumber: 7.0 Consensus size: 308
* * * * *
1 TAATCATTTTGGTGGGATTAGTCCACTGTGAAGTTATTAACTCGTATGGAACACTTG-TATTTTT
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTA-TTTT
* * **
65 GGGCCTATC-AGGCCCATAAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCTAAACGACAATGCTTT
65 GGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AAACCTCAATGCTTT
* *
129 TCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTA-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTATTA
129 TCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTA
* * * * * *
193 ACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGACTATCGAGGCCCATAAGTTCCTTTTTGAATTGTCTT
194 GCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTT
* *
258 CGATATGG-AAATCCTCGAA-GCTTTTCTTT-AAGTTGTTTATGGCCTAACTA
259 CGATTTGGCAAA-CCTC-AATGCTTTTCTTTCCA-TTGTTTATGGCCTAACTA
* * * * *
308 TAATTATTTTGGTGAGATTAGTCGATTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGTACACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* * *
373 GGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCATCGATTTGGTAAACCTCAATGCTTTTC
66 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
* *
438 TTTCCATTGTTTATAGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAAC
131 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC
* *
503 TCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATAAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCG
196 TCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCG
* *
568 ATTTGGCTAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAAATA
261 ATTTGGC-AAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
617 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
** * * *
682 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCATCTTCGATCTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
66 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
*
747 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC
131 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC
* *
812 TCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGGTCTGTTTTGAATCGTCTTCG
196 TCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCG
* * *
877 ATTTGACAAATCTCCATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
261 ATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
*
925 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTTGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* * * *
990 GGACTATCGAGGCCCATTAGTTCCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTCT
66 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTT-CCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTT
* *
1055 CTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
130 CTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
** *
1120 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTAACGTATTGAATCGTCTTC
195 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTC
* *
1185 GATTTGGCAAACCTGAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
260 GATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
* * *
1234 TAATCATTTTGGTGATATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAATACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* ** *
1299 GGCTTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTTCAAATGCTTT
66 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TC-AATGCTTT
*
1364 TCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGAGTTAGTCCACTGTGAAATTTTT
129 TCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGA-TTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
* * *
1429 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCCATCGAGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCT
193 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* *
1494 TCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTACT-GCATAACTA
258 TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTA-TGGCCTAACTA
* *
1545 TAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTGATTTGGAACACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
1610 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
66 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
* * * * *
1675 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACCATAATCAATTTGGTCAGATTAGTCCATTGTGAACTTTTTAGC
131 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC
* * * * * *
1740 TTATTTGGAAAACTTGTTATTCTGGGACTATCGGGGCCCCTTAGTTCCGTTTTGAATCATCTTCG
196 TCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCG
* * *
1805 ATTTGGTAATCCTCGAA-GCTTTTCTTT-AAGTTGTTTATGGCCTAACTA
261 ATTTGGCAAACCTC-AATGCTTTTCTTTCCA-TTGTTTATGGCCTAACTA
* * * * * *
1853 TAATCATTTTGTTGAGATTAGTCGATTGTGAAGTATTTAGCTAATTTCGAACACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* * * *
1918 TGCCTATTGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCATCGATTTGGCAAACCTCAATGCTCTTC
66 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
* *
1983 TTTCCATTGTTTATAGCCTAACTATAATTCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTTG
131 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAA-TCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
*
2048 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCATC
195 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTC
*
2113 GATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATAGCCTAACTA
260 GATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
2162 -ATATCATTTT
1 TA-ATCATTTT
2172 TGATGCGCCA
Statistics
Matches: 1694, Mismatches: 151, Indels: 36
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
307 105 0.06
308 551 0.33
309 747 0.44
310 54 0.03
311 236 0.14
312 1 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (308 bp):
TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC
TCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCG
ATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
Found at i:866 original size:463 final size:463
Alignment explanation
Indices: 1--2171 Score: 3252
Period size: 463 Copynumber: 4.7 Consensus size: 463
* * * * *
1 TAATCATTTTGGTGGGATTAGTCCACTGTGAAGTTATTAACTCGTATGGAACACTTG-TATTTTT
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTA-TTTT
* **
65 GGGCCTATC-AGGCCCATAAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCTAAACGACAATGCTTT
65 GGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AAACCTCAATGCTTT
* *
129 TCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTA-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTATTA
129 TCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTA
* * * * * *
193 ACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGACTATCGAGGCCCATAAGTTCCTTTTTGAATTGTCTT
194 GCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTT
* * *
258 CGATATGG-AAATCCTCGAA-GCTTTTCTTT-AAGTTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGG
259 CGATTTGGCAAA-CCTC-AATGCTTTTCTTTCCA-TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGG
* * * * * *
320 TGAGATTAGTCGATTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGTACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGG
321 TGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
* * *
385 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCATCGATTTGGTAAACCTC-AATGCTTTTCTTTCCATTGTT
386 CCCATTAGGTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
*
449 TATAGCCTAACTA
451 TATGGCCTAACTA
*
462 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* *
527 GGCCTATCGAGGCCCATAAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCTAAACCACAATGCTTTT
66 GGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AAACCTCAATGCTTTT
*
592 CTTTCCATTGTTTATGGCCTAAATATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
130 CTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
** * *
657 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCATCTTC
195 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTC
* *
722 GATCTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAG
260 GATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
*
787 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCA
325 ATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCA
* * * *
852 TTAGGTCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAAATCTC-CATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG
390 TTAGGTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG
916 GCCTAACTA
455 GCCTAACTA
*
925 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTTGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* * *
990 GGACTATCGAGGCCCATTAGTTCCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTCT
66 GGCCTATCGAGGCCCATTAGTT-CCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTT
* *
1055 CTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
130 CTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
** *
1120 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTAACGTATTGAATCGTCTTC
195 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTC
* * *
1185 GATTTGGCAAACCTGAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAT
260 GATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
* *
1250 ATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAATACTTGTTATTTTGGGCTTATCGGGGCCCA
325 ATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCA
* *
1315 TTA-GTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTTCAAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTA
390 TTAGGT-CCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCAAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTA
1379 TGGCCTAACTA
453 TGGCCTAACTA
*
1390 TAATCATTTTGGTGAGAGTTAGTCCACTGTGAAATTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT
1 TAATCATTTTGGTGAGA-TTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT
* * *
1455 GGGCCCATCGAGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTT
65 GGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTT
* *
1520 CTTTCCATTGTTTACT-GCATAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTA
130 CTTTCCATTGTTTA-TGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTA
*
1584 GCTGATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTT
194 GCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTT
* * *
1649 CGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACCATAATCAATTTGGTCA
259 CGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGA
* * * * *
1714 GATTAGTCCATTGTGAACTTTTTAGCTTATTTGGAAAACTTGTTATTCTGGGACTATCGGGGCCC
324 GATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCC
* * * * * * *
1779 CTTAGTTCCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGTAATCCTCGAA-GCTTTTCTTT-AAGTTGTTTA
389 ATTAGGTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAATGCTTTTCTTTCCA-TTGTTTA
1842 TGGCCTAACTA
453 TGGCCTAACTA
* * * * * *
1853 TAATCATTTTGTTGAGATTAGTCGATTGTGAAGTATTTAGCTAATTTCGAACACTTGTTATTTTG
1 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* * * * *
1918 TGCCTATTGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCATCGATTTGGCAAACCTCAATGCTCTTC
66 GGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
* *
1983 TTTCCATTGTTTATAGCCTAACTATAATTCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTTG
131 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAA-TCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
*
2048 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCATC
195 CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTC
*
2113 GATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATAGCCTAACTA-ATATCATTTT
260 GATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATA-ATCATTTT
2172 TGATGCGCCA
Statistics
Matches: 1578, Mismatches: 115, Indels: 32
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
461 67 0.04
462 215 0.14
463 834 0.53
464 36 0.02
465 358 0.23
466 68 0.04
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (463 bp):
TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
GGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC
TCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCG
ATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGA
TTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCAT
TAGGTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGG
CCTAACTA
Done.