Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011674.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11707, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2037
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Found at i:438 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1--2036 Score: 2849
Period size: 154 Copynumber: 13.1 Consensus size: 154
* * * *
1 TTTCTTTTCCAATGTTTTATGGCCTAACTATAATCATTCTGGTAAGATTAGTCCACTTTGAAGTT
1 TTTC-TTTCCATTG-TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG-T
* * *
66 TTTTAGCTCATTTGAAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT-CAGGGCCCATTAGTTCCCGTTTTGAA
63 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCT-TCCGGGGCCCATTAGTT-CCGTTTTGAA
* *
130 TCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
126 TCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
*
159 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTTGGAGAGATTAGTCCCACTGTGAAGTT
1 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTTGGTGAGATTAGT-CCACTGTGAAGTT
* *
224 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTCCGGGGCCCATTAGTTTCGCTTTGAATCG
64 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTCCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCG
*
289 TCATCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
129 TCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
* * * *
315 TTTGTTTCCATTGTTTATGGGCTAACTATAATCATTTTGCTGAGATTAGTCTACTGTGAAGTTTT
1 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
* * * *
380 TAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTCCGGGAG-CCATTAGTTTCGATTTGAATGGT
66 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTCCGGG-GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGT
* *
444 CATCGATTTCGCAACCCTCGATGCT
130 CTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
*
469 TTTGTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
1 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
*
534 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC
66 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTCCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC
599 TTCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
131 TTCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
* *
623 TTTGTTTCCATTGTTTATGGGCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
1 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
* * * * **
688 TAACTCATTTGGGAACACTTGTTAATTTGGGCCTTATCCGGGGTCCTATTAGTGACGTTTTGAAT
66 TAGCTCATTT-GGAACACTTGTTATTTTAGGCC-T-TCCGGGG-CCCATTAGTTCCGTTTTGAAT
* *
753 CGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
127 CGTCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
* * * *
781 TTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTGGGTGATATTAGTCCACTTGTGAATTTT
1 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCAC-TGTGAAGTTT
* * * *
846 TTAGCTCATTTGCAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT-CGGGGCCTATTAGTTCTGTTTTGAATCG
65 TTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCT-TCCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCG
* * * *
910 TCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGAT
129 TCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
* * * *
936 TTTCTTTCCATAT-TTTATGGACTAAATATTATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG-ACTTT
1 TTTCTTTCCAT-TGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTT
* * * ** * *
999 TTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT-CGAGGCCCATTAGTGACATATTGAATCG
65 TTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCT-TCCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCG
* * * *
1063 TCTTCGATTTGGTAAACCTCAATTCT
129 TCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
* * * *
1089 TTTCTTTCCATTGTTTATGGTCAAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACAGTGAACTTTT
1 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
* *
1154 TAGCTCA-TTGGCAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT-CGGGGCCCAATAGTTCCGTTTTGAATCG
66 TAGCTCATTTGG-AACACTTGTTATTTTAGGCCT-TCCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCG
* *
1217 TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
129 TCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
* *
1243 TTTCTTTCCATCGTTTATGGCCTAACTATAAACA-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
1 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
* *
1307 TAGCTCATTCGGAACACTTGTTA-TTT-GGTCCTTCCGGAGG-CCATTAGTTTCGTTTTGAATCG
66 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGG-CCTTCCGG-GGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCG
*
1369 TCATCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
129 TCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
* *
1395 TTTGTTTCTATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
1 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
* *
1460 GAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC
66 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTCCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC
1525 TTCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
131 TTCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
* * *
1549 TTTCTTTTCCTATTGTTTATTGGGCGTAACTATAATACATTTTGTCTAAGATTAGTCCACTGTGA
1 TTTC-TTTCC-ATTGTTTA-T-GGCCTAACTATAAT-CATTTTG-GTGAGATTAGTCCACTGTGA
* * **
1614 AGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT-CGGGGCCCATTAGTGACGTTTTG
60 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCT-TCCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTG
* *
1678 AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
124 AATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
* *
1709 TTTCTTTCGATTGTTTATGGCCTAACTATAATGATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
1 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
* *
1774 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTAGGCCTTCCGGAGG-CCATTAGTTTCGTTTTGAATCGT
66 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTCCGG-GGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGT
*
1838 CATCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
130 CTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
* *
1863 TTTGTTTCTATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
1 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
* *
1928 GAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC
66 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTCCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC
1993 TTCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
131 TTCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
2017 TTTCTTTCCATTGTTTATGG
1 TTTCTTTCCATTGTTTATGG
2037 G
Statistics
Matches: 1703, Mismatches: 143, Indels: 68
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
151 3 0.00
152 83 0.05
153 241 0.14
154 750 0.44
155 141 0.08
156 116 0.07
157 81 0.05
158 149 0.09
159 30 0.02
160 108 0.06
161 1 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTCCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC
TTCGATTTGGCAACCCTCGATGCT
Found at i:1196 original size:620 final size:612
Alignment explanation
Indices: 6--2036 Score: 2941
Period size: 620 Copynumber: 3.3 Consensus size: 612
1 TTTCT
* * * *
6 TTTCCAATGTTTTATGGCCTAACTATAATCATTCTGGTAAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTTA
1 TTTCCATTG-TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG-TTTTTA
* * *
71 GCTCATTTGAAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGGCCCATTAGTTCCCGTTTTGAATCGTCT
64 GCTCATTTGGAACACTTGTTAATTTGGGCCT-TCGGGGCCCATTAGTT-CCGTTTTGAATCGTCT
*
136 TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTTGGA
127 TCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTTGGT
201 GAGATTAGTCCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTCCGGGG
191 GAGATTAGT-CCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTT-CGGGG
* * *
266 CCCATTAGTT-TCGCTTTGAATCGTCATCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTGTTTCCAT-TGT
254 CCCATTAGTTCT-GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTCTTTCCATATGT
*
329 TTATGGGCTAACTATAATCATTTTGCTGAGATTAGTCTACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAA
318 TTATGGGCTAACTATAATCATTTTGCTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAA
* * ** * * *
394 CACTTGTTATTTTAGGCCT-TCCGGGAGCCATTAGTTTCGATTTGAATGGTCATCGATTTCGCAA
383 CACTTGTTATTTTGGGCCTAT-CGGG-CCCATTAGTGAC-ATTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAA
* * *
458 CCCTCGATGCTTTTGTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCAC
445 ACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCAC
523 TGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTTCCGT
510 TGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCC-TTCGGGGCCCATTAGTTCCGT
588 TTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTG
574 TTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTG
* *
627 TTTCCATTGTTTATGGGCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAAC
1 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC
* **
692 TCATTTGGGAACACTTGTTAATTTGGGCCTTATCCGGGGTCCTATTAGTGACGTTTTGAATCGTC
66 TCATTT-GGAACACTTGTTAATTTGGGCC-T-T-CGGGG-CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC
* *
757 TTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTGGGT
126 TTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
* * * *
822 GATATTAGTCCACTTGTGAATTTTTTAGCTCATTTGCAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
191 GAGATTAGTCCAC-TGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCT-TCGGGG
* * * * *
887 CCTATTAGTTCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGATTTTCTTTCCATAT-TT
254 CCCATTAGTTCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTCTTTCCATATGTT
* * * * *
951 TATGGACTAAATATTATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG-ACTTTTTAACTCATTTGGAAC
319 TATGGGCTAACTATAATCATTTTGCTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
*
1015 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACATATTGAATCGTCTTCGATTTGGTAAAC
384 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCG-GGCCCATTAGTGACAT-TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
* * * *
1080 CTCAATTCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGTCAAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACAG
447 CTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
* * *
1145 TGAACTTTTTAGCTCA-TTGGCAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCAATAGTTCCGTT
512 TGAAGTTTTTAGCTCATTTGG-AACACTTGTTATTTTAGGCCT-TCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
* * *
1209 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
575 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTG
* *
1247 TTTCCATCGTTTATGGCCTAACTATAAACA-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC
1 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC
* * * *
1311 TCATTCGGAACACTTGTT-ATTTGGTCCTTCCGGAGG-CCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCATC
66 TCATTTGGAACACTTGTTAATTTGGGCCTT-CGG-GGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTC
* * * *
1374 GATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTGTTTCTATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
129 GATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG
*
1439 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTGAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTTCGGGGCCCA
194 ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCC-TTCGGGGCCCA
*
1504 TTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTCTTTTCC-TATTGTTTA
258 TTAGTTCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTC-TTTCCATA-TGTTTA
*
1568 TTGGGCGTAACTATAATACATTTTGTCTAAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGA
321 -TGGGC-TAACTATAAT-CATTTTG-CTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGA
*
1633 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAA
382 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATC-GGGCCCATTAGTGAC-ATTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAA
* *
1698 ACCTCAATGCTTTTCTTTCGATTGTTTATGGCCTAACTATAATGATTTTGGTGAGATTAGTCCAC
445 ACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCAC
* *
1763 TGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTAGGCCTTCCGGAGG-CCATTAGTTTCG
510 TGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTT-CGG-GGCCCATTAGTTCCG
*
1827 TTTTGAATCGTCATCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTG
573 TTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTG
* *
1867 TTTCTATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTGAGC
1 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC
* *
1932 TCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCG
66 TCATTTGGAACACTTGTTAATTTGGGCC-TTCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCG
* *
1997 ATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGG
130 ATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGG
2037 G
Statistics
Matches: 1262, Mismatches: 116, Indels: 63
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
613 94 0.07
614 98 0.08
615 9 0.01
616 7 0.01
617 16 0.01
618 19 0.02
619 76 0.06
620 559 0.44
621 223 0.18
622 151 0.12
623 10 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (612 bp):
TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC
TCATTTGGAACACTTGTTAATTTGGGCCTTCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGA
TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTCGGGGCCCATTA
GTTCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTCTTTCCATATGTTTATGGGC
TAACTATAATCATTTTGCTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTT
ATTTTGGGCCTATCGGGCCCATTAGTGACATTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
TCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTG
Found at i:1605 original size:774 final size:774
Alignment explanation
Indices: 1--2036 Score: 3039
Period size: 774 Copynumber: 2.6 Consensus size: 774
* * *
1 TTTCTTTTCCAATGTTT-TATGGCCTAACTATAATCATTCTGGTAAGATTAGTCCACTT-TGAAG
1 TTTCTTTTCCATTGTTTAT-TGGGCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTTGTGAA-
*
64 TTTTTTAGCTCATTTGAAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGGCCCATTAGTTCCCGTTTTGA
64 TTTTTTAGCTCATTTGAAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTT--CGTTTTGA
129 ATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCAT
127 ATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-
*
194 TTTTGGAGAGATTAGTCCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCT
191 TTTTGGTGAGATTAGT-CCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCT
* *
259 TCCGGGGCCCATTAGTTTCGCTTTGAATCGTCATCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTGTTTCC
255 TCCGAGGCCCATTAGTTTC-ATTTGAATCGTCATCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTGTTTCC
* * * *
324 ATTGTTTATGGGCTAACTATAATCATTTTGCTGAGATTAGTCTACTGTGAAGTTTTTAACTCATT
319 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
* * * *
389 TGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTCCGGGAG-CCATTAGTTTCGATTTGAATGGTCATCGATTT
384 TGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTT-CGGG-GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTT
* * *
453 CGCAACCCTCGATGCTTTTGTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
447 GGCAACCCTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAACATTTTGGTGAGATTAG
* *
518 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTTCGGGGCCCATTAGT
512 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTCGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTCCGGGGCCCATTAGT
* *
583 TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTGTTTCCATTGTTTATGGGCTAA
577 TCCGTTTTGAATCGTCATCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTGTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
*
648 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGGAACACTTGTTAA
642 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTGAACTCATTTGGGAACACTTGTTAA
* *
713 TTTGGGCCTTATCCGGGGTCCTATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
707 TTTAGGCCTTATCCGGGGTCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
778 GCT
772 GCT
* * * *
781 TTTC-TTTCCATTGTTTA-TGGACTAACTATAATCATTTGGGTGATATTAGTCCACTTGTGAATT
1 TTTCTTTTCCATTGTTTATTGGGCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTTGTGAATT
* *
844 TTTTAGCTCATTTGCAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCTATTAGTTCTGTTTTGAATC
66 TTTTAGCTCATTTGAAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTC-GTTTTGAATC
* * * * *
909 GTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGATTTTCTTTCCATAT-TTTATGGACTAAATATTATCATTT
130 GTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCAT-TGTTTATGGCCTAACTATAATCATTT
* * *
973 TGGTGAGATTAGTCCACTGTG-ACTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT-C
194 TGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCT-TCC
** * * * * * *
1036 GAGGCCCATTAGTGACATATTGAATCGTCTTCGATTTGGTAAACCTCAATTCTTTTCTTTCCATT
258 GAGGCCCATTAGTTTCAT-TTGAATCGTCATCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTGTTTCCATT
* * * *
1101 GTTTATGGTCAAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACAGTGAACTTTTTAGCTCA-TTGG
322 GTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
* *
1165 CAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCAATAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC
387 -AACACTTGTTATTTTAGGCCT-TCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC
* * *
1230 AAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATCGTTTATGGCCTAACTATAAACA-TTTGGTGAGATTAGTCC
450 AACCCTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAACATTTTGGTGAGATTAGTCC
1294 ACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTCGGAACACTTGTTA-TTT-GGTCCTTCCGGAGG-CCATTAGTT
515 ACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTCGGAACACTTGTTATTTTAGG-CCTTCCGG-GGCCCATTAGTT
* *
1356 TCGTTTTGAATCGTCATCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTGTTTCTATTGTTTATGGCCTAAC
578 CCGTTTTGAATCGTCATCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTGTTTCCATTGTTTATGGCCTAAC
* *
1421 TATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTGAGCTCATTT-GGAACACTTGTTATT
643 TATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTGAACTCATTTGGGAACACTTGTTAAT
** * *
1485 TTAGGCCTT-T-CGGGG-CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCGATG
708 TTAGGCCTTATCCGGGGTCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
1547 CT
773 CT
*
1549 TTTCTTTTCCTATTGTTTATTGGGCGTAACTATAATACATTTTGTCTAAGATTAGTCCAC-TGTG
1 TTTCTTTTCC-ATTGTTTATTGGGC-TAACTATAAT-CATTTTG-GTAAGATTAGTCCACTTGTG
* * * *
1613 AAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTG
62 AATTTTTTAGCTCATTTGAAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT-TCGTTTTG
* *
1678 AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCGATTGTTTATGGCCTAACTATAATGA
126 AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA
*
1743 TTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTAGGCCTT
191 TTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTT
* *
1808 CCGGAGG-CCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCATCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTGTTTCT
256 CC-GAGGCCCATTAGTTTC-ATTTGAATCGTCATCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTGTTTCC
*
1872 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTGAGCTCATT
319 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
1937 TGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTG
384 TGGAACACTTGTTATTTTAGGCC-TTCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTG
2002 GCAACCCTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGG
448 GCAACCCTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGG
2037 G
Statistics
Matches: 1128, Mismatches: 103, Indels: 56
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
768 48 0.04
769 10 0.01
770 9 0.01
771 28 0.02
772 138 0.12
773 209 0.19
774 480 0.43
775 20 0.02
776 16 0.01
777 64 0.06
778 87 0.08
779 15 0.01
780 4 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (774 bp):
TTTCTTTTCCATTGTTTATTGGGCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTTGTGAATT
TTTTAGCTCATTTGAAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCGTTTTGAATCG
TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTG
GTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTCCGAG
GCCCATTAGTTTCATTTGAATCGTCATCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTGTTTCCATTGTTT
ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
CTTGTTATTTTAGGCCTTCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCT
CGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAACATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
AAGTTTTTAGCTCATTCGGAACACTTGTTATTTTAGGCCTTCCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTG
AATCGTCATCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTGTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA
TTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTGAACTCATTTGGGAACACTTGTTAATTTAGGCCT
TATCCGGGGTCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
Done.