Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011685.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11718, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1798
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Found at i:281 original size:153 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1--438 Score: 716
Period size: 153 Copynumber: 2.9 Consensus size: 154
*
1 GGGCCCGTTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
1 GGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
* * *
66 TTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTTCACTATGAAGTTTTTAGCTAATTTGGA
66 TTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
*
131 ACACTTGTTATTTTGGGAATATC-
131 ACACATGTTATTTTGGGAATATCG
* *
154 GGGCCCATTAGATCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGCCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
1 GGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
* * * *
219 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGGGAGTAGTGCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
66 TTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
**
284 ACACATGTTATTTTGGGCCTATCG
131 ACACATGTTATTTTGGGAATATCG
* **
308 GGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCTTTGCTTTTCTTTCCATTG
1 GGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
*
373 TTTATCGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
66 TTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
438 A
131 A
439 ATGCTTTTTG
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 22, Indels: 1
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
153 141 0.54
154 121 0.46
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
GGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
TTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
ACACATGTTATTTTGGGAATATCG
Found at i:497 original size:84 final size:84
Alignment explanation
Indices: 356--522 Score: 273
Period size: 84 Copynumber: 2.0 Consensus size: 84
346 CAAACCTCTT
* * *
356 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATCGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG
1 TGCTTTTCTTTCCATTGGTTATCGCCTAACTATAATCATTTTGGTGACATTAGTCCACTGTGAAG
*
421 TTTTTAGCTCATTTGGAAA
66 TTTTTAGCTAATTTGGAAA
*
440 TGCTTTT-TGTTCCATTGGTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGACATTAGTCCACTGTGAA
1 TGCTTTTCT-TTCCATTGGTTATCGCCTAACTATAATCATTTTGGTGACATTAGTCCACTGTGAA
504 GTTTTTAGCTAATTTGGAA
65 GTTTTTAGCTAATTTGGAA
523 CACTTGTTAT
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 5, Indels: 2
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
83 1 0.01
84 76 0.99
ACGTcount: A:0.23, C:0.15, G:0.18, T:0.44
Consensus pattern (84 bp):
TGCTTTTCTTTCCATTGGTTATCGCCTAACTATAATCATTTTGGTGACATTAGTCCACTGTGAAG
TTTTTAGCTAATTTGGAAA
Found at i:623 original size:238 final size:238
Alignment explanation
Indices: 200--676 Score: 814
Period size: 238 Copynumber: 2.0 Consensus size: 238
190 GCCAACCCTC
* ** *
200 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGGGAGTAGTGCACTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGGTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGACAGTAGTCCACTGTGA
*
265 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACATGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGA
66 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACATGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGA
* * *
330 ATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCTTTGCTTTTCTTTCCATTGTTTATCGCCTAACTATAATTAT
131 ATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCATTCCTTTTCTTTCCATTGTTTATCGCCTAACTATAATCAT
*
395 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
196 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGA
*
438 AATGCTTTT-TGTTCCATTGGTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGACATTAGTCCACTGTG
1 AATGCTTTTCT-TTCCATTGGTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGACAGTAGTCCACTGTG
*
502 AAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTG
65 AAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACATGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTG
*
567 AATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCATTCCTTTTCTTTCCATTGTTTA-CGGCCTAACTATAATC
130 AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCATTCCTTTTCTTTCCATTGTTTATC-GCCTAACTATAATC
631 ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGA
194 ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGA
676 A
1 A
677 CACTTGTTAT
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 12, Indels: 4
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
237 2 0.01
238 223 0.99
ACGTcount: A:0.21, C:0.18, G:0.19, T:0.42
Consensus pattern (238 bp):
AATGCTTTTCTTTCCATTGGTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGACAGTAGTCCACTGTGA
AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACATGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGA
ATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCATTCCTTTTCTTTCCATTGTTTATCGCCTAACTATAATCAT
TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGA
Found at i:722 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 438--1798 Score: 2170
Period size: 154 Copynumber: 8.8 Consensus size: 154
428 CTCATTTGGA
* *
438 AATGCTTTT-TGTTCCATTGGTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGACATTAGTCCACTGTG
1 AATGCTTTTCT-TTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
502 AAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTG
65 AAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTG
567 AATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
130 AATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
* * *
592 ATTCCTTTTCTTTCCATTGTTTACGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
**
657 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCTTATTAGTTCCGTTTTGA
66 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGA
722 ATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
131 ATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
*
746 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* * **
811 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTTTTATTTTGGGCCAATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGA
66 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGA
*
876 ATCGTATTCGATTTGGCAACCCTC
131 ATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
* *
900 AATGCATTTCTTTCCATTGTTTACGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
*
965 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAATTCCGTTTTGA
66 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGA
*
1030 ATAGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
131 ATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
* *
1054 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTACGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGCCCACTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* *
1119 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTGGGGTCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGA
66 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGA
*
1184 ATCGTCATCGATTTGGCAACCCTC
131 ATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
* * * *
1208 AATGCTTTTCTTTTCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATGTTGGTGAGATTAGTCCACTATAA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* * * **
1273 AGGTTTTAGCTAATTTGGTACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGCGCTTATTAGTTCCGTTTTGA
66 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGA
* *
1338 GTCGTCTTTGATTTGGCAACCCTC
131 ATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
* * *
1362 AATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGCCTCA-TATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCCCTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* ** * * ** **
1426 A-ATTTTAGCTCCTTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATAGGGGCCCATTACTGACGAATTGA
66 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGA
1490 ATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
131 ATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
*
1514 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGACATTAGTCCACTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* * * **
1579 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTTTTATTTTGGGCCAATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGA
66 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGA
*
1644 ATCGTATTCGATTTGGCAACCCTC
131 ATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
* *
1668 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCATAACTATAATCATTTTGGTGACATTAGTCCACTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* *
1733 AGTTTTTTTGCTAATTTGGGACACTTGTTATTTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTT
66 AG-TTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTA-TTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTT
1798 G
129 G
Statistics
Matches: 1108, Mismatches: 94, Indels: 8
0.92 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
152 101 0.09
153 62 0.06
154 889 0.80
155 24 0.02
156 32 0.03
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGA
ATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
Found at i:777 original size:392 final size:391
Alignment explanation
Indices: 47--830 Score: 1327
Period size: 392 Copynumber: 2.0 Consensus size: 391
37 GGCAACCCTC
* * * *
47 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTTCACTATGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGGTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGACATTAGTCCACTATGA
112 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGAATATCGGGCCCATTAGATCCGTTTTGAA
66 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGAATATCGGGCCCATTAGATCCGTTTTGAA
* *
177 TCGTCTTCGATTTGCCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATT
131 TCGTCTTCGATTTGCCAACCCTCAATCCTTTTCTTTCCATTGTTTACGGCCTAACTATAATCATT
* * *
242 TTGGTGGGAGTAGTGCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACATGTTATTTTGGGCCTATC
196 TTGGTGAGAGTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACATGTTATTTTGGGCCTATC
**
307 GGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCTTTGCTTTTCTTTCCATT
261 GGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATT
*
372 GTTTATCGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
326 GTTTATCGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGG
437 A
391 A
*
438 AATGCTTTT-TGTTCCATTGGTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGACATTAGTCCACTGTG
1 AATGCTTTTCT-TTCCATTGGTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGACATTAGTCCACTATG
** *
502 AAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTG
65 AAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGAATATC-GGGCCCATTAGATCCGTTTTG
* *
567 AATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCATTCCTTTTCTTTCCATTGTTTACGGCCTAACTATAATCA
129 AATCGTCTTCGATTTGCCAACCCTCAATCCTTTTCTTTCCATTGTTTACGGCCTAACTATAATCA
* *
632 TTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTA
194 TTTTGGTGAGAGTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACATGTTATTTTGGGCCTA
** *
697 TCGGGGCTTATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCA
259 TCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCA
*
762 TTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTT
324 TTGTTTATCGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTT
827 GGA
389 GGA
830 A
1 A
831 CACTTTTTAT
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 24, Indels: 3
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
390 1 0.00
391 98 0.27
392 268 0.73
ACGTcount: A:0.21, C:0.18, G:0.19, T:0.42
Consensus pattern (391 bp):
AATGCTTTTCTTTCCATTGGTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGACATTAGTCCACTATGA
AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGAATATCGGGCCCATTAGATCCGTTTTGAA
TCGTCTTCGATTTGCCAACCCTCAATCCTTTTCTTTCCATTGTTTACGGCCTAACTATAATCATT
TTGGTGAGAGTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACATGTTATTTTGGGCCTATC
GGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATT
GTTTATCGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGG
A
Done.