Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011708.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11741, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 988
Length: 1648
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Found at i:285 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1--1648 Score: 2419
Period size: 154 Copynumber: 10.7 Consensus size: 154
* *
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCAT-TAGTTCCGTTTTGAATCGTCATCAATTTGGCAAA
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATAT-GTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAA
* * *
65 CCTCAATGCTTTTCTTTCCTTTGTTTATAGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
65 CCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
130 GTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
130 GTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
*
155 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATATGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATATGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
* * *
220 CACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTATCAATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCGACTG
66 CACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
*
285 TGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
131 TGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
* *
309 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCCT-TAGTTCCGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAA
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATAT-GTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAA
* * *
373 CCTA-AATGCATTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAAATATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCAC
65 CC-ACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCAC
*
437 TGTGAAGTTATTAACTCATTTGGAAC
129 TGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
463 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCAT-TAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAA
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATAT-GTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAA
*
527 CGACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
65 CCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
*
592 ATGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
130 GTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
* * * *
617 ACTTGTTATTTTGGGCCTATTGGGGCCCATA-GGTCCGTTTT-AATCATCTTCGATTTGGCAATC
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATATGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
* * * *
680 CTCGAA-GCTTTTCTTT-AAGTTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGATTAGTACAC
66 CAC-AATGCTTTTCTTTCCA-TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCAC
*
743 TGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
129 TGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
*
769 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCAT-TAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGACTTGGCAAA
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATAT-GTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAA
*
833 CGACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
65 CCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
*
898 ATGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
130 GTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
* * * * * *
923 ACTTGTTCTTTTGGGCCTATTGGGGCCCATA-GGTCCGTTTTTAATCATCTTCGATTTGGCAATC
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATATGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
* * *
987 CTCGAA-GCTTTTCTTT-AAGTTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTACAC
66 CAC-AATGCTTTTCTTTCCA-TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCAC
* *
1050 TGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAAC
129 TGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
* *
1076 ACTTATTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATAAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATATGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
* * *
1141 GACAATGCTTCTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
66 CACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
*
1206 TGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAT
131 TGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
* * * * ** * *
1230 ACTTCTTATTTTGGGCTTACCGAGGCCCATAAATTCCGTTTTCAATCGTCTTCGACTTGGCAAAC
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATATGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
* * *
1295 GACAATGCTTTTCCTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTA
66 CACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
1360 TGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
131 TGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
** * * * * *
1384 ACTTGTTATTTTGGGCCTATTAGGGCCCTTA-GGTCCGTTTTTAATCATCTTCGATTTGGCAATC
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATATGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
* * * *
1448 CTCGAA-GCTTTTCTTT-AAGTTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGATTAGTACAC
66 CAC-AATGCTTTTCTTTCCA-TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCAC
* *
1511 TGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAAC
129 TGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
*
1537 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCAT-TAGTTCCGTTTTGAATCGTCATCGATTTGGCAAA
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATAT-GTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAA
*
1601 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
65 CCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
Statistics
Matches: 1347, Mismatches: 123, Indels: 48
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
151 1 0.00
152 128 0.10
153 290 0.22
154 922 0.68
155 6 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATATGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
CACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
TGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
Found at i:1129 original size:307 final size:306
Alignment explanation
Indices: 1--1648 Score: 2500
Period size: 307 Copynumber: 5.4 Consensus size: 306
* *
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCATCAATTTGGCAAAC
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCA-TAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
* *
66 CTCAATGCTTTTCTTTCCTTTGTTTATAGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
65 CTCAATGCTTTTCTTT-CATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
*
131 TGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCA-TATGTTCCGTT
129 TGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTA-GTTCCGTT
* * *
195 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTATCAATAA
193 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACGACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAA
* *
260 TCATTTTGGTGAGATTAGTCGACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
258 TCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
* *
309 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCCTTAGTTCCGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAAC
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG-CCCATAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
* * * *
374 CTAAATGCATTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAAATATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
65 CTCAATGCTTTTCTTT-CATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
*
439 TGAAGTTATTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTT
129 TGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTT
504 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACGACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
194 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACGACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
*
569 CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
259 CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
* * * *
617 ACTTGTTATTTTGGGCCTATTGGGGCCCATAGGTCCGTTTT-AATCATCTTCGATTTGGCAATCC
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
* * *
681 TCGAA-GCTTTTCTTTAAGTTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGATTAGTACACTG
66 TC-AATGCTTTTCTTTCA-TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
*
745 TGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTT
129 TGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTT
*
810 TGAATCGTCTTCGACTTGGCAAACGACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
194 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACGACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
*
875 CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
259 CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
* * * * * *
923 ACTTGTTCTTTTGGGCCTATTGGGGCCCATAGGTCCGTTTTTAATCATCTTCGATTTGGCAATCC
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
* *
988 TCGAA-GCTTTTCTTTAAGTTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTACACTG
66 TC-AATGCTTTTCTTTCA-TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
* * * *
1052 TGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTATTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATAAGTTCCGTTT
129 TGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTT
* *
1117 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACGACAATGCTTCTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
194 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACGACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
*
1182 CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAT
259 CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
* * * * * * *
1230 ACTTCTTATTTTGGGCTTACCGAGGCCCATAAATTCCGTTTTCAATCGTCTTCGACTTGGCAAAC
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCAT-AGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
** * *
1295 GACAATGCTTTTCCTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTA
65 CTCAATGCTTTT-CTTTCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
** *
1360 TGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATTAGGGCCC-TTAGGTCCGTTT
129 TGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTT
* * * ** *
1424 TTAATCATCTTCGATTTGGCAATCCTCGAA-GCTTTTCTTT-AAGTTGTTTATGGCCTAACTATA
194 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACGAC-AATGCTTTTCTTTCCA-TTGTTTATGGCCTAACTATA
* * * *
1487 ATCATTTTGGTTAGATTAGTACACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAAC
257 ATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
*
1537 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCATCGATTTGGCAAAC
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCA-TAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
1602 CTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
65 CTCAATGCTTTTCTTT-CATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
Statistics
Matches: 1237, Mismatches: 91, Indels: 25
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
305 1 0.00
306 292 0.24
307 499 0.40
308 436 0.35
309 9 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (306 bp):
ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
TCAATGCTTTTCTTTCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
AAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTG
AATCGTCTTCGATTTGGCAAACGACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA
TTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
Found at i:1286 original size:461 final size:462
Alignment explanation
Indices: 1--1648 Score: 2560
Period size: 461 Copynumber: 3.6 Consensus size: 462
* * * *
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCATCAATTTGGCAAAC
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGGTCCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAAC
*** * *
66 CTCAATGCTTTTCTTTCCTTTGTTTATAGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
66 CTCAATGCTTTTCTTTAAGTTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTACACTG
* * *
131 TGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATATGTTCCGTTT
131 TGAAGTTTTTAACTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATAAGTTCCGTTT
* * *
196 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTATCAATAAT
196 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
*
261 CATTTTGGTGAGATTAGTCGACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCC
261 CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCC
* * * * *
326 TATCGGGGCCCCTTAGTTCCGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTA-AATGCATTTCTTT
326 TATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGACTTGGCAAA-CGACAATGCTTTTCTTT
* * * *
390 CCATTGTTTATGGCCTAAATATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTATTAACTCA
390 CCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAACTCA
455 TTTGGAAC
455 TTTGGAAC
* *
463 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGGTCCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAAC
** * *
528 GACAATGCTTTTCTTTCCA-TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
66 CTCAATGCTTTTCTTT-AAGTTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTACACT
* * * *
592 ATGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATTGGGGCCCAT-AGGTCCGTT
130 GTGAAGTTTTTAACTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATAAGTTCCGTT
* * *
656 TT-AATCATCTTCGATTTGGCAATCCTCGAA-GCTTTTCTTT-AAGTTGTTTATGGCCTAACTAT
195 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCAC-AATGCTTTTCTTTCAA-TTGTTTATGGCCTAACTAT
* *
718 AATCATTTTGGTTAGATTAGTACACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGG
258 AATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGG
783 GCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGACTTGGCAAACGACAATGCTTTTCT
323 GCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGACTTGGCAAACGACAATGCTTTTCT
848 TTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAACT
388 TTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAACT
913 CATTTGGAAC
453 CATTTGGAAC
* * * *
923 ACTTGTTCTTTTGGGCCTATTGGGGCCCA-TAGGTCCGTTTTTAATCATCTTCGATTTGGCAATC
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGGTCCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAAC
987 CTCGAA-GCTTTTCTTTAAGTTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTACACT
66 CTC-AATGCTTTTCTTTAAGTTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTACACT
* *
1051 GTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTATTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATAAGTTCCGTT
130 GTGAAGTTTTTAACTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATAAGTTCCGTT
* *
1116 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACGACAATGCTTCTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAA
195 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAA
* * *
1181 TCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAATACTTCTTATTTTGGGC
260 TCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGC
* * * * * * *
1246 TTACCGAGGCCCATAAATTCCGTTTTCAATCGTCTTCGACTTGGCAAACGACAATGCTTTTCCTT
325 CTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGACTTGGCAAACGACAATGCTTTTCTTT
1311 CCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAACTCA
390 CCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAACTCA
1376 TTTGGAAC
455 TTTGGAAC
** * *
1384 ACTTGTTATTTTGGGCCTATTAGGGCCC-TTAGGTCCGTTTTTAATCATCTTCGATTTGGCAATC
1 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGGTCCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAAC
*
1448 CTCGAA-GCTTTTCTTTAAGTTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGATTAGTACACT
66 CTC-AATGCTTTTCTTTAAGTTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTACACT
* *
1512 GTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
130 GTGAAGTTTTTAACTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATAAGTTCCGTT
* * *
1577 TTGAATCGTCATCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAA
195 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAA
1642 TCATTTT
260 TCATTTT
Statistics
Matches: 1103, Mismatches: 72, Indels: 23
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
458 1 0.00
459 139 0.13
460 280 0.25
461 507 0.46
462 175 0.16
463 1 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (462 bp):
ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGGTCCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAAC
CTCAATGCTTTTCTTTAAGTTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTACACTG
TGAAGTTTTTAACTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATAAGTTCCGTTT
TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCC
TATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGACTTGGCAAACGACAATGCTTTTCTTTC
CATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAACTCAT
TTGGAAC
Done.