Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011716.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11749, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1765
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.16, T:0.33
Found at i:670 original size:330 final size:330
Alignment explanation
Indices: 19--1765 Score: 2810
Period size: 330 Copynumber: 5.3 Consensus size: 330
9 AAAACCGTGA
*
19 TAAAATTTTG-AAAAATTGACCTGAATG-TTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTTATAAAAAT
1 TAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTTATAAAAAT
82 TATATAATTCAATGCC-AAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCA-TTTTTAATA-TT
66 TATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTTAATATTT
*
144 TTTAGAATTAGTTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAAT
131 TTTAGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAAT
209 CCAATGTGGATGGGATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAACA
196 CCAATGTGGATGGGATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAACA
* * * * *
274 TGCGAAACTGAGTCGGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAACAAAAAATCGTGAT-GTAACGTATACGA
261 TGCGAAACTGAGTC-GGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA-GTACACGA
338 TTTCGGC
324 TTTCGGC
* *
345 TAAAA-TTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTCTGGCCAAATACTTATAAAAAT
1 TAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTTATAAAAAT
* *
409 TATATAATTAAATGCCAAAAAGATTGGAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTTAATATTT
66 TATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTTAATATTT
* * *
474 TTTAAAATTAATTTCTATCTAAATCGAAACAAAATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAAT
131 TTTAGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAAT
* * * *
539 CCAATGTGGATGAGATTTGGCTGGATGAATATACATATTTCAAGAAGTCTGGGCAACAAAAAACA
196 CCAATGTGGATGGGATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAACA
** * * ** *
604 TGCGAAACTGAGTCAGGGTCCCAAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATATTTAGTAGACGAT
261 TGCGAAACTGAGTC-GGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGAT
669 TTCGGC
325 TTCGGC
*
675 TAAAATTTTGAAAAAATAGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTTATAAAAAT
1 TAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTTATAAAAAT
* *
740 TATATAATTCACTGCGAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTTTAATATT
66 TATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCA-TTTTTTAATATT
*
805 TTTTAGAGTTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAA
130 TTTTAGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAA
* * * *
870 TCCATTGTGGATGGGATTTGGCAGGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAGAAC
195 TCCAATGTGGATGGGATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAAC
*
935 ATGCGAAACTGAGTCGAGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA
260 ATGCGAAACTGAGTCG-GGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA
1000 TTTCGGC
324 TTTCGGC
* * *
1007 TAAAATTTTGAAAAAATTGTCCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTCTGGCCAAATACTTATAAAAAT
1 TAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTTATAAAAAT
* *
1072 TATATAATTAAATGCCAAAAAGATTGAAGTGTTTTCCACGCTTCTAATATCA-TTTTTAATATTT
66 TATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTTAATATTT
*
1136 TTTAGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGGTACTCGTAAAATCAAATACTTGAAT
131 TTTAGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAAT
* * *
1201 CCAATGTGGATGGGATTTGACTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGACGACAAAGAACA
196 CCAATGTGGATGGGATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAACA
*
1266 TGCGAAACTGAGTCGGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGACGGTTAGT--AC-A-
261 TGCGAAACTGAGTC-GGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGAT
1327 --C-G-
325 TTCGGC
1329 TAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATA--TATAAAAAT
1 TAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTTATAAAAAT
1392 TATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTTAATATTT
66 TATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTTAATATTT
* * *
1457 TTTAAAATTAATATCTATTTAAATCGAAACAAGAGTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAAT
131 TTTAGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAAT
* * *
1522 CCAATGTGGATGAGATTTGGCTGGATGAATATACATATTTCAACGAGTCTGGGCGACAAAAAACA
196 CCAATGTGGATGGGATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAACA
* * *
1587 TGCGAAACTGAGTCGGGATCCCAGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGAT
261 TGCGAAACTGAGTCGGG-TCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGAT
1652 TTCGGC
325 TTCGGC
1658 TAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTTATAAAAAT
1 TAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTTATAAAAAT
* *
1723 TATATAATTCAATGCCATAAAGATTAAAGTGCTTTCCACGCTT
66 TATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTT
Statistics
Matches: 1310, Mismatches: 89, Indels: 39
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
320 62 0.05
321 182 0.14
322 51 0.04
323 3 0.00
324 2 0.00
325 4 0.00
326 21 0.02
327 51 0.04
328 37 0.03
329 63 0.05
330 375 0.29
331 158 0.12
332 301 0.23
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
TAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTTATAAAAAT
TATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTTAATATTT
TTTAGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAAT
CCAATGTGGATGGGATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAACA
TGCGAAACTGAGTCGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
TCGGC
Found at i:1459 original size:662 final size:660
Alignment explanation
Indices: 19--1765 Score: 2754
Period size: 662 Copynumber: 2.7 Consensus size: 660
9 AAAACCGTGA
*
19 TAAAATTTTG-AAAAATTGACCTGAATG-TTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTTATAAAAAT
1 TAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATAC-TATAAAAAT
82 TATATAATTCAATGCC-AAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTAATA-TTT
65 TATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTAATATTTT
145 TTAGAATT-AG----TTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTT
130 TTA-AATTAAGTTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTT
205 GAATCCAATGTGGATGGGATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAA
194 GAATCCAATGTGGATGGGATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAA
* * * * * *
270 AACATGCGAAACTGAGTCGGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAACAAAAAATCGTGAT-GTAACGTAT
259 AACATGCGAAACTGAGTC-GGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA-GTAC
334 ACGATTTCGGCTAAAA-TTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTCTGGCCAAATA
322 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTCTGGCCAAATA
*
398 CTTATAAAAATTATATAATTAAATGCCAAAAAGATTGGAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATT
387 CTTATAAAAATTATATAATTAAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATT
463 TTTTAATATTTTTTAAAATTAATTTCTATCTAAATCGAAACAAAATTCAGATACTCGTAAAATCA
452 TTTTAATATTTTTTAAAATTAATTTCTATCTAAATCGAAACAAAATTCAGATACTCGTAAAATCA
* *
528 AATACTTGAATCCAATGTGGATGAGATTTGGCTGGATGAATATACATATTTCAAGAAGTCTGGGC
517 AATACTTGAATCCAATGTGGATGAGATTTGACTGGATGAATATACATATTTCAAGAAGTCTGGAC
* * *
593 AACAAAAAACATGCGAAACTGAGTCAGGGTCCCAAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATATT
582 AACAAAAAACATGCGAAACTGAGTCAGGGTCCCAAAATGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGACAGT
658 TAGTAGACGATTTCGGC
647 TAGTA-ACGA--TCGGC
*
675 TAAAATTTTGAAAAAATAGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTTATAAAAAT
1 TAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATAC-TATAAAAAT
* *
740 TATATAATTCACTGCGAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTTTAATATT
65 TATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCA--TTTTTAATATT
*
805 TTTT--A--GAGTTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACT
128 TTTTAAATTAAGTTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACT
* * *
866 TGAATCCATTGTGGATGGGATTTGGCAGGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAA
193 TGAATCCAATGTGGATGGGATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAA
*
931 GAACATGCGAAACTGAGTCGAGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
258 AAACATGCGAAACTGAGTCG-GGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
*
996 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGTCCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTCTGGCCAAATA
322 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTCTGGCCAAATA
*
1061 CTTATAAAAATTATATAATTAAATGCCAAAAAGATTGAAGTGTTTTCCACGCTTCTAATATCA-T
387 CTTATAAAAATTATATAATTAAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATT
* * * *
1125 TTTTAATATTTTTTAGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGGTACTCGTAAAATCA
452 TTTTAATATTTTTTAAAATTAATTTCTATCTAAATCGAAACAAAATTCAGATACTCGTAAAATCA
* * *
1190 AATACTTGAATCCAATGTGGATGGGATTTGACTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGAC
517 AATACTTGAATCCAATGTGGATGAGATTTGACTGGATGAATATACATATTTCAAGAAGTCTGGAC
* * * ** * *
1255 GACAAAGAACATGCGAAACTGAGTCGGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGACGGT
582 AACAAAAAACATGCGAAACTGAGTCAGGGTCCCAAAATGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGACAGT
1320 TAGT-AC-A-C-G-
647 TAGTAACGATCGGC
1329 TAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATA-TATAAAAATT
1 TAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTATAAAAATT
1393 ATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTTAATATTTT
66 ATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCA-TTTTTAATATTTT
* *
1458 TT-AA--AA-TTAATATCTATTTAAATCGAAACAAGAGTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTG
130 TTAAATTAAGTTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTG
* * *
1519 AATCCAATGTGGATGAGATTTGGCTGGATGAATATACATATTTCAACGAGTCTGGGCGACAAAAA
195 AATCCAATGTGGATGGGATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAA
* *
1584 ACATGCGAAACTGAGTCGGGATCCCAGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
260 ACATGCGAAACTGAGTCGGG-TCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
* *
1649 GATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACT
324 GATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTCTGGCCAAATACT
* * *
1714 TATAAAAATTATATAATTCAATGCCATAAAGATTAAAGTGCTTTCCACGCTT
389 TATAAAAATTATATAATTAAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTT
Statistics
Matches: 1017, Mismatches: 58, Indels: 37
0.91 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
650 2 0.00
651 297 0.29
652 61 0.06
654 53 0.05
655 1 0.00
656 11 0.01
657 15 0.01
658 52 0.05
659 37 0.04
660 2 0.00
661 10 0.01
662 365 0.36
663 111 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (660 bp):
TAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTATAAAAATT
ATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTAATATTTTT
TAAATTAAGTTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGA
ATCCAATGTGGATGGGATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAA
CATGCGAAACTGAGTCGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA
TTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTCTGGCCAAATACTTA
TAAAAATTATATAATTAAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTT
AATATTTTTTAAAATTAATTTCTATCTAAATCGAAACAAAATTCAGATACTCGTAAAATCAAATA
CTTGAATCCAATGTGGATGAGATTTGACTGGATGAATATACATATTTCAAGAAGTCTGGACAACA
AAAAACATGCGAAACTGAGTCAGGGTCCCAAAATGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGACAGTTAGT
AACGATCGGC
Done.