Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011717.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11750, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1972
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.18, T:0.41
Found at i:531 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 242--1959 Score: 2492
Period size: 154 Copynumber: 11.2 Consensus size: 154
232 GTTATTTTGT
* * * *
242 GCCCATCAGTGACGTTTTAAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATTCCTTTTCTTTCCATTGT
1 GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAA-TGCTTTTCTTTCCATTGT
*
307 TTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCTACTGTGAA-TTTTTAGCTCATTTGGAA
65 TTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
371 CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
130 CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
* * *
396 GACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
1 GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
461 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
66 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
* *
526 TCTTGTTATTTTGGGCCTATAGGG
131 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
* ** * *
550 GCCCATTACTGACGAATTGAATCGTATTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCATTCCATTGTT
1 GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* *
615 TATGGCCTAACTATAAAT-ATTTTGGTGAGATTTGTCCGCTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
66 TATGGCCTAACTAT-AATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
* *
679 CACTTTTTATTTTGGGCCAATCGGG
130 CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
* * *
704 GCCCATTAGTGACATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAACCCTCAATGGTTTTCTTTCCATTGTT
1 GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* * *
769 TATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAAC
66 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
* * *
834 TCTTGTTATTTTCGGCCTATCGGA
131 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
** * * * **
858 GCCCATTAGTTCCCTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACTCTCAATGCTTCTCGATCCATTGTT
1 GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* * *
923 TATGGCCTTACTATAATAATTTAGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
66 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
*
988 ACCTTGTTATTTTGGGCTTATCGGG
131 A-CTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
**
1013 GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
1 GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
*
1078 TATGGCTTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
66 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
* **
1143 ACTAGTTATTATACGGCCTAT-GCGG
131 ACTTGTTATT-TTGGGCCTATCG-GG
* * *
1168 GCCCA-T--T-A-G--TT---CCG--TT-AATTTGGCAACCCGCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
1 GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* *
1220 TATTGGCCTAACTATAATAATTTTGGTAAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
66 TA-TGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
*
1285 CACTTGTTATTTTGGACCTATC---
130 CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
* *
1307 -CCCATTAGTGACGTTTTAAATCGTCTTCGATTTAGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
1 GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* * *
1371 TATGGCCTACCTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTATCACATTTGGAAC
66 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
1436 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
131 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
*
1460 GCCCATTAGT-TCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGT
1 GCCCATTAGTGAC-GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGT
1524 TTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
65 TTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
1589 CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
130 CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
* ** * *
1614 ACCCATTAGTTCCGTTTAGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTGTTTCCATTGTT
1 GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* *
1679 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCATATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
66 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
*
1744 ACTTGTTATTTT-GGCCTATCGAG
131 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
** *
1767 GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCG-TTTGGTCTAAACCTCTAATTGCTTTTCTTTCCAT
1 GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-C-AACCCTC-AA-TGCTTTTCTTTCCAT
* *
1831 TGTTTATGGCCTAACTAGTAATCATTTCGGTGAGATTAGTCCCACTGTGAAGTTTTTTGCTCATT
62 TGTTTATGGCCTAACTA-TAATCATTTTGGTGAGATTAGT-CCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
* *
1896 TGGAACACTAGTTATTATGGGCCTATCGGG
125 TGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
**
1926 GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTT
1 GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTT
1960 CTTTCATTTG
Statistics
Matches: 1416, Mismatches: 113, Indels: 64
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
138 4 0.00
139 1 0.00
141 1 0.00
142 44 0.03
143 72 0.05
145 4 0.00
148 4 0.00
150 81 0.06
151 35 0.02
152 6 0.00
153 105 0.07
154 765 0.54
155 162 0.11
156 31 0.02
157 19 0.01
158 39 0.03
159 40 0.03
160 3 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
Found at i:740 original size:308 final size:306
Alignment explanation
Indices: 3--1959 Score: 2775
Period size: 308 Copynumber: 6.4 Consensus size: 306
1 CA
*
3 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATCTTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
1 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
* * ** *
68 TGGAACACTTGTTATTTTGTGCCCATCAAGGCCCATTAGTGACGTTTTAAATCGTCTTCGATTTG
66 TGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTG
* * ** * *
133 GTAAACCTCAATATTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAATTATAATCATTTCGGTGAGATTAGT
131 GCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGT
* *
198 CCACTGTGAAATTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT-G----T----GCCCATCAGTGA
196 CCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGCCTATCGGGGCCCATTAGT-A
* * *
254 CGTTTTAAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATTCCTTTTCTTTCC
260 CGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAA-TGCTTTTCTTTCC
*
302 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCTACTGTGAA-TTTTTAGCTCATT
1 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
* *
366 TGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATTTG
66 TGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTG
*
431 GCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGT
131 GCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGT
* * *
496 CCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACTCTTGTTATTTTGGGCCTATAGGGGCCCATTACTG
196 CCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT-GGCCTATCGGGGCCCATTAGT-
** * *
561 ACGAATTGAATCGTATTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCATTCC
259 ACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCC
* *
609 ATTGTTTATGGCCTAACTATAAAT-ATTTTGGTGAGATTTGTCCGCTGTGAAGTTTTTAGCTCAT
1 ATTGTTTATGGCCTAACTAT-AATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCAT
* * * *
673 TTGGAACACTTTTTATTTTGGGCCAATCGGGGCCCATTAGTGACATTTTGAATCGTATTCGATTT
65 TTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTT
* *
738 GGCAACCCTCAATGGTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAG
130 GGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* * * *
803 TCCACTATGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACTCTTGTTATTTTCGGCCTATCGGAGCCCATTAGT
195 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT-GGCCTATCGGGGCCCATTAG-
* * * * **
868 TCCCTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACTCTCAATGCTTCTCGATCC
258 TACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCC
* * *
917 ATTGTTTATGGCCTTACTATAATAATTTAGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
1 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
* **
982 TGGAACACCTTGTTATTTTGGGCTTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTT
66 TGGAACA-CTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTT
*
1047 GGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCTTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
130 GGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* *
1112 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTAGTTATTATACGGCCTAT-GCGGGCCCA-T-
195 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT-T-TGGCCTATCG-GGGCCCATTA
* * *
1174 -TA-G--TT---CCG--TT-AATTTGGCAACCCGCAATGCTTTTCTTTCC
257 GTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCC
* *
1214 ATTGTTTATTGGCCTAACTATAATAATTTTGGTAAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCAT
1 ATTGTTTA-TGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCAT
* *
1279 TTGGAACACTTGTTATTTTGGACCTATC----CCCATTAGTGACGTTTTAAATCGTCTTCGATTT
65 TTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTT
* *
1340 AGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTACCTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
130 GGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAG
* *
1405 TCCACTGTGAAGTTTTTATCACATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
195 TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT-GGCCTATCGGGGCCCATTAGT
*
1470 TCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCC
259 AC-GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCC
1519 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
1 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
* ** *
1584 TGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGACCCATTAGTTCCGTTTAGAATCGTCTTCGATTTG
66 TGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTG
* * *
1649 GCAACCCTCAATGCTTTTGTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCATATTAGT
131 GCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGT
* *
1714 CCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTC
196 CCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGCCTATCGGGGCCCATTAG-TA
*
1779 CGTTTTGAATCGTCTTCG-TTTGGTCTAAACCTCTAATTGCTTTTCTTTCC
260 CGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-C-AACCCTC-AA-TGCTTTTCTTTCC
* *
1829 ATTGTTTATGGCCTAACTAGTAATCATTTCGGTGAGATTAGTCCCACTGTGAAGTTTTTTGCTCA
1 ATTGTTTATGGCCTAACTA-TAATCATTTTGGTGAGATTAGT-CCACTGTGAAGTTTTTAGCTCA
* * **
1894 TTTGGAACACTAGTTATTATGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATT
64 TTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATT
1959 T
129 T
1960 CTTTCATTTG
Statistics
Matches: 1490, Mismatches: 123, Indels: 77
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
292 15 0.01
293 132 0.09
295 1 0.00
297 51 0.03
298 234 0.16
299 51 0.03
300 3 0.00
302 2 0.00
303 2 0.00
304 84 0.06
305 36 0.02
306 6 0.00
307 95 0.06
308 474 0.32
309 154 0.10
310 46 0.03
311 21 0.01
312 83 0.06
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (306 bp):
ATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
TGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTG
GCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGT
CCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGCCTATCGGGGCCCATTAGTAC
GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCC
Done.