Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011723.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11756, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 831
Length: 1386
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Found at i:420 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1--1385 Score: 2261
Period size: 154 Copynumber: 9.0 Consensus size: 154
* * * * *
1 AGCTAATTTGAAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGTCCATTAGTTCCATTTTGAATCGTCT
1 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* * *
66 TCGATTTGGCAACCCCCAATGCTTTTCTTTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
66 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * *
131 AGGTTAATCCACAGTGAAGTTTTT
131 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
* * *
155 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCATATCGAGG-ACATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
1 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* * * *
219 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGACCTAACCATAATCATTTTGGTA
66 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* *
284 ACATTAGTCCACTTTGAAGTTTTT
131 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
*
308 AGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
1 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* * *
373 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTTGTC
66 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
*
438 ATATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
131 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
462 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
1 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
*
527 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGTCTAACTATAAATCATTTTGGT
66 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGCCTAACTAT-AATCATTTTGGT
*
592 GAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTT
130 GAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
** *
617 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACATTTTGAATCGTCT
1 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* * * * * *
682 TCGATTTCGCAACCATCAATGCTTTTCCTTCCATTGTTCATGGCTTAACTATAATCATATTGGTG
66 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
747 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
131 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
771 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
1 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
*
836 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGTCTAACTATAAATCATTTTGGT
66 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGCCTAACTAT-AATCATTTTGGT
*
901 GAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTT
130 GAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
**
926 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
1 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* *
991 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTG
66 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
*
1056 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTCT
131 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
* * ***
1080 ATCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGAATATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
1 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
1145 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
66 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
1210 AGATTAGTCCACTGTGAAG-TTTT
131 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
* *
1233 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGACTATCGGGTCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
1 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* * *
1298 TCGATTTGACAATCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATAGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
66 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
1363 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
131 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
1386 A
Statistics
Matches: 1146, Mismatches: 81, Indels: 8
0.93 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
153 280 0.24
154 577 0.50
155 289 0.25
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
Found at i:703 original size:309 final size:308
Alignment explanation
Indices: 1--1385 Score: 2281
Period size: 309 Copynumber: 4.5 Consensus size: 308
* * * * *
1 AGCTAATTTGAAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGTCCATTAGTTCCATTTTGAATCGTCT
1 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* *
66 TCGATTTGGCAACCCCCAATGCTTTTCTTTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
66 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * * *
131 AGGTTAATCCACAGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCATATCGAGG-A
131 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCA
*
195 CATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT
196 CATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTAT
* * * *
260 GACCTAACCATAATCATTTTGGTAACATTAGTCCACTT-TGAAGTTTTT
261 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA-TTGTGAAGTTTTT
*
308 AGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
1 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* *
373 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTTGTC
66 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * *
438 ATATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCC
131 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCA
503 CATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTAT
196 CATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTAT
*
568 GGTCTAACTATAAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTT
261 GGCCTAACTAT-AATCATTTTGGTGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTT
** *
617 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACATTTTGAATCGTCT
1 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* * * * * *
682 TCGATTTCGCAACCATCAATGCTTTTCCTTCCATTGTTCATGGCTTAACTATAATCATATTGGTG
66 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* *
747 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCC
131 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCA
812 CATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTAT
196 CATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTAT
*
877 GGTCTAACTATAAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTT
261 GGCCTAACTAT-AATCATTTTGGTGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTT
**
926 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
1 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
*
991 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTG
66 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * *
1056 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTCTATCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGAA
131 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCA
*
1121 TATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTAT
196 CATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTAT
*
1186 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG-TTTT
261 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTT
* *
1233 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGACTATCGGGTCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
1 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* * * *
1298 TCGATTTGACAATCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATAGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
66 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
1363 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
131 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
1386 A
Statistics
Matches: 1013, Mismatches: 62, Indels: 6
0.94 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
307 324 0.32
308 105 0.10
309 584 0.58
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (308 bp):
AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCA
CATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTAT
GGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTT
Found at i:875 original size:463 final size:461
Alignment explanation
Indices: 1--1385 Score: 2286
Period size: 463 Copynumber: 3.0 Consensus size: 461
* * * * *
1 AGCTAATTTGAAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGTCCATTAGTTCCATTTTGAATCGTCT
1 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* *
66 TCGATTTGGCAACCCCCAATGCTTTTCTTTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
66 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * * *
131 AGGTTAATCCACAGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCATATCGAGGAC
131 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGAC
*
196 ATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG
196 ATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCCTTCCATTGTTTATG
* * * * * *
261 ACCTAACCATAATCATTTTGGTAACATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTT
261 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTT
326 GTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCA
326 GTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCA
* * * *
391 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTTGTCATATTAGTCCACTGTGAA
391 ATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
456 GTTTTT
456 GTTTTT
462 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
1 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* *
527 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGTCTAACTATAAATCATTTTGGT
66 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTAT-AATCATTTTGGT
* *
592 GAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGC
130 GAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGG-
* ** * * * *
657 CCATTAGTGACATTTTGAATCGTCTTCGATTTCGCAACCATCAATGCTTTTCCTTCCATTGTTCA
194 ACATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCCTTCCATTGTTTA
* *
722 TGGCTTAACTATAATCATATTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACAC
259 TGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACAC
787 TTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCT
324 TTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCT
* *
852 CAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGTCTAACTATAAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCATTGT
389 CAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGCCTAACTAT-AATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
917 GAAGTTTTT
453 GAAGTTTTT
**
926 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
1 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
*
991 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTG
66 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* *
1056 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTCTATCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGAA
131 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGG-A
* *
1121 TATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTAT
195 CATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCCTTCCATTGTTTAT
1186 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG-TTTTAGCTCATTTGGAACACT
260 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACT
* * * *
1250 TGTTATTTTGGGACTATCGGGTCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAATCCTC
325 TGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
*
1315 AATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATAGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
390 AATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
1380 AGTTTT
455 AGTTTT
1386 A
Statistics
Matches: 856, Mismatches: 65, Indels: 6
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
461 143 0.17
462 185 0.22
463 382 0.45
464 146 0.17
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (461 bp):
AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGAC
ATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCCTTCCATTGTTTATG
GCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTT
GTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCA
ATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
GTTTTT
Done.