Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011764.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11797, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2409
ACGTcount: A:0.20, C:0.19, G:0.18, T:0.43
Found at i:438 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1--2409 Score: 3636
Period size: 154 Copynumber: 15.8 Consensus size: 154
* * * *
1 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT-GGTGCCAATTAGTTTTGTTTTGAATT
1 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATC
* *
65 GTCTTCGATTTGGCAACCCTCAGTGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTT
66 GTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
130 GGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
131 GGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
* *
154 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTA-----AGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATC
1 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATC
214 GTCTTCGATTT-GCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
66 GTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
*
278 GGTGAGATTAGTCAACTGTGAAGT
131 GGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
*
302 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATC
1 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATC
* *
367 GTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTATATGCCCTAACTATAATCATTTT
66 GTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
*
432 GGTGAGATTAATCCACTGTGAAGT
131 GGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
* * **
456 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTTTTATTTTGGGCCTATTC-GGGCTCATTAGTGACGTTTTGAAT
1 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTA-TCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAAT
520 CGTCTTCGATTT-GCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTT
65 CGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTT
584 TGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
130 TGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
* * *
609 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTG-TATTTTGGGCCTATCGGGGCCAATTAGTTTTGTTTTGAATT
1 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATC
* *
673 GTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTATTTATGCCCTAACTATAATCATTTT
66 GTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
738 GGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
131 GGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
* *
762 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTA---T--GCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATT
1 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATC
* * * *
822 GTCTTCAATTTTGGCAAGCCTCAATGCTTTTGTTTCCATTGTTTATGGCCTACCTATAATCATTT
66 GTCTTCGA-TTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTT
* * *
887 TGTTTAGATTAGTCCACTTTGAAG-
130 TGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
* * *
911 TTTTAGCTCATTTGGAACACCTGTTATTTTAGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCG-TTTGAATC
1 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATC
975 GTCTTCGATTT-GCAA-CCTCAATGCTTTTC-TTCCATTG-TTATGGCCTAACTATAATCATTTT
66 GTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTT
*
1036 TGGGTGAGTTTTAGTCCACTGTGAAGTT
130 T-GGTGAG-ATTAGTCCACTGTGAAG-T
* ** **
1064 TTTTAGCTCATTTGGAACACTT-TT-TGTTTGGGCCTATTGGGGATCATTAGTGACGTTTTGAAT
1 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT-TTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAAT
1127 CGTCTTCGATTT-GCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTT
65 CGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTT
1191 TGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
130 TGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
* * * *
1216 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATTGGGGCCAATTAGTTTTGTTTTGAATT
1 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATC
1281 GTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
66 GTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
*
1346 GGTGAGTTTAGTCCACTCGTGAAGT
131 GGTGAGATTAGTCCACT-GTGAAGT
* * * * *
1371 TTTTAGCTCATTTGCAACACTTGTTA-TTTGGGCCTATCGGGGCCAATTAGTTTTGTTTTGAGTT
1 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATC
*
1435 GTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTT
66 GTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
1500 GGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
131 GGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
* * * *
1524 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGTGCCAATTAGTTTTGTTTTGAATT
1 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATC
* * *
1589 GTCTTCGATTTCGCAAGCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTT
66 GTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
1654 GGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
131 GGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
* * * *
1678 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGTGCCAATTAGTTTTGTTTTGAATT
1 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATC
* * **
1743 GTCTTCGATTTAGCAAGCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATTTCCTAACTATAATCATTTT
66 GTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
* *
1808 GGTGAGTTTAGTCCACTGTGATGT
131 GGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
* * ** **
1832 TTTTAGCTCATTTGGAATACTTTTTATTTTGGGCCTAAT-GGGGCTTATTAGTGACGTTTTGAAT
1 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCT-ATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAAT
1896 CGTCTTCGATTT-GCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTT
65 CGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTT
* *
1960 TGGTGAGATTTAGTCAACTGTGAAGG
130 TGGTGAGA-TTAGTCCACTGTGAAGT
*
1986 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCCGGGGTCCATTAGTATT-G-TTTGAA
1 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT-CGGGGCCCATTAGT-TTCGTTTTGAA
* * * * * *
2049 TCGTCTTTGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCTTTGTATAAGCCCTAACTATAAACATT
64 TCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATT
**
2114 TTGGTGAGATTAAACCACTGTGAAGT
129 TTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
* * * *
2140 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTTTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCAATTAGTTTTGTTTTGAATT
1 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATC
*
2205 GTCCTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT-GCCTAACTATAATCATTTT
66 GTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
*
2269 GATGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
131 GGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
* * *
2293 TTTTAGCTCATTTGGAATACTTGTTATTTTAGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATC
1 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATC
* *
2358 GTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATACTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAA
66 GTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
Statistics
Matches: 2076, Mismatches: 139, Indels: 81
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
148 125 0.06
149 106 0.05
150 89 0.04
151 23 0.01
152 97 0.05
153 623 0.30
154 879 0.42
155 114 0.05
156 20 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.19, G:0.18, T:0.43
Consensus pattern (154 bp):
TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTTTTGAATC
GTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
GGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
Done.