Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011784.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11817, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1759
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Found at i:617 original size:334 final size:333
Alignment explanation
Indices: 1--1759 Score: 2405
Period size: 331 Copynumber: 5.3 Consensus size: 333
** * ** * *
1 AAAAAATGACTGCGAAAAATTTTTACTC-ATTTTTGTATAAAATACTGATAAAAAATATATAATT
1 AAAAAATGACCACGAAAAATTTTTACTCAATTTTTGCATAAAATACTCCTATAATATATATAATT
** * * * * *
65 TAATGCTAAAAAGATTGGACGG-CTTTTCACGCATTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAAT
66 TAACACCAAAAATATTGGA-GGACTTTTGACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTTCTGAAT
*
129 TAA-TTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTG
130 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTG
*
193 GCTAATTTTTTATTAGATGAATCTAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATAG-AAAA
195 GCTAATTTTTTATTAGATGAATCTAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAT-GCAAAA
* *
257 CTGAGCAGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCG
259 CTGAGCCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
322 AAAATTTTAC
324 AAAATTTTAC
* * *
332 AAAAAATGACCAC-CAAATTTTTTTCTCAATTTTTGCATAAAATACTCCTATAATATATATAATT
1 AAAAAATGACCACGAAAAATTTTTACTCAATTTTTGCATAAAATACTCCTATAATATATATAATT
* *
396 TAACACCAAAAATACTGGAGGACTTTTGACGCTTTTAATATCATTTTTTCATATATTTTTCTAAA
66 TAACACCAAAAATATTGGAGGACTTTTGACGCTTTTAATATCA-TTTTTCATAT-TTTTTCTGAA
*
461 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATGCAATGT
129 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGT
* **
526 GGCTAATTTTTTATTAGATGAATCTAGATATTTTAAAAAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
194 GGCTAATTTTTTATTAGATGAATCTAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
* * * *
591 CTGAGCCGGGTCTCCGGAAGGCGTTTTTAGCCAAAAAACC--G-T-G--A-TACACAATTTTGGC
259 CTGAGCCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
*
649 TAAAATTTTGC
323 TAAAATTTTAC
* * * *
660 AAAAAATGA-CAGCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCATAAAGTACTCCTATAATTTTATCTA
1 AAAAAATGACCA-CGAAAAATTTTTACTCAA-TTTTTGCATAAAATACTCCTATAA-TATATATA
724 ATTTTAACACCAAAAATAATTGGAGGACTTTTGACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTTCT
63 A-TTTAACACCAAAAAT-ATTGGAGGACTTTTGACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTTCT
789 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAA
126 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAA
* *
854 TGTGGGTAATTTTTT-TTAGATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCA
191 TGTGGCTAATTTTTTATTAGATGAATCTAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCA
918 AAACTGAGCCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
256 AAACTGAGCCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
*
983 GCTAAAATTTTGC
321 GCTAAAATTTTAC
* * * * * * *
996 -AAAAATGACCTCGAAAAAATTTTCCTCAATATTTGCTTAAAATACTCCTATAATTTAAATAATT
1 AAAAAATGACCACGAAAAATTTTTACTCAATTTTTGCATAAAATACTCCTATAATATATATAATT
*
1060 TAACACCAAAAATAATGGAGGACTTTTGACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTTCTGAATT
66 TAACACCAAAAATATTGGAGGACTTTTGACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTTCTGAATT
* *
1125 AATTTCTAATTAAATCGAAAAAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATGCAATGTGG
131 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGG
* *
1190 CTAATTTTTTATTAGATGAATCTAGATATTTGAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACT
196 CTAATTTTTTATTAGATGAATCTAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACT
* * * **
1255 GAGTC-GGTGCTCCGGAACGCCTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTA
261 GAGCCGGGT-CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
* *
1319 AACTTTTGCAA
325 AAATTTT--AC
* * * ** * ** * *
1330 AAAAAATGATCGCGAAAAATTTCTACTCAAACTTTGTATAAAATACTGATAAAAAATATATAATT
1 AAAAAATGACCACGAAAAATTTTTACTCAATTTTTGCATAAAATACTCCTATAATATATATAATT
* * * * *
1395 TAAC-CCTAAAAAGATAGGACGG-CTTTTCACGCATTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAA
66 TAACACC-AAAAATATTGGA-GGACTTTTGACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTTCTGAA
1458 TTAA-TTCTAATTAAATC-AGAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATG
129 TTAATTTCTAATTAAATCGA-AACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATG
*
1521 TGGCTAATTTTTTATTAGATGAATCTAGATATTTCAAGGAGTCTTGACGCCAAAAATCATAAG-A
193 TGGCTAATTTTTTATTAGATGAATCTAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAT--GCA
*
1585 AAACTGAGTCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G-TA-TACACGATTTCG
256 AAACTGAGCCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* * *
1647 ACTAAAATTTGGCAA
321 GCTAAAATTT--TAC
* * * * * *
1662 AAAAAATGACCGCGAGAATTTTTTTCTCAATTTTTGCATAAAATACTCCTATAATTTATATAGTT
1 AAAAAATGACCACGAAAAATTTTTACTCAATTTTTGCATAAAATACTCCTATAATATATATAATT
*
1727 TAACATCAAAAATATTGGAGGACTTTTGACGCT
66 TAACACCAAAAATATTGGAGGACTTTTGACGCT
Statistics
Matches: 1268, Mismatches: 124, Indels: 71
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
327 2 0.00
328 31 0.02
329 21 0.02
330 114 0.09
331 295 0.23
332 258 0.20
333 56 0.04
334 282 0.22
335 179 0.14
336 30 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (333 bp):
AAAAAATGACCACGAAAAATTTTTACTCAATTTTTGCATAAAATACTCCTATAATATATATAATT
TAACACCAAAAATATTGGAGGACTTTTGACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTTCTGAATT
AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGG
CTAATTTTTTATTAGATGAATCTAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACT
GAGCCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
AATTTTAC
Done.