Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011896.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11929, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7623
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Found at i:383 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 19--855 Score: 1196
Period size: 153 Copynumber: 5.5 Consensus size: 153
9 CTTTAGTTCT
* *
19 GTTTTGAATCGTTTTCGATTTGGCAACCCACAATGC---T-TTT-C-TT-TTTATGGCCTAACTA
1 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
77 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
66 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
142 GGTCCTATCAGGGCCCATTAGTGAC
131 GG-CCTATC-GGGCCCATTAGTGAC
* *
167 GTTTTGAATCGTTTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCTTAACTA
1 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
* *
232 TAATCATTTTGGTGAGATTACTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTATG
66 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* **
297 GGCC-ATCAGAGCCCATTAGTTCC
131 GGCCTATC-GGGCCCATTAGTGAC
* *
320 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTTCTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
1 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
* * *
385 TAATTATTTTGG-GTAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTTTTATTTT
66 TAATCATTTTGGTG-AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT
* * **
449 GGGCCTATCGGGACGCATTTGTTCC
130 GGGCCTATCGGG-CCCATTAGTGAC
* *
474 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATG-TTTTCTTTCCATTCTTTATGGCCTAA-TA
1 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
* * *
537 TAATCATTTTGGTGAGATGAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTCTG
66 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* * *
602 AG-CTATCGGGGCCCATCAGAGAC
131 GGCCTATC-GGGCCCATTAGTGAC
*
625 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
1 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
* *
690 TAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCGTTTGGAACACTTGTTATTTTG
66 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
755 GGCCTATCGAGGCCCATTAGTGAC
131 GGCCTATCG-GGCCCATTAGTGAC
* * * * *
779 GTTTTGAATCGTCTTCAATTCGGCAAACCCT-AATGCTTTTCTTTTCATTGTTTATAGACTAACT
1 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACT
*
843 ATAATCAATTTGG
65 ATAATCATTTTGG
856 ATTTTGGGCC
Statistics
Matches: 619, Mismatches: 53, Indels: 28
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
148 35 0.06
151 45 0.07
152 92 0.15
153 231 0.37
154 132 0.21
155 84 0.14
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (153 bp):
GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
GGCCTATCGGGCCCATTAGTGAC
Found at i:640 original size:305 final size:306
Alignment explanation
Indices: 19--3351 Score: 2227
Period size: 308 Copynumber: 10.5 Consensus size: 306
9 CTTTAGTTCT
* *
19 GTTTTGAATCGTTTTCGATTTGGCAACCCACAATG---CT-TTT-C-TT-TTTATGGCCTAACTA
1 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTCTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
*
77 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
66 TAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
*
142 GGTCCTATCAGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTTTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTT
131 GG-CCTATC-GGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTT
* * *
207 CTTTCCATTGTTTATGGCTTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTACTCCACTGTGAAGTTTTTAG
194 CTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATGACTCCACTGTGAAGTTTTTAA
* * ***
272 CTCATTTGGAACACTTGTTATTATGGGCCATCAGAGCCCATTAGTTCC
259 CTCATTTGGAACACTTGTTATTATGAGCCATCAGAGCCCATCAGAGAC
*
320 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTTCTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
1 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTCTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
* * *
385 TAATTATTTTGG-GTAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTTTTATTTT
66 TAATAATTTTGGTG-AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT
* * ** *
449 GGGCCTATCGGGACGCATTTGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATG-TTTT
130 GGGCCTATCGGG-CCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTT
* *
513 CTTTCCATTCTTTATGGCCTAA-TATAATCATTTTGGTGAGATGAGTCCACTGTGAAGTTTTTAA
194 CTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATGACTCCACTGTGAAGTTTTTAA
* * * *
577 CTCATTTGGAACACTTGTTATTCTGAGCTATCGGGGCCCATCAGAGAC
259 CTCATTTGGAACACTTGTTATTATGAGCCATCAGAGCCCATCAGAGAC
* *
625 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
1 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTCTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
*
690 TAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCGTTTGGAACACTTGTTATTTTG
66 TAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* *
755 GGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATTCGGCAAACCCT-AATGCTTTT
131 GGCCTATCG-GGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AACCCTCAATGCTTTT
* * * * * *
819 CTTTTCATTGTTTATAGACTAACTATAATCAATTTGGATTTTGGGCCTATCGAGGC-CCATTAGT
194 CTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGG----TGAG---AT-GA--CTCCACT-GT
** * ** * *
883 GAAGTTTGGAATCGTCTTCGATTTGGCAA-ACCTTAATGCTT-TTCT-TTCCAT-TGTTTATGGA
248 GAAGTTTTTAA----C-TC-ATTTGG-AACA-C-T--TG-TTATTATGAGCCATCAG---A--GC
* * *
944 CTAACTATA-ATC
296 CCATC-AGAGA-C
* * * * * * ** ** ** *
956 ATTTTGGTGAGATTAGTC--C-ACTGTGACTA-CTTTTA-GCTGAT-TTGGAACACTTGTTATTT
1 -GTTT--TGA-A-TCGTCTTCGA-TTTGGCAACCCTCAATGCTTCTCTT--TCCA-TTG-T-TTA
* ** ** * * * *
1015 TGGCCTATCGAGCCCTATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTG-CCAAATCTCAATGCTTT
55 TGGCCTA---A---CTA-TA-AT-AATTTTG----G--TGAGATTAGTCC-ACTGTGAA-G-TTT
** ** ** * ** **** * *
1079 TCTTTCATTGTTTATGGCCTAACTA-TAATCATTTTGGTG-AGAT-TAATCCACT-GTGAAGTTT
102 T-TAGC--TCATT-TGG---AAC-ACTTGTTATTTTGG-GCCTATCGGGCCCATTAGTGACGTTT
* * * ** * ** *
1140 TTAGCTCAT-TTGGAACACTTGTTATTTTGGGC--CTATCAATGCCCATTAGTCCGTTTTGAATC
158 TGA-ATCGTCTT------C--G--A-TTT-GGCAACCCTCAATG--C-TT--TTC--TTTCCATT
* * ** * * *
1202 GTCTTCGATTTGG-CAAATCT-CAATGC-TTTTCTTTCCATTGTTTATGGACT-AACTAT-AA-T
203 GT-TT--A--TGGCCTAA-CTATAAT-CATTTT-GGT-GA--G---AT-GACTCCACTGTGAAGT
** * * * ** * * * ** ** * **
1261 CATTTT-GGTGAGATTAGTCCAC-TGTGAGTTTTTAGCTCATTTG-GAACA-CTTGTTA-
253 --TTTTAACTCA-TTTGGAACACTTGTTA-TTATGAGC-CATCAGAGCCCATC-AGAGAC
* * * *
1316 -TTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAACCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCATTG
1 GTTTT--G--AATC---G-TC--T--T--CGATTT-----------G-----GCAACCCTCAATG
* * * * *
1380 CTTTTCTTTTCATTGTTTATAGCCTAACCTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTAAAGT
36 CTTCTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA-CTATAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
* **
1445 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGGCCTATCAGAGCCC-TTAGTTCCGTTTTGTAA
100 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT-GGGCCTATC-GGGCCCATTAGTGACGTTTTG-AA
* * *
1509 CCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATT
162 TCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATT
* * * * * * *
1574 TTTGTGACATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC
227 TTGGTGAGATGACTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTATGAGCC-ATC
* * ***
1639 AGGGCCCATTAGTTCC
291 AGAGCCCATCAGAGAC
*
1655 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
1 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTCTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
* *
1720 TAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTTTTATTTTG
66 TAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* * **
1785 GGCCTATCGAGGCGCATTTGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATG-TTTTC
131 GGCCTATCG-GGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTC
* * * *
1849 TTTCCATTGTATATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC
195 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATGACTCCACTGTGAAGTTTTTAAC
* * * * * ** ***
1914 TAATTTGGAACACTT-TTCATTTTGGGCCTATC-GGGACGCATTTGTTCC
260 TCATTTGGAACACTTGTT-ATTATGAGCC-ATCAGAG-CCCATCAGAGAC
* * *
1962 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCATTGTTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
1 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTCTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
*
2027 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
66 TAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* * * *
2092 AG-CTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGATTCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATCCTTTTC
131 GGCCTATC-GGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTC
* * *
2156 TTTCCATTGTCTA-GAGCCTAACTATAATCATTTTGGTTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTA
195 TTTCCATTGTTTATG-GCCTAACTATAATCATTTTGG-TGAGATGACTCCACTGTGAAGTTTTTA
* * * * * * ***
2220 GCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATTACAGCCCATTAGTTCC
258 ACTCATTTGGAACACTTGTTATTATGAGCC-ATCAGAGCCCATCAGAGAC
** * *
2270 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAATCTCAATGCTTTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
1 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTCTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
* * *
2335 TAATAATTTTGGTGACATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTTTTATTTTG
66 TAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
** *
2400 GGCCTATCGGGGCCCATTTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTT
131 GGCCTATC-GGGCCCA-TTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTT
* * * *
2465 CTTTCCATTGTTTATGACCTAACTATAATCATTTTGGT--GATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
194 CTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATGACTCCACTGTGAAGTTTTTAA
* * * * * * * * *
2528 CTCGTTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCTATTAGTGAA
259 CTCATTTGGAACACTTGTTATTATGAGCC-ATCAGAGCCCATCAGAGAC
* * * * **
2577 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC-ATAGTTTTTCTTT-AAGTTGTTTATGGCCTAGT
1 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAAT-GCTTCTCTTTCCA-TTGTTTATGGCCTAAC
* * * *
2640 TATTATCATTTTGATGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTCTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTT
64 TATAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTT
** * ** * *
2705 TAAGCCTTTCGGGACCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTT
129 TGGGCCTATCGGG-CCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTT
* * * * * * *
2770 TCTTTCAATTATTTATGGACTAACTACAACCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG-TTTTA
193 TCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATGACTCCACTGTGAAGTTTTTA
* * * * * *
2834 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGAC
258 A-CTCATTTGGAACACTTGTTATTATGAGCC-ATCAGAGCCCATCAGAGAC
* * * * * *
2885 ATTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTATTTATGGACTAACTG
1 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTCTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
* * * * *
2950 TAATCATTTTGGTGAGATTACTACAATGTGATGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
66 TAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* ** * *
3015 GGCCTATTGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTGTTCGATTTGGCAACCCTCAATGGTTTTC
131 GGCCTA-TCGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTC
* *
3080 --T--A---TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAAC
195 TTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATGACTCCACTGTGAAGTTTTTAAC
* * ** * * ***
3138 TCATTTGGAACACTAT-TTATTTTGGGCCTATTGGGGCCCATTAGTTCC
260 TCATTTGGAACACT-TGTTATTATGAGCC-ATCAGAGCCCATCAGAGAC
* *
3186 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTCTTTATGGCCTAACTA
1 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTCTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
* * ** * *
3251 TAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGATCTTGTTAGCTCATTAGGAACACTTGTTATTTTG
66 TAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
*
3316 TGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGT
131 GGCCTATC-GGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGT
3352 TTCTTCCATT
Statistics
Matches: 2466, Mismatches: 356, Indels: 420
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
300 1 0.00
301 269 0.11
302 7 0.00
304 3 0.00
305 244 0.10
306 198 0.08
307 524 0.21
308 530 0.21
309 100 0.04
310 114 0.05
311 4 0.00
314 2 0.00
315 3 0.00
316 4 0.00
317 11 0.00
321 1 0.00
322 2 0.00
323 7 0.00
324 3 0.00
325 2 0.00
326 8 0.00
327 6 0.00
328 3 0.00
330 6 0.00
331 5 0.00
332 8 0.00
333 7 0.00
334 12 0.00
335 2 0.00
336 19 0.01
337 25 0.01
338 16 0.01
339 2 0.00
340 4 0.00
342 4 0.00
343 9 0.00
344 11 0.00
345 6 0.00
347 2 0.00
348 7 0.00
349 1 0.00
350 4 0.00
351 11 0.00
352 3 0.00
353 7 0.00
354 5 0.00
355 8 0.00
356 4 0.00
357 16 0.01
358 12 0.00
359 2 0.00
360 15 0.01
361 16 0.01
362 9 0.00
363 3 0.00
364 17 0.01
365 9 0.00
366 3 0.00
367 10 0.00
368 10 0.00
369 10 0.00
370 16 0.01
371 2 0.00
372 3 0.00
373 1 0.00
374 9 0.00
375 6 0.00
376 9 0.00
377 2 0.00
378 17 0.01
379 9 0.00
381 2 0.00
384 8 0.00
385 1 0.00
386 5 0.00
387 4 0.00
388 4 0.00
389 2 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (306 bp):
GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTCTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
TAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
GGCCTATCGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCT
TTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATGACTCCACTGTGAAGTTTTTAACT
CATTTGGAACACTTGTTATTATGAGCCATCAGAGCCCATCAGAGAC
Found at i:935 original size:107 final size:107
Alignment explanation
Indices: 749--962 Score: 356
Period size: 107 Copynumber: 2.0 Consensus size: 107
739 AACACTTGTT
* *
749 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATTCGGCAAACCCTAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGAAGTTTGGAATCGTCTTCAATTCGGCAAACCCTAATG
*
814 CTTTTCTTTTCATTGTTTATAGACTAACTATAATCAATTTGG
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATAGACTAACTATAATCAATTTGG
* * *
856 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGAAGTTTGGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTTAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGAAGTTTGGAATCGTCTTCAATTCGGCAAACCCTAATG
* *
921 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGG
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATAGACTAACTATAATCAATTTGG
963 TGAGATTAGT
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 8, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
107 99 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (107 bp):
ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGAAGTTTGGAATCGTCTTCAATTCGGCAAACCCTAATG
CTTTTCTTTCCATTGTTTATAGACTAACTATAATCAATTTGG
Found at i:1077 original size:261 final size:260
Alignment explanation
Indices: 604--1115 Score: 773
Period size: 261 Copynumber: 2.0 Consensus size: 260
594 TTATTCTGAG
* * *
604 CTATCGGGGCCCATCAGAGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTT
1 CTATCGAGGCCCATCAGAGAAGTTTGGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTT
* *
669 CCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCG
66 CCATTGTTTATGGACTAACTATAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGCTTTTAGCTCG
734 TTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATT
131 TTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATT
*
799 CGGCAAACCCTAATGCTTTTCTTTTCATTGTTTATAGACTAACTATAATCAATTTGGATTTTGGG
196 CGCCAAACCCTAATGCTTTTC-TTTCATTGTTTATAGACTAACTATAATCAATTTGGATTTTGGG
864 C
260 C
* * *
865 CTATCGAGGCCCATTAGTGAAGTTTGGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTTAATGCTTTTCTTT
1 CTATCGAGGCCCATCAGAGAAGTTTGGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTT
*
930 CCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGACTA-CTTTTAGCT
66 CCATTGTTTATGGACTAACTATAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA--AGCTTTTAGCT
**
994 -GATTTGGAACACTTGTTATTTT-GGCCTATCGA-GCCCTATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTC
129 CG-TTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCC-ATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTC
* * * * * *
1056 GATTTGCCAAA-TCTCAATGCTTTTCTTTCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGG
192 AATTCGCCAAACCCT-AATGCTTTTCTTTCATTGTTTATAGACTAACTATAATCAATTTGG
1116 TGAGATTAAT
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 18, Indels: 11
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
260 38 0.17
261 161 0.71
262 28 0.12
263 1 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (260 bp):
CTATCGAGGCCCATCAGAGAAGTTTGGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTT
CCATTGTTTATGGACTAACTATAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGCTTTTAGCTCG
TTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATT
CGCCAAACCCTAATGCTTTTCTTTCATTGTTTATAGACTAACTATAATCAATTTGGATTTTGGGC
Found at i:1724 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 856--6724 Score: 3747
Period size: 154 Copynumber: 37.7 Consensus size: 154
846 ATCAATTTGG
* *** * *
856 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGAAGTTTGGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTTAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
*
921 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGACTA-
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA--AG
* *
985 CTTTTAGCTGATTTGGAACACTTGTT
129 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* * *
1011 ATTTT-GGCCTATC-GAGCCCTATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGCCAAATCTCAAT
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCC-ATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
*
1074 GCTTTTCTTT-CATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAATCCACTGTGAAGT
65 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
1138 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
130 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
*** *
1163 ATTTTGGGCCTATCAATGCCCATTAG-TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAATCTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
*
1227 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG-AGTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
1291 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
** * * *
1315 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAACCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCATTG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* * *
1380 CTTTTCTTTTCATTGTTTATAGCCTAACCTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTAAAGT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA-CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
1445 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
130 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* * * * *
1470 ATTTTAGGGCCTATCAGAGCCC-TTAGTTCCGTTTTGTAACCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAA
1 ATTTT-GGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTG-AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAA
* * *
1534 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTTTGTGACATTAGTCCACTGTGAAG
64 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG
1599 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
129 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* *
1625 ATTTTGGGCCTATCAGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
*
1690 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
* *
1755 TTTAGCTAATTTGGAACACTTTTT
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* * * *
1779 ATTTTGGGCCTATCGAGGCGCATTTGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
*
1844 -TTTTCTTTCCATTGTATATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
*
1908 TTTAGCTAATTTGGAACACTT-TT
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* * * * *
1931 CATTTTGGGCCTATCGGGACGCATTTGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCATT
1 -ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
*
1996 GTTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
65 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
2061 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
130 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* ** * *
2086 ATTTTGAG-CTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGATTCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATC
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
*
2150 CTTTTCTTTCCATTGTCTA-GAGCCTAACTATAATCATTTTGGTTGAGATTAGTCCACTGTGAAG
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATG-GCCTAACTATAATCATTTTGG-TGAGATTAGTCCACTGTGAAG
2214 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
129 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
**** *
2240 ATTTTGGGCCTATTACAGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAATCTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* * *
2305 CTTTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTTGGTGACATTAGTCCACTGTGAAGTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
* *
2370 TTTAGCTAATTTGGAACACTTTTT
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
2394 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCA-TTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
*
2459 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGACCTAACTATAATCATTTTGGT--GATTAGTCCACTGTGAAGT
65 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
*
2522 TTTTAGCTCGTTTGGAACACTTGTT
130 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* ***
2547 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCTATTAGTGAAGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC-ATA
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT-
* * ** * *
2611 GTTTTTCTTT-AAGTTGTTTATGGCCTAGTTATTATCATTTTGATGAGATTAGTCCACTGTGAAG
65 GCTTTTCTTTCCA-TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG
*
2675 TTCTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
129 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
** * * *
2701 ATTTTAAGCCTTTCGGGACCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* * * * *
2766 CTTTTCTTTCAATTATTTATGGACTAACTACAACCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
*
2831 TTAAGCTCATTTGGAACACTTGTT
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
** *
2855 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACATTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* * * * * * *
2920 CTTTTCTTTCCATTATTTATGGACTAACTGTAATCATTTTGGTGAGATTACTACAATGTGATGTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
2985 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* * *
3009 ATTTTGGGCCTATTGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTGTTCGATTTGGCAACCCTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
*
3074 GTTTTC--T--A---TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
*
3132 TTTAACTCATTTGGAACACTAT-TT
131 TTTAGCTCATTTGGAACACT-TGTT
* *
3156 ATTTTGGGCCTATTGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* * **
3221 CTTTTCTTTCCATTCTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGATCTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
* *
3286 GTTAGCTCATTAGGAACACTTGTT
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* ** * *
3310 ATTTTGTGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTTTCTTCCATTGTTTATGGCCTAA
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCG--TCTT-C---GATT-TGG-CAAA
* *** * ** * *
3375 -CTATAAT-CATTTTGGGT-GA--GAGTA-GGTCC--ACGTGTGAAGT--TTTTAGCT-A-ATTT
58 CCT-CAATGC-TTTTCTTTCCATTGTTTATGG-CCTAAC-TAT-AA-TCATTTT-GGTGAGA-TT
* ** * ** ** * ** *
3428 GGAACACTTTTTA-TTTTGGGC-C-TATCGGGGCGCATTAGTT
115 AGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCAT-TTGGAACAC-TT-GTT
** ** * * ** * *** * *
3468 CCGGTTTGAATCGTTTTCGAGTTGGCAACCCACCA--TGC-TTTTCTTTC--CATCGTTTATGGC
1 --ATTTTG-GGC-CTATCG-G--GG---CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATT-TGG-
* * ** * * * * * *
3528 CTAA-CTATAAT-CATTTT-GGT-GA--GATTA-GTCC--ACTATGAAGT--TTTTAGCTCA-TT
54 CAAACCT-CAATGC-TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTAT-AA-TCATTTT-GGTGAGAT
* ** * ** * ** *
3581 TGGAACACT-TGTTA-TTTGGAGCT-A-TCGGGGCTTA-TTAGTG
114 TAGTCCACTGTG-AAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC--ACTT-GTT
** * * * * *** *
3621 ACGTTTTGAATCATCT-TCGATTTGGCAAACC-TCA-ATGC-TTTTCTTTC--CATT-GTTTATG
1 A--TTTTG-GGC--CTATCG---GGGC---CCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC-TTCGATT-TG
* * ** * * * * * *
3679 GTCTAA-CTATAAT-CATTTT-GGT-GA--GATTA-GTCC--ACTGTGAAGT--TTTTAGCTCA-
53 G-CAAACCT-CAATGC-TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTAT-AA-TCATTTT-GGTGAG
* * ** * ** * ** *
3732 TTTGGAACACT-TGTTA-TTTTGGGC-C-TATCGGGGCCCATTAGTT
112 ATTAGTCCACTGTG-AAGTTTTTAGCTCAT-TTGGAACAC-TT-GTT
* * * * * * * *** *
3775 CCGTTTTGAATCGTCT-TCGATTTGGCAAACC-TCA-ATGC-TTTTCTTTC--CATT-GTTTATG
1 --ATTTTG---GGCCTATCG---GGGC---CCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC-TTCGATT-TG
* * ** * * * * * *
3833 GCCTAA-CTATAAT-CATTTT-GGT-GA--GATTA-GTCC--ACTGTGAAGT--TTTTAGCTCA-
53 G-CAAACCT-CAATGC-TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTAT-AA-TCATTTT-GGTGAG
* * ** * ** * ** * *
3886 TTTGGAACACT-TGTTA-TTTTGGGC-C-TATCGGGGCCCATTAGTG
112 ATTAGTCCACTGTG-AAGTTTTTAGCTCAT-TTGGAACAC-TT-GTT
* * * * * * *** *
3929 ACGTTTTGAATCGTCT-TCGATTTGGCAAACC-TCA-ATGC-TTTTCTTTC--CATT-GTTTATG
1 A--TTTTG---GGCCTATCG---GGGC---CCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC-TTCGATT-TG
* * * * * *
3987 GACTAA-CTATAAT-CATTTTGGTCAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG-CTCA-TTTGGAA-
53 G-CAAACCT-CAATGC--TTT--TC---TT--TCCA-T-T---GTTTATGGCCTAACTAT--AAT
* * * * ** * * *** * * * *
4047 CA-CTT-GTTA-TTTTGGGC-CTATCAAGGCCCATTAG-TCCGTTTCGAATCGTCTT-TG
100 CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA-G-TTTTTAGCT-CATTTGGAA-C-ACTTGTT
* * *** ** ** * *
4101 A-TTT-GGCAAATCTCAATG-CTTTTCTTTCCATTGTT-TATCGCCTAACTATAATC-ATTTTGG
1 ATTTTGGGC--CTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT-TTGAATCG--T--C--T--TCGA-TTTGG
* * * * ** * * *** ** * * *
4161 TGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTT-TAGCTCATT-TTGA--ACACTTGTTATTTTGGGCCTATC
54 -CA-A--A--CCTCAATG--CTTTTCTTTC-CATTGTTTATGGC-CTAACTATAAT---CATTTT
* ** *** * *
4222 GGGGCCCATTAGTTCTGTTGTGAA-TCGTCTT--C-GATTTGGCAA-ACCTCAATGCTT
106 GGTG-AGATTAG-TCCACTGTGAAGT--TTTTAGCTCATTTGG-AACA-CT---TG-TT
* ** * ** * ** ** * ** *
4276 -TTCTT--TCCATTATTTATGGACTAACTACAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG-TTAAGT
1 ATT-TTGGGCC--TA--TCGGGGCCCATTA-GTTCCGTTT--TGA-A-TCGTCTTC-GATT-TG-
*** * * * * ** * * * *
4337 GTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTT---TGGGCCTATCGGGGCC-CATTAGTGA-CGTTTT
53 GCAAACCTCA-AT-G----CTT-TTCTTTCCAT-TGTTTAT---GGCCTAACTA-TAATCATTTT
** * * * * * **
4397 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC-CTCAATGCTTTTCTTTC-CATTGTTTATGG-ACTAACTATA
106 G----G--TGAGATTAGTC-CACTGTGAA-G-TTTT-TAGCTCA-T---T-TGGAAC--ACT-T-
* *
4459 ATA
152 GTT
* ** ** * * * *
4462 ATTTTGGTGAC-ATTAGTTCAC-TGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA-C-ACTT-GTTATTTTG
1 ATTTTGG-GCCTATCGGGGCCCAT-T--AG---TT--C-CGTTTTGAATCGTCTTCG--A-TTT-
** * * * ** * * **
4522 GGCCTA--TCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATTCGG-CAAACCCTAATGC-T
52 GGCAAACCTCAATG--C-TT--T-TC--TTTCCATTGT-TT--A-T-GGCCTAACTATAAT-CAT
* * * * * * *
4583 TTT-CT----TT--T-CA-T-T---GTTTATGGACTAACTAT--AATCAATT-TGG
103 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG-CTCA-TTTGGAA-CACTTGT-T
* * ** * *
4623 ACTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGA-TTCGAAAACC-CTAAT
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC-AAT
* * * *
4686 GCTTTTCTTTTCATAGTTTATGGACTAACTATAATCATATTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
65 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
*
4751 TTTTAACTCATTTGGAACACTTGTT
130 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
** *
4776 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAATCTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* *
4841 CTATTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
*
4906 TTTAGCTCATTTAGAACACTTGTT
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* ** * *
4930 ATTTTGAGCC-ATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCATTG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
** * * *
4994 CTTTTCTTTTAATTGTTTATAGCCTAACCT-TAATAATTTTGGTGACATTAGTCCACT-TGAAGT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA-CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
5057 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
130 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
*
5082 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
5147 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
*
5212 TTTAGCTCATTTGGAACACTTTTTT
131 TTTAGCTCATTTGGAACAC-TTGTT
* * * * *
5237 ATTTTAGGCCTATTGGGGCCTATTGGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* * * * *
5302 C-TTTCTTTTCATTGTTTATAGCCTAACTTTAACCATTTTCGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
*
5366 TTTAGCTCATTTCGAACACTTGTT
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* ** * *
5390 ATTTTGAG-CTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTCGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCATT
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTT-GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
* * *
5454 GCTTTTCTTTTCATTGTTTATAGCCTAACTTTAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
65 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
5519 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
130 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* * * ** * * *
5544 ATTTTGGGCCTCTCAGAGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATTTGACAACCCTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* *
5609 CTTTT-TGTTCC-TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGATTAGTCCACTG-CAATG
66 CTTTTCT-TTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA-G
* *
5671 TTTTTAACGCATTTGGAACACTTGTT
129 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* * * *
5697 ATTTTGGGCCTATTGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTGGGAAAACCTCATTG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
*
5762 CTTTTCTTTCCATTGTTTATTGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGT-CACTGTGAAGT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTA-TGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
5826 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
130 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
5851 ATTTTGGGCCTATCGGGGTCCCATTAG-TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
1 ATTTTGGGCCTATCGGGG-CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
* *
5915 GCTTTTCTTTCCATTTGTTTATGGACTAACTATAATCTTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG
65 GCTTTTCTTTCCA-TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG
5980 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
129 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* *
6006 ATTTTGGGTCTATCGGGGCCTATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTTC-ATTTGGCAAACCTCAAT
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC-TTCGATTTGGCAAACCTCAAT
* * *
6070 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCTTTTTGGTTTAGATTAGT-CACTGTGAAG
65 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGG-TGAGATTAGTCCACTGTGAAG
*
6134 -TTTTAGCTCGTTT-GAACACTTGTT
129 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* *
6158 ATTTTGGGCCTATCGGGGCTCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCATTG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* * * *
6223 CTTTTCTTTCCATTGTTTAGGGACTAACTATAATCATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
* * *
6288 TTTCGGTCATTTTGAACACTTGTT
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* *
6312 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCTGTTGTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
** *
6377 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTTATGAGATTAGTCCACTGTGAAGTG
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
* **
6442 TTTAGCTCGTAAGGAACACTTGTT
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* ** * * *
6466 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTTGTGACATATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACTTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* * **
6531 CTTTTCTTTCCATTATTTATGGACTAACTATAAAAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
*
6596 TTTAGCTCATTTGAAACAC-T-TT
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* * ** * *
6618 ATTTTGAGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATTCGGCAAACGCT-AAT
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC-CTCAAT
* *
6682 GCTTTTCTTTTCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGG
65 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGG
6725 ACTTTGGGCC
Statistics
Matches: 4770, Mismatches: 626, Indels: 639
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
140 3 0.00
141 12 0.00
142 2 0.00
144 2 0.00
145 7 0.00
146 2 0.00
147 135 0.03
148 3 0.00
149 3 0.00
150 5 0.00
151 21 0.00
152 483 0.10
153 1040 0.22
154 2019 0.42
155 554 0.12
156 92 0.02
157 38 0.01
158 20 0.00
159 9 0.00
160 12 0.00
161 22 0.00
162 17 0.00
163 6 0.00
164 7 0.00
165 14 0.00
166 5 0.00
167 4 0.00
168 11 0.00
169 10 0.00
170 13 0.00
171 15 0.00
172 14 0.00
173 20 0.00
174 10 0.00
175 20 0.00
176 6 0.00
177 4 0.00
178 9 0.00
179 16 0.00
180 11 0.00
181 4 0.00
182 6 0.00
183 5 0.00
184 7 0.00
185 4 0.00
186 11 0.00
187 7 0.00
188 12 0.00
189 11 0.00
190 3 0.00
191 4 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
Found at i:2199 original size:461 final size:462
Alignment explanation
Indices: 856--6724 Score: 5414
Period size: 461 Copynumber: 12.6 Consensus size: 462
846 ATCAATTTGG
* * * *
856 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGAAGTTTGGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTTAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
*
921 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGACTA-
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA--AG
* * *
985 CTTTTAGCTGATTTGGAACACTTGTTATTTT-GGCCTATC-GAGCCCTATTAGTTCCGTTTTGAA
129 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCC-ATTAGTTCCGTTTTGAA
* *
1048 TCGTCTTCGATTTGCCAAATCTCAATGCTTTTCTTT-CATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATT
193 TCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATT
*
1112 TTGGTGAGATTAATCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC
258 TTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC
*** * *
1177 AATGCCCATTAGT-CCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAATCTCAATGCTTTTCTTTCCATT
323 GGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATT
*
1241 GTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG-AGTTTTTAGCTCATTTGG
388 GTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
1305 AACACTTGTT
453 AACACTTGTT
* * * * *
1315 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAACCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCATTG
1 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* * *
1380 CTTTTCTTTTCATTGTTTATAGCCTAACCTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTAAAGT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA-CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
* *
1445 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTAGGGCCTATCAGAGCCC-TTAGTTCCGTTTTGTAA
130 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT-GGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTG-AA
* * * *
1509 CCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATT
193 TCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATT
* *
1574 TTTGTGACATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC
258 TTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC
* ** *
1639 AGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATT
323 GGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATT
* *
1704 GTTTATGGCCTAACTATAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGG
388 GTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
*
1769 AACACTTTTT
453 AACACTTGTT
* * * *
1779 ATTTTGGGCCTATCGAGGCGCATTTGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
*
1844 -TTTTCTTTCCATTGTATATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
* * * *
1908 TTTAGCTAATTTGGAACACTT-TTCATTTTGGGCCTATCGGGACGCATTTGTTCCGTTTTGAATC
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT-ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATC
* * *
1972 GTCTTCGATTTGGCAACCCTCATTGTTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
195 GTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
*
2037 GGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGAG-CTATCGG
260 GGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGG
* *
2101 GGCCCATTAGTGACGTTTTGATTCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATCCTTTTCTTTCCATTGT
325 GGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGT
*
2166 CTA-GAGCCTAACTATAATCATTTTGGTTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
390 TTATG-GCCTAACTATAATCATTTTGG-TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
2230 AACACTTGTT
453 AACACTTGTT
* *
2240 ATTTTGGGCCTATTAC-A-GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAATCTCAA
1 ATTTTGGGCCTA-T-CGAGGCCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAA
* * *
2303 TGCTTTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTTGGTGACATTAGTCCACTGTGAAG
64 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG
* *
2368 TTTTTAGCTAATTTGGAACACTTTTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTTAGTTCCGTTTTGAA
129 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCA-TTAGTTCCGTTTTGAA
*
2433 TCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGACCTAACTATAATCATT
193 TCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATT
*
2498 TTGGT--GATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCGTTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC
258 TTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC
* * * *
2561 GGGGCCTATTAGTGAAGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC-ATAGTTTTTCTTT-AAG
323 GGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT-GCTTTTCTTTCCA-
** * * *
2624 TTGTTTATGGCCTAGTTATTATCATTTTGATGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTCTTAGCTCATTT
386 TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTT
2689 GGAACACTTGTT
451 GGAACACTTGTT
** * * *
2701 ATTTTAAGCCTTTCG-GGACCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAA
1 ATTTTGGGCCTATCGAGG-CCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
* * * * *
2765 GCTTTTCTTTCAATTATTTATGGACTAACTACAACCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
65 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
* ** *
2830 TTTAAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACATTTTGAATC
130 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATC
* * *
2895 GTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTATTTATGGACTAACTGTAATCATTTT
195 GTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
* * * * *
2960 GGTGAGATTACTACAATGTGATGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATTGG
260 GGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGG
** * * *
3025 GGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTGTTCGATTTGGCAACCCTCAATGGTTTTC--T--A---T
325 GGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGT
*
3083 TTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAA
390 TTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
3148 CACTAT-TT
455 CACT-TGTT
* * * *
3156 ATTTTGGGCCTATTGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* * **
3221 CTTTTCTTTCCATTCTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGATCTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
* * * **
3286 GTTAGCTCATTAGGAACACTTGTTATTTTGTGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCG
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCG
* * * *** * **
3351 TTTCTTCCATTGTTTATGGCCTAA-CTATAAT-CATTTTGGGT-GA--GAGTA-GGTCC--ACGT
196 --TCTT-C---GATT-TGG-CAAACCT-CAATGC-TTTTCTTTCCATTGTTTATGG-CCTAAC-T
* * * ** * ** ** * ** *
3408 GTGAAGT--TTTTAGCT-A-ATTTGGAACACTTTTTA-TTTTGGGC-C-TATCGGGGCGCATTAG
249 AT-AA-TCATTTT-GGTGAGA-TTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCAT-TTGGAACAC-TT-G
** ** * * ** *** * *
3466 TTCCGGTTTGAATCGTTTTCGAGTTGGCAACCCACCA-TG-C-TTTTCTTTC--CATCGTTTATG
307 TT--ATTTTG-GGC-CTATCG-G--GG---CCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATT-TG
* * ** * * * * *
3526 GCCTAA-CTATAAT-CATTTT-GGT-GA--GATTA-GTCC--ACTATGAA--GTTTT--T-AGCT
361 G-CAAACCT-CAATGC-TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTAT-AATCATTTTGGTGAGAT
* * *** * *
3577 CA-T---TTG-GAA-CACTT-G-TTATTTGG---A---GCT
422 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* * * *
3604 A--TCGGGGCT-T--------ATTAGTGACGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
*
3658 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGTCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
3723 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCG
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCG
3788 TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTG
196 TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTG
3853 GTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
261 GTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
3918 GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
326 GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* *
3983 TATGGACTAACTATAATCATTTTGGTCAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
391 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
4048 ACTTGTT
456 ACTTGTT
* * * * *
4055 ATTTTGGGCCTATCAAGGCCCATTAG-TCCGTTTCGAATCGTCTTTGATTTGGCAAATCTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* *
4119 CTTTTCTTTCCATTGTTTATCGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
* * *
4184 TTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCTGTTGTGAATCG
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCG
* * *
4249 TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTATTTATGGACTAACTACAATCATTTTG
196 TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTG
* *
4314 GTGAGATTAGTCCACTGTTAAGTGTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
261 GTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
4379 GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
326 GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* * * *
4444 TATGGACTAACTATAATAATTTTGGTGACATTAGTTCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
391 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
4509 ACTTGTT
456 ACTTGTT
* * *
4516 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATTCGGCAAACC-CTAAT
1 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC-AAT
* * * * * *
4580 GCTTTTCTTTTCATTGTTTATGGACTAACTATAATCAATTTGGACTTTGGGCCTATCGAGGCCCA
65 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGG----TGAG---AT-TA-GTCCA
* * * * * * ** ** * * *** ***
4645 TTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTCGAAAACCCTAATGCTTTT---CTTTTCATAGTTTAT
121 CT-GTGAAGTTTT---TAG-C-TC-ATTTG-GAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCAT
* * ** * * * * * * * * * **
4707 GGACTAAC--TAT-AATCATATTGGTGAGATTAGTC-CACTGTGAA-G-TTTT-TAACTCA----
178 -TAGTTCCGTTTTGAATCGT-CT--T-CGATTTGGCAAAC-CTCAATGCTTTTCTTTC-CATTGT
** * ** ** * * * *
4761 TT-TGG---AAC-ACTTGTTATTTTGG-GCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
236 TTATGGCCTAACTA-TAATCATTTTGGTG-AGAT--TAGTCCACT-GTGAAGTTTT---TAG-C-
* * * * * * **
4820 TCGATTTGGCAA-ATCTCAATGCTATTCTT--TCC-ATTGTTTATGGCCTAACTATAAT-AATTT
291 TC-ATTTGG-AACA-CT---TGTTATT-TTGGGCCTATCG----GGGCC-CA-T-TAGTGACGTT
* * ** ** * ** * ** **** **
4880 TGGTGAGATTAGTCCACTGT-GAAGTTTTTAGCTCATTTAGAACACTTGTTATTTTGAGCCATCG
342 T--TGA-A-TCGT---CT-TCG-A---TTTGGCAAACCT-CAATGCTT-TTCTTTCCATTGTTTA
* * * * * ** * * * ** * * ** *
4944 GGGCC-CATTAGTGA-CGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCATTGCTTTTCT-TTTAA
393 TGGCCTAACTA-TAATCATTTTG----G--TGAGATTAGTCCACTGTGA-AG-TTTT-TAGCTCA
** * *
5006 TTGTTTATAGCCTAACCTTAATA
448 TT-TGGA-A--C--A-CTT-GTT
* * * *
5029 ATTTTGGTGAC-AT-TA-GTCCACTTGAAGTTTTTA-GCTCATTTGGAA-C-ACTT-GTTATTTT
1 ATTTTGG-GCCTATCGAGGCCCA-TT--AG---TTACG-T--TTT-GAATCGTCTTCG--A-TTT
* * * * * ** *
5087 GGGCCTATCGGGGCCCATTAG--TTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTT
52 -GG-CAAAC----CTCAAT-GCTTTTC--TTTCCATTGT-TT--A--TGG----CCT-AA--C-T
* ** *
5150 TTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
95 AT-AAT-CA---TTT-TGG-----------TGA---------GATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
* * * * *
5215 AGCTCATTTGGAACACTTTTTTATTTTAGGCCTATTGGGGCCTATTGGTTCCGTTTTGAATCGTC
134 AGCTCATTTGGAACAC-TTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC
* * * * * *
5280 TTCGATTTGGCAACCCTCAATGC-TTTCTTTTCATTGTTTATAGCCTAACTTTAACCATTTTCGT
198 TTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
* *
5344 GAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTCGAACACTTGTTATTTTGAG-CTATCGGGGC
263 GAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGC
* * *
5408 CCATTAGTGACGTTTTCGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCATTGCTTTTCTTTTCATTGTTT
328 CCATTAGTGACGTTTT-GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
* *
5473 ATAGCCTAACTTTAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
392 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
5538 CTTGTT
457 CTTGTT
* * * * *
5544 ATTTTGGGCCTCTC-AGAGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATTTGACAACCCTCAAT
1 ATTTTGGGCCTATCGAG-GCCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
* *
5608 GCTTTT-TGTTCC-TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGATTAGTCCACTG-CAAT
65 GCTTTTCT-TTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA-
* * *
5670 GTTTTTAACGCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATTGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAA
128 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAA
* * * *
5735 TCGTCTTCGATTGGGAAAACCTCATTGCTTTTCTTTCCATTGTTTATTGGACTAACTATAATCAT
193 TCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTA-TGGCCTAACTATAATCAT
5800 TTTGGTGAGATTAGT-CACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
257 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
*
5864 CGGGGTCCCATTAGT-CCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCA
322 CGGGG-CCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCA
* *
5928 TTTGTTTATGGACTAACTATAATCTTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
386 -TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
5993 TGGAACACTTGTT
450 TGGAACACTTGTT
* * * *
6006 ATTTTGGGTCTATCGGGGCCTATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTTC-ATTTGGCAAACCTCAAT
1 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTC-TTCGATTTGGCAAACCTCAAT
* * *
6070 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCTTTTTGGTTTAGATTAGT-CACTGTGAAG
65 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGG-TGAGATTAGTCCACTGTGAAG
* *
6134 -TTTTAGCTCGTTT-GAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCTCATTAGTTCCGTTTTGAAT
129 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAAT
* * *
6197 CGTCTTCGATTTGGCAAACCTCATTGCTTTTCTTTCCATTGTTTAGGGACTAACTATAATCATTT
194 CGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTT
* * * * *
6262 TGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTCGGTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCG
259 TGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCG
* *
6327 GGGCCCATTAGT-TCTGTTGTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATT
324 GGGCCCATTAGTGAC-GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATT
** * * **
6391 GTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTTATGAGATTAGTCCACTGTGAAGTGTTTAGCTCGTAAGG
388 GTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
6456 AACACTTGTT
453 AACACTTGTT
* * * * * *
6466 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTTGTGACATATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACTTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* * **
6531 CTTTTCTTTCCATTATTTATGGACTAACTATAAAAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
* * * **
6596 TTTAGCTCATTTGAAACAC-T-TTATTTTGAGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCG
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCG
* * * *
6659 TCTTCAATTCGGCAAACGCT-AATGCTTTTCTTTTCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTT
196 TCTTCGATTTGGCAAAC-CTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
6723 GG
260 GG
6725 ACTTTGGGCC
Statistics
Matches: 4426, Mismatches: 654, Indels: 659
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
423 5 0.00
424 2 0.00
425 1 0.00
426 18 0.00
427 7 0.00
428 8 0.00
429 15 0.00
430 12 0.00
431 10 0.00
432 11 0.00
433 26 0.01
434 16 0.00
435 10 0.00
436 2 0.00
437 164 0.04
438 1 0.00
441 2 0.00
442 3 0.00
443 2 0.00
444 1 0.00
445 8 0.00
446 6 0.00
448 3 0.00
451 4 0.00
453 6 0.00
454 8 0.00
455 239 0.05
456 6 0.00
457 13 0.00
458 15 0.00
459 146 0.03
460 595 0.13
461 1309 0.30
462 738 0.17
463 266 0.06
464 101 0.02
465 9 0.00
466 25 0.01
467 6 0.00
468 18 0.00
469 10 0.00
470 9 0.00
471 15 0.00
472 10 0.00
474 7 0.00
475 8 0.00
476 16 0.00
477 15 0.00
478 16 0.00
479 13 0.00
480 2 0.00
481 9 0.00
482 5 0.00
483 4 0.00
484 1 0.00
485 7 0.00
486 4 0.00
487 5 0.00
488 2 0.00
489 3 0.00
490 2 0.00
491 3 0.00
492 3 0.00
493 2 0.00
495 3 0.00
496 7 0.00
497 14 0.00
498 12 0.00
499 2 0.00
500 4 0.00
501 4 0.00
502 4 0.00
503 11 0.00
504 1 0.00
505 8 0.00
506 6 0.00
507 2 0.00
508 6 0.00
509 6 0.00
510 3 0.00
511 8 0.00
512 7 0.00
513 10 0.00
514 8 0.00
515 10 0.00
516 6 0.00
517 8 0.00
518 3 0.00
519 6 0.00
520 5 0.00
521 3 0.00
522 6 0.00
523 8 0.00
524 1 0.00
525 14 0.00
526 3 0.00
527 10 0.00
528 2 0.00
530 14 0.00
531 12 0.00
532 9 0.00
535 2 0.00
536 5 0.00
537 2 0.00
539 4 0.00
540 4 0.00
541 6 0.00
542 7 0.00
543 1 0.00
544 4 0.00
545 2 0.00
546 5 0.00
547 7 0.00
548 3 0.00
549 4 0.00
550 14 0.00
551 17 0.00
552 13 0.00
553 13 0.00
554 5 0.00
555 5 0.00
556 11 0.00
557 16 0.00
558 6 0.00
559 2 0.00
560 12 0.00
561 1 0.00
562 1 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (462 bp):
ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCG
TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTG
GTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
ACTTGTT
Found at i:2366 original size:615 final size:616
Alignment explanation
Indices: 856--4622 Score: 5552
Period size: 615 Copynumber: 6.2 Consensus size: 616
846 ATCAATTTGG
* * * *
856 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGAAGTTTGGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTTAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
921 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGACTA-
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA--AG
* * *
985 CTTTTAGCTGATTTGGAACACTTGTTATTTT-GGCCTATC-GAGCCCTATTAGTTCCGTTTTGAA
129 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGGCCC-ATTAGTTCCGTTTTGAA
* *
1048 TCGTCTTCGATTTGCCAAATCTCAATGCTTTTCTTT-CATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATT
193 TCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATT
*
1112 TTGGTGAGATTAATCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC
258 TTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC
*** *
1177 AATGCCCATTAG-TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAATCTCAATGCTTTTCTTTCCATT
323 GGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATT
*
1241 GTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG-AGTTTTTAGCTCATTTGG
388 GTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
** *
1305 AACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAACCGTCTTCGATTTGGCA
453 AACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
* * *
1370 ACCCTCATTGCTTTTCTTTTCATTGTTTATAGCCTAACCTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCC
518 AACCTCATTGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA-CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCC
*
1435 ACTGTAAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
582 ACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* * ** * * *
1470 ATTTTAGGGCCTATCAGAGCCC-TTAGTTCCGTTTTGTAACCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAA
1 ATTTT-GGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTG-AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAA
* * * *
1534 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTTTGTGACATTAGTCCACTGTGAAG
64 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG
1599 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAAT
129 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAAT
* *
1664 CGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTT
194 CGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTT
* *
1729 TGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTTTTATTTTGGGCCTATCG
259 TGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCG
* * * *
1794 AGGCGCATTTGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATG-TTTTCTTTCCATTG
324 GGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
* *
1858 TATATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGA
389 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * *
1923 ACACTT-TTCATTTTGGGCCTATCGGGACGCATTTGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
454 ACACTTGTT-ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
* *
1987 ACCCTCATTGTTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
518 AACCTCATTGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
2052 CTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
583 CTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* * *
2086 ATTTTGAG-CTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGATTCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATC
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* *
2150 CTTTTCTTTCCATTGTCTA-GAGCCTAACTATAATCATTTTGGTTGAGATTAGTCCACTGTGAAG
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATG-GACTAACTATAATCATTTTGG-TGAGATTAGTCCACTGTGAAG
* **
2214 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATTACAGCCCATTAGTTCCGTTTTGAAT
129 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAAT
* * *
2279 CGTCTTCGATTTGGCAAATCTCAATGCTTTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTT
194 CGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTT
* * *
2344 TGGTGACATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTTTTATTTTGGGCCTATCG
259 TGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCG
2409 GGGCCCATTTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATT
324 GGGCCCA-TTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATT
* *
2474 GTTTATGACCTAACTATAATCATTTTGGT--GATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCGTTTGG
388 GTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
* ***
2537 AACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCTATTAGTGAAGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
453 AACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
* * * ** * *
2602 AACCTCATAGTTTTTCTTT-AAGTTGTTTATGGCCTAGTTATTATCATTTTGATGAGATTAGTCC
518 AACCTCATTGCTTTTCTTTCCA-TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCC
*
2666 ACTGTGAAGTTCTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
582 ACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
** * * ** *
2701 ATTTTAAGCCTTTCGGGACCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* * * *
2766 CTTTTCTTTCAATTATTTATGGACTAACTACAACCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
* * ** *
2831 TTAAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACATTTTGAATCG
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCG
* * *
2896 TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTATTTATGGACTAACTGTAATCATTTTG
196 TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTG
* * * * *
2961 GTGAGATTACTACAATGTGATGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATTGGG
261 GTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
* * *
3026 GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTGTTCGATTTGGCAACCCTCAATGGTTTTC--T--A---TT
326 GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
*
3084 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAC
391 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
* *
3149 ACTAT-TTATTTTGGGCCTATTGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
456 ACT-TGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAA
* * *
3213 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTCTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACT
520 CCTCATTGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
** * *
3278 GTGATCTTGTTAGCTCATTAGGAACACTTGTT
585 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
*
3310 ATTTTGTGCCTATCGGGGCCCA-T--T-A-G---TG-A-CG---T---TTT-G--AA--TC---G
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* *
3351 --TTTC-TTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGGTGAGAGTAGGTCCACGTGTGAA
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTT-GGTGAGATTA-GTCCAC-TGTGAA
* * * * *
3413 GTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTTTTATTTTGGGCCTATCGGGGCGCATTAGTTCCGGTTTGAA
128 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAA
* * * * * *
3478 TCGTTTTCGAGTTGGCAACCCACCATGCTTTTCTTTCCATCGTTTATGGCCTAACTATAATCATT
193 TCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATT
*
3543 TTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTA-TTTGGAG-CTAT
258 TTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGG-GCCTAT
** ** *
3606 CGGGGCTTATTAGTGACGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCAT
322 CGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCAT
*
3671 TGTTTATGGTCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTG
387 TGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTG
3736 GAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC
452 GAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC
*
3801 AAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCC
517 AAACCTCATTGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCC
3866 ACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
582 ACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
3901 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
*
3966 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTCAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
66 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
* *
4031 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAAGGCCCATTAG-TCCGTTTCGAATCG
131 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCG
* * *
4095 TCTTTGATTTGGCAAATCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATCGCCTAACTATAATCATTTTG
196 TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTG
* *
4160 GTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
261 GTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
* * *
4225 GCCCATTAGTTCTGTTGTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTATT
326 GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* * * *
4290 TATGGACTAACTACAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTTAAGTGTTTAGCTCATTTGGAAC
391 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
**
4355 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
456 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
* * * * *
4420 CTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATAATTTTGGTGACATTAGTTCACTG
521 CTCATTGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
4485 TGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
586 TGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* * *
4516 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATTCGGCAAACC-CTAAT
1 ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC-AAT
* *
4580 GCTTTTCTTTTCATTGTTTATGGACTAACTATAATCAATTTGG
65 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGG
4623 ACTTTGGGCC
Statistics
Matches: 2843, Mismatches: 246, Indels: 127
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
582 28 0.01
583 13 0.00
584 64 0.02
585 168 0.06
586 1 0.00
588 3 0.00
590 3 0.00
591 237 0.08
592 2 0.00
593 3 0.00
594 1 0.00
595 1 0.00
596 2 0.00
599 4 0.00
600 2 0.00
601 4 0.00
604 2 0.00
606 1 0.00
607 30 0.01
608 2 0.00
609 190 0.07
610 5 0.00
612 3 0.00
613 2 0.00
614 280 0.10
615 1205 0.42
616 359 0.13
617 196 0.07
618 32 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (616 bp):
ATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCG
TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTG
GTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
CTCATTGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
TGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
Found at i:3454 original size:130 final size:128
Alignment explanation
Indices: 3223--3483 Score: 362
Period size: 130 Copynumber: 2.0 Consensus size: 128
3213 CCTCAATGCT
* *
3223 TTTCTTTCCATTCTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGATCTTGT
1 TTTCTTTCCATTCTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTGAGAGTAGTCCACTGTGAACTTGT
* * *
3288 TAGCTCATTAGGAACACTTGTTATTTTGTGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCG
66 TAGCTAATTAGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGGTTTGAATCG
* * *
3351 TTTC-TTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGGTGAGAGTAGGTCCACGTGTGAAGT
1 TTTCTTTCCATTCTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT-AGTGAGAGTA-GTCCAC-TGTGAACT
* * * * **
3415 TTTTAGCTAATTTGGAACACTTTTTATTTTGGGCCTATCGGGGCGCATTAGTTCCGGTTTGAATC
63 TGTTAGCTAATTAGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGGTTTGAATC
3480 G
128 G
3481 TTT
1 TTT
3484 TCGAGTTGGC
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 14, Indels: 4
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
127 32 0.28
128 12 0.10
129 6 0.05
130 66 0.57
ACGTcount: A:0.20, C:0.17, G:0.21, T:0.41
Consensus pattern (128 bp):
TTTCTTTCCATTCTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTGAGAGTAGTCCACTGTGAACTTGT
TAGCTAATTAGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGGTTTGAATCG
Found at i:4087 original size:307 final size:308
Alignment explanation
Indices: 3351--4622 Score: 2061
Period size: 307 Copynumber: 4.1 Consensus size: 308
3341 TTTTGAATCG
* *
3351 TTTC-TTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGGTGAGAGTAGGTCCACGTGTGAAGT
1 TTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTT-GGTGAGATTA-GTCCAC-TGTGAAGT
* * * *
3415 TTTTAGCTAATTTGGAACACTTTTTATTTTGGGCCTATCGGGGCGCATTAGTTCCGGTTTGAATC
63 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATC
* * * * * *
3480 GTTTTCGAGTTGGCAACCCACCATGCTTTTCTTTCCATCGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
128 GTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
3545 GGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTA-TTTGGAG-CTATCG
193 GGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGG-GCCTATCG
** *
3608 GGGCTTATTAGTGACGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
257 GGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
*
3660 TTTCTTTCCATTGTTTATGGTCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
1 TTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
3725 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC
66 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC
3790 TTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
131 TTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
*
3855 GAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGC
196 GAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGC
3920 CCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
261 CCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
*
3968 TTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTCAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
1 TTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
** *
4033 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAAGGCCCATTAG-TCCGTTTCGAATCGTC
66 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC
* * *
4097 TTTGATTTGGCAAATCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATCGCCTAACTATAATCATTTTGGT
131 TTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
*
4162 GAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGC
196 GAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGC
* *
4227 CCATTAGT-TCTGTTGTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
261 CCATTAGTGAC-GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
* * * *
4275 TTTCTTTCCATTATTTATGGACTAACTACAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTTAAGTGTT
1 TTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
**
4340 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTC
66 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC
* *
4405 TTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATAATTTTGGT
131 TTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
* * * *
4470 GACATTAGTTCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGC
196 GAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGC
* *
4535 CCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATTCGGCAAACC-CTAATGCT
261 CCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC-AATGCT
* *
4583 TTTCTTTTCATTGTTTATGGACTAACTATAATCAATTTGG
1 TTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGG
4623 ACTTTGGGCC
Statistics
Matches: 900, Mismatches: 56, Indels: 15
0.93 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
306 1 0.00
307 469 0.52
308 384 0.43
309 14 0.02
310 32 0.04
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (308 bp):
TTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC
TTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
GAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGC
CCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
Found at i:5711 original size:460 final size:461
Alignment explanation
Indices: 4625--6724 Score: 3048
Period size: 460 Copynumber: 4.6 Consensus size: 461
4615 CAATTTGGAC
* * *
4625 TTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGA-TTCGAAAACC-CTAATGC
1 TTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC-AATGC
* * *
4688 TTTTCTTTTCATAGTTTATGGACTAACTATAATCATATTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTT
65 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTT
* **
4753 TTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGT
130 TTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGT
* * * *
4818 CTTCGATTTGGCAAATCTCAATGCTATTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTTGG
195 CTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGG
4883 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTAGAACACTTGTTATTTTGAGCC-ATCGGGG
260 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTAGAACACTTGTTATTTTGAGCCTATCGGGG
* * **
4947 CCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCATTGCTTTTCTTTTAATTGTTT
325 CCCATTAGT-ACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
* *
5012 ATAGCCTAACCT-TAATAATTTTGGTGACATTAGTCCACT-TGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
389 ATAGCCTAA-CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
5075 ACTTGTTAT
453 ACTTGTTAT
*
5084 TTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
1 TTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
*
5149 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
66 TTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
* * * * *
5214 TAGCTCATTTGGAACACTTTTTTATTTTAGGCCTATTGGGGCCTATTGGTTCCGTTTTGAATCGT
131 TAGCTCATTTGGAACAC-TTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGT
* * * * * * *
5279 CTTCGATTTGGCAACCCTCAATGC-TTTCTTTTCATTGTTTATAGCCTAACTTTAACCATTTTCG
195 CTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGG
*
5343 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTCGAACACTTGTTATTTTGAG-CTATCGGGG
260 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTAGAACACTTGTTATTTTGAGCCTATCGGGG
* * *
5407 CCCATTAGTGACGTTTTCGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCATTGCTTTTCTTTTCATTGTT
325 CCCATTAGT-ACGTTTT-GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
*
5472 TATAGCCTAACTTTAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
388 TATAGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
5537 ACTTGTTAT
453 ACTTGTTAT
* * * * * *
5546 TTTGGGCCTCTCAGAGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATTTGACAACCCTCAATGCT
1 TTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
* * *
5611 TTT-TGTTCC-TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGATTAGTCCACTG-CAATGTT
66 TTTCT-TTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA-GTT
* * *
5673 TTTAACGCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATTGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCG
129 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCG
* * *
5738 TCTTCGATTGGGAAAACCTCATTGCTTTTCTTTCCATTGTTTATTGGACTAACTATAATCATTTT
194 TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTA-TGGACTAACTATAATCATTTT
* *
5803 GGTGAGATTAGT-CACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGG
258 GGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTAGAACACTTGTTATTTTGAGCCTATCGG
*
5867 GGTCCCATTAGTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTTG
323 GG-CCCATTAGTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCA-TTG
* * *
5932 TTTATGGACTAACTATAATCTTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
386 TTTATAGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
5997 ACACTTGTTAT
451 ACACTTGTTAT
* * **
6008 TTTGGGTCTATCGGGGCCTATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTTC-ATTTGGCAAACCTCAATGC
1 TTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTC-TTCGATTTGGCAAACCTCAATGC
* *
6072 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCTTTTTGGTTTAGATTAGT-CACTGTGAAG-T
65 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGG-TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
* *
6135 TTTAGCTCGTTT-GAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCTCATTAGTTCCGTTTTGAATCG
129 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCG
* *
6199 TCTTCGATTTGGCAAACCTCATTGCTTTTCTTTCCATTGTTTAGGGACTAACTATAATCATTTTG
194 TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTG
* * * * * *
6264 ATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTCGGTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
259 GTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTAGAACACTTGTTATTTTGAGCCTATCGGG
* *
6329 GCCCATTAGTTCTGTTGTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
324 GCCCATTAGTAC-GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* ** * * **
6394 TATGGCCTAACTATAATCATTTTTATGAGATTAGTCCACTGTGAAGTGTTTAGCTCGTAAGGAAC
388 TATAGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
6459 ACTTGTTAT
453 ACTTGTTAT
* * * *
6468 TTTGGGCCTATCGGGGCCCATTTGTGACATATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACTTCAATGCT
1 TTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
* **
6533 TTTCTTTCCATTATTTATGGACTAACTATAAAAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
66 TTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
* * * **
6598 TAGCTCATTTGAAACAC-T-TTATTTTGAGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTC
131 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC
* * *
6661 TTCAATTCGGCAAACGCT-AATGCTTTTCTTTTCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGG
196 TTCGATTTGGCAAAC-CTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGG
6725 ACTTTGGGCC
Statistics
Matches: 1489, Mismatches: 126, Indels: 51
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
459 57 0.04
460 575 0.39
461 509 0.34
462 290 0.19
463 47 0.03
464 11 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (461 bp):
TTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
TTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
TAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTC
TTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGT
GAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTAGAACACTTGTTATTTTGAGCCTATCGGGGC
CCATTAGTACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT
AGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACT
TGTTAT
Found at i:6811 original size:107 final size:107
Alignment explanation
Indices: 6620--6831 Score: 352
Period size: 107 Copynumber: 2.0 Consensus size: 107
6610 AACACTTTAT
* *
6620 TTTGAGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATTCGGCAAACGCTAATGCT
1 TTTGAGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATTCGGAAAACCCTAATGCT
* *
6685 TTTCTTTTCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGAC
66 TTTCTTTTCATAGTTTATGGACTAACTATAATCATATTGGAC
* * * *
6727 TTTGGGCCTATTGAGGCCCATTAGTGACTTTTTGAATCGTCTTCGATTCGGAAAACCCTAATGCT
1 TTTGAGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATTCGGAAAACCCTAATGCT
6792 TTTCTTTTCATAGTTTATGGACTAACTATAATCATATTGG
66 TTTCTTTTCATAGTTTATGGACTAACTATAATCATATTGG
6832 TGAGATTAGT
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 8, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
107 97 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (107 bp):
TTTGAGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATTCGGAAAACCCTAATGCT
TTTCTTTTCATAGTTTATGGACTAACTATAATCATATTGGAC
Found at i:7048 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 6727--7619 Score: 1265
Period size: 154 Copynumber: 5.9 Consensus size: 154
6717 CATTTTGGAC
* * * * * *
6727 TTTGGGCCTATTGAGGCCCATTAGTGACTTTTTGAATCGTCTTCGATTCGGAAAACCCT-AATGC
1 TTTGAGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-CAACCCTCAATGC
* * *
6791 TTTTCTTTTCATAGTTTATGGACTAACTATAATCATATTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTT
65 TTTTCTTTTCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTT
*
6856 TTAACTCATTTGGAACACTTGTTAT
130 TTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
* ** *
6881 TTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAATCTGAATGCT
1 TTTGAGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCT
* *
6946 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACATATAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTT
66 TTTCTTTTCATTGTTTATGGCCTAAC-TATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTT
* *
7011 TTAGCTCATTTAGAACACTTGTTCT
130 TTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
* *
7036 TTTGAGCC-ATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCATTGCT
1 TTTGAGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCT
* * *
7100 TTTCTTTTAATTGTTTATAGCCTAACCT-TAATCCTTTTGGTGAGATTAGTCCACT-TGAAGTTT
66 TTTCTTTTCATTGTTTATGGCCTAA-CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTT
7163 TTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
130 TTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
* * * *
7188 TTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTAACGTTTTGAA-CGTCTTCGATTTGGCAACCCTCTATGCA
1 TTTGAGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCT
* *
7252 TTTCTTTCCATCGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
66 TTTCTTTTCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
*
7317 TAGCTCATTTGGAACACTTTTTAT
131 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
* * * **
7341 TTT-AGGCCTATTGGGGCCTATTGGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATG-
1 TTTGA-GCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGC
*
7404 ----CTTTTC-TT-TTTATGGCCCAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTT
65 TTTTCTTTTCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTT
*
7463 TTAGCTCATTTGGAACACTTTTTAT
130 TTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
* *
7488 TTTGAG-CTATCGGGGCCTATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCATTGCT
1 TTTGAGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCT
* *
7552 TTTCTTTTCATTGTTTATAGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGTATTAGTCCATTGTGTAAGTT
66 TTTCTTTTCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAG-ATTAGTCCACTGTG-AAGTT
7617 TTT
129 TTT
7620 TAGC
Statistics
Matches: 663, Mismatches: 58, Indels: 35
0.88 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
146 51 0.08
147 79 0.12
148 2 0.00
149 5 0.01
151 8 0.01
152 111 0.17
153 145 0.22
154 188 0.28
155 74 0.11
ACGTcount: A:0.21, C:0.18, G:0.19, T:0.42
Consensus pattern (154 bp):
TTTGAGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCT
TTTCTTTTCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
TAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
Found at i:7258 original size:567 final size:567
Alignment explanation
Indices: 6160--7291 Score: 1614
Period size: 567 Copynumber: 2.0 Consensus size: 567
6150 CACTTGTTAT
* * ** * * *
6160 TTTGGGCCTATCGGGGCTCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCATTGCT
1 TTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTCGGAAAACCTCAATGCT
* * *
6225 TTTCTTTCCATTGTTTAGGGACTAACTATAATCATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTT
66 TTTCTTTCCATAGTTTAGGGACTAACTATAATCATATTGATGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
*** * *
6290 TCGGTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCTGTTGTGAATCGTC
131 TAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTACTGTTGTGAATCGTC
* *
6355 TTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTTAT
196 TTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTTGAT
*
6420 GAGATTAGTCCACTGTGAAGTGTTTAGCTCGTAAGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGC
261 GAGATTAGTCCACTGTGAAGTGTTTAGCTCGTAAGGAACACTTGTTATTTTGAGCCTATCGGGGC
* * *
6485 CCATTTGTGACATATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACTTCAATGCTTTTCTTTCCATTATTTA
326 CCATTAGTGACATATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTATTTA
*
6550 TGGACTAACTATAAAAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGAAACAC
391 TAGACTAACTATAAAAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGAAACAC
* *
6615 TTTATTTTGAGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATTCGGCAAACGCTA
456 TTTATTTTGAGCCTATCGAGGCCCATTAGTAACGTTTTGAATCGTCTTCAATTCGGCAAACCCTA
* * *
6680 ATGCTTTTCTTTTCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGAC
521 ATGCATTTCTTTCCATCGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGAC
* *
6727 TTTGGGCCTATTGAGGCCCATTAGTGACTTTTTGAATCGTCTTCGATTCGGAAAACC-CTAATGC
1 TTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTCGGAAAACCTC-AATGC
* * *
6791 TTTTCTTTTCATAGTTTATGGACTAACTATAATCATATTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTT
65 TTTTCTTTCCATAGTTTAGGGACTAACTATAATCATATTGATGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTT
*
6856 TTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGAC-GTTTTGAATCG
130 TTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT-ACTGTTGTGAATCG
* *
6920 TCTTCGATTTGGCAAATCTGAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACATATAATAATTTT
194 TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAAC-TATAATAATTTT
* * * * *
6985 GGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTA-GAACACTTGTTCTTTTGAGCC-ATCG
258 GATGAGATTAGTCCACTGTGAAGTGTTTAGCTC-GTAAGGAACACTTGTTATTTTGAGCCTATCG
* * * * * * *
7048 GGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCATTGCTTTTCTTTTAATTG
322 GGGCCCATTAGTGACATATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTA
* *** *
7113 TTTATAGCCTAACCT-TAATCCTTTTGGTGAGATTAGTCCACT-TGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
387 TTTATAGACTAA-CTATAAAAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGA
* * * *
7176 AACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTAACGTTTTGAA-CGTCTTCGATTTGGC-
451 AACAC-T-TTATTTTGAGCCTATCGAGGCCCATTAGTAACGTTTTGAATCGTCTTCAATTCGGCA
* *
7239 AACCCTCTATGCATTTCTTTCCATCGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGG
514 AACCCT-AATGCATTTCTTTCCATCGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGG
7292 TGAGATTAGT
Statistics
Matches: 499, Mismatches: 58, Indels: 16
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
566 31 0.06
567 366 0.73
568 100 0.20
569 2 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (567 bp):
TTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTCGGAAAACCTCAATGCT
TTTCTTTCCATAGTTTAGGGACTAACTATAATCATATTGATGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
TAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTACTGTTGTGAATCGTC
TTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTTGAT
GAGATTAGTCCACTGTGAAGTGTTTAGCTCGTAAGGAACACTTGTTATTTTGAGCCTATCGGGGC
CCATTAGTGACATATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTATTTA
TAGACTAACTATAAAAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGAAACAC
TTTATTTTGAGCCTATCGAGGCCCATTAGTAACGTTTTGAATCGTCTTCAATTCGGCAAACCCTA
ATGCATTTCTTTCCATCGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGAC
Done.