Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011900.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11933, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 813
Length: 1356
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.41
Found at i:372 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 49--1356 Score: 1946
Period size: 154 Copynumber: 8.5 Consensus size: 154
39 TTGTCCACTG
* * *
49 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTATACGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTAT
1 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
** **
114 CGAAGTTTTTAG-TAATTTGGAACACTTG-TATTTTGGGCCTATCGGGGCTTATTAGTTCCGTTT
66 -GAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTT
* *
177 TGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCC
130 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
* *
202 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTTACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGT
1 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
* * **
267 GAAGATTTTAACTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTT
66 GAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTT
*
332 GAATCGTCTTCGATTTGGCAACCC
131 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
* *
356 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTACGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCAATGT
1 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
** **
421 GAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCTTATTAGTTCCGTTTT
66 GAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTT
*
486 GAATCGTCTTCGATTTGGCAACCC
131 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
* *
510 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTAT
1 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
*
575 GAAG-TTTTAGCTAATTTGGAACACTT-TTATTTTGGGCCAATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTT
66 GAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTT
*
638 GAATCGTATTCGATTTGGCAAACC
131 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
* *
662 TCAATGC-TTTCTTACCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGTAGATTATTCCACTG
1 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG-AGATTAGTCCACTG
* * * *
726 TGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGACCTATTGGGGCCCATTAGTGACGTTT
65 TGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTT
*
791 TGAATCATCTTCGATTTGGCAAACC
130 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
* * *
816 ACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTAATGGCCTAACTATAATCCTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
1 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
* * * **
881 GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTTTCGGGGCTCATTAGTTCCGTTTT
66 GAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTT
946 GAATAC-TCTTCGATTTGGCAAACC
131 GAAT-CGTCTTCGATTTGGCAAACC
* *
970 TCAATGCTTTTTTTTCCATTGTTTATGGCGTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
1 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
* * *
1035 GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGCGACGTTTT
66 GAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTT
1100 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
131 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
* * *
1124 TCAATGCTTTTCTTTCCCATTGTTTATGGACTAACTTTAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCGCTG
1 TCAATGCTTTTCTTT-CCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
* * * * * *
1189 TGAAGTTTGTAGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTTTCGGGGCCAATTAATGACGTTT
65 TGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTT
*
1254 TGAATCGTTTTCGATTTGGCAAACC
130 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
* * * * *
1279 TCAATGCTTTTTTTTTTCATTGTTTAAGGGCTAACTATAAT-ACTTTTGGTGAGATTAGTCTACT
1 TCAATGC-TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTTGGTGAGATTAGTCCACT
*
1343 GTGAAGTGTTTAGC
64 GTGAAGTTTTTAGC
Statistics
Matches: 1063, Mismatches: 81, Indels: 20
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
151 40 0.04
152 87 0.08
153 119 0.11
154 582 0.55
155 228 0.21
156 7 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
GAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTT
GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
Found at i:910 original size:460 final size:460
Alignment explanation
Indices: 49--1356 Score: 2005
Period size: 460 Copynumber: 2.8 Consensus size: 460
39 TTGTCCACTG
* *
49 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTATACGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTAT
1 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTAT
* ** **
114 CGAAGTTTTTAG-TAATTTGGAACACTTGTATTTTGGGCCTATCGGGGCTTATTAGTTCCGTTTT
66 -GAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTT
* * * *
178 GAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTTACTATAATC
130 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTACCATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
* * *
243 ATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGATTTTAACTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCT
195 ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCT
* ** *
308 ATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCC
260 ATTGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCC
* * *
373 ATTGTTTACGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCAATGTGAAGTTTTTAGCTAATT
325 ATTG-TTAAGGCCTAACTATAATCCTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATT
*
438 TGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCTTATTAGTTCCGTTTTGAAT-CGTCTTCGATTT
389 TGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCTCATTAGTTCCGTTTTGAATAC-TCTTCGATTT
*
502 GGCAACCC
453 GGCAAACC
*
510 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTAT
1 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTAT
*
575 GAAG-TTTTAGCTAATTTGGAACACTTTTATTTTGGGCCAATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTG
66 GAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTG
*
639 AATCGTATTCGATTTGGCAAACCTCAATGC-TTTCTTACCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA
131 AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTACCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA
* *
703 TTTTGGTGTAGATTATTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGACCT
196 TTTTGGTG-AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCT
* *
768 ATTGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCC
260 ATTGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCC
*
833 ATTGTTAATGGCCTAACTATAATCCTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
325 ATTGTTAA-GGCCTAACTATAATCCTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATT
*
898 TGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTTTCGGGGCTCATTAGTTCCGTTTTGAATACTCTTCGATTTG
389 TGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCTCATTAGTTCCGTTTTGAATACTCTTCGATTTG
963 GCAAACC
454 GCAAACC
* * *
970 TCAATGCTTTTTTTTCCATTGTTTATGGCGTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
1 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTAT
* * *
1035 GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGCGACGTTTT
66 GAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTT-TTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTT
* * *
1100 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCCATTGTTTATGGACTAACTTTAAT
130 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC-TTACCATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
* * * *
1165 CATTTTGGTGAGATTAGTCCGCTGTGAAGTTTGTAGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCC
194 CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCC
* * * *
1230 T-TTCGGGGCCAATTAATGACGTTTTGAATCGTTTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTTTTT
259 TATT-GGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGC-TTTTCTT
* * * * *
1294 TTCATTGTTTAAGGGCTAACTATAATACTTTTGGTGAGATTAGTCTACTGTGAAGTGTTTAGC
322 TCCATTG-TTAAGGCCTAACTATAATCCTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC
Statistics
Matches: 775, Mismatches: 61, Indels: 19
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
459 48 0.06
460 378 0.49
461 84 0.11
462 66 0.09
463 101 0.13
464 94 0.12
465 4 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (460 bp):
TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTAT
GAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTG
AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTACCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA
TTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTA
TTGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCA
TTGTTAAGGCCTAACTATAATCCTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTG
GAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCTCATTAGTTCCGTTTTGAATACTCTTCGATTTGGC
AAACC
Done.