Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011901.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11934, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3148
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.41
Found at i:626 original size:307 final size:308
Alignment explanation
Indices: 5--902 Score: 1378
Period size: 307 Copynumber: 2.9 Consensus size: 308
1 CGGG
* * * * ** *
5 GCCCATTAGTAACGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAAACTTCAAAGCTTTT-CTTTAAGTTT
1 GCCCATTAGTAACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AACCTTCAATGCTTTTGATTCCA-TTG
* * *
69 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTTTG-TCATTTGG
64 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAG-TTTTTAGCTAATTTGG
*
133 AACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCAATAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
128 AACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
*
198 ACTCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT-TGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCCA
193 ACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
* *
261 CTATGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
258 CTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGA
* * *
312 GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCTTCGATGCTTTTGATTCCATTGTT
1 GCCCATTAGTAACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCAATGCTTTTGATTCCATTGTT
377 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAAC
66 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAAC
* *
442 ACTTGTTATTTTGGGCGTATC-GGGCCCATTA-TATCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGCCAAC
131 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT-TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* *
505 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGTCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTGCACT
195 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* * *
570 GTGAAGATTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGA
260 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGA
** * * *
619 GCCCATTAGTTCCCTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTCTCGA-TCCATTGT
1 GCCCATTAGTAACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCAATGCTT-TTGATTCCATTGT
* * *
683 TTATGGCCTAACTATAATAATTTAGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAA
65 TTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAA
748 CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
130 CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* * * *
813 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTAATGACCTAACTATAATAATTTTTGTGAGATTAGTCCACT
195 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
878 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAA
260 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAA
903 TGCTTTTCGT
Statistics
Matches: 538, Mismatches: 45, Indels: 15
0.90 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
304 1 0.00
305 69 0.13
306 108 0.20
307 236 0.44
308 123 0.23
309 1 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (308 bp):
GCCCATTAGTAACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCAATGCTTTTGATTCCATTGTT
TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTAATTTGGAAC
ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACC
CTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
TGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGA
Found at i:711 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1--901 Score: 1355
Period size: 154 Copynumber: 5.9 Consensus size: 154
** * * * * *
1 CGGGGCCCATTAGTAACGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAAACTTCAAAGCTTTTCTTT-AA
1 CGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AACCCTCAATGCTTTTCTTTCCA
* * * *
65 GTTTTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTTTG-TCAT
65 -TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG-TTTTTAGCTAAT
129 TTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
128 TTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
* *
156 CGGGGCCCAATAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACTCTCAATGCTTTTCTTTCCAT
1 CGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCAT
* *
221 TGTTT-TGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTCATTTG
66 TGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTG
*
284 GAAAACTTGTTATTTTGGGCCTAT
131 GAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
** * * * **
308 CGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCTTCGATGCTTTTGATTCCAT
1 CGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCAT
*
373 TGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTAATTTG
66 TGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTG
*
438 GAACACTTGTTATTTTGGGCGTAT
131 GAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
*
462 C-GGGCCCATTA-TATCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGCCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCA
1 CGGGGCCCATTAGT-TCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCA
* * *
525 TTGTTTATGGTCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTGCACTGTGAAGATTTTAGCTAATTT
65 TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTT
590 GGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
130 GGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
* * * **
615 CGGAGCCCATTAGTTCCCTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTCTCGATCCAT
1 CGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCAT
* *
680 TGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTAGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTG
66 TGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTG
745 GAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
131 GAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
769 CGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCAT
1 CGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCAT
* * * * *
834 TGTTAATGACCTAACTATAATAATTTTTGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTG
66 TGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTG
899 GAA
131 GAA
902 ATGCTTTTCG
Statistics
Matches: 681, Mismatches: 58, Indels: 15
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
151 6 0.01
152 117 0.17
153 173 0.25
154 346 0.51
155 39 0.06
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
CGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCAT
TGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTG
GAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
Found at i:958 original size:84 final size:84
Alignment explanation
Indices: 817--986 Score: 288
Period size: 84 Copynumber: 2.0 Consensus size: 84
807 GGCAACCCTC
* *
817 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTAATGACCTAACTATAATAATTTTTGTGAGATTAGTCCACTGTGA
1 AATGCTTTTCGTTCCATTGTTAATGACCTAACTATAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
882 AGTTTTTAGCTCATTTGGA
66 AGTTTTTAGCTCATTTGGA
* *
901 AATGCTTTTCGTTCCATTTGTT-ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
1 AATGCTTTTCGTTCCA-TTGTTAATGACCTAACTATAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
965 AAGTTTTTAGCTCATTTGGA
65 AAGTTTTTAGCTCATTTGGA
985 AA
1 AA
987 ACTTGTATTT
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 4, Indels: 2
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
84 76 0.94
85 5 0.06
ACGTcount: A:0.25, C:0.15, G:0.17, T:0.43
Consensus pattern (84 bp):
AATGCTTTTCGTTCCATTGTTAATGACCTAACTATAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
AGTTTTTAGCTCATTTGGA
Found at i:1087 original size:238 final size:238
Alignment explanation
Indices: 663--1139 Score: 789
Period size: 238 Copynumber: 2.0 Consensus size: 238
653 GGCAACCCTC
663 AATGCTTCTCGATCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTAGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
1 AATGCTTCTCGATCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTAGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* * **
728 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGA
66 AGTTTTTAGCTAATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGA
*
793 ATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTAATGACCTAACTATAATAAT
131 ATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTAATGACCTAACTATAATAAT
*
858 TTTTGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
196 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * * *
901 AATGCTTTTCGTTCCATT-TGTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
1 AATGCTTCTCGATCCATTGT-TTATGGCCTAACTATAATAATTTAGGTGAGATTAGTCCACTGTG
*
965 AAGTTTTTAGCTCATTTGGAAAACTTG-TATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTT
65 AAGTTTTTAGCTAATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACG-TTTT
*
1029 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTGT-ATGGCCTAACTATAAT
129 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGT-TAATGACCTAACTATAAT
*
1093 CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
193 AATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
1139 A
1 A
1140 CACTTGTTAT
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 13, Indels: 6
0.92 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
237 30 0.13
238 192 0.86
239 1 0.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.17, G:0.19, T:0.40
Consensus pattern (238 bp):
AATGCTTCTCGATCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTAGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
AGTTTTTAGCTAATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGA
ATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTAATGACCTAACTATAATAAT
TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
Found at i:1181 original size:154 final size:152
Alignment explanation
Indices: 901--2681 Score: 2505
Period size: 154 Copynumber: 11.6 Consensus size: 152
891 CTCATTTGGA
*
901 AATGCTTTTCGTTCCATT-TGTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTG-TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
* *
965 AAGTTTTTAGCTCATTTGGAAAACTTG-TATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTT
65 AAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT--GCCTATCGGGGACCATTAGTGTCG-TTTT
1029 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC
127 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC
1055 AATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* * * *
1120 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTTCTCTATTGGAG-CTCATTAGTTTCGTTTTGA
66 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGC-CTATCGGGGAC-CATTAGTGTCGTTTTGA
1184 ATCGTCTTCGATTTGG-AAACCTTC
129 ATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TC
* *
1208 GATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* *
1272 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACAATTGTTATTATGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGAT-GTTTTG
66 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT-T-TGCCTATCGGGGACCATTAGTG-TCGTTTTG
1336 AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC
128 AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC
* *
1361 AATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACGATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCAACTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* * *
1426 AGTTTTTAACTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
66 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT-GCCTATCGGGGACCATTAGTGTCGTTTTGAA
*
1491 TCGTCTTAGATTTGGC-AACCTTC
130 TCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TC
* * * *
1514 GATGCCTTTCTTTCCATTGTGTATAGCCTAACGATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* * ** **
1579 AGTTTTTACCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATTGGGGATTATTAGTGAAGTTTTGA
66 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT--GCCTATCGGGGACCATTAGTGTCGTTTTGA
*
1644 ATCATCTTCGATTTGGCAAACCTC
129 ATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC
* * * * *
1668 AATGTTTTTCCTTACATTGTGTATGGCATAACTATAACCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* *
1733 AGTTTTTAGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTTGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGA
66 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTA-TTTT-GCCTATCGGGGACCATTAGTGTCGTTTTGA
1798 ATCGTCTTCGATTTGGC-AACCTTC
129 ATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TC
* * *
1822 GATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCT-ACATATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAAC-TATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
* *
1886 AAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTATGGGCCTATCGGGGACCATTAGTAAT-GTTTT
65 AAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT-T-TGCCTATCGGGGACCATTAGT-GTCGTTTT
1950 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC
127 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC
1976 AATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGGTCCACTGTG
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTA-GTCCACTGTG
* * *
2041 AAGTTTTTGGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTATGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGAT-G-TTT
65 AAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT-T-TGCCTATCGGGGACCATTAGTG-TCGTTTT
2104 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC
127 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC
* *
2130 AATGCTTTTC-TTCCTATTGTTTACGGCCTAACTATAATCTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
1 AATGCTTTTCTTTCC-ATTGTGTATGGCCTAACTATAATC-ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
* * *
2194 GAAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCGTTAGT-TCCGTTT
64 GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT--GCCTATCGGGGACCATTAGTGT-CGTTT
*
2258 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
126 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC
* * * *
2285 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTTCACTATGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* *
2350 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT-TCCGTTTTG
66 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT--GCCTATCGGGGACCATTAGTGT-CGTTTTG
*
2414 AATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
128 AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC
* *
2439 AATGCTTTTCTTACCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* * * *
2504 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTTCTCGTATCGGAGTCTCATTAGTTTCGTTTTG
66 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGC-C-TATCGGGGAC-CATTAGTGTCGTTTTG
2569 TAATCGTCTTCGATTTGG-AAACCTTC
128 -AATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TC
* * *
2595 GAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATCGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
1 -AATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
2660 AAGTTTTTTAGCTCATTTGGAA
65 AAG-TTTTTAGCTCATTTGGAA
2682 ATGCTTTTTG
Statistics
Matches: 1488, Mismatches: 97, Indels: 80
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
152 65 0.04
153 294 0.20
154 842 0.57
155 181 0.12
156 24 0.02
157 64 0.04
158 18 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.17, G:0.20, T:0.41
Consensus pattern (152 bp):
AATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGCCTATCGGGGACCATTAGTGTCGTTTTGAAT
CGTCTTCGATTTGGCAAACCTC
Found at i:2330 original size:463 final size:464
Alignment explanation
Indices: 901--2681 Score: 2677
Period size: 463 Copynumber: 3.9 Consensus size: 464
891 CTCATTTGGA
*
901 AATGCTTTTCGTTCCATT-TGTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGT-TTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
965 AAGTTTTTAGCTCATTTGGAAAACTTG-TATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTT
65 AAGTTTTTAGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACG-TTTT
1029 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATC
129 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATC
*
1094 ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT--TCTC
194 ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGC-C
* * *
1157 TATTGGAG-CTCATTAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAACCTTCGATGCTTTTCTTT
258 TATCGGAGACTCATTAGTATCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAACCTTCAATGCTTTTCTTT
*
1221 CCATTGTTTATGGCCTAACTATAATC-A-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTC
323 CCATTGTTTACGGCCTAACTATAATCTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTC
* * *
1284 ATTTGGAACAATTGTTATTATGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGATGTTTTGAATCGTCTTCGAT
388 ATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGAT
*
1349 TTGGCAAACCTC
453 TTGGCAACCCTC
* * *
1361 AATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACGATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCAACTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
*
1426 AGTTTTTAACTCATTTGGAAAACTTGTTATTTT-GGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGA
66 AGTTTTTAGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGA
* * * * *
1490 ATCGTCTTAGATTTGGC-AACCTTCGATGCCTTTCTTTCCATTGTGTATAGCCTAACGATAATCA
131 ATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCA
*
1554 TTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTACCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTA
195 TTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTA
* * * * * * *
1619 TTGGGGA-TTATTAGTGA-AGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAACC-TCAATGTTTTTCCTT
260 TCGGAGACTCATTAGT-ATCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-AAACCTTCAATGCTTTTCTTT
* * * * *
1681 ACATTGTGTATGGCATAACTATAA-CCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTC
323 CCATTGTTTACGGCCTAACTATAATCTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTC
* *
1745 ATTTGGAAAACTTGTTATTTTTGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGAT
388 ATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGAT
*
1810 TTGGCAACCTTC
453 TTGGCAACCCTC
* *
1822 GATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCT-ACATATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAAC-TATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
* * * *
1886 AAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTATGGGCCTATCGGGGACCATTAGTAATGTTTTG
65 AAGTTTTTAGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTG
1951 AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCA
130 AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCA
* * *
2016 TTTTGGTGAGATTAGGTCCACTGTGAAGTTTTTGGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTATGGGCCT
195 TTTTGGTGAGATTA-GTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCT
*
2081 ATCGGGGAC-CATTAGTGAT-G-TTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCAATGCTTTTC-T
259 ATCGGAGACTCATTAGT-ATCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-AAACCTTCAATGCTTTTCTT
2141 TCCTATTGTTTACGGCCTAACTATAATCTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC
322 TCC-ATTGTTTACGGCCTAACTATAATCTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC
* * * **
2206 TAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCGTTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCG
386 TCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCG
2271 ATTTGGCAACCCTC
451 ATTTGGCAACCCTC
* * *
2285 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTTCACTATGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* * * **
2350 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGA
66 AGTTTTTAGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGA
* * *
2415 ATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTACCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCAT
131 ATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCAT
*** *
2480 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTTCTCGTAT
196 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
* *
2545 CGGAGTCTCATTAGTTTCGTTTTGTAATCGTCTTCGATTTGGAAACCTTCGAATGCTTTTCTTTC
261 CGGAGACTCATTAGTATCGTTTTG-AATCGTCTTCGATTTGGAAACCTTC-AATGCTTTTCTTTC
2610 CATTGTTTATC-GCCTAACTATAAT-TATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTTAGCT
324 CATTGTTTA-CGGCCTAACTATAATCTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG-TTTTTAGCT
2673 CATTTGGAA
387 CATTTGGAA
2682 ATGCTTTTTG
Statistics
Matches: 1202, Mismatches: 91, Indels: 50
0.90 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
458 4 0.00
459 118 0.10
460 182 0.15
461 209 0.17
462 204 0.17
463 373 0.31
464 11 0.01
465 48 0.04
466 48 0.04
467 5 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.17, G:0.20, T:0.41
Consensus pattern (464 bp):
AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
AGTTTTTAGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGA
ATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCAT
TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
CGGAGACTCATTAGTATCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAACCTTCAATGCTTTTCTTTCCA
TTGTTTACGGCCTAACTATAATCTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
TGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTG
GCAACCCTC
Found at i:2739 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 2596--2765 Score: 279
Period size: 85 Copynumber: 2.0 Consensus size: 84
2586 GAAACCTTCG
* *
2596 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATCGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGGTTATCGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
*
2661 AGTTTTTTAGCTCATTTGGA
66 AG-TTTTTAGCTAATTTGGA
*
2681 AATGCTTTT-TGTTCCATTGGTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
1 AATGCTTTTCT-TTCCATTGGTTATCGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
2745 AAGTTTTTAGCTAATTTGGA
65 AAGTTTTTAGCTAATTTGGA
2765 A
1 A
2766 CACTTGTTAT
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 4, Indels: 3
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
84 18 0.22
85 62 0.77
ACGTcount: A:0.24, C:0.14, G:0.18, T:0.44
Consensus pattern (84 bp):
AATGCTTTTCTTTCCATTGGTTATCGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
AGTTTTTAGCTAATTTGGA
Found at i:3055 original size:155 final size:154
Alignment explanation
Indices: 2681--3148 Score: 776
Period size: 154 Copynumber: 3.0 Consensus size: 154
2671 CTCATTTGGA
*
2681 AATGCTTTT-TGTTCCATTGGTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
1 AATGCTTTTCT-TTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
*
2745 AAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGGCCCATTAGTTCCGTTTTG
65 AAGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTG
2810 AATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
130 AATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
* *
2835 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTTACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
*
2900 AGATTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGA
66 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGA
* * *
2965 TTAGTCTTCGATTTTGGCAAACCTC
131 ATCGTCTTCGA-TTTGGCAACCCTC
*
2990 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTCGTCCACTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* ** *
3055 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGAATATCGAGGACCCATTACGTTCCGTTTT
66 AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCG-GGGCCCATTA-GTTCCGTTTT
3120 GAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
129 GAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
3146 AAT
1 AAT
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 19, Indels: 6
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
154 132 0.45
155 114 0.39
156 24 0.08
157 21 0.07
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
AGTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGA
ATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
Done.