Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01011902.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11935, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 859

Length: 1432
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.18, T:0.38


Found at i:281 original size:154 final size:154

Alignment explanation


    Indices: 1--1079  Score: 1685
    Period size: 154  Copynumber: 7.0  Consensus size: 154

                         *       *  *    *             *    *               *
          1 GACGTATTGAATCTTCTTCGAATTGGCAAGCCTCAATGCTTTTGTTTCAATTGTTTATGGCCTAC
          1 GACGTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA

                          * *             *    *              *              
         66 CTATAATCATTTTGTTTAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATT
         66 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT

                                    
        131 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
        131 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT

                                                                             
        155 GACGTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
          1 GACGTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA

                                               *          *                  
        220 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCCTTTGGAACACTTGTTATT
         66 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT

                  *                 
        285 TTGGGCTTATCGGGGCCCATTAGT
        131 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT

            ** * *                        *                                  
        309 TCCATTTTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAATCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
          1 GACGTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA

                                                                             
        374 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT
         66 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT

                                    
        439 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
        131 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT

                         *       *  *    *             *                    *
        463 GACGTATTGAATCTTCTTCGAATTGGCAAGCCTCAATGCTTTTGTTTCCATTGTTTATGGCCTAC
          1 GACGTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA

                          * *             * *      *       *                 
        528 CTATAATCATTTTGTTTAGATTAGTCCACTCTTAAC-TTATAGCTCAGTTGGAACACTTGTTATT
         66 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT

                                    
        592 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
        131 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT

                                                                           * 
        616 GACGTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTCA
          1 GACGTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA

             **      *                                            *          
        681 CCGTAATCAATTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAATACTTGTTATT
         66 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT

                                    
        746 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
        131 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT

              *                                                        *     
        770 GATGTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGACCTAA
          1 GACGTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA

                                                           *                 
        835 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCAGTTGGAACACTTGTTATT
         66 CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT

                       *            
        900 TTGGGCCTATCAGGGCCCATTAGT
        131 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT

             *    *                  *                                   *   
        924 -TCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGTCTA
          1 GAC-GTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTA

                         *                   *  *   *              *         
        988 ACTATAATCATTTCGGTGAGATTAGTCCACTGTAAAGTTTCTAGCTCATTTGGAATACTTGTTAT
         65 ACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT

                                     
       1053 TTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT
        130 TTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT

              
       1078 GA
          1 GA

       1080 TAATACGAAT


Statistics
Matches: 844,  Mismatches: 78, Indels: 5
        0.91            0.08        0.01

Matches are distributed among these distances:
 153  137  0.16
 154  707  0.84

ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.19, T:0.41


Consensus pattern (154 bp):   
GACGTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAA
CTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT
TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGT

Found at i:864 original size:461 final size:461

Alignment explanation


    Indices: 1--1079  Score: 1788
    Period size: 461  Copynumber: 2.3  Consensus size: 461

                                                            *                
          1 GACGTATTGAATCTTCTTCGAATTGGCAAGCCTCAATGCTTTTGTTTCAATTGTTTATGGCCTAC
          1 GACGTATTGAATCTTCTTCGAATTGGCAAGCCTCAATGCTTTTGTTTCCATTGTTTATGGCCTAC

                                                   *          *              
         66 CTATAATCATTTTGTTTAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATT
         66 CTATAATCATTTTGTTTAGATTAGTCCACTTT-AAGTTTATAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT

                                                                             
        131 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTT
        130 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTT

                                     *       *                         *     
        196 TTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT
        195 TTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACCATAATCAATTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTT

                 *                        *                                  
        261 AGCTCCTTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCTTATCGGGGCCCATTAGTTCCATTTTGAATCGTCT
        260 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCATTTTGAATCGTCT

                         *                            *                      
        326 TCGATTTAGCAAATCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
        325 TCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGACCTAACTATAATCATTTTGGTG

                                          *                            *     
        391 AGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCC
        390 AGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCAGTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGGCC

                   
        456 CATTAGT
        455 CATTAGT

                                                                             
        463 GACGTATTGAATCTTCTTCGAATTGGCAAGCCTCAATGCTTTTGTTTCCATTGTTTATGGCCTAC
          1 GACGTATTGAATCTTCTTCGAATTGGCAAGCCTCAATGCTTTTGTTTCCATTGTTTATGGCCTAC

                                                *          *                 
        528 CTATAATCATTTTGTTTAGATTAGTCCACTCTTAA-CTTATAGCTCAGTTGGAACACTTGTTATT
         66 CTATAATCATTTTGTTTAGATTAGTCCACT-TTAAGTTTATAGCTCATTTGGAACACTTGTTATT

                                                                             
        592 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTT
        130 TTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTT

                                  *   *                                      
        657 TTCTTTCCATTGTTTATGGCCTCACCGTAATCAATTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTT
        195 TTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACCATAATCAATTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTT

                         *                                    *              
        722 AGCTCATTTGGAATACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAG-T-GATGTATTGAATCGT
        260 AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCAT-T-TTGAATCGT

                                                                             
        785 CTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGACCTAACTATAATCATTTTGG
        323 CTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGACCTAACTATAATCATTTTGG

                                                                             
        850 TGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCAGTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGG
        388 TGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCAGTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGG

                     
        915 CCCATTAGT
        453 CCCATTAGT

             *    *       *       *       *             *                *   
        924 -TCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGTCTA
          1 GAC-GTATTGAATCTTCTTCGAATTGGCAAGCCTCAATGCTTTTGTTTCCATTGTTTATGGCCTA

            *            * * *               *      *              *         
        988 ACTATAATCATTTCGGTGAGATTAGTCCACTGTAAAGTTTCTAGCTCATTTGGAATACTTGTTAT
         65 CCTATAATCATTTTGTTTAGATTAGTCCACT-TTAAGTTTATAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT

                                       
       1053 TTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGA
        129 TTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGA

       1080 TAATACGAAT


Statistics
Matches: 577,  Mismatches: 35, Indels: 10
        0.93            0.06        0.02

Matches are distributed among these distances:
 459    2  0.00
 460    3  0.01
 461  423  0.73
 462  147  0.25
 463    2  0.00

ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.19, T:0.41


Consensus pattern (461 bp):   
GACGTATTGAATCTTCTTCGAATTGGCAAGCCTCAATGCTTTTGTTTCCATTGTTTATGGCCTAC
CTATAATCATTTTGTTTAGATTAGTCCACTTTAAGTTTATAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTT
TGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTT
TCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACCATAATCAATTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTA
GCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCATTTTGAATCGTCTT
CGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGACCTAACTATAATCATTTTGGTGA
GATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCAGTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGGCCC
ATTAGT

Done.