Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011934.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11967, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 69003
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.17, T:0.32
Found at i:7 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1--42 Score: 84
Period size: 2 Copynumber: 21.0 Consensus size: 2
1 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
1 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
43 GTTTTTTTTT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 40 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.50, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
CT
Found at i:4022 original size:21 final size:19
Alignment explanation
Indices: 3993--4038 Score: 65
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
3983 GGCGTGGCTC
*
3993 TTTTCTTCTTTTTCTTTTCCT
1 TTTTTTTCTTTTTCTTTT--T
4014 TTTTTTTCTTTTTCTTTTT
1 TTTTTTTCTTTTTCTTTTT
4033 TTTTTT
1 TTTTTT
4039 GCTCCTCTCC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.29
21 17 0.71
ACGTcount: A:0.00, C:0.15, G:0.00, T:0.85
Consensus pattern (19 bp):
TTTTTTTCTTTTTCTTTTT
Found at i:4036 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 3991--4035 Score: 65
Period size: 15 Copynumber: 3.1 Consensus size: 15
3981 ATGGCGTGGC
*
3991 TCTTTT-CTTCTTTT
1 TCTTTTCCTTTTTTT
4005 TCTTTTCCTTTTTTT
1 TCTTTTCCTTTTTTT
*
4020 TCTTTTTCTTTTTTT
1 TCTTTTCCTTTTTTT
4035 T
1 T
4036 TTTGCTCCTC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
14 6 0.21
15 22 0.79
ACGTcount: A:0.00, C:0.18, G:0.00, T:0.82
Consensus pattern (15 bp):
TCTTTTCCTTTTTTT
Found at i:5219 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 5187--5221 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
5177 TGATGCTTGC
**
5187 TTGGTTGGCTGGATAATA
1 TTGGTTGGCAAGATAATA
5205 TTGGTTGGCAAGATAAT
1 TTGGTTGGCAAGATAAT
5222 GTTGCTTGCT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.06, G:0.31, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
TTGGTTGGCAAGATAATA
Found at i:10099 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 10064--10159 Score: 120
Period size: 36 Copynumber: 2.9 Consensus size: 31
10054 CTAACCAATT
* *
10064 ACCAATATTACTCTATAATGATCCCTTACTA
1 ACCAATGTTAGTCTATAATGATCCCTTACTA
*
10095 ACCAATGTTAGTTTATAATGATCCCTCACTAAACTA
1 ACCAATGTTAGTCTATAATGATCCCT---T--ACTA
10131 ACCAATGTTAGTCTATAATGATCCCTTAC
1 ACCAATGTTAGTCTATAATGATCCCTTAC
10160 CTCTATAATT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 4, Indels: 10
0.80 0.06 0.14
Matches are distributed among these distances:
31 25 0.45
33 1 0.02
34 1 0.02
36 29 0.52
ACGTcount: A:0.34, C:0.24, G:0.07, T:0.34
Consensus pattern (31 bp):
ACCAATGTTAGTCTATAATGATCCCTTACTA
Found at i:12202 original size:22 final size:24
Alignment explanation
Indices: 12163--12208 Score: 69
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
12153 AAGCTCGAGA
12163 TAAAAAAAATAATTATTAAAGAATT
1 TAAAAAAAATAA-TATTAAAGAATT
12188 TAAAAAAAA-AA-ATTAAAGAAT
1 TAAAAAAAATAATATTAAAGAAT
12209 AAACTGGTTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
22 10 0.48
24 2 0.10
25 9 0.43
ACGTcount: A:0.70, C:0.00, G:0.04, T:0.26
Consensus pattern (24 bp):
TAAAAAAAATAATATTAAAGAATT
Found at i:16108 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 16101--16126 Score: 52
Period size: 2 Copynumber: 13.0 Consensus size: 2
16091 GATTACACCT
16101 AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC
1 AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC
16127 TTAGAACTGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 24 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.50, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (2 bp):
AC
Found at i:16147 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 16123--16163 Score: 73
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
16113 ACACACACAC
*
16123 ACACTTAGAACTGAAAAGATT
1 ACACCTAGAACTGAAAAGATT
16144 ACACCTAGAACTGAAAAGAT
1 ACACCTAGAACTGAAAAGAT
16164 GAGGCATGAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.17, G:0.15, T:0.20
Consensus pattern (21 bp):
ACACCTAGAACTGAAAAGATT
Found at i:40394 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 40386--40415 Score: 60
Period size: 3 Copynumber: 10.0 Consensus size: 3
40376 TTCGCCCCTC
40386 GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT
1 GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT
40416 CACAGCTATC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 27 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.33, G:0.33, T:0.33
Consensus pattern (3 bp):
GCT
Found at i:40777 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 40767--40804 Score: 76
Period size: 5 Copynumber: 7.6 Consensus size: 5
40757 TCTATCTACC
40767 AGAAA AGAAA AGAAA AGAAA AGAAA AGAAA AGAAA AGA
1 AGAAA AGAAA AGAAA AGAAA AGAAA AGAAA AGAAA AGA
40805 TGGTGGGAAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
5 33 1.00
ACGTcount: A:0.79, C:0.00, G:0.21, T:0.00
Consensus pattern (5 bp):
AGAAA
Found at i:44104 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 44079--44125 Score: 67
Period size: 12 Copynumber: 3.8 Consensus size: 12
44069 GATATCCACA
*
44079 GATATATTGAACG
1 GATATATCG-ACG
44092 GATATATCGACG
1 GATATATCGACG
*
44104 GATATATAGACG
1 GATATATCGACG
44116 GATATATCGA
1 GATATATCGA
44126 GGTATCGATG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 1
0.89 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
12 23 0.74
13 8 0.26
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.23, T:0.28
Consensus pattern (12 bp):
GATATATCGACG
Found at i:45299 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 45282--45313 Score: 64
Period size: 12 Copynumber: 2.7 Consensus size: 12
45272 TACCCTATGT
45282 AAACACGACACG
1 AAACACGACACG
45294 AAACACGACACG
1 AAACACGACACG
45306 AAACACGA
1 AAACACGA
45314 ATTGCCAGGT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 20 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.31, G:0.16, T:0.00
Consensus pattern (12 bp):
AAACACGACACG
Found at i:45639 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 45624--45667 Score: 61
Period size: 10 Copynumber: 4.4 Consensus size: 10
45614 TTTAATATGA
45624 ATATTTACGG
1 ATATTTACGG
**
45634 ATATTTATAG
1 ATATTTACGG
*
45644 ATATTTATGG
1 ATATTTACGG
45654 ATATTTACGG
1 ATATTTACGG
45664 ATAT
1 ATAT
45668 ATCGAGGTAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 30 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.05, G:0.16, T:0.45
Consensus pattern (10 bp):
ATATTTACGG
Found at i:45666 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 45619--45667 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
45609 TTTAATTTAA
*
45619 TATGAATATTTACGGATATT
1 TATGGATATTTACGGATATT
* *
45639 TATAGATATTTATGGATATT
1 TATGGATATTTACGGATATT
*
45659 TACGGATAT
1 TATGGATAT
45668 ATCGAGGTAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 24 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.16, T:0.45
Consensus pattern (20 bp):
TATGGATATTTACGGATATT
Found at i:53846 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 53823--53868 Score: 67
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
53813 CTACCTCTTT
* *
53823 TTTTTTATTACC-GAATTTTA
1 TTTTTTATTACCAAAATTTCA
53843 TTTTTTATTACCAAAATTTCA
1 TTTTTTATTACCAAAATTTCA
53864 TTTTT
1 TTTTT
53869 ACCTCTTTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.52
21 11 0.48
ACGTcount: A:0.26, C:0.11, G:0.02, T:0.61
Consensus pattern (21 bp):
TTTTTTATTACCAAAATTTCA
Found at i:54070 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 54028--54071 Score: 63
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
54018 TTTTACCAAA
*
54028 TTTTATTACTAAATTTTACTC
1 TTTTATTACCAAATTTTACTC
54049 TTTTAATTACCAAATTTT-CTC
1 TTTT-ATTACCAAATTTTACTC
54070 TT
1 TT
54072 ACTCTTTAAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 9 0.43
22 12 0.57
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (21 bp):
TTTTATTACCAAATTTTACTC
Found at i:54090 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 54041--55105 Score: 412
Period size: 26 Copynumber: 39.3 Consensus size: 26
54031 TATTACTAAA
54041 TTTTACTCTTTTAATTACCAAATTTTC
1 TTTTACTC-TTTAATTACCAAATTTTC
* *
54068 TCTTACTCTTTAATTGCGC-AA-TTTC
1 TTTTACTCTTTAATTAC-CAAATTTTC
**
54093 ATTTTACTCTTTAATTACCAAATTCCC
1 -TTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTC
54120 TTTTACTCTTTAATTTACC-AA-----
1 TTTTACTCTTTAA-TTACCAAATTTTC
* * **
54141 --TTACTCTTTAATTACCCAATCTCA
1 TTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTC
* * * *
54165 TCTTATTCTCTAATTACCCAAATTTACC
1 TTTTACTCTTTAATTA-CCAAATTT-TC
** *
54193 AATTACTCTTTAATTACCCAA-TTTC
1 TTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTC
* **
54218 ATTTTACTTTTTTTAATTACCAAATTAACC
1 -TTTTAC--TCTTTAATTACCAAATT-TTC
** *
54248 AATTACTCTTTGATTATCC-AA-TTTC
1 TTTTACTCTTTAATTA-CCAAATTTTC
* * *
54273 ATCTTATTCTTTAATTACACAAATTTACC
1 -TTTTACTCTTTAATTAC-CAAATTT-TC
** *
54302 AATTACTCTTTAATTACCCAA-TTTC
1 TTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTC
* **
54327 ATTTTACTTTTTTAATTACCAAATTAACC
1 -TTTTAC-TCTTTAATTACCAAATT-TTC
** *
54356 AATTACTCTTTGATTACCAAA--TTC
1 TTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTC
* * **
54380 ATTTTACTTTTTAATTACCCAAGTTAACC
1 -TTTTACTCTTTAATTA-CCAAATT-TTC
** * *
54409 AATTACTCTTTAAATTACTAAATTTCC
1 TTTTACTCTTT-AATTACCAAATTTTC
*
54436 TTTTACTTTTTAATTACCAAA--TTC
1 TTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTC
* * *
54460 ATCTTACTCCTTAATTAACCAAATTTCC
1 -TTTTACTCTTTAATT-ACCAAATTTTC
*
54488 TTTTACTCTTTAATTACTAAA--TTC
1 TTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTC
54512 ATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTTCC
1 -TTTTACTCTTTAATT-ACCAAA--T-----TTT-C
*
54548 TTTTACTCTTTAATTACTAAA--TTC
1 TTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTC
54572 ATTTTAAC-CTTTAATTAACCAAATTTACCAATTTCC
1 -TTTT-ACTCTTTAATT-ACCAAA--T-----TTT-C
* *
54608 TTTTACTCTTTAATTACTAGA--TTC
1 TTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTC
* *
54632 ATTTTACTCTTTAATTTGCC-AATTTCC
1 -TTTTACTCTTTAA-TTACCAAATTTTC
* *
54659 TTTTACTCTTTAATCACCCAA--TTC
1 TTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTC
*
54683 ATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTCC
1 -TTTTACTCTTTAATT-ACCAAATTTTC
* *
54711 TTTTACTTTTTAATTAACC-AATTTCC
1 TTTTACTCTTTAATT-ACCAAATTTTC
54737 TTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTTCC
1 TTTTACTCTTTAATT-ACCAAA--T-----TTT-C
* *
54772 TTTTAGTCTTTAATTACTAAA--TTC
1 TTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTC
*
54796 ATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTCC
1 -TTTTACTCTTTAATT-ACCAAATTTTC
* *
54824 TTTTACTTTTTAATTAACC-AATTTCC
1 TTTTACTCTTTAATT-ACCAAATTTTC
* *
54850 TTTCACTCTTTGATTAACCAAATTTACCAATTTCC
1 TTTTACTCTTTAATT-ACCAAA--T-----TTT-C
*
54885 TTTTACTCTTTAATTACTAAA--TTC
1 TTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTC
54909 ATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTTCC
1 -TTTTACTCTTTAATT-ACCAAA--T-----TTT-C
*
54945 TTTTACTCTTTAATTACTAAA--TTC
1 TTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTC
* *
54969 ATTTTACTCTTTAATTTGCC-AATTTCC
1 -TTTTACTCTTTAA-TTACCAAATTTTC
*
54996 TTTTACTCTTTAATTACCAAA-TTTA
1 TTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTC
* *
55021 TTTTACTCTTTAATTTGCC-AATTTCC
1 TTTTACTCTTTAA-TTACCAAATTTTC
55047 TTTTACTCTTTAATTACCAAA--TTC
1 TTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTC
* ** *
55071 ATTTTGCTCTTTAATTTGTCAAATTTCC
1 -TTTTACTCTTTAA-TTACCAAATTTTC
55099 TTTTACT
1 TTTTACT
55106 TTTTGACTAT
Statistics
Matches: 791, Mismatches: 126, Indels: 242
0.68 0.11 0.21
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.01
19 13 0.02
24 14 0.02
25 182 0.23
26 242 0.31
27 139 0.18
28 70 0.09
29 15 0.02
30 1 0.00
34 30 0.04
35 77 0.10
36 3 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.01, T:0.48
Consensus pattern (26 bp):
TTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTC
Found at i:54145 original size:71 final size:73
Alignment explanation
Indices: 54070--54215 Score: 181
Period size: 71 Copynumber: 2.0 Consensus size: 73
54060 AAATTTTCTC
* * * * * * **
54070 TTACTCTTTAATTGCGCAATTTCATTTTACTCTTTAATTA-CCAAA-TTCCCTTTTACTCTTTAA
1 TTACTCTTTAATTACCCAATCTCATCTTACTCTCTAATTACCCAAATTTACCAATTACTCTTTAA
54133 TTTA-CCAA
66 -TTACCCAA
*
54141 TTACTCTTTAATTACCCAATCTCATCTTATTCTCTAATTACCCAAATTTACCAATTACTCTTTAA
1 TTACTCTTTAATTACCCAATCTCATCTTACTCTCTAATTACCCAAATTTACCAATTACTCTTTAA
54206 TTACCCAA
66 TTACCCAA
54214 TT
1 TT
54216 TCATTTTACT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 9, Indels: 4
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
71 34 0.54
72 8 0.13
73 21 0.33
ACGTcount: A:0.29, C:0.25, G:0.01, T:0.45
Consensus pattern (73 bp):
TTACTCTTTAATTACCCAATCTCATCTTACTCTCTAATTACCCAAATTTACCAATTACTCTTTAA
TTACCCAA
Found at i:54213 original size:54 final size:55
Alignment explanation
Indices: 54131--54504 Score: 437
Period size: 54 Copynumber: 6.9 Consensus size: 55
54121 TTTACTCTTT
* * * *
54131 AATTTACCAATTACTCTTTAATTACCCAATCTCATCTTA-TTCTCTAATTACCCA
1 AATTAACCAATTACTCTTTAATTACCCAATTTCATTTTACTTCTTTAATTACCCA
* *
54185 AATTTACCAATTACTCTTTAATTACCCAATTTCATTTTACTTTTTTTAATTA-CCA
1 AATTAACCAATTACTCTTTAATTACCCAATTTCATTTTAC-TTCTTTAATTACCCA
* * * *
54240 AATTAACCAATTACTCTTTGATTATCCAATTTCATCTTA-TTCTTTAATTACACA
1 AATTAACCAATTACTCTTTAATTACCCAATTTCATTTTACTTCTTTAATTACCCA
* *
54294 AATTTACCAATTACTCTTTAATTACCCAATTTCATTTTACTTTTTTAATTA-CCA
1 AATTAACCAATTACTCTTTAATTACCCAATTTCATTTTACTTCTTTAATTACCCA
* *
54348 AATTAACCAATTACTCTTTGATTA-CCAAATTCATTTTACTT-TTTAATTACCCA
1 AATTAACCAATTACTCTTTAATTACCCAATTTCATTTTACTTCTTTAATTACCCA
* ** *
54401 AGTTAACCAATTACTCTTTAAATTACTAAATTTCCTTTTACTT-TTTAATTA-CCA
1 AATTAACCAATTACTCTTT-AATTACCCAATTTCATTTTACTTCTTTAATTACCCA
* * * * *
54455 AATTCATC--TTACTCCTTAATTAACCAAATTTCCTTTTAC-TCTTTAATTAC
1 AATTAACCAATTACTCTTTAATT-ACCCAATTTCATTTTACTTCTTTAATTAC
54505 TAAATTCATT
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 30, Indels: 21
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
51 5 0.02
52 40 0.14
53 47 0.17
54 110 0.39
55 69 0.25
56 9 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.22, G:0.01, T:0.45
Consensus pattern (55 bp):
AATTAACCAATTACTCTTTAATTACCCAATTTCATTTTACTTCTTTAATTACCCA
Found at i:54275 original size:109 final size:107
Alignment explanation
Indices: 54131--54458 Score: 489
Period size: 109 Copynumber: 3.0 Consensus size: 107
54121 TTTACTCTTT
* * * *
54131 AATTTACCAATTACTCTTTAATTACCCAATCTCATCTTATTCTCTAATTACCCAAATTTACCAAT
1 AATTAACCAATTACTCTTTGATTA-CCAATTTCATCTTATTCTTTAATTACCCAAATTTACCAAT
54196 TACTCTTTAATTACCCAATTTCATTTTACTTTTTTTAATTACCA
65 TACTCTTTAATTACCCAATTTCATTTTAC-TTTTTTAATTACCA
*
54240 AATTAACCAATTACTCTTTGATTATCCAATTTCATCTTATTCTTTAATTACACAAATTTACCAAT
1 AATTAACCAATTACTCTTTGATTA-CCAATTTCATCTTATTCTTTAATTACCCAAATTTACCAAT
54305 TACTCTTTAATTACCCAATTTCATTTTACTTTTTTAATTACCA
65 TACTCTTTAATTACCCAATTTCATTTTACTTTTTTAATTACCA
* * * *
54348 AATTAACCAATTACTCTTTGATTACCAAATTCATTTTACTT-TTTAATTACCCAAGTTAACCAAT
1 AATTAACCAATTACTCTTTGATTACCAATTTCATCTTA-TTCTTTAATTACCCAAATTTACCAAT
** *
54412 TACTCTTTAAATTACTAAATTTCCTTTTAC-TTTTTAATTACCA
65 TACTCTTT-AATTACCCAATTTCATTTTACTTTTTTAATTACCA
54455 AATT
1 AATT
54459 CATCTTACTC
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 14, Indels: 6
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
107 57 0.28
108 58 0.29
109 88 0.43
ACGTcount: A:0.33, C:0.21, G:0.01, T:0.45
Consensus pattern (107 bp):
AATTAACCAATTACTCTTTGATTACCAATTTCATCTTATTCTTTAATTACCCAAATTTACCAATT
ACTCTTTAATTACCCAATTTCATTTTACTTTTTTAATTACCA
Found at i:54549 original size:60 final size:59
Alignment explanation
Indices: 54472--55086 Score: 669
Period size: 60 Copynumber: 10.9 Consensus size: 59
54462 CTTACTCCTT
*
54472 AATTAACCAAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACC
1 AATTTACC-AATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACC
54532 AAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTAAC-CTTTAATTAACC
1 -AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTT-ACTCTTTAATTAACC
*
54592 AAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAGATTCATTTTACTC--T--TT----
1 -AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACC
* * **
54644 AATTTGCCAATTTCCTTTTACTCTTTAATCACCCAATTCATTTTACTCTTTAATTAACC
1 AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACC
* * * *
54703 -----A--AATTTCCTTTTACTTTTTAATTAACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTAACC
1 AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATT-ACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACC
*
54756 AAATTTACCAATTTCCTTTTAGTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACC
1 -AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACC
* * * * * *
54816 -----A--AATTTCCTTTTACTTTTTAATTAACCAATTTCCTTTCACTCTTTGATTAACC
1 AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATT-ACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACC
54869 AAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACC
1 -AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACC
54929 AAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTC--T--TT----
1 -AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACC
* * *
54981 AATTTGCCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTTATTTTACTC--T--TT----
1 AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACC
* * *
55032 AATTTGCCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTGCTCTTTAATT
1 AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATT
55087 TGTCAAATTT
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 36, Indels: 70
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
51 137 0.28
52 40 0.08
53 52 0.11
54 1 0.00
55 4 0.01
56 4 0.01
58 2 0.00
59 4 0.01
60 192 0.40
61 50 0.10
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.01, T:0.49
Consensus pattern (59 bp):
AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACC
Found at i:54654 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 54593--55138 Score: 527
Period size: 51 Copynumber: 10.1 Consensus size: 51
54583 TAATTAACCA
* *
54593 AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAGATTCATTTTACTCTTT
1 AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTT
* * *
54644 AATTTGCCAATTTCCTTTTACTCTTTAATCACCCAATTCATTTTACTCTTT
1 AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTT
* * * *
54695 AATTAACCAAATTTCCTTTTACTTTTTAATTAACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATT
1 AATTTACC-AATTTCCTTTTACTCTTTAATT-ACCAAATTCATTTTACTC--T--TT
* *
54752 AACCAAATTTACCAATTTCCTTTTAGTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTT
1 -----AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTT
* * * * *
54808 AATTAACCAAATTTCCTTTTACTTTTTAATTAACCAATTTCCTTTCACTCTTTGATT
1 AATTTACC-AATTTCCTTTTACTCTTTAATT-ACCAAATTCATTTTACTC--T--TT
*
54865 AACCAAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATT
1 -----AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTC--T--TT
*
54925 AACCAAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTT
1 -----AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTT
* *
54981 AATTTGCCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTTATTTTACTCTTT
1 AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTT
* *
55032 AATTTGCCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTGCTCTTT
1 AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTT
* * * * * ** *
55083 AATTTGTCAAATTTCCTTTTACTTTTTGACTA-TGAATTCCTTTTACTCTTT
1 AATTT-ACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTT
55134 AATTT
1 AATTT
55139 TTTCTCTTTC
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 46, Indels: 46
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
51 181 0.42
52 61 0.14
53 29 0.07
55 2 0.00
56 4 0.01
57 4 0.01
58 2 0.00
60 88 0.21
61 41 0.10
62 14 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.02, T:0.51
Consensus pattern (51 bp):
AATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTT
Found at i:54784 original size:224 final size:224
Alignment explanation
Indices: 54411--55105 Score: 687
Period size: 224 Copynumber: 3.1 Consensus size: 224
54401 AGTTAACCAA
* *
54411 TTACTCTTTAAATTACTAAATTTCCTTTTACTTTTTAATTACCAAATTCATCTTACTCCTTAATT
1 TTACTCTTTAAATTACTAAATTTCCTTTTACTCTTTAATCACCAAATTCATCTTACTCCTTAATT
*
54476 AACCAAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACC
66 AACCAAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACC
54541 AATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTAAC-CTTTAATTAACCAAATTTACCAATT
131 AATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTT-ACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATT
54605 TCCTTTTACTCTTTAATTACTAGATTCATT
195 TCCTTTTACTCTTTAATTACTAGATTCATT
* * * * * *
54635 TTACTCTTTAATTTGC-CAATTTCCTTTTACTCTTTAATCACCCAATTCATTTTACTCTTTAATT
1 TTACTCTTTAAATTACTAAATTTCCTTTTACTCTTTAATCACCAAATTCATCTTACTCCTTAATT
* * *
54699 AACCAAATTTCCTTTTACTTTTTAATTAACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTAC
66 AACCAAATTTCCTTTTACTCTTTAATT-ACCAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTAC
*
54764 CAATTTCCTTTTAGTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACC------A--AATT
130 CAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATT
* * *
54821 TCCTTTTACTTTTTAATTAACCA-ATTTCCTT
195 TCCTTTTACTCTTTAATT-ACTAGA-TTCATT
* * * * *
54852 TCACTCTTTGATTAACCAAATTTAC-CAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTAC
1 TTACTC--T--TT----AAA-TTACTAAATTTCCTTTTACTCTTTAATCACCAAATTCATCTTAC
* *
54916 TCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTC--T
57 TCCTTAATTAACC------A--AATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTT
* * *
54979 --TT-----AATTTGCCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTTATTTTACTC--T--TT-
114 AATTAACCAAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTA
* * *
55032 ----AATTTGCCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATT
179 ACCAAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAGATTCATT
* **
55074 TTGCTCTTT-AATTTGTCAAATTTCCTTTTACT
1 TTACTCTTTAAATTACT-AAATTTCCTTTTACT
55106 TTTTGACTAT
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 38, Indels: 72
0.79 0.07 0.14
Matches are distributed among these distances:
212 2 0.00
213 2 0.00
214 14 0.03
216 22 0.05
217 13 0.03
218 3 0.01
219 1 0.00
220 3 0.01
221 2 0.00
222 14 0.03
223 92 0.23
224 140 0.35
225 2 0.00
226 52 0.13
229 2 0.00
231 1 0.00
232 1 0.00
233 15 0.04
234 21 0.05
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.01, T:0.49
Consensus pattern (224 bp):
TTACTCTTTAAATTACTAAATTTCCTTTTACTCTTTAATCACCAAATTCATCTTACTCCTTAATT
AACCAAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACC
AATTTCCTTTTACTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTT
CCTTTTACTCTTTAATTACTAGATTCATT
Found at i:54923 original size:337 final size:334
Alignment explanation
Indices: 54429--55086 Score: 1084
Period size: 337 Copynumber: 2.0 Consensus size: 334
54419 TAAATTACTA
*
54429 AATTTCCTTTTACTTTTTAATTACCAAATTCATCTTACTCCTTAATTAACCAAATTTCCTTTTAC
1 AATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATCTTACTCCTTAATTAACCAAATTTCCTTTTAC
* *
54494 TCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTT
66 TCTTTAATTACCAAATTCATTTCACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTT
54559 AATTACTAAATTCATTTTAACCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTA
131 AATTACTAAATTCATTTTAACCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTA
* *
54624 CTAGATTCATTTTACTCTTTAATTTGCCAATTTCCTTTTACTCTTTAATCACCCAATTCATTTTA
196 CTAAATTCATTTTACTCTTTAATTTGCCAATTTCCTTTTACTCTTTAATCACCAAATTCATTTTA
* * *
54689 CTCTTTAATTAACCAAATTTCCTTTTACTTTTTAATTAACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTAA
261 CTCTTTAATTAACC-AATTTCCTTTTACTCTTTAATT-ACCAAATTCATTTTACTCTTTAATTAA
54754 CCAAATTTACC
324 CCAAATTTACC
* * * *
54765 AATTTCCTTTTAGTCTTTAATTACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTCCTTTTAC
1 AATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATCTTACTCCTTAATTAACCAAATTTCCTTTTAC
* * * *
54830 TTTTTAATTAACCAATTTCCTTTCACTCTTTGATTAACCAAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTT
66 TCTTTAATT-ACCAAATTCATTTCACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTT
54895 TAATTACTAAATTCATTTT-ACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAAT
130 TAATTACTAAATTCATTTTAAC-CTTTAATTAACCAAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAAT
* *
54959 TACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTTGCCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTTATTT
194 TACTAAATTCATTTTACTCTTTAATTTGCCAATTTCCTTTTACTCTTTAATCACCAAATTCATTT
** *
55024 TACTCTTTAATTTGCCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTGCTCTTTAATT
259 TACTCTTTAATTAACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTTAATT
55087 TGTCAAATTT
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 21, Indels: 5
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
335 22 0.07
336 91 0.30
337 186 0.62
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.01, T:0.49
Consensus pattern (334 bp):
AATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATCTTACTCCTTAATTAACCAAATTTCCTTTTAC
TCTTTAATTACCAAATTCATTTCACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTT
AATTACTAAATTCATTTTAACCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTA
CTAAATTCATTTTACTCTTTAATTTGCCAATTTCCTTTTACTCTTTAATCACCAAATTCATTTTA
CTCTTTAATTAACCAATTTCCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACC
AAATTTACC
Found at i:58992 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 58959--58994 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
58949 CTCCTCTTGC
*
58959 ATGAAAGCACTTCTTTTT
1 ATGAAAGCAATTCTTTTT
58977 ATGAAAGCAATT-TTTTT
1 ATGAAAGCAATTCTTTTT
58994 A
1 A
58995 ACTACCCTTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.35
18 11 0.65
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (18 bp):
ATGAAAGCAATTCTTTTT
Found at i:62840 original size:26 final size:28
Alignment explanation
Indices: 62787--62842 Score: 89
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 28
62777 ACACAGAAAA
62787 CAAAACAAAATTTTTTAGATTAAAAACG
1 CAAAACAAAATTTTTTAGATTAAAAACG
*
62815 CAAAA-AAAA-TTTTTAGATTAGAAACG
1 CAAAACAAAATTTTTTAGATTAAAAACG
62841 CA
1 CA
62843 GAGACTAAGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
26 18 0.67
27 4 0.15
28 5 0.19
ACGTcount: A:0.54, C:0.11, G:0.09, T:0.27
Consensus pattern (28 bp):
CAAAACAAAATTTTTTAGATTAAAAACG
Found at i:66238 original size:65 final size:62
Alignment explanation
Indices: 66155--66279 Score: 178
Period size: 65 Copynumber: 2.0 Consensus size: 62
66145 ATTGAAAAAG
* *
66155 AAAGGAAAAAAAACCCAAGTGCCTAAGCCTAAATGAATTAAGATTTTGGGAATGGGCTTTTA
1 AAAGGAAAAAAAACCCAAGTGCCTAAGCCCAAATGAATTAAGACTTTGGGAATGGGCTTTTA
* * *
66217 AAAGGAAAAAAGAAATCCCAAGTGCCTACGCCCAAATGAGTTAAGACTTTGGGAGTGGGCTTT
1 AAAGG-AAAAA-AAA-CCCAAGTGCCTAAGCCCAAATGAATTAAGACTTTGGGAATGGGCTTT
66280 AAGAGAAACA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 5, Indels: 3
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
62 5 0.09
63 5 0.09
64 3 0.05
65 42 0.76
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.23, T:0.22
Consensus pattern (62 bp):
AAAGGAAAAAAAACCCAAGTGCCTAAGCCCAAATGAATTAAGACTTTGGGAATGGGCTTTTA
Found at i:67146 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 67141--67179 Score: 78
Period size: 2 Copynumber: 19.5 Consensus size: 2
67131 AAGGAATTTA
67141 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
67180 CTACCAAAAA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 37 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Done.