Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011997.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12030, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1731
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Found at i:832 original size:325 final size:327
Alignment explanation
Indices: 1--1731 Score: 1986
Period size: 325 Copynumber: 5.2 Consensus size: 327
* * * *
1 GATTGGAGGAC-TTTCATGTTTTTAATATC-ATTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
1 GATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTT-T-AATTAATTTCTAATTAA
* *
64 ATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT-GCATGAGATTTGAT
64 ATCGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGC-TGAGATTTGAT
*** * * *
128 TAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGATGCCAAAAATCATGCAAGACAGAGCCATGGCCC
128 TAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCGA--GCCC
* * *
193 TGGAGCGCGTTTTTAGCC-AAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
191 CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
* * * *
257 ATTGACCCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACACAT-AAAAATATATAATTCGACA
256 ATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACA
321 TCAAAAA
321 TCAAAAA
* * * * * *
328 GATTGAATGG-TTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCAAATTAATTTCTAATAA
1 GATTGAA-GGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTT--AATTAATTTCTAATTA
* * * * * *
392 AATCGAAACAAGATTCAAATGCCCGT-AAAATAAATCGTTAAATTTAATGTGGCTGAGATTTGGT
63 AATCGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGAT
* * * *
456 TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGAACCCC
128 TAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CGAGCCCC
* * **
521 GGAACGCAG-TTTTAGCCGAAAACTGTGATGGTTAGTACTTGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
192 GGAACGC-GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
* * **
585 ATTGACCCGAAAGATTTTTCCTC-GTTTTCTAGAGAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAC
256 ATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTT-TGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAC
* *
649 GTCAAAAG
320 ATCAAAAA
* *
657 GATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTCTCATATTTTTT-A-TAATTTCTAATTAAAT
1 GATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTAATTAATTTCTAATTAAAT
* * *
720 CGAAACAATATTCAGATTCACAT-AAAACAAATCCTTAAATCTAATGT-GCTTGAGATTTGATTA
66 CGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGC-TGAGATTTGATTA
* * ** * * * *
783 GATGAAGAAAGATATTTCAAGGAGTATCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTTGTGGCCCTG
130 GATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CG-AGCCCCG
** *
848 GAACGCGTTTTTAATCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTAC-AAAAT
193 GAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
* * * *
912 TGATCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAGTATATAATTCGACATC
258 TGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACATC
977 AAAAA
323 AAAAA
* * * * *
982 TATTGAAGGGCTTTTAACG-TTTCTAATATTGTTTTTCCA-ATTTTTTCAAATTGATTTTCTAAT
1 GATTGAAGGACTTTTCACGCTTT-TAATATCGTTTTT-CATATTTTTT--AATT-AATTTCTAAT
* *
1045 TAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGGCTGAGATTTG
61 TAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTG
* * ** * *
1110 GTTAGATAAAATATCGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGAAC
126 ATTAGAT-GAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGC-GAGC
* * * * * * *
1175 CCCGGAACGTGGTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTCACTACATGATTTCAGCCAAAATTTTGCAA
189 CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
* * * * * *
1240 AAATTGACTCGAAAGAATTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAA
254 AAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAA
*
1304 CACCAAAAA
319 CATCAAAAA
* * * *
1313 AATTGAAAGCCTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTTATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
1 GATTGAAGGAC-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTT-T-AATTAATTTCTAATT
* * *
1378 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAAT-TCAGTGTGGCTGAGATTTG
62 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCT-AATGTGGCTGAGATTTG
* * *
1442 ATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCC
126 ATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CGAGCC
* * * *
1507 CCGGAATGCGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTACA
190 CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA--GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
* *
1572 AAAATTGACACGAAATATTTTTCCATCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAATATATATATATATA
253 AAAATTGACCCGAAAGATTTTTCC-TCAATTTTTGGCTAAAATACTCAT-A-A-A-A-A-ATATA
* **
1637 TAATTTAATGTCAAAAA
311 TAATTCAACATCAAAAA
* *
1654 GATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTGAATTAATTTCTAGTTAAA
1 GATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTT-AATTAATTTCTAATTAAA
1719 TCGAAACAAGATT
65 TCGAAACAAGATT
Statistics
Matches: 1176, Mismatches: 184, Indels: 77
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
324 5 0.00
325 208 0.18
326 61 0.05
327 27 0.02
328 173 0.15
329 114 0.10
330 33 0.03
331 204 0.17
332 182 0.15
333 54 0.05
334 21 0.02
337 1 0.00
338 33 0.03
339 6 0.01
340 29 0.02
341 25 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (327 bp):
GATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTAATTAATTTCTAATTAAAT
CGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGATTAG
ATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCGAGCCCCGGAA
CGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA
CCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACATCAAA
AA
Found at i:1264 original size:332 final size:329
Alignment explanation
Indices: 1--1731 Score: 1998
Period size: 331 Copynumber: 5.2 Consensus size: 329
* * * * *
1 GATTGGAGGAC-TTTCATGTTTTTAATATC-ATTTTCATA-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTA
1 GATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTC-AAATTAATTTCTAATTA
* *
63 AATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT-GCATGAGATTTGA
65 AATCGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGC-TGAGATTTGA
* *** * *
127 TTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGATGCCAAAAATCATGCAAGACAGAGCCATG-GC
129 TTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CA-GAGC
* * *
191 CCTGGAGCGCGTTTTTAGCC-AAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
192 CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
* *
255 AAATTGACCCGAAA-AATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACACATAAAAATATATAATTCGA
257 AAATTGACCCGAAAGAAT-TTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAA
319 CATCAAAAA
321 CATCAAAAA
* * * * * *
328 GATTGAATGG-TTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCAAATTAATTTCTAATAA
1 GATTGAA-GGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCAAATTAATTTCTAATTA
* * * * * *
392 AATCGAAACAAGATTCAAATGCCCGT-AAAATAAATCGTTAAATTTAATGTGGCTGAGATTTGGT
65 AATCGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGAT
* * *
456 TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTC-GAACCC
130 TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CAGAGCCC
* * **
520 CGGAACGCAG-TTTTAGCCGAAAACTGTGATGGTTAGTACTTGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
194 CGGAACGC-GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
* * * **
584 AATTGACCCGAAAGATTTTTCCTC-GTTTTCTAGAGAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAA
258 AATTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTT-TGGCTAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAA
* *
648 CGTCAAAAG
321 CATCAAAAA
* *
657 GATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTCTCATATTTTTT---A-TAATTTCTAATTAA
1 GATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAA
* * *
718 ATCGAAACAATATTCAGATTCACAT-AAAACAAATCCTTAAATCTAATGT-GCTTGAGATTTGAT
66 ATCGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGC-TGAGATTTGAT
* * * ** * ** *
781 TAGATGAAGAAAGATATTTCAAGGAGTATCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTTGTGGCCC
130 TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAG-AGCCC
* ** *
846 TGGAACGCGTTTTTAATCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTAC-AAA
194 CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
* *
910 ATTGATCCGAAAG-ATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAGTATATAATTCGAC
259 ATTGACCCGAAAGAAT-TTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAA-TATATAATTCAAC
974 ATCAAAAA
322 ATCAAAAA
* * * * *
982 TATTGAAGGGCTTTTAACG-TTTCTAATATTGTTTTTCCA-ATTTTTTCAAATTGATTTTCTAAT
1 GATTGAAGGACTTTTCACGCTTT-TAATATCGTTTTT-CATATTTTTTCAAATT-AATTTCTAAT
* *
1045 TAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGGCTGAGATTTG
63 TAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTG
* * * * *
1110 GTTAGATAAAATATCGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGAAC
128 ATTAGAT-GAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGAGC
* * * * * * *
1175 CCCGGAACGTGGTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTCACTACATGATTTCAGCCAAAATTTTGCAA
192 CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
* * * * *
1240 AAATTGACTCGAAAGAATTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAAC
257 AAATTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAAC
*
1305 ACCAAAAA
322 ATCAAAAA
* * * * *
1313 AATTGAAAGCCTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTTATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
1 GATTGAAGGAC-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTC-AAATTAATTTCTAATT
* * *
1378 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAAT-TCAGTGTGGCTGAGATTTG
64 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCT-AATGTGGCTGAGATTTG
* * *
1442 ATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCC
128 ATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGAGCC
* * * *
1507 CCGGAATGCGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTACA
193 CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA--GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
* * *
1572 AAAATTGACACGAAATATTTTTCCATCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAATATATATATATATA
256 AAAATTGACCCGAAAGAATTTTCC-TCAATTTTTGGCTAAAATACTC---ATA-A-A-A-ATATA
* **
1637 TAATTTAATGTCAAAAA
313 TAATTCAACATCAAAAA
* * *
1654 GATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTT-GAATTAATTTCTAGTTAA
1 GATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAA
1718 ATCGAAACAAGATT
66 ATCGAAACAAGATT
Statistics
Matches: 1177, Mismatches: 181, Indels: 81
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
324 11 0.01
325 200 0.17
326 62 0.05
327 27 0.02
328 171 0.15
329 109 0.09
330 39 0.03
331 201 0.17
332 192 0.16
333 51 0.04
334 18 0.02
337 3 0.00
338 32 0.03
339 1 0.00
340 35 0.03
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ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (329 bp):
GATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAA
ATCGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGATT
AGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGAGCCCCG
GAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
TGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACATCA
AAAA
Done.