Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01012052.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12085, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Indices: 9--5543 Score: 5944
Period size: 331 Copynumber: 16.8 Consensus size: 330
1 AAAAACAA
* * * * * *
9 CCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGAACACAATTGTCATTAA-AATATATATAATTTAATGTCAA
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** * *
73 AAAGATTGAAGGAATTTTCGAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAAT
64 AAAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* *
138 TAAATCGAAACAAGATTTAAATGCTCGTAAAA-CAAATCCTTAAGT-CAACCATGGCTGAGATTT
129 TAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAA-CGTGGCTGAGATTT
* * * *
201 GGTTAGATGAATATATATGTTTCAAGG-GCTTTGGGTGCC-AAAATTAAGCAAAACTAAGCTGGG
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* * * *
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328 AAAAAAATGAC
320 AAAAAAATGAC
* * * * * * *
339 CCGAAAATTTTTTCC-CTAATTTTTGCCCACAATACTCATACGAAATATGTAACTCAACGCCAAC
1 CCGAAAAATTTTTCCTC-AATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAAATATATAATTCAACGCCAAA
* * *
403 AAGATTGAAAGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGCTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTGAT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCC-ATTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* * * *
468 TAAATCCAAACATA-ATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAATTCCAATGTGG-TCGAGATT
129 TAAATCGAAACA-AGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCT-GAGATT
* * * * * *
531 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGCTAAAAATCAAGGAAAACAGAGTCGGT
192 TGGTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGT
* ** *
596 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTTGTACACGATTTCATCTAAAATTTTGCA
257 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTGGA
661 AAAAAATGAC
321 AAAAAATGAC
* * *
671 CCGAAAAATTTTTCCTCAA-TTTTGACAACAATTCTCATAAAGATATATATAATTCAATGCCAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCAT-AAGAAATATATAATTCAACGCCAAA
* * * * * *
735 AAGATTGAAGGG-ATTTCAAGTATATAATATCGTTTTTGCATTTTTTTCTAAATGAATTTCTAAT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
** * * * *
799 TAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCG-AAAAGAAAATCCTTAACTACAACATGGCTGAGGTTTG
129 TAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTG
* * * *
863 GTTAGATGAATATATATGTTTCATGGAGTTTGGCCACCAAAAATCAAGCTAAAA-TGAGATGGAG
194 GTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGC-AAAACTGAG-TCG-G
* * * *
927 T-CCCGGAACGCGTTTCTAGACAAAAACCGTGATGGTTAATAACATGATTTCGGCTAAAATTTTG
256 TCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGT-ACACGATTTCGGCTAAAA-TTTG
991 CGAAAAAACA--A-
319 -GAAAAAA-ATGAC
** * *
1002 CATAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAAAATATATATAATTCAATGCCAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAA-ATATATAATTCAACGCCAAA
* * * * *
1067 AAGATTGAAGGGCTTTTCGAGCATCTGATAACATTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
* * * * * **
1132 AAATCGAAACAAGATTAAAATGCTCGTAAAAACAGATCCATAAGTCTAACGTGGCTGAGATTTTT
130 AAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTGG
* * * * *
1197 TTAGATGAATATATATGTTTCAAGGGGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAACTGGGGCT
195 TTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTG-AGTCGGTCC
* * *
1262 CCGGAACGCGTTTTT-GTTCAAAAACCGTGA----T-G----C-TTTTCAGCTAAACA-TTGG-A
259 CCGGAACGCGTTTTTAG-CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA-ATTTGGAA
1314 AAAAATGAC
322 AAAAATGAC
* * * * * *
1323 CCGAAAAATTTATCCTAAATTTTTG-------TACTCATATGAAATATGTAACTCAACGCCAAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * *
1381 A-ATTTGAAAGGCTTTTGAAGCATCTAATATCGATTTTCCTATTTTTGTTTCTGAATTAATTTCT
66 AGA-TTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCC-A--TTT-TTTCTGAATTAATTTCT
* * * * * *
1445 GATTAAATCCAAACATA-ATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAATTCCAATGTGGCCGAGA
126 AATTAAATCGAAACA-AGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGA
* * * * * *
1509 TTAGGTTAGATGAATATAGATATTTCAACGAGTCTGGGCGCTAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCG
190 TTTGGTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCG
**
1574 GTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTTTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
255 GTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTG
1639 CGAAAAAACA--A-
319 -GAAAAAA-ATGAC
** * * * *
1650 CATAAACATTTTTCCTCAATTTTTTACCACAATTCTCATAAAAATATATATAATTCAATGCCAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAA-ATATATAATTCAACGCCAAA
* *
1715 AAGATTGAAGGGCTTTTCGAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
* *
1780 AAATCGAAACAAAATTCAAATGCTCGTAAAAAT-AAATCCTTGAGTCCAACGTGGCTGAGATTTG
130 AAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGT-AAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTG
* * * * * *
1844 ATTAGATGAATATATATATATGTTTTAAGGGGTTTAGGCGCCAAAAATTAAGCAAAACTGAGATA
194 GTTAGATG---A-ATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAG-TC
* * * *
1909 GGGCCCCGGAACCCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGAT-G---GTACACGATTTTGGCTAAACA-TT
254 GGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA-ATTT
*
1969 -GCAAAAAATGAC
318 GGAAAAAAATGAC
** * * * ** * *
1981 CAAAAAAATTTTTCCTCATTTTTTGCCCACAATACTCATCTGAAATATATAACTCAACACCAAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * * *
2046 AGATTGAAAGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGCTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTGATT
66 AGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCC-ATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
* * * *
2111 AAATCCAAAC---A-TCACATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTGG
130 AAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTGG
* * * * * * *
2172 TTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCACTAAAAATCAAGCAAAACTGTGTCGATCCC
195 TTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGTCCC
* * * * * ** * *
2237 TGGAACGCGTTTTTAGGCAAAAACAGTGATAGTTTGTACACGATTTCATCTAAATTTTTGCAAAA
260 CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA-ATTTGGAAAA
2302 AAATGAC
324 AAATGAC
** * * *
2309 CCGAAAGGTTTTTCCTCAATTTTTGACCACACTTCTCATAA-AGATTATATAATTCAATGCCAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGA-AATATATAATTCAACGCCAAA
* * * * *
2373 AAGATTGAAGGGATTTTCAAGTATATAATATCGTTTTTGCAATTTTTTCTAAATTAATTTCTAAT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTT-CCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* ** * * * * *
2438 CAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCG-AAAAGAAAATCCTAAAATACAACATGACTGAGATTTG
129 TAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTG
* * * **
2502 GTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTAGGCACCAAAAATCAAGCTAAACTGAGATTAAGT
194 GTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAG--TCGGT
* * * * * *
2567 -CCCGAAACGCGTTTTTAGACAAATACTGTGATGGTTAGTATATGATTTCGGCTAAAATTTTGCG
257 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTG-G
2631 AAAAAACAT---
320 AAAAAA-ATGAC
* * * **
2640 CCGAAAAATTTTTCTTCAATTTTTTACCACAATTCTCATAAAAATATATATAATTCAGTGCCAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAA-ATATATAATTCAACGCC-AA
* * * *
2705 AAAGATTGAAGGGCTTTTCGAGCATCTACTATCATTTTTCCATTTTTTCCTGAATTAATATCTAA
64 AAAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTT-CTGAATTAATTTCTAA
* *
2770 TTAAATCGAAACAAGATTAAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTT
128 TTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTT
* * *
2835 GGTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGGGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGG
193 GGTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTC-GGT
* * * * *
2900 CCCGGGAACGCATTTTTGGCAAAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCT-AAATATT-G
257 CCCCGGAACGCGTTTTTAGC-CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT-TTGG
*
2963 CAAAAAATGAC
320 AAAAAAATGAC
* * * * * *
2974 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGCCCACAATACTCATATGAAATATGTAACTCAAAGCCAAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * *
3039 AGATTGAAAGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGCTTTTCCTAGTTTTTTCTGAATTAATTTCTGAT
66 AGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCC-A-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* * * * * *
3104 TAAATCCAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAATTCCAATGTGGCCGAGATTTG
129 TAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTG
* * * *
3169 GTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGCTAAATAATCAAGCAAAACTGAGTCGGTC
194 GTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAA-AATCAAGCAAAACTGAGTCGGTC
* * ** * *
3234 CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTGTTAGTACACAATTTCATCTAAAATTTTGCAA
258 CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGAAA
3299 AAAATGAC
323 AAAATGAC
* * * *
3307 CCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTGACCATAATTTTCATAAAAATATATATAATTCAACGCCAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAA-ATATATAATTCAACGCCAAA
* * * *
3372 AAGATTGAAGGGATTTTCGAGCATCTAATATCGTTTTTCCATATTTCCTGAATTAATTTCTAATT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
* *
3437 AAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCTAACGTGGCTGAGATTTGG
130 AAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTGG
* * * *
3502 TTAGATGAATATATATGTGTTTCAAGGGGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAATTGAGCTGGGG
195 TTAGATGAATATATA--TGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAG-TCGGT
* * * * *
3567 CCCCGGAACGCGTTTTTGGCCAAGAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGC-AAAACATT-GC
257 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTGGA
3630 AAAAAATGAC
321 AAAAAATGAC
* * * * * *
3640 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGCCCACAATACTAATATGAAATATGTAAGTCAACGCCAAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * *
3705 AGATTGAAAGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGCTTTTCCTATTTTTTTCCTGAATTAATTTCTGA
66 AGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCC-A-TTTTTT-CTGAATTAATTTCTAA
* * * * *
3770 TTAAATC----CAA-ATATCAGATGCTCGTAAAATCAAATCTTTAATTCCAATGTGGCCGAGATT
128 TTAAATCGAAACAAGAT-TCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATT
* * * * * *
3830 TGGTTAGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGCTAAAAATCAAGCAAAACTTAGTCGGT
192 TGGTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGT
* * * **
3895 CCCCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTTGTACACGATTTCATCTAAAAATTT-GA
257 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT-AAAATTTGGA
3959 AAAAAATGAC
321 AAAAAATGAC
* *
3969 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAAGATATATATAATTCAATGCCAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCAT-AAGAAATATATAATTCAACGCCAAA
* * * * *
4034 AAGATTGAAGGGATTTTCAAGTATATAATATCGTTTTTGCAATTTTTTCTAAATTAATTTCTAAT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTT-CCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* ** * * * * *
4099 CAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCG-AAAAGAAAATCCTAAAATACAACATGGTTGAGATTTG
129 TAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTG
* * * **
4163 GTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTAGGCACCAAAAATCAAGCTAAACTGAGATTAAGT
194 GTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAG--TCGGT
* * * * * *
4228 -CCCGAAACGCGTTTTTAGACAAATACTGTGATGGTTAGTATATGATTTCGGCTAAAATTTTGCG
257 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTG-G
4292 AAAAAACAT-A-
320 AAAAAA-ATGAC
* * * * * *
4302 -CGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGTCCACAATTGTCATAAAAATATATATAATACAAAGCAAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAA-ATATATAATTCAACGCCAAA
* * * * * *
4366 AAGATTGAAGGGATTTTCAAGTATATAATATTGTTTTTGCATTTTTTCCTGAATTAGTTTCTAAT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTT-CTGAATTAATTTCTAAT
** ** * * * * *
4431 TAAATCGAAACAAGATTCAAATGCGAG-AAAAGAAAATCCTTAAATACACCATGGCTGAGCTTT-
129 TAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTG
* * * * * *
4494 GATAGATGAATATTTATGTTCCAAGGAGTTTGGGCACCAAAAATCAAGCTAAACTGAGATGGAGT
194 GTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAG-TCG-GT
* * * ** * * *
4559 -CCCGGAACACGTTTTTAGACAAAAACCATGAT-ACTAATACATGATTTCGGATAAAATTTTGCG
257 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTG-G
4622 AAAAAACAT---
320 AAAAAA-ATGAC
* * * *
4631 CCGAAAAATTTTTCTTCAATTTTTTACCACAATTCTCATAAAAATATATATAATTCAGCGCCAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAA-ATATATAATTCAACGCCAAA
* * *
4696 AAGATTGAAGGGCTTTTCGAGCATCTACTATCATTTTTCCATTTTTTCCTGAATTAATTTCTAAT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTT-CTGAATTAATTTCTAAT
* *
4761 TAAATCGAAACAAGATTAAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTG
129 TAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTG
* * *
4826 GTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGGGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGC
194 GTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTC-GGTC
* * ** * *
4891 CCAGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGT-AACG-TA-T--ACGATTTCGGGTAAACA-TT-GC
258 CCCGGAACGCGTTTTTAGC-CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA-ATTTGGA
4949 AAAAAATGAC
321 AAAAAATGAC
* * * * * * *
4959 CCGAAGAATTTTTCCTCAATTTTTGCCCACAATACTCATATGAAATATGTAACTCAAAGCCAAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * *
5024 AGATTGAAAGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGCTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTGAT
66 AGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCC-A-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* * * * * * *
5089 GAAATCCAAACATA-ATTCAGATGCTCGTAATATCAAATCCTTAATTCCAATGTGGCCGAGATTT
129 TAAATCGAAACA-AGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTT
* * ** *
5153 GGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGACTGGGCGCTAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGTC
193 GGTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGTC
* * *
5218 CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACATGATTTTGGCTAAAATTTTGCGA
258 CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTG-GA
* *
5283 AAAAACT--T
321 AAAAAATGAC
* * *
5291 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCAAAAAAATATATATAATTCCACGCCAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAA-ATATATAATTCAACGCCAAA
* *
5356 AAGATTGAAGGGCTTTTCGAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
* * *
5421 AAATTGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTAAGATTTGG
130 AAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTGG
* *
5486 TTAGATGAATATATATGTGTTTCAAGGGGTTTGGGCGCCAAAAA-CAAGCAAAATTGAG
195 TTAGATGAATATATA--TGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAG
5544 CTGGG
Statistics
Matches: 4342, Mismatches: 697, Indels: 330
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
312 1 0.00
313 48 0.01
314 10 0.00
316 35 0.01
317 119 0.03
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319 5 0.00
320 3 0.00
321 25 0.01
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325 4 0.00
326 46 0.01
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336 35 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (330 bp):
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AGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTA
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TAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGTCCCC
GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGAAAAAA
ATGAC
Found at i:3205 original size:333 final size:332
Alignment explanation
Indices: 9--5543 Score: 6068
Period size: 332 Copynumber: 16.8 Consensus size: 332
1 AAAAACAA
* * * * * *
9 CCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGAACACAATTGTCATTAA-AATATATATAATTTAATGTCAA
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** * *
73 AAAGATTGAAGGAATTTTCGAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAAT
64 AAAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* *
138 TAAATCGAAACAAGATTTAAATGCTCGTAAAA-CAAATCCTTAAGT-CAACCATGGCTGAGATTT
129 TAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAA-CGTGGCTGAGATTT
* * *
201 GGTTAGATGAATATATATGTTTCAAGG-GCTTTGGGTGCC-AAAATTAAGCAAAACTAAG-CTGG
193 GGTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAG-TTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTC-GG
* * * *
263 GGCCCCGGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGACGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAACA--TT
256 GTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA-ATTTT
326 G-GAAAAAAATGAC
320 GCG-AAAAAATGAC
* * * * * * *
339 CCGAAAATTTTTTCC-CTAATTTTTGCCCACAATACTCATACGAAATATGTAACTCAACGCCAAC
1 CCGAAAAATTTTTCCTC-AATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAAATATATAATTCAACGCCAAA
* * *
403 AAGATTGAAAGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGCTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTGAT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCC-ATTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* * * *
468 TAAATCCAAACATA-ATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAATTCCAATGTGG-TCGAGATT
129 TAAATCGAAACA-AGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCT-GAGATT
* * * * * *
531 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGCTAAAAATCAAGGAAAACAGAGTC-GG
192 TGGTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGG
* **
595 TCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTTGTACACGATTTCATCTAAAATTTTGC
257 TCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
*
660 AAAAAAATGAC
322 GAAAAAATGAC
* * *
671 CCGAAAAATTTTTCCTCAA-TTTTGACAACAATTCTCATAAAGATATATATAATTCAATGCCAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCAT-AAGAAATATATAATTCAACGCCAAA
* * * * * *
735 AAGATTGAAGGG-ATTTCAAGTATATAATATCGTTTTTGCATTTTTTTCTAAATGAATTTCTAAT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
** * * * *
799 TAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCG-AAAAGAAAATCCTTAACTACAACATGGCTGAGGTTTG
129 TAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTG
* * *
863 GTTAGATGAATATATATGTTTCATGGAGTTTGGCCACCAAAAATCAAGCTAAAA-TGAGAT-GGA
194 GTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGC-AAAACTGAG-TCGG-
* * * *
926 GT-CCCGGAACGCGTTTCTAGACAAAAACCGTGATGGTTAATAACATGATTTCGGCTAAAATTTT
256 GTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGT-ACACGATTTCGGCTAAAATTTT
* *
990 GCGAAAAAA-CAA
320 GCGAAAAAATGAC
** * *
1002 CATAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAAAATATATATAATTCAATGCCAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAA-ATATATAATTCAACGCCAAA
* * * * *
1067 AAGATTGAAGGGCTTTTCGAGCATCTGATAACATTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
* * * * * **
1132 AAATCGAAACAAGATTAAAATGCTCGTAAAAACAGATCCATAAGTCTAACGTGGCTGAGATTTTT
130 AAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTGG
* * *
1197 TTAGATGAATATATATGTTTCAAGGGGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGA-ACTGGGGC
195 TTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTC-GGGTC
* * * *
1261 TCCGGAACGCGTTTTT-GTTCAAAAACCGTGA----T-G----C-TTTTCAGCTAAACA--TTG-
259 CCCGGAACGCGTTTTTAG-CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA-ATTTTGC
1312 GAAAAAATGAC
322 GAAAAAATGAC
* * * * * *
1323 CCGAAAAATTTATCCTAAATTTTTG-------TACTCATATGAAATATGTAACTCAACGCCAAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * *
1381 A-ATTTGAAAGGCTTTTGAAGCATCTAATATCGATTTTCCTATTTTTGTTTCTGAATTAATTTCT
66 AGA-TTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCC-A--TTT-TTTCTGAATTAATTTCT
* * * * * *
1445 GATTAAATCCAAACATA-ATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAATTCCAATGTGGCCGAGA
126 AATTAAATCGAAACA-AGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGA
* * * * * *
1509 TTAGGTTAGATGAATATAGATATTTCAACGAGTCTGGGCGCTAAAAATCAAGCAAAACTGAGTC-
190 TTTGGTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCG
**
1573 GGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTTTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT
255 GGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT
* *
1638 GCGAAAAAA-CAA
320 GCGAAAAAATGAC
** * * * *
1650 CATAAACATTTTTCCTCAATTTTTTACCACAATTCTCATAAAAATATATATAATTCAATGCCAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAA-ATATATAATTCAACGCCAAA
* *
1715 AAGATTGAAGGGCTTTTCGAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
* *
1780 AAATCGAAACAAAATTCAAATGCTCGTAAAAAT-AAATCCTTGAGTCCAACGTGGCTGAGATTTG
130 AAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGT-AAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTG
* * * * * *
1844 ATTAGATGAATATATATATATGTTTTAAGGGGTTTAGGCGCCAAAAATTAAGCAAAACTGAGATA
194 GTTAGATG---A-ATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAG-TC
* * *
1909 GGG-CCCCGGAACCCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGAT-G---GTACACGATTTTGGCTAAACA--
254 GGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA-ATT
1967 TTGC-AAAAAATGAC
318 TTGCGAAAAAATGAC
** * * * ** * *
1981 CAAAAAAATTTTTCCTCATTTTTTGCCCACAATACTCATCTGAAATATATAACTCAACACCAAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * * *
2046 AGATTGAAAGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGCTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTGATT
66 AGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCC-ATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
* * * *
2111 AAATCCAAAC---A-TCACATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTGG
130 AAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTGG
* * * * * * *
2172 TTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCACTAAAAATCAAGCAAAACTGTGTC-GATCC
195 TTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGGTCC
* * * * * ** * *
2236 CTGGAACGCGTTTTTAGGCAAAAACAGTGATAGTTTGTACACGATTTCATCTAAATTTTTGCAAA
260 CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAA
2301 AAAATGAC
325 AAAATGAC
** * * *
2309 CCGAAAGGTTTTTCCTCAATTTTTGACCACACTTCTCATAA-AGATTATATAATTCAATGCCAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGA-AATATATAATTCAACGCCAAA
* * * * *
2373 AAGATTGAAGGGATTTTCAAGTATATAATATCGTTTTTGCAATTTTTTCTAAATTAATTTCTAAT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTT-CCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* ** * * * * *
2438 CAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCG-AAAAGAAAATCCTAAAATACAACATGACTGAGATTTG
129 TAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTG
* * * ***
2502 GTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTAGGCACCAAAAATCAAGCTAAACTGAGATTAAGT
194 GTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAG-TCGGGT
* * * * * *
2567 -CCCGAAACGCGTTTTTAGACAAATACTGTGATGGTTAGTATATGATTTCGGCTAAAATTTTGCG
258 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCG
* *
2631 AAAAAA-CAT
323 AAAAAATGAC
* * * **
2640 CCGAAAAATTTTTCTTCAATTTTTTACCACAATTCTCATAAAAATATATATAATTCAGTGCCAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAA-ATATATAATTCAACGCC-AA
* * * *
2705 AAAGATTGAAGGGCTTTTCGAGCATCTACTATCATTTTTCCATTTTTTCCTGAATTAATATCTAA
64 AAAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTT-CTGAATTAATTTCTAA
* *
2770 TTAAATCGAAACAAGATTAAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTT
128 TTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTT
* * *
2835 GGTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGGGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGG
193 GGTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGGT
* * * * * *
2900 CCCGGGAACGCATTTTTGGCAAAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCT-AAATATTGC
258 CCCCGGAACGCGTTTTTAGC-CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
2964 -AAAAAATGAC
322 GAAAAAATGAC
* * * * * *
2974 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGCCCACAATACTCATATGAAATATGTAACTCAAAGCCAAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * *
3039 AGATTGAAAGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGCTTTTCCTAGTTTTTTCTGAATTAATTTCTGAT
66 AGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCC-A-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* * * * * *
3104 TAAATCCAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAATTCCAATGTGGCCGAGATTTG
129 TAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTG
* * * *
3169 GTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGCTAAATAATCAAGCAAAACTGAGTC-GGT
194 GTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAA-AATCAAGCAAAACTGAGTCGGGT
* * **
3233 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTGTTAGTACACAATTTCATCTAAAATTTTGC-
258 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCG
3297 AAAAAATGAC
323 AAAAAATGAC
* * * *
3307 CCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTGACCATAATTTTCATAAAAATATATATAATTCAACGCCAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAA-ATATATAATTCAACGCCAAA
* * * *
3372 AAGATTGAAGGGATTTTCGAGCATCTAATATCGTTTTTCCATATTTCCTGAATTAATTTCTAATT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
* *
3437 AAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCTAACGTGGCTGAGATTTGG
130 AAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTGG
* *
3502 TTAGATGAATATATATGTGTTTCAAGGGGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAATTGAG-CTGGG
195 TTAGATGAATATATA--TGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTC-GGG
* * * * **
3566 GCCCCGGAACGCGTTTTTGGCCAAGAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGC-AAAACATTGC
257 TCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
3630 -AAAAAATGAC
322 GAAAAAATGAC
* * * * * *
3640 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGCCCACAATACTAATATGAAATATGTAAGTCAACGCCAAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * *
3705 AGATTGAAAGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGCTTTTCCTATTTTTTTCCTGAATTAATTTCTGA
66 AGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCC-A-TTTTTT-CTGAATTAATTTCTAA
* * * * *
3770 TTAAATC----CAA-ATATCAGATGCTCGTAAAATCAAATCTTTAATTCCAATGTGGCCGAGATT
128 TTAAATCGAAACAAGAT-TCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATT
* * * * * *
3830 TGGTTAGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGCTAAAAATCAAGCAAAACTTAGTC-GG
192 TGGTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGG
* * * ** *
3894 TCCCCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTTGTACACGATTTCATCTAAAAATTTG-
257 TCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
*
3958 AAAAAAATGAC
322 GAAAAAATGAC
* *
3969 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAAGATATATATAATTCAATGCCAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCAT-AAGAAATATATAATTCAACGCCAAA
* * * * *
4034 AAGATTGAAGGGATTTTCAAGTATATAATATCGTTTTTGCAATTTTTTCTAAATTAATTTCTAAT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTT-CCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* ** * * * * *
4099 CAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCG-AAAAGAAAATCCTAAAATACAACATGGTTGAGATTTG
129 TAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTG
* * * ***
4163 GTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTAGGCACCAAAAATCAAGCTAAACTGAGATTAAGT
194 GTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAG-TCGGGT
* * * * * *
4228 -CCCGAAACGCGTTTTTAGACAAATACTGTGATGGTTAGTATATGATTTCGGCTAAAATTTTGCG
258 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCG
* *
4292 AAAAAA-CAT
323 AAAAAATGAC
* * * * * * *
4301 ACGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGTCCACAATTGTCATAAAAATATATATAATACAAAGCAAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAA-ATATATAATTCAACGCCAAA
* * * * * *
4366 AAGATTGAAGGGATTTTCAAGTATATAATATTGTTTTTGCATTTTTTCCTGAATTAGTTTCTAAT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTT-CTGAATTAATTTCTAAT
** ** * * * * *
4431 TAAATCGAAACAAGATTCAAATGCGAG-AAAAGAAAATCCTTAAATACACCATGGCTGAGCTTT-
129 TAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTG
* * * * *
4494 GATAGATGAATATTTATGTTCCAAGGAGTTTGGGCACCAAAAATCAAGCTAAACTGAGAT-GGAG
194 GTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAG-TCGG-G
* * * ** * * *
4558 T-CCCGGAACACGTTTTTAGACAAAAACCATGAT-ACTAATACATGATTTCGGATAAAATTTTGC
257 TCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
* *
4621 GAAAAAA-CAT
322 GAAAAAATGAC
* * * *
4631 CCGAAAAATTTTTCTTCAATTTTTTACCACAATTCTCATAAAAATATATATAATTCAGCGCCAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAA-ATATATAATTCAACGCCAAA
* * *
4696 AAGATTGAAGGGCTTTTCGAGCATCTACTATCATTTTTCCATTTTTTCCTGAATTAATTTCTAAT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTT-CTGAATTAATTTCTAAT
* *
4761 TAAATCGAAACAAGATTAAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTG
129 TAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTG
* * *
4826 GTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGGGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGC
194 GTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGGTC
* * ** *
4891 CCAGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGT-AACG-TA-T--ACGATTTCGGGTAAACA--TTGC
259 CCCGGAACGCGTTTTTAGC-CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA-ATTTTGC
4949 -AAAAAATGAC
322 GAAAAAATGAC
* * * * * * *
4959 CCGAAGAATTTTTCCTCAATTTTTGCCCACAATACTCATATGAAATATGTAACTCAAAGCCAAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * *
5024 AGATTGAAAGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGCTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTGAT
66 AGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCC-A-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* * * * * * *
5089 GAAATCCAAACATA-ATTCAGATGCTCGTAATATCAAATCCTTAATTCCAATGTGGCCGAGATTT
129 TAAATCGAAACA-AGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTT
* * ** *
5153 GGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGACTGGGCGCTAAAAATCAAGCAAAACTGAGTC-GGT
193 GGTTAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGGT
* * *
5217 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACATGATTTTGGCTAAAATTTTGCG
258 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCG
*
5282 AAAAAACT--T
323 AAAAAA-TGAC
* * *
5291 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCAAAAAAATATATATAATTCCACGCCAAA
1 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAA-ATATATAATTCAACGCCAAA
* *
5356 AAGATTGAAGGGCTTTTCGAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATT
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
* * *
5421 AAATTGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTAAGATTTGG
130 AAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTGG
* *
5486 TTAGATGAATATATATGTGTTTCAAGGGGTTTGGGCGCCAAAAA-CAAGCAAAATTGAG
195 TTAGATGAATATATA--TGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAG
5544 CTGGG
Statistics
Matches: 4348, Mismatches: 704, Indels: 304
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
312 1 0.00
313 48 0.01
314 10 0.00
316 33 0.01
317 120 0.03
318 2 0.00
320 8 0.00
321 27 0.01
322 39 0.01
323 41 0.01
324 1 0.00
325 2 0.00
326 40 0.01
327 154 0.04
328 366 0.08
329 170 0.04
330 449 0.10
331 880 0.20
332 897 0.21
333 575 0.13
334 307 0.07
335 143 0.03
336 33 0.01
337 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (332 bp):
CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAGAAATATATAATTCAACGCCAAAA
AGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTA
AATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTGGT
TAGATGAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGGTCCC
CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAA
AAATGAC
Done.