Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01012074.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12107, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2878
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.15, T:0.35
Found at i:1213 original size:330 final size:331
Alignment explanation
Indices: 88--1698 Score: 2433
Period size: 332 Copynumber: 4.8 Consensus size: 331
78 CAAGATTCAG
* * * * * ** * *
88 ATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATAAAGATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATT
* * * * * * *
153 TCAATGAGTCTTCATGCCAAAAACCATACAAAACTGAGTC-GAGACCACGAAACGCGTTTTTAAC
66 TCAATGAGTC-TGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAG-CCCCGGAACGCGTTTTTAGC
* * *
217 TGTAA-ACCGTTATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATT
129 T-AAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATT
* * *
281 TTTCTTTAATTTTTGTCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTTAAAGG
193 TTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTTAAAGG
* * * *
346 CTTTTGGCGCTTCTAAAATCATTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAAGT
258 CTTTTGACGCTTCTAATATCATTTTTCATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAAGT
411 CGGTTTCTA
323 CGGTTTCTA
*
420 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTCAATCCATAGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATT
** * *
485 TTGATGAGTCCTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGAGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCT
66 TCAATGAGT-CTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCT
* *
550 AAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCGGAAATGTTTT
130 AAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTT
*
615 TCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTTAGACGGC
195 TCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTTA-AAGGC
*
680 TTTTGACGCTTGTAATATCATTTATCTCATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAAG
259 TTTTGACGCTTCTAATATCATTT-T-TCATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAAG
*
745 TCGGTTTCTG
322 TCGGTTTCTA
* *
755 ATGCTCGTAAAAACAAATCTTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTCAATAGAGATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATT
* *
820 TCAATGAGTTCTGACACCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCT
66 TCAATGAG-TCTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCT
** * * *
885 AAATATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAATATTTGCAAAAATCGACCCGAAATATTTT
130 AAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTT
* *
950 TCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTAATAAAAATATATAATTCAACACTAAAAATATTTAAAGGCT
195 TCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTTAAAGGCT
* * *
1015 TTTGAGGCTTCTAATATCATTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAA-TCAGGTGAAA-TTG
260 TTTGACGCTTCTAATATCATTTTTCATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAAGTCG
*
1078 GTTTCAA
325 GTTTCTA
1085 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATT
* *
1150 TCAATGAGTCTAGACGTCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGGAACGCGATTTTAGCT
66 TCAATGAGTCT-GACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCT
* * *
1215 AAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAAATGACCGGAAATGTTTT
130 AAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTT
*
1280 TCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACAACAAAAATATTTAAAGGCT
195 TCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTTAAAGGCT
* * * *
1345 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATATTTTTCTAAATTTATTTCTAATTCAGGTGAAAGTC
260 TTTGACGCTTCTAATATCATTTTTCATAT-TTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAAGTC
1410 GGTTTCTA
324 GGTTTCTA
*
1418 ATGCTCGTAAAAATAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATT
* *
1483 TCAATGAGTCCTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCACCGTAACGCGTTTTTAGCT
66 TCAATGAGT-CTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCT
* * * *
1548 AAATACCGTCATGG--AGTACACGATTCCGGCTAAATATTTGCAAAAATTGATCCGAAATATTTT
130 AAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTT
* *
1611 TCCTTAATTTTTGGGCAAAATTCTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAATATTTAAAGGC
195 TCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACC-AAAAATATTTAAAGGC
*
1676 TTTTGACGCTTCTAATATGATTT
259 TTTTGACGCTTCTAATATCATTT
1699 GATTGAGCTT
Statistics
Matches: 1162, Mismatches: 104, Indels: 26
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
329 3 0.00
330 271 0.23
331 119 0.10
332 288 0.25
333 172 0.15
334 28 0.02
335 280 0.24
336 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATT
TCAATGAGTCTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCTA
AATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTT
CCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTTAAAGGCTT
TTGACGCTTCTAATATCATTTTTCATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAAGTCGG
TTTCTA
Done.