Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01012083.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12116, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4461
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.17, T:0.39
Found at i:112 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 103--143 Score: 82
Period size: 4 Copynumber: 10.2 Consensus size: 4
93 AAAATAATAT
103 TTGA TTGA TTGA TTGA TTGA TTGA TTGA TTGA TTGA TTGA T
1 TTGA TTGA TTGA TTGA TTGA TTGA TTGA TTGA TTGA TTGA T
144 GAATTTGAAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 37 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.24, T:0.51
Consensus pattern (4 bp):
TTGA
Found at i:181 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 62--207 Score: 240
Period size: 75 Copynumber: 1.9 Consensus size: 75
52 ATAGATATTA
*
62 GATTGATTGATTTAAATTTTTTGATCAAATTAAAATAATATTTGATTGATTGATTGATTGATTGA
1 GATTGATTGATTTAAATATTTTGATCAAATTAAAATAATATTTGATTGATTGATTGATTGATTGA
127 TTGATTGATT
66 TTGATTGATT
* * *
137 GATTGA-TGAATTTGAATATTTTGATCAAATTAAAATACTATTTGATTTATTGATTGATTGATTG
1 GATTGATTG-ATTTAAATATTTTGATCAAATTAAAATAATATTTGATTGATTGATTGATTGATTG
201 ATTGATT
65 ATTGATT
208 TGAATATTTT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 4, Indels: 2
0.92 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
74 2 0.03
75 64 0.97
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.16, T:0.49
Consensus pattern (75 bp):
GATTGATTGATTTAAATATTTTGATCAAATTAAAATAATATTTGATTGATTGATTGATTGATTGA
TTGATTGATT
Found at i:182 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 119--231 Score: 201
Period size: 59 Copynumber: 1.9 Consensus size: 59
109 GATTGATTGA
119 TTGATTGATTGATTGATTGATTGA-TGAATTTGAATATTTTGATCAAATTAAAATACTAT
1 TTGATTGATTGATTGATTGATTGATTG-ATTTGAATATTTTGATCAAATTAAAATACTAT
*
178 TTGATTTATTGATTGATTGATTGATTGATTTGAATATTTTGATCAAATTAAAAT
1 TTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTTGAATATTTTGATCAAATTAAAAT
232 CAATTAGCAT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 1, Indels: 2
0.95 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
59 50 0.96
60 2 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.03, G:0.15, T:0.48
Consensus pattern (59 bp):
TTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTTGAATATTTTGATCAAATTAAAATACTAT
Found at i:194 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 178--207 Score: 51
Period size: 4 Copynumber: 7.5 Consensus size: 4
168 AAAATACTAT
*
178 TTGA TTTA TTGA TTGA TTGA TTGA TTGA TT
1 TTGA TTGA TTGA TTGA TTGA TTGA TTGA TT
208 TGAATATTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 24 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.00, G:0.20, T:0.57
Consensus pattern (4 bp):
TTGA
Found at i:762 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 746--779 Score: 50
Period size: 7 Copynumber: 4.7 Consensus size: 7
736 TTCTTCAACA
*
746 TTTTTCT
1 TTTTTGT
753 TTTTTGT
1 TTTTTGT
760 TTTTTGTT
1 TTTTTG-T
768 TTTTTGT
1 TTTTTGT
775 TTTTT
1 TTTTT
780 ACATTTTTCA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
7 18 0.72
8 7 0.28
ACGTcount: A:0.00, C:0.03, G:0.09, T:0.88
Consensus pattern (7 bp):
TTTTTGT
Found at i:2056 original size:355 final size:357
Alignment explanation
Indices: 1372--2109 Score: 1241
Period size: 355 Copynumber: 2.1 Consensus size: 357
1362 CTTTTTTATA
* * *
1372 TTGGTCAACTTTAAAGCAATTATAATTAATTTTCATATTAATTAACTAGATCAATTATTCTATCA
1 TTGGTCAA-ATTAAAGCAATTATAATTAATTATCATATTAATTAACTAAATCAATTATTCTATCA
* * *
1437 ATAATTATTTCACTTTCTATAAATGGTAGTAAAATTTGAATTCTAAAACTTTAATTTGGGTAATA
65 ATAATTATTTCACTTCCTATAAATGGTAGTAAAATTTGAATTATAAAACTTTAATTTCGGTAATA
* * *
1502 AATTTTTATCAATTTACATATGTAGTGACTAACTAATTCTTTGAAACAATTAATATGCTATATAA
130 AATTTTTATCAATTTACATATATAGTGACTAACTAATTCTTTCAAACAATTAATATGCTACATAA
1567 ATTTGGTCAAAATTAATTTCCCACCTAAAAGATAGAATTTAAATTAATAAAAGTAAATTTACATC
195 ATTTGGTCAAAATTAATTTCCCACCTAAAAGATAGAATTTAAATTAATAAAAGTAAATTTACATC
1632 ATAAGCATGGTAAACAATCATTAATAAGGATTTCCTTCAATTAACTTCCTACATATAAATTACTT
260 ATAAGCATGGTAAACAATCATTAATAAGGATTTCCTTCAATTAACTTCCTACATATAAATTACTT
*
1697 -AAAAAAAACCTTTCCATTAACTTATTTGAAGC
325 AAAAAAAAACATTTCCATTAACTTATTTGAAGC
1729 TTGGTCAAATTAAAGCAATTATAATTAACTTAT-ATATTAATTAACTAAATCAATTATTCTATCA
1 TTGGTCAAATTAAAGCAATTATAATTAA-TTATCATATTAATTAACTAAATCAATTATTCTATCA
1793 ATAATTA-TTCACTTCCTATAAATGGTAGTAAAATTTGAATTATAAAACTTTAATTTCGGTAATA
65 ATAATTATTTCACTTCCTATAAATGGTAGTAAAATTTGAATTATAAAACTTTAATTTCGGTAATA
* * *
1857 AATTTTTATTAATTTACATATATAGTGACTAACTAATTCTTTCAGACAATTAATATGTTACATAA
130 AATTTTTATCAATTTACATATATAGTGACTAACTAATTCTTTCAAACAATTAATATGCTACATAA
*
1922 ATTTGGTCAAAATTTATTTCCCACCTAAAAG-TAGAATTTAAATTAATAAAAGTAAATTTACATC
195 ATTTGGTCAAAATTAATTTCCCACCTAAAAGATAGAATTTAAATTAATAAAAGTAAATTTACATC
* * *
1986 GTAAGCATGGTAGACAATCATTAATAATGATTTCCTTCAATTAACTTCCTACATATAAATTACTT
260 ATAAGCATGGTAAACAATCATTAATAAGGATTTCCTTCAATTAACTTCCTACATATAAATTAC-T
2051 TAAAAAAAAAACATTTCCATTAACTTATTTGAAGC
324 T-AAAAAAAAACATTTCCATTAACTTATTTGAAGC
*
2086 TTGGTCAAATTAAAACAATATATA
1 TTGGTCAAATTAAAGCAAT-TATA
2110 CTACATATTA
Statistics
Matches: 358, Mismatches: 18, Indels: 9
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
354 93 0.26
355 145 0.41
356 56 0.16
357 60 0.17
358 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (357 bp):
TTGGTCAAATTAAAGCAATTATAATTAATTATCATATTAATTAACTAAATCAATTATTCTATCAA
TAATTATTTCACTTCCTATAAATGGTAGTAAAATTTGAATTATAAAACTTTAATTTCGGTAATAA
ATTTTTATCAATTTACATATATAGTGACTAACTAATTCTTTCAAACAATTAATATGCTACATAAA
TTTGGTCAAAATTAATTTCCCACCTAAAAGATAGAATTTAAATTAATAAAAGTAAATTTACATCA
TAAGCATGGTAAACAATCATTAATAAGGATTTCCTTCAATTAACTTCCTACATATAAATTACTTA
AAAAAAAACATTTCCATTAACTTATTTGAAGC
Done.