Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01001209.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig01209, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 618
Length: 1031
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Found at i:895 original size:204 final size:201
Alignment explanation
Indices: 512--921 Score: 739
Period size: 204 Copynumber: 2.0 Consensus size: 201
502 GCTTAATAAC
*
512 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATCACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
1 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTAAAGTCTAAGATCACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
* *
577 GATACAACACATTATTATTATATATAAAACTATACCAAAAAAAAGTAGTTGGACATTAGTGGTTG
66 GATACAACACATTACTATTATATATAAAACTATACCAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTTG
*
642 ATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATC
131 ATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAAATATT-AAGATC
707 CGATTTA
195 CGATTTA
*
714 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTAAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
1 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTAAAGTCTAAGATCACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
*
779 GATACAACACATTACTATTATATATATAGAACTATACCAAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGT
66 GATACAACACATTACTATTATATATA-A-AACTATACCAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGT
844 TGATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAAATATTAAGAT
129 TGATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAAATATTAAGAT
909 CCGATTTA
194 CCGATTTA
917 TTTAT
1 TTTAT
922 TATTAAGGAA
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 6, Indels: 3
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
202 88 0.44
203 19 0.09
204 93 0.47
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (201 bp):
TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTAAAGTCTAAGATCACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
GATACAACACATTACTATTATATATAAAACTATACCAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTTG
ATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAAATATTAAGATCC
GATTTA
Done.