Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01001220.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig01220, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 645
Length: 1076
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.17, T:0.40
Found at i:823 original size:359 final size:359
Alignment explanation
Indices: 164--874 Score: 1388
Period size: 359 Copynumber: 2.0 Consensus size: 359
154 TAATAGAGAG
164 TATGCATGCATTAATTGATCATAATCTTAATTAATGACATCCTAAGCATTCTTTAATCCTGAAAA
1 TATGCATGCATTAATTGATCATAATCTTAATTAATGACATCCTAAGCATTCTTTAATCCTGAAAA
229 TTTTGAAAATTTTGCATGTATTGAGTGAATTGATTTAATGATGATTGAAGAATACTTAGAATTTT
66 TTTTGAAAATTTTGCATGTATTGAGTGAATTGATTTAATGATGATTGAAGAATACTTAGAATTTT
294 TAAGAAAATTTTATTTGATTGATTGATTTATAGCATGATATCTGATTTCTTAGATTAGGTATAAT
131 TAAGAAAATTTTATTTGATTGATTGATTTATAGCATGATATCTGATTTCTTAGATTAGGTATAAT
359 TAGAGTTTTGTGATATGATATTATTGTTTATTATTTCTATGATTGCCTATTTCTAGAACTTATGT
196 TAGAGTTTTGTGATATGATATTATTGTTTATTATTTCTATGATTGCCTATTTCTAGAACTTATGT
424 TTAATTTTTATTGAAATTACAATTATGAAAGTATGTTATGGATATGTCAAGAACAAGTGTGGGGG
261 TTAATTTTTATTGAAATTACAATTATGAAAGTATGTTATGGATATGTCAAGAACAAGTGT-GGGG
489 ACTACTTATATAAAAGGGTAG-TTAAAACTCTTAA
325 ACTACTTATATAAAAGGGTAGTTTAAAACTCTTAA
523 TATGCATGCATTAATTGATCATAATCTTAATTAATGACATCCTAAGCATTCTTTAATCCTGAAAA
1 TATGCATGCATTAATTGATCATAATCTTAATTAATGACATCCTAAGCATTCTTTAATCCTGAAAA
588 TTTTGAAAATTTTGCATGTATTGAGTGAATTGATTTAATGATGATTGAAGAATACTTAGAATTTT
66 TTTTGAAAATTTTGCATGTATTGAGTGAATTGATTTAATGATGATTGAAGAATACTTAGAATTTT
653 TAAGAAAATTTTATTTGATTGATTGATTTATAGCATGATATCTGATTTCTTAGATTAGGTATAAT
131 TAAGAAAATTTTATTTGATTGATTGATTTATAGCATGATATCTGATTTCTTAGATTAGGTATAAT
*
718 TAGAGTTTTGTGATATGATCTTATTGTTTATTATTTCTATGATTGCCTATTTCTAGAACTTATGT
196 TAGAGTTTTGTGATATGATATTATTGTTTATTATTTCTATGATTGCCTATTTCTAGAACTTATGT
*
783 TTAATTTTTATTGAAATTACAATTATGATAGTATGTTATGGATATGTCAAGAACAAGTGTGGGGA
261 TTAATTTTTATTGAAATTACAATTATGAAAGTATGTTATGGATATGTCAAGAACAAGTGTGGGGA
848 CTACTTATATAAAAGGGTAGTTTAAAA
326 CTACTTATATAAAAGGGTAGTTTAAAA
875 AAAATTGTTT
Statistics
Matches: 349, Mismatches: 2, Indels: 2
0.99 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
358 25 0.07
359 324 0.93
ACGTcount: A:0.34, C:0.08, G:0.16, T:0.43
Consensus pattern (359 bp):
TATGCATGCATTAATTGATCATAATCTTAATTAATGACATCCTAAGCATTCTTTAATCCTGAAAA
TTTTGAAAATTTTGCATGTATTGAGTGAATTGATTTAATGATGATTGAAGAATACTTAGAATTTT
TAAGAAAATTTTATTTGATTGATTGATTTATAGCATGATATCTGATTTCTTAGATTAGGTATAAT
TAGAGTTTTGTGATATGATATTATTGTTTATTATTTCTATGATTGCCTATTTCTAGAACTTATGT
TTAATTTTTATTGAAATTACAATTATGAAAGTATGTTATGGATATGTCAAGAACAAGTGTGGGGA
CTACTTATATAAAAGGGTAGTTTAAAACTCTTAA
Done.