Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01012282.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12315, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.34
Found at i:655 original size:335 final size:333
Alignment explanation
Indices: 4--2591 Score: 3649
Period size: 335 Copynumber: 7.7 Consensus size: 333
1 CCG
* * *
4 AAATCGTTTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCAGGAGCTCCGGCTCAGTTATC
1 AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCT-CGGCTCAGTT-TC
*
69 T-ATGAATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCATATCT-TAGCCAA
64 TAATG-ATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCT-GCCAA
* * * * * * * *
132 ATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGTATCAGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATT-AGT
127 ATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAG-AATTGAAT
*
196 TCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAA
191 TCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAA
* *
261 TTATACATATTCTGTAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAATCTTTCGCGTCAATTTTCGC
256 TTATACATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTCGC
326 AAAATTTTAGCCA
321 AAAATTTTAGCCA
*
339 AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGGCTAAAAAGGCGTTCTGGGGCCTCGGCTCAGTTTC
1 AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT-GGCTAAAAACGCGTTCTGGGG-CTCGGCTCAGTTTC
404 TAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAAT
64 TAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAAT
*
469 TGGATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTGAATTCG
129 TGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTGAATTCG
* * ** *
534 GAAAGATATAGGAAAATTGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAAAGTTTTTGGTCATTGAATT
194 GAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGG-CGTTGAATT
* * * * *
599 AAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAATA-GTTTCGGGTCAATTTTTGCAA
258 ATACATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTCGCAA
*
663 AATTTTTGCCA
323 AATTTTAGCCA
* * *
674 AAATCGTG------CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCTCTGACTCAGTTT-T
1 AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCTC-GGCTCAGTTTCT
* * *
732 CAATGATATTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCATATCTCAGCCAAAT
65 -AATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAAT
* * * * * * * *
797 TGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATT-AGTTC
129 TGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAG-AATTGAATTC
*
861 GGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTCAATT
193 GGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATT
* * * * *
926 ATACATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGCGGAAAAAGTCTTTCGGGTTAATTTTTGTAA
258 ATACATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTCGCAA
*
991 AATTTTAACCA
323 AATTTTAGCCA
* * * *
1002 AAATCGTGTACTAACCATTACGGGTTTATGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTC
1 AAATCGTGTACTAACCATCAC-GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGG-CTCGGCTCAGTTTC
* * * * * *
1067 TAATGATTTTTAGCCCCGAGACTCCTTAAAATACCTATATTCATCTAACAAAATCTCTACCAAAT
64 TAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAAT
*
1132 TGGATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTGAATTCG
129 TGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTGAATTCG
* * * *
1197 GAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATGTTTTTGGCATTGAATTA
194 GAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTA
* * * ** ** **** * *
1262 AATATATTCTATAAGTGTTTTAGCCAAAGAAAGTATATTCTATAGTTTCGGGTCAATTTTTGCAA
259 TACATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAAT-CTTTCGGGTCAATTTTCGCAA
* * *
1327 ACTTTTTGCCG
323 AATTTTAGCCA
* ** * * * *
1338 AAATAGTGTAC-AGTTCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCAGGAGCTCCCGCTTAGTTT-
1 AAATCGTGTACTA-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCT-CGGCTCAGTTTC
*
1401 TCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAA
64 T-AATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAA
* * * * * ** *
1466 TTGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGC-TTCAGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAACGAGTT
128 TTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATT-ACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTGAATT
* *
1530 CGGAAAGATATTGGAAAATCAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAT
192 CGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAT
* * *
1595 TATACGTATTCTATAAGTGTTTCGGCCAAAGATTGTGGGAAAAAATCTTTAGGGTCAATTTTCGC
257 TATACATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGT-GGAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTCGC
1660 AAAATTTTAGCCA
321 AAAATTTTAGCCA
* *
1673 AAATCGTGTAGTAACCATCACGATTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCTCGGCTCAGTTTCT
1 AAATCGTGTACTAACCATCACG-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCTCGGCTCAGTTTCT
1738 AATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAATT
65 AATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAATT
* * * * *
1803 GGATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCAATTTAAGCAGAATTTAATTAGG
130 GGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTGAATTCGG
*
1868 AAAGATATTGGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAT
195 AAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAT
* * *
1933 ACGTATTCTATAAGTGTTTCGGCCAAAGATTGTGGGAAAAAATCTTTAGGGTCAATTTTCGCAAA
260 ACATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGT-GGAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTCGCAAA
1998 ATTTTAGCCA
324 ATTTTAGCCA
* *
2008 AAATCGTGTAGTAACCATCACGATTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCTCGGCTCAGTTTC
1 AAATCGTGTACTAACCATCACG-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGG-CTCGGCTCAGTTTC
2073 TAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAAT
64 TAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAAT
* * * *
2138 TGGATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCAATTTAAGCAGAATTTAATTCG
129 TGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTGAATTCG
*
2203 GAAAGATATTGGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTA
194 GAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTA
*
2268 TACGTATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTCGCAA
259 TACATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGG-AAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTCGCAA
* *
2333 AACTTTAGCAA
323 AATTTTAGCCA
* * *
2344 AAATCTTGTACTAACCATCATGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGCCTCGGCTCAGTTTCT
1 AAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCTCGGCTCAGTTTCT
* * * *
2409 AATGATATTCGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATATAACCAAATCTCTGTCAAATT
65 AATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAATT
*
2474 GGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTTAATTCGG
130 GGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTGAATTCGG
* * *
2539 AATGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCATTCTTTTTG
195 AAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTG
2592 CCAAATTTTA
Statistics
Matches: 2018, Mismatches: 202, Indels: 66
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
327 49 0.02
328 225 0.11
329 18 0.01
334 18 0.01
335 1229 0.61
336 477 0.24
337 2 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (333 bp):
AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCTCGGCTCAGTTTCTA
ATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAATTG
GATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTGAATTCGGA
AAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATA
CATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTCGCAAAAT
TTTAGCCA
Found at i:2286 original size:671 final size:668
Alignment explanation
Indices: 18--2591 Score: 3991
Period size: 671 Copynumber: 3.9 Consensus size: 668
8 CGTTTACTAA
* *
18 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCAGGAGCTCCGGCTCAGTTATCTATGAATTTTTGGC
1 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCAGGAGCTCCGGCTCAGTTTTCAATG-ATTTTTGGC
* *
83 CCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCATATCTTAGCCAAATTGGATTTACGGATT
65 CCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATT
*
148 TGATTTTACGAGTATCAGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGATATAGGAA
130 TGATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGATATAGGAA
* *
213 AATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATACATATTCTGTAA
195 AATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATACATATTCTATAA
*
278 GTGTTTTGGCCAAAGATTGT-GGAAAAAATCTTTCGCGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCAAAA
260 GTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGGAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCAAAA
* *
342 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGGCTAAAAAGGCGTTCTGGGGCCTCGGCTCAGTTTCTAA
325 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCTCGGCTCAGTTTCTAA
407 TGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAATTGG
390 TGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAATTGG
472 ATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTGAATTCGGAA
455 ATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTGAATTCGGAA
* **
537 AGATATAGGAAAATTGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAAAGTTTTTGGTCATTGAATTAAA
520 AGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGG-CATTGAATTAAA
602 TATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAATA-GTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
584 TATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
666 TTTTGCCAAAATC--GT-G-
649 TTTTGCCAAAATCGTGTAGT
* * * *
682 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCTCTGACTCAGTTTTCAATGATATTTGGCC
1 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCAGGAGCTCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCC
*
747 CCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCATATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTT
66 CCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTT
*
812 GATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCGGAAAGATATAGGAAA
131 GATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGATATAGGAAA
*
877 ATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATACATATTCTATAAG
196 ATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATACATATTCTATAAG
* * * * * *
942 TGTTTTGGCCAAAGATTG-CGGAAAAAGTCTTTCGGGTTAATTTTTGTAAAATTTTAACCAAAAT
261 TGTTTTGGCCAAAGATTGTGGGAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCAAAAT
* * * * *
1006 CGTGTACTAACCATTACGGGTTTATGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTCTAAT
326 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCTCGGCTCAGTTTCTAAT
* * * * * *
1071 GATTTTTAGCCCCGAGACTCCTTAAAATACCTATATTCATCTAACAAAATCTCTACCAAATTGGA
391 GATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAATTGGA
1136 TTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTGAATTCGGAAA
456 TTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTGAATTCGGAAA
* *
1201 GATATAGGAAAATCGATATTAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATGTTTTTGGCATTGAATTAAATA
521 GATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAAATA
* ** ** *** *
1266 TATTCTATAAGTGTTTTAGCCAAAGAAAGTATATTCTATAGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAACTT
586 TATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAATAT-GTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATT
* *
1331 TTTGCCGAAATAGTGTACAGT
650 TTTGCCAAAATCGTGT--AGT
* * *
1352 TCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCAGGAGCTCCCGCTTAGTTTTCAATGATTTTTGGCC
1 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCAGGAGCTCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCC
1417 CCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTT
66 CCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTT
* ** *
1482 GATTTTACGAGCTTCAGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAACGAGTTCGGAAAGATATTGGAAA
131 GATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGATATAGGAAA
* *
1547 ATCAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATACGTATTCTATAAG
196 ATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATACATATTCTATAAG
* *
1612 TGTTTCGGCCAAAGATTGTGGGAAAAAATCTTTAGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCAAAAT
261 TGTTTTGGCCAAAGATTGTGGGAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCAAAAT
* *
1677 CGTGTAGTAACCATCACGATTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGG-CTCGGCTCAGTTTCTAAT
326 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCTCGGCTCAGTTTCTAAT
1741 GATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAATTGGA
391 GATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAATTGGA
* * * *
1806 TTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCAATTTAAGCAGAATTTAATTAGGAAA
456 TTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTGAATTCGGAAA
* * * * **
1871 GATATTGGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATACG
521 GATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAAATA
* * * * *
1936 TATTCTATAAGTGTTTCGGCCAAAGATTGTGGGAAAAAATCTTTAGGGTCAATTTTCGCAAAATT
586 TATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGT-GGAAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATT
*
2001 TTAGCCAAAATCGTGTAGT
650 TTTGCCAAAATCGTGTAGT
* * *
2020 AACCATCACGATTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGC-CTCGGCTCAG-TTTCTAATGATTTT
1 --CCATCACG-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCAGGAGCTC-CGGCTCAGTTTTC-AATGATTTT
* *
2083 TGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAATTGGATTTAAG
61 TGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACG
* * * * * * * * * * *
2148 GATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCAATTTAAGCAGAATTTAATTCGGAAAGATATT
126 GATTTGATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGATATA
*
2213 GGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATACGTATTCT
191 GGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATACATATTCT
* * *
2278 ATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTCGCAAAACTTTAGCA
256 ATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGGAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCC
* *
2343 AAAATCTTGTACTAACCATCATGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCT-GGGCCTCGGCTCAGTTT
321 AAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCTCGGCTCAGTTT
* * * *
2407 CTAATGATATTCGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATATAACCAAATCTCTGTCAAA
386 CTAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAA
* *
2472 TTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTTAATTC
451 TTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTGAATTC
* *
2537 GGAATGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCATTCTTTTTG
516 GGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTG
2592 CCAAATTTTA
Statistics
Matches: 1739, Mismatches: 154, Indels: 27
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
662 44 0.03
663 485 0.28
664 84 0.05
666 2 0.00
668 3 0.00
669 1 0.00
670 530 0.30
671 590 0.34
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (668 bp):
CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCAGGAGCTCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCC
CCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTT
GATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGATATAGGAAA
ATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATACATATTCTATAAG
TGTTTTGGCCAAAGATTGTGGGAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCAAAAT
CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCTCGGCTCAGTTTCTAAT
GATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAATTGGA
TTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTGAATTCGGAAA
GATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAAATA
TATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTT
TTGCCAAAATCGTGTAGT
Found at i:2815 original size:262 final size:262
Alignment explanation
Indices: 2344--2842 Score: 768
Period size: 262 Copynumber: 1.9 Consensus size: 262
2334 ACTTTAGCAA
* * * * *
2344 AAATCTTGTACTAACCATCATGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGCCTCGGCTCAGTTTCT
1 AAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGCATCGGCTAAGTTTCT
* *
2409 AATGATATTCGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATATAACCAAATCTCTGTCAAATT
66 AATGATATTCGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAGCCAAATT
* * *
2474 GGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTTAATTCGG
131 GGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATCACAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGG
* *
2539 AATGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCATTCTTTTTGCCAAATTTTAGA
196 AAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAACCGTGAAAAACCCTTCATTCTTTTTGCCAAATTTTAGA
2604 CG
261 CG
2606 AAATCATGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCATCGGCTAAGTTT-
1 AAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGG-GCATCGGCTAAGTTTC
* * * * *
2669 TCAATGATTTTTGGCCCTGAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAA
65 T-AATGATATTCGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAGCCAAA
* * * * *
2734 TTGGATTTAAGGATTTCATTTTACGATCATCAGAATCATGTTTCGATTTAATCATAAATTAATTC
129 TTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATCACAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTC
2799 GGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAACCGTGAAAAACCCTT
194 GGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAACCGTGAAAAACCCTT
2843 TAATGTTTTT
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 22, Indels: 4
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
261 24 0.11
262 189 0.89
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (262 bp):
AAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGCATCGGCTAAGTTTCT
AATGATATTCGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAGCCAAATT
GGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATCACAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGG
AAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAACCGTGAAAAACCCTTCATTCTTTTTGCCAAATTTTAGA
CG
Found at i:3461 original size:929 final size:932
Alignment explanation
Indices: 1661--3520 Score: 2820
Period size: 929 Copynumber: 2.0 Consensus size: 932
1651 AATTTTCGCA
* * * * * *
1661 AAATTTTAGCCAAAATCGTGTAGTAACCATCACGATTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCTC
1 AAATTTTAGACAAAATCATGTACTAACCATCACGAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCTC
*
1726 GGCTCAGTTTCTAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAAT
66 GGCTAAGTTTCTAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAAT
* * * *
1791 CTCTGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCAATTTAAGCAG
131 CTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATCACAATCATGTTTCAATTTAAGCAG
* * * *
1856 AATTTAATTAGGAAAGATATTGGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTG
196 AAATTAATTAGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAACCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTG
* * * * *
1921 GCGTTGAATTATACGTATTCTATAAGTGTTTCGGCCAAAGATTGTGGGAAAAAATCTTTAGGGTC
261 GCATTGAATTAAACATAATCTATAAGTGTTTCGGCCAAAGATTGTGGGAAAAAAACTTTAGGGTC
* * *
1986 AATTTTCGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAGTAACCATCACGATTTTTTGGCTAAAAACGCGT
326 AATTTTCGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACT-ACCATCACGAGTTTTTGGCTAAAAACGCGA
* * * *
2051 TCTGGGGCCTCGGCTCAGTTTCTAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCA
390 CCCGGAGCCTCGGCTCAGTTTCTAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATATATATTCA
* * * *
2116 TCTAACCAAATCTCTGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTC
455 TCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATCACAATCATGTTTC
* * *
2181 AATTTAAGCAGAATTTAATTCGGAAAGATATTGGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTT
520 AATTTAAGCAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTT
* * *
2246 CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATACGTATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAAA
585 CAATCTTTTTGGCATTGAATTAAACATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAAA
* *
2311 TCTTTCGGGTCAATTTTCGCAAAACTTTAGCAAAAATCTTGTACTAACCATCATGGTTTTTTGGC
650 TCTTTCGGGTCAATTTTCGCAAAACTTTAGCAAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGC
*
2376 TAAAAACGCGTTCTGGGCCTCGGCTCAGTTTCTAATGATATTCGGCCCCGAGACTCCTTGACATA
715 TAAAAACGCGTTCGGGGCCTCGGCTCAGTTTCTAATGATATTCGGCCCCGAGACTCCTTGACATA
*
2441 TCTATATTCATATAACCAAATCTCTGTCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATTACA
780 TCTATATTCATATAACCAAATCTCTGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATTACA
*
2506 TTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTTAATTCGGAATGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTG
845 TTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTG
*
2571 AAAAACCCTTCATTCTTTTTGCC
910 AAAAACCCTTCAATCTTTTTGCC
*
2594 AAATTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACG-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCAT
1 AAATTTTAGACAAAATCATGTACTAACCATCACGAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGC-T
* *
2658 CGGCTAAGTTT-TCAATGATTTTTGGCCCTGAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCTAACCAA
65 CGGCTAAGTTTCT-AATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAA
* * * * * *
2722 ATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTCATTTTACGATCATCAGAATCATGTTTCGATTTAATC
129 ATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATCACAATCATGTTTCAATTTAAGC
* * * *
2787 ATAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAACCGTGAAAAACCCTTTAATGTTTT
194 AGAAATTAATTAGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAACCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTT
* *
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259 TGGCATTGAATTAAACATAATCTATAAGTG-TTTCGGCCAAAGATTGTGGGAAAAAAACTTTAGG
* * *
2915 GTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT-CCATCAC-AGTTTTTGGCTAAAACCGC
323 GTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTACCATCACGAGTTTTTGGCTAAAAACGC
2978 GACCCGGAG-CTCCGGCTCAGTTT-TCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATATATA
388 GACCCGGAGCCT-CGGCTCAGTTTCT-AATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATATATA
** * * * * *
3041 TTCATCTAATTAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGATCATCAGAATCATG
451 TTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATCACAATCATG
* * * *
3106 TTTCGATTTAATCATAAATTAATTCGGAACGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAAC
516 TTTCAATTTAAGCAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAAC
* ** * * *
3171 CCTTCAATGTTTTTGTTATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCTAAATATTGTGG-AA
581 CCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAAACATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAA
* * *
3235 AAAATGTTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
646 AAAATCTTTCGGGTCAATTTTCGCAAAACTTTAGCAAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
* *
3300 TGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCTCGGCTCAGTTTCTAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTG
711 TGGCTAAAAACGCGTT-CGGGGCCTCGGCTCAGTTTCTAATGATATTCGGCCCCGAGACTCCTTG
* *
3365 ACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCA
775 ACATATCTATATTCATATAACCAAATCTCTGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCA
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840 TTACATTCATGTTTCGATTTAATCAGAATTTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAA
*
3495 GCGTGAAAAACCCTTCAATGTTTTTG
905 GCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTG
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Statistics
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CTTTCGGGTCAATTTTCGCAAAACTTTAGCAAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCT
AAAAACGCGTTCGGGGCCTCGGCTCAGTTTCTAATGATATTCGGCCCCGAGACTCCTTGACATAT
CTATATTCATATAACCAAATCTCTGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATTACAT
TCATGTTTCGATTTAATCAGAATTTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGA
AAAACCCTTCAATCTTTTTGCC
Found at i:3789 original size:333 final size:333
Alignment explanation
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Period size: 333 Copynumber: 14.6 Consensus size: 333
2576 CCCTTCATTC
* * * *
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* * *
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* *
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* * *
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195 TTTAATCAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCA
* * * *
2845 ATGTTTTTGGCATTGAATTAAATATAATCTATAAGTGTTTTCGCCAAAGATTGTGGAAAAAAAGT
260 ATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGG-AAAAAACT
*
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* * * **
2920 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT--CCATCACAGTTTTTGGCTAAAACCGCGACCC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
*
2983 GGAGCTCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATATATATTCATCT
66 GGAGCTCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCT
** * *
3048 AATTAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGATCATCAGAATCATGTTTCGAT
131 AACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGAT
* *
3113 TTAATCATAAATTAATTCGGAACGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA
196 TTAATCAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA
* ** * * *
3178 TGTTTTTGTTATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCTAAATATTGTGGAAAAAATGTT
261 TCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAA-CTT
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325 TCGGGTCAA
*
3252 TTTTCGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
*
3317 CGGGGC-CTCGGCTCAG-TTTCTAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCA
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* * * * * * *
3380 TCTAACCAAATCTCTGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTC
128 TCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTC
*
3445 GATTTAATCAGAATTTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTT
193 GATTTAATCAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTT
* * * *
3510 CAATGTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAATATTGTGGAAAATAG
258 CAATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAAC
*
3575 TTTCAGGTCAA
323 TTTCGGGTCAA
* *
3586 TTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
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66 GGAGCTCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCT
*
3716 AACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGAT
131 AACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGAT
*
3781 TTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA
196 TTAATCAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA
* * * *
3846 TCTTTTTGGCGTTGAATTAAATATATTCTATAAGTTTTTTGGCAAAAGATTGTGAAAAAAACTTT
261 TCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAACTTT
*
3911 CGGGTCAG
326 CGGGTCAA
* ** *
3919 TTTTTGC-AAATTTTAGCCTAAATCGTAAACTAACCCATCACGGTTTTTCGCTAAAAACGCGTTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA-CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
* * * *
3983 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCTGAGACTCCTTGATATATCTATATTCATC
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* *
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* * *
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* * * * *
4178 ATATTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTACAAGTGTTTTGGCCAAATATTGTGGAAAATAGTT
260 ATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAACTT
4243 TCGGGTCAA
325 TCGGGTCAA
* * *
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*
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*
4376 TAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGA
130 TAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGA
* * * * *
4441 TTTAATCAGGAATTAGTTCGGAAAGATATACGAAAATCGATATTAGAAGAGTTAAAAACCCTTCA
195 TTTAATCAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCA
* * *
4506 ATCTTTTTGGCATTCAATTATACATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAATCT
260 ATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAA-CT
*
4571 TTCGAGTCAA
324 TTCGGGTCAA
* *
4581 TTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCAC-GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
* * * * *
4646 CGG-GGTCCCGACTCAG-TTTCTAATGATTTTTGAG-TCCGAGACTCCTTGAAATACCTATATTC
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* * * * * * *
4708 ATCTAACCAAATC-CTTGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTT
127 ATCTAACCAAATCTC-AGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATCATGTT
* *
4772 TCGATTTAATCAGAATTTTATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCC
191 TCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCC
*
4837 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAA
256 TTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAA
*
4902 ATTTTCGGGTCAA
321 ACTTTCGGGTCAA
* *
4915 TTTTTGCAAAATTTTAG-CATAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTAGCTAAAAACGCGTTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCA-AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
* * * * * *
4979 CGGAGCTCCGGCCCAGTTTTCAATGATTTTTTGCCTCGAGACTCCTAGACCTATATATATTCATC
65 CGGAGCTCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATC
* * *
5044 TAACCAAATCTCATCAAAATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGA
130 TAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGA
* *
5109 TTTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGAGTGAAAAACCCTTCA
195 TTTAATCAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCA
* *
5174 ATGTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTATTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAATCT
260 ATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAA-CT
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324 TTCGGGTCAA
* * * *
5249 CTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTTGGATAAAAACGCATTC
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* * * ** *
5314 CGGGGCCCCGGCTCAG-GTTCTAATGATTTTTGATCCCGAGACTCTTTGACATATCTATATTCAT
65 CGGAGCTCCGGCTCAGTTTTC-AATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCAT
* * * * * * *
5378 CTAACCAAATCTCTGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCG
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*
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* * * * * *
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259 AATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAA-C
5572 TTTCGGGTCAA
323 TTTCGGGTCAA
* *
5583 TTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
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* * * * *
5648 GGGGCCCCTGCTCAG-TTTCTAATAATTTTTGGTCCCGAGACTCCTTGAC--ATCTATA-T--T-
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* * * * * * *
5706 T------ATCT---CCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTGATGTTTCGA
130 TAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGA
*
5762 TTTAATAAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCA
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* * * *
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5891 TTCGGGTCAA
324 TTCGGGTCAA
* * *
5901 TTTTTGCAAAATTTTAGCCTAAATCGTGTGCTAACCATCACGGTTTTTTGGCTTAAAACGCGTTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
* * * * *
5966 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGTGACTCCTTGATATGTCTATATTCATC
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** * * *
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* *
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* * * *
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*
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* *
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* *
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* * *
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* *
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260 ATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAACTT
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** *
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*
6632 GGAGCTCCGGCTAAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCT
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*
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* * *
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* * * * *
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*
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* * **
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*
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*
7288 CGGAGCACCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATC
65 CGGAGCTCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATC
* * * * * * * *
7353 TAACCAAATCCCTGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCGA
130 TAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGA
*
7418 TTTAATAAGAAATTA
195 TTTAATCAGAAATTA
7433 G
Statistics
Matches: 4077, Mismatches: 371, Indels: 133
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
318 163 0.04
319 122 0.03
320 4 0.00
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324 1 0.00
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336 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (333 bp):
TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
GGAGCTCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCT
AACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGAT
TTAATCAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA
TCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAACTTT
CGGGTCAA
Found at i:5275 original size:668 final size:666
Alignment explanation
Indices: 2586--7432 Score: 7015
Period size: 668 Copynumber: 7.3 Consensus size: 666
2576 CCCTTCATTC
* * * *
2586 TTTTTGCCAAATTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * * * *
2651 GGAGCATCGGCTAAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCTGAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCT
66 GGGGC-CCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCT
* * * *
2716 AACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTCATTTTACGATCATCAGAATCATGTTTCGAT
130 AACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATCACAATCATGTTTCGAT
* * *
2781 TTAATCATAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAACCGTGAAAAACCCTTTAA
195 TTAATCAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA
* * *
2846 TGTTTTTGGCATTGAATTAAATATAATCTATAAGTGTTTTCGCCAAAGATTGTGGAAAAAAAGTT
260 TCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGG-AAAAAAGTT
* * *
2911 TAGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT--CCATCACAGTTTTTGGCTAAAA
324 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
* ** *
2974 CCGCGACCCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATATA
389 ACGCGTTCCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTA
** *
3039 TATTCATCTAATTAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGATCATCAGAATCA
454 TATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATCA
* * *
3104 TGTTTCGATTTAATCATAAATTAATTCGGAACGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAA
519 TGTTTCGATTTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAA
* ** * *
3169 ACCCTTCAATGTTTTTGTTATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCTAAATATTGTGGA
584 ACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGA
*
3234 AAAAATGTTTCGGGTCAA
649 AAAAATCTTTCGGGTCAA
*
3252 TTTTCGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
3317 CGGGGCCTCGGCTCAG-TTTCTAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCAT
65 CGGGGCC-CGGCTCAGTTTTC-AATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCAT
* * * *
3381 CTAACCAAATCTCTGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCG
128 CTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATCACAATCATGTTTCG
*
3446 ATTTAATCAGAATTTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTC
193 ATTTAATCAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTC
* * *
3511 AATGTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAATATTGTGGAAAATAGT
258 AATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAAGT
* * *
3576 TTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
323 TTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
3641 AACGCGTTCCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCT
388 AACGCGTTCCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCT
3706 ATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATC
453 ATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATC
3771 ATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAA
518 ATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAA
* * *
3836 AACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAAATATATTCTATAAGTTTTTTGGCAAAAGATTGT-G
583 AACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGG
* *
3900 AAAAAAACTTTCGGGTCAG
648 AAAAAATCTTTCGGGTCAA
* ** *
3919 TTTTTGC-AAATTTTAGCCTAAATCGTAAACTAACCCATCACGGTTTTTCGCTAAAAACGCGTTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA-CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
* *
3983 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCTGAGACTCCTTGATATATCTATATTCATC
65 CGGGG-CCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATC
* * * *
4048 TAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTCATTTTACGATCATCAGAATCATGTTTCGA
129 TAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATCACAATCATGTTTCGA
* * *
4113 TTTAATCATAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAACCGTGAAAAACCCTTTA
194 TTTAATCAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCA
* * * *
4178 ATATTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTACAAGTGTTTTGGCCAAATATTGTGGAAAATAGTT
259 ATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAAGTT
* *
4243 TCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTTGCCAAAATCGTGTACGT-----T-ACGGTTTTTGGCTAAA
324 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAC-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
* *
4302 AATGCGTTCCGGAGCTCCGGCTAAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCT
388 AACGCGTTCCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCT
4367 ATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATC
453 ATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATC
* * * *
4432 ATGTTTCGATTTAATCAGGAATTAGTTCGGAAAGATATACGAAAATCGATATTAGAAGAGTTAAA
518 ATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAA
* * *
4497 AACCCTTCAATCTTTTTGGCATTCAATTATACATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGG
583 AACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGG
*
4562 AAAAAATCTTTCGAGTCAA
648 AAAAAATCTTTCGGGTCAA
* *
4581 TTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCAC-GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
* * * *
4646 CGGGGTCCCGACTCAG-TTTCTAATGATTTTTGAG-TCCGAGACTCCTTGAAATACCTATATTCA
65 CGGGG-CCCGGCTCAGTTTTC-AATGATTTTTG-GCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCA
* * * *
4709 TCTAACCAAATC-CTTGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTT
127 TCTAACCAAATCTC-AGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATCACAATCATGTTT
* *
4773 CGATTTAATCAGAATTTTATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCT
191 CGATTTAATCAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCT
*
4838 TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAA
256 TCAATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAA
* * *
4903 TTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CATAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTAGCT
321 GTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCA-AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCT
* * * * *
4967 AAAAACGCGTTCCGGAGCTCCGGCCCAGTTTTCAATGATTTTTTGCCTCGAGACTCCTAGACCTA
385 AAAAACGCGTTCCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATA
* * *
5032 TATATATTCATCTAACCAAATCTCATCAAAATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGCATCAGA
450 TCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGCATCAGA
*
5097 ATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGAGTG
515 ATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTG
* *
5162 AAAAACCCTTCAATGTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTATTTTGGCCAAAGATTG
580 AAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTG
5227 TGGAAAAAATCTTTCGGGTCAA
645 TGGAAAAAATCTTTCGGGTCAA
* * * *
5249 CTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTTGGATAAAAACGCATTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACG-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
* ** *
5314 CGGGGCCCCGGCTCAG-GTTCTAATGATTTTTGATCCCGAGACTCTTTGACATATCTATATTCAT
65 CGGGG-CCCGGCTCAGTTTTC-AATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCAT
* * * *
5378 CTAACCAAATCTCTGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCG
128 CTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATCACAATCATGTTTCG
*
5443 ATTTAATAAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTG-AAAACCCTTC
193 ATTTAATCAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTC
* * * * * * *
5507 AATCTTTTTGGCGTTCAGTTATACATATTCTATAGGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAATC
258 AATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAA-G
* *
5572 TTTCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGGTTTTGGCTAA
322 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAA
* * * * *
5637 AAACGCGTTCCGGGGCCCCTGCTCAG-TTTCTAATAATTTTTGGTCCCGAGACTCCTTGAC--AT
387 AAACGCGTTCCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTC-AATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATAT
* * * * * * *
5699 CTATA-T--T-T------ATCT---CCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACAT
451 CTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAA
* * *
5751 TGATGTTTCGATTTAATAAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGA
516 TCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGA
* * * *
5816 AAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATACATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGT
581 AAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGT
5881 -GAAAAAATCTTTCGGGTCAA
646 GGAAAAAATCTTTCGGGTCAA
* * *
5901 TTTTTGCAAAATTTTAGCCTAAATCGTGTGCTAACCATCACGGTTTTTTGGCTTAAAACGCGTTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
* * *
5966 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGTGACTCCTTGATATGTCTATATTCATC
65 CGGGG-CCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATC
** * * * * * *
6031 TAATTAAATCTCAGCCGAATTGGATTGAAGGATTTGATTTTACGATCATCAGAATCATGTTTCGA
129 TAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATCACAATCATGTTTCGA
* *
6096 TTTAATCATAAATTAATTCGGAATGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCA
194 TTTAATCAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCA
* * *
6161 ATGTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAATATTGTGGTAAAAAGTT
259 ATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAAGTT
*
6226 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGACGAAAA-CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
324 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
* *
6290 AACGCGTTCCGGAGCACCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGACACTCCTTGACATATCT
388 AACGCGTTCCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCT
*
6355 ATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATC
453 ATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATC
* *
6420 ATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGAAATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAT
518 ATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAA
*
6485 AACCCTTCAATCATTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGG
583 AACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGG
*
6550 AAAAAA-ATTTCGGGTCAA
648 AAAAAATCTTTCGGGTCAA
** *
6568 TTTTTGCAAAATTTTTTCCGAAATCGTGTACT-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* *
6632 GGAGCTCCGGCTAAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCT
66 GGGGC-CCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCT
* * * *
6697 AACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGAT
130 AACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATCACAATCATGTTTCGAT
* * *
6762 TTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGAAATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAA
195 TTAATCAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA
* * * * * *
6827 TCATTTTGGCATTGAATTATACATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAACATTGTAGAAAAAATCTT
260 TCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAA-GTT
*
6892 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTG---T---CA-CA-GTTTTTTGGCTAAAA
324 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
* * **
6949 ACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAGTTTGT-AATGATTTCTGGCCCCGAGACTGTTTGACATATCT
389 ACGCGTTCCGGAGCTCCGGCTCAGTTT-TCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCT
* * * * * * *
7013 ATATTCATCTAACCAAATCTCTGGCAAATTGGATTTAAGGATTT-ATTTGTACGGGCATTACATT
453 ATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTTGATTT-TACGAGCATCAGAAT
* * * *
7077 CATGTTTCGATTTAATCAAAAATTAATTCGGAAAGTTATAGGATAATCGATATTAGAAGCGTGAA
517 CATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAA
* * * * *
7142 AAACCCTTCAATGTTTTTGGCATTGAATTAAATATATCCTATAAGTCTTTTGGCCAAATACTGT-
582 AAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTG
** *
7206 GAAAAAAAGTTTCGTGTCAA
647 GAAAAAATCTTTCGGGTCAA
* *
7226 TTTTTGCAAAATTTTTGCCAAAATCGTGTACGT---TATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAC-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
*
7288 CGGAGCACCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATC
65 CGGGGC-CCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATC
* * * * *
7353 TAACCAAATCCCTGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGGGCATTACATTCATGTTTCGA
129 TAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATCACAATCATGTTTCGA
*
7418 TTTAATAAGAAATTA
194 TTTAATCAGAAATTA
7433 G
Statistics
Matches: 3788, Mismatches: 337, Indels: 121
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
652 339 0.09
653 228 0.06
654 7 0.00
655 1 0.00
656 4 0.00
657 173 0.05
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659 4 0.00
660 2 0.00
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ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (666 bp):
TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
GGGGCCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTA
ACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTAATTGTACGAGCATCACAATCATGTTTCGATT
TAATCAGAAATTAATTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAAT
CTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAAAAAGTTTC
GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAC
GCGTTCCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTCAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGACATATCTATA
TTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGCATCAGAATCATG
TTTCGATTTAATCAGAAATTAGTTCGGAAAGATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAAC
CCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATATTCTATAAGTGTTTTGGCCAAAGATTGTGGAAA
AAATCTTTCGGGTCAA
Done.