Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01012315.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12348, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2801
ACGTcount: A:0.32, C:0.22, G:0.12, T:0.35


Found at i:540 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 532--563  Score: 57
    Period size: 3  Copynumber: 11.0  Consensus size: 3

        522 AGAACTAGTA

                                                       
        532 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT -TT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT

        564 TTAATCAAAT


Statistics
Matches: 28,  Mismatches: 0, Indels: 2
        0.93            0.00        0.07

Matches are distributed among these distances:
   2    2  0.07
   3   26  0.93

ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.00, T:0.69


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Done.