Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01012342.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12375, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 30599
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.16, T:0.33
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:358 original size:200 final size:204
Alignment explanation
Indices: 5--381 Score: 681
Period size: 200 Copynumber: 1.9 Consensus size: 204
1 TATA
5 ATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTA
1 ATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTA
* * * *
70 ATTTTTTTTGGTATATTTCTATATATATAATAGTAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTG
66 ATCTTTTTTGGCATAGTTCTATATATATAATAATAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTG
135 TTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTGATAAATAAATCGGATCTTTAATA
131 TTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTGATAAATAAATCGGATCTTTAATA
200 TCTTTTATG
196 TCTTTTATG
*
209 ATTTTTAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACT-
1 ATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTA
273 A-CTTTTTTGGCATAGTT-T-TATATATAATAATAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTG
66 ATCTTTTTTGGCATAGTTCTATATATATAATAATAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTG
335 TTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTGATAAA
131 TTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTGATAAA
382 GTTATTAAGC
Statistics
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0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
200 90 0.54
201 1 0.01
202 13 0.08
203 1 0.01
204 63 0.38
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (204 bp):
ATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTA
ATCTTTTTTGGCATAGTTCTATATATATAATAATAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTG
TTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTGATAAATAAATCGGATCTTTAATA
TCTTTTATG
Found at i:945 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 898--967 Score: 104
Period size: 36 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36
888 TGAGATTTGG
* *
898 AGAAATATGATAATAAAAATTACAAAAAATGTAATA
1 AGAAATATGATAACAAAAATCACAAAAAATGTAATA
* *
934 AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAGATGTAA
1 AGAAATATGATAACAAAAATCACAAAAAATGTAA
968 GGTTATTGAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 30 1.00
ACGTcount: A:0.61, C:0.07, G:0.10, T:0.21
Consensus pattern (36 bp):
AGAAATATGATAACAAAAATCACAAAAAATGTAATA
Found at i:1629 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 1589--1658 Score: 113
Period size: 36 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36
1579 GAGATTTTGG
* *
1589 AGAAATATGATAATCAAAATTACAAAAAATGTAATA
1 AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAAATGTAATA
*
1625 AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAGATGTAA
1 AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAAATGTAA
1659 GGTTATTGAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 31 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.09, G:0.10, T:0.21
Consensus pattern (36 bp):
AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAAATGTAATA
Found at i:2101 original size:692 final size:691
Alignment explanation
Indices: 780--2166 Score: 2659
Period size: 692 Copynumber: 2.0 Consensus size: 691
770 TAGGAACCAA
780 TTTTGTACACCTAATTTTATACTTCCTTATGTTGCATTAAGTTTAGTTATAAGTTATAACCTTAT
1 TTTTGTACACCTAATTTTATACTTCCTTATGTTGCATTAAGTTTAGTTATAAGTTATAACCTTAT
* *
845 ATGGAAATTTGACTTACAGGTCCGGGTATGTTTGGTTGAATTGTGAGATTTGGAGAAATATGATA
66 ATAGAAATTTGACTTACAGGTCCGGGTATGTTTGGTTGAATTATGAGATTTGGAGAAATATGATA
910 ATAAAAATTACAAAAAATGTAATAAGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAGATGTAAGGTTATT
131 ATAAAAATTACAAAAAATGTAATAAGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAGATGTAAGGTTATT
975 GAATTAGTGGATAGTACTATACCTCTTTTGTGATCATTATAGGTTTTTCAGTAACTTTTGAGAAA
196 GAATTAGTGGATAGTACTATACCTCTTTTGTGATCATTATAGGTTTTTCAGTAACTTTTGAGAAA
1040 AAAATGACAAATATTCACCGTTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTAAAAAAATAAGGATTGGTAA
261 AAAATGACAAATATTCACCGTTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTAAAAAAATAAGGATTGGTAA
1105 ATACAATTTTAATAACTTTTATAGCATTTTTAGTAATTTAAGTAATAAAAATTGTAACACTTTAT
326 ATACAATTTTAATAACTTTTATAGCATTTTTAGTAATTTAAGTAATAAAAATTGTAACACTTTAT
1170 TGATGATAAAAGGTTACTAAAATTAATAAGGATGTAAGGTTCTTTCAATCTAGATAGTACTATAA
391 TGATGATAAAAGGTTACTAAAATTAATAAGGATGTAAGGTTCTTTCAATCTAGATAGTACTATAA
*
1235 TATTTTCCATAACCTTTTAAGTAATTAATCTTAGATAAGAAAATCAGTACTGTACATATCTTTAT
456 TAATTTCCATAACCTTTTAAGTAATTAATCTTAGATAAGAAAATCAGTACTGTACATATCTTTAT
1300 AGTGTAAGGTCATTAAATTAGTTGATAGTACAAAACATTTTTTATGATTATTATAGCTTTTTCGG
521 AGTGTAAGGTCATTAAATTAGTTGATAGTACAAAACATTTTTTATGATTATTATAGCTTTTTCGG
*
1365 TAACTTTTGAGGAAAAAAATGGTAAATCTTCACCATTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTAAGAA
586 TAACTTTTAAGGAAAAAAATGGTAAATCTTCACCATTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTAAGAA
*
1430 TGTAAGGATTGGTAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAG-T
651 TGTAAGGATTGATAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAGCT
1470 TTTTGTACACCTAATTTTATACTTCCTTATGTTGCATTAAGTTTAGTTATAAGTTATAACCTTAT
1 TTTTGTACACCTAATTTTATACTTCCTTATGTTGCATTAAGTTTAGTTATAAGTTATAACCTTAT
1535 ATAGAAATTTGACTTACAGGTCCGGGTATGTTTGGTTGAATTATGAGATTTTGGAGAAATATGAT
66 ATAGAAATTTGACTTACAGGTCCGGGTATGTTTGGTTGAATTATGAGA-TTTGGAGAAATATGAT
*
1600 AATCAAAATTACAAAAAATGTAATAAGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAGATGTAAGGTTAT
130 AATAAAAATTACAAAAAATGTAATAAGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAGATGTAAGGTTAT
1665 TGAATTAGTGGATAGTACTATACCTCTTTTGTGATCATTATAGGTTTTTCAGTAACTTTTGAGAA
195 TGAATTAGTGGATAGTACTATACCTCTTTTGTGATCATTATAGGTTTTTCAGTAACTTTTGAGAA
1730 AAAAATGACAAATATTCACCGTTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTAAAAAAATAAGGATTGGTA
260 AAAAATGACAAATATTCACCGTTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTAAAAAAATAAGGATTGGTA
*
1795 AATACAATTTTAATAACTTTTATAGCATTTTTAGTAAATTTAAGTAATAAAATTTGTAACACTTT
325 AATACAATTTTAATAACTTTTATAGCATTTTTAGT-AATTTAAGTAATAAAAATTGTAACACTTT
1860 ATTGATGATAAAAGGTTACTAAAATTAATAAGGATGTAAGGTTCTTTCAATCTAGATAGTACTAT
389 ATTGATGATAAAAGGTTACTAAAATTAATAAGGATGTAAGGTTCTTTCAATCTAGATAGTACTAT
1925 AATAATTTCCATAACCTTTTAAGTAATTAATCTTAGATAAGAAAATCAGTACTGTACATATCTTT
454 AATAATTTCCATAACCTTTTAAGTAATTAATCTTAGATAAGAAAATCAGTACTGTACATATCTTT
*
1990 ATAGTGTAAGGTCATTAAATTAGTTGATAGTACAATACATTTTTTATGATTATTATAGCTTTTTC
519 ATAGTGTAAGGTCATTAAATTAGTTGATAGTACAAAACATTTTTTATGATTATTATAGCTTTTTC
**
2055 GGTAACTTTTAAGGAAAAAAATGGTAAATCTTTGCCATTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTAAG
584 GGTAACTTTTAAGGAAAAAAATGGTAAATCTTCACCATTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTAAG
2120 AATGTAAGGATTGATAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAGCT
649 AATGTAAGGATTGATAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAGCT
2163 TTTT
1 TTTT
2167 TAGTAGATTA
Statistics
Matches: 684, Mismatches: 10, Indels: 3
0.98 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
690 111 0.16
691 245 0.36
692 323 0.47
693 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (691 bp):
TTTTGTACACCTAATTTTATACTTCCTTATGTTGCATTAAGTTTAGTTATAAGTTATAACCTTAT
ATAGAAATTTGACTTACAGGTCCGGGTATGTTTGGTTGAATTATGAGATTTGGAGAAATATGATA
ATAAAAATTACAAAAAATGTAATAAGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAGATGTAAGGTTATT
GAATTAGTGGATAGTACTATACCTCTTTTGTGATCATTATAGGTTTTTCAGTAACTTTTGAGAAA
AAAATGACAAATATTCACCGTTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTAAAAAAATAAGGATTGGTAA
ATACAATTTTAATAACTTTTATAGCATTTTTAGTAATTTAAGTAATAAAAATTGTAACACTTTAT
TGATGATAAAAGGTTACTAAAATTAATAAGGATGTAAGGTTCTTTCAATCTAGATAGTACTATAA
TAATTTCCATAACCTTTTAAGTAATTAATCTTAGATAAGAAAATCAGTACTGTACATATCTTTAT
AGTGTAAGGTCATTAAATTAGTTGATAGTACAAAACATTTTTTATGATTATTATAGCTTTTTCGG
TAACTTTTAAGGAAAAAAATGGTAAATCTTCACCATTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTAAGAA
TGTAAGGATTGATAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAGCT
Found at i:4592 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 4555--4591 Score: 65
Period size: 6 Copynumber: 6.2 Consensus size: 6
4545 ATATATATAC
*
4555 ACTAAT ACTAAT ACTAAT ACTAAT ACTAAT AATAAT A
1 ACTAAT ACTAAT ACTAAT ACTAAT ACTAAT ACTAAT A
4592 AAAATAAATA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 30 1.00
ACGTcount: A:0.54, C:0.14, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (6 bp):
ACTAAT
Found at i:4597 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 4558--4597 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
4548 TATATACACT
* **
4558 AATACTAATACTAATACT
1 AATACTAATAATAATAAA
4576 AATACTAATAATAATAAA
1 AATACTAATAATAATAAA
4594 AATA
1 AATA
4598 AATATTTTTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.10, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (18 bp):
AATACTAATAATAATAAA
Done.