Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01012364.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12397, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1814
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.16, T:0.32
Found at i:1352 original size:667 final size:669
Alignment explanation
Indices: 79--1741 Score: 2798
Period size: 667 Copynumber: 2.5 Consensus size: 669
69 GCCCCGGAAC
* *
79 GTACACGATTTCGGCTAAAGTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAT-AATTTTTCTCAATTTTTGGCC
1 GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAAATTTAT-TCAATTTTTGGCC
* **
143 GAAATTCAC-TAAAAATATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAATTGGTTTTAACGTTTCTAA
65 GAAATACACTTAAAAA-ATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTAACGTTTCTAA
207 TATCGTTTTTCCAATGTTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGAATCAGAAGCTC
129 TATCGTTTTTCCAATGTTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGAATCAGAAGCTC
* *
272 GTAAAAATATATCCTTAAATCCAATGCGGCTGACATTTGATTTGATGAATATAGATATTTTAAGG
194 GTAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGATTTGATGAATATAGATATTTCAAGG
* * * *
337 AGTCTAGGCGCCAAAAAAGAAGAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAATGCATTTTTAGTCAAATAC
259 AGTCTAGGCGCCAAAAAAGAAGAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC
*
402 CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATCATTTTCCTCA
324 CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAATTTTCCTCA
*
467 ATTTTTGGCCGAAATTCACTAAAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTA
389 ATTTTTGGCCGAAATACACTAAAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTA
532 ACATTTCTAATATCGTTTTTCCAATGTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAAAAAGAAT
454 ACATTTCTAATATCGTTTTTCCAATGTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAAAAAGAAT
597 CAGAAGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAAAGCGTCTGAGATTTAATTTGATGAATATAAAT
519 CAGAAGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAAAGCGTCTGAGATTTAATTTGATGAATATAAAT
* * *
662 ATTTCACGGAGTCTAGGCGCCAAAAAAGAA-GAAACACTGAGTCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTT
584 ATTTCAAGGAGTCTAGGCGCCAAAAAAGAAGGAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTT
* * *
726 ATCCAAAAATCGTGATTG-TA
649 AGCCAAAAACCGTGATGGTTA
* *
746 GTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAAATTTATTCAGTTTTTGGCCG
1 GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAAATTTATTCAATTTTTGGCCG
* * *
811 AAGTACTCTTAAAAAATATATAATTCAATCCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTAACGTTTCTAATA
66 AAATACACTTAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTAACGTTTCTAATA
* *
876 TCGTTTTTTCAATGTTTTTTATTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGAATCAGAAGCTCGT
131 TCGTTTTTCCAATGTTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGAATCAGAAGCTCGT
* * *
941 AAAAATATTTCCTTAAATCCAATGTGTCTGAGATTTGATTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
196 AAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGATTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
* *
1006 TCTCGGCGCCAAAAAAGAAGAAAAACTGAGCTGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
261 TCTAGGCGCCAAAAAAGAAGAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
1071 TGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAATTTTCCTCAAT
326 TGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAATTTTCCTCAAT
* * *
1136 TTTTGGCCGAAATACTCTAAAAATAATATATAATTCAATGCCAAAAATTTTGAAGGGGTTTTAAC
391 TTTTGGCCGAAATACACTAAAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTAAC
* *
1201 GTTTCTAATATCGTTTTTCCAATGTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGAATCA
456 ATTTCTAATATCGTTTTTCCAATGTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAAAAAGAATCA
* * * *
1266 GAAGCTCGTAAAAATATTTCCTTAAATCCAATGTGTCTGAGATTTGATTTGATGAATATAAATAT
521 GAAGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAAAGCGTCTGAGATTTAATTTGATGAATATAAATAT
*
1331 TTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAAAGAAGGAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAG
586 TTCAAGGAGTCTAGGCGCCAAAAAAGAAGGAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAG
*
1396 CGAAAAACCGTGATGGTTA
651 CCAAAAACCGTGATGGTTA
* * * ** **
1415 GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAACAATTGATCCGAAATAGTTTTCCTCAATTTTTGGCCG
1 GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAAATTTATTCAATTTTTGGCCG
*
1480 AAATACACTAAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTAACGTTTCTAATA
66 AAATACACTTAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTAACGTTTCTAATA
*
1545 TCATTTTTCCAATGTTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGAATCAGAAGCTCGT
131 TCGTTTTTCCAATGTTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGAATCAGAAGCTCGT
*
1610 -AAAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCT-ACATTCGATTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
196 AAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGATTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
1673 TCTAGGCGCCAAAAAAGAAGAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
261 TCTAGGCGCCAAAAAAGAAGAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
1738 TGAT
326 TGAT
1742 AAATCGTTTT
Statistics
Matches: 928, Mismatches: 64, Indels: 8
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
667 663 0.71
668 84 0.09
669 181 0.20
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (669 bp):
GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAAATTTATTCAATTTTTGGCCG
AAATACACTTAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTAACGTTTCTAATA
TCGTTTTTCCAATGTTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGAATCAGAAGCTCGT
AAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGATTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
TCTAGGCGCCAAAAAAGAAGAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
TGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAATTTTCCTCAAT
TTTTGGCCGAAATACACTAAAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTAAC
ATTTCTAATATCGTTTTTCCAATGTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAAAAAGAATCA
GAAGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAAAGCGTCTGAGATTTAATTTGATGAATATAAATAT
TTCAAGGAGTCTAGGCGCCAAAAAAGAAGGAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAG
CCAAAAACCGTGATGGTTA
Found at i:1435 original size:335 final size:334
Alignment explanation
Indices: 79--1741 Score: 2760
Period size: 334 Copynumber: 5.0 Consensus size: 334
69 GCCCCGGAAC
* *
79 GTACACGATTTCGGCTAAAGTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAATTTTTCTCAATTTTTGGCCG
1 GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAATTTTCCTCAATTTTTGGCCG
* * **
144 AAATTCACTAAAAATATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAATTGGTTTTAACGTTTCTAATA
66 AAATACACTAAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTAACGTTTCTAATA
209 TCGTTTTTCCAATGTTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGAATCAGAAGCTCGT
131 TCGTTTTTCCAATGTTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGAATCAGAAGCTCGT
* * * *
274 AAAAATATATCCTTAAATCCAATGCGGCTGACATTTGATTTGATGAATATAGATATTTTAAGGAG
196 AAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGTCTGAGATTTGATTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
* * * *
339 TCTAGGCGCCAAAAAAGAAGAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAATGCATTTTTAGTCAAATACCG
261 TCTAGGCGCCAAAAAAGAAGAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
404 TGATGGTTA
326 TGATGGTTA
*
413 GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATCATTTTCCTCAATTTTTGGCCG
1 GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAATTTTCCTCAATTTTTGGCCG
* *
478 AAATTCACTAAAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTAACATTTCTAAT
66 AAATACACT-AAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTAACGTTTCTAAT
*
543 ATCGTTTTTCCAATG-TTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAAAAAGAATCAGAAGCTCG
130 ATCGTTTTTCCAATGTTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGAATCAGAAGCTCG
* * * * *
607 TAAAAATATATCCTTAAATCCAAAGCGTCTGAGATTTAATTTGATGAATATAAATATTTCACGGA
195 TAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGTCTGAGATTTGATTTGATGAATATAGATATTTCAAGGA
* * * *
672 GTCTAGGCGCCAAAAAAGAAGAAACACTGAGTCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTATCCAAAAATC
260 GTCTAGGCGCCAAAAAAGAAGAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
*
737 GTGATTG-TA
325 GTGATGGTTA
* * ** *
746 GTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAAATTTATTCAGTTTTTGGCCG
1 GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAATTTTCCTCAATTTTTGGCCG
* * * *
811 AAGTACTCTTAAAAAATATATAATTCAATCCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTAACGTTTCTAATA
66 AAATACACTAAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTAACGTTTCTAATA
* *
876 TCGTTTTTTCAATGTTTTTTATTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGAATCAGAAGCTCGT
131 TCGTTTTTCCAATGTTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGAATCAGAAGCTCGT
*
941 AAAAATATTTCCTTAAATCCAATGTGTCTGAGATTTGATTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
196 AAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGTCTGAGATTTGATTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
* *
1006 TCTCGGCGCCAAAAAAGAAGAAAAACTGAGCTGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
261 TCTAGGCGCCAAAAAAGAAGAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
1071 TGATGGTTA
326 TGATGGTTA
1080 GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAATTTTCCTCAATTTTTGGCCG
1 GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAATTTTCCTCAATTTTTGGCCG
* *
1145 AAATACTCTAAAAATAATATATAATTCAATGCCAAAAATTTTGAAGGGGTTTTAACGTTTCTAAT
66 AAATACACTAAAAA-AATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTAACGTTTCTAAT
1210 ATCGTTTTTCCAATG-TTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGAATCAGAAGCTCG
130 ATCGTTTTTCCAATGTTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGAATCAGAAGCTCG
* *
1274 TAAAAATATTTCCTTAAATCCAATGTGTCTGAGATTTGATTTGATGAATATAAATATTTCAAGGA
195 TAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGTCTGAGATTTGATTTGATGAATATAGATATTTCAAGGA
* *
1339 GTCTCGGCGCCAAAAAAGAAGGAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAAC
260 GTCTAGGCGCCAAAAAAGAA-GAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC
1404 CGTGATGGTTA
324 CGTGATGGTTA
* * * *
1415 GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAACAATTGATCCGAAATAGTTTTCCTCAATTTTTGGCCG
1 GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAATTTTCCTCAATTTTTGGCCG
1480 AAATACACTAAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTAACGTTTCTAATA
66 AAATACACTAAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTAACGTTTCTAATA
*
1545 TCATTTTTCCAATGTTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGAATCAGAAGCTCGT
131 TCGTTTTTCCAATGTTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGAATCAGAAGCTCGT
* * *
1610 -AAAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCT-ACATTCGATTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
196 AAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGTCTGAGATTTGATTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
1673 TCTAGGCGCCAAAAAAGAAGAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
261 TCTAGGCGCCAAAAAAGAAGAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
1738 TGAT
326 TGAT
1742 AAATCGTTTT
Statistics
Matches: 1243, Mismatches: 80, Indels: 14
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
332 115 0.09
333 288 0.23
334 535 0.43
335 305 0.25
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (334 bp):
GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAATTTTCCTCAATTTTTGGCCG
AAATACACTAAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAAGGGGTTTTAACGTTTCTAATA
TCGTTTTTCCAATGTTTTTTACTAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGAATCAGAAGCTCGT
AAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGTCTGAGATTTGATTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
TCTAGGCGCCAAAAAAGAAGAAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
TGATGGTTA
Done.