Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01012403.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12436, whole genome shotgun sequence
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1431 GGGTATAAAC
*
1441 TAGTAAGATATATATAGAAAAGGTTT
1 TAGTAAGATATAGATAGAAAAGGTTT
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1 TAGTAAGATATAGATAGAAAAGGTTT
1493 T
1 T
1494 TGGGCTTTTT
Statistics
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TAGTAAGATATAGATAGAAAAGGTTT
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3013 AGGTTTTTTT
* * **
3023 TAAAAA AAAAAA TAAATAAA CAAAAA TAAAAA TTGAAA TAAAAA TAAAAA
1 TAAAAA TAAAAA T-AA-AAA TAAAAA TAAAAA TAAAAA TAAAAA TAAAAA
3073 TAA
1 TAA
3076 TTTAATTTCG
Statistics
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TAAAAA
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9374 AAAGCAAACC
9384 CAAATTAACACCTTTTT
1 CAAATTAACACCTTTTT
9401 CAAATTAACACCTTTTT
1 CAAATTAACACCTTTTT
9418 AGGAGTAGGA
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CAAATTAACACCTTTTT
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17137 AATATTACCT
*
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1 TGAGGCTAAACTAGAAAA
*
17165 TGAGGCTAAATTAGAAAA
1 TGAGGCTAAACTAGAAAA
17183 GAAAAAAAAT
Statistics
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TGAGGCTAAACTAGAAAA
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20116 AAATGACCCG
* * * *
20126 AAGATTTTTCCTCAATTTTTGGC-AAAATACACATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAGGAT
1 AAGATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAA-ATATATAATTCAACACCAAAAAGA-
* * *
20190 TTG-ATGACTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAAT
64 TTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAAT
* * * * *
20254 CGAAACAAGATTTAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGCCTGAGATTTGATTAG
129 CGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAG
* *** * *** *
20319 ATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGATGCCAAAAATCATGCAAAACAGATTTGTGGCTCTAG
194 ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG-GGCTCCAG
* * * *
20384 ATA-GCGTTTTTAGCCAAAAACCTTGATGGTTACTGCACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAT
258 A-ACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
*
20448 TGAC-CTGA
322 TGACTC-AA
*** * * ** *
20456 AAGACAATTACTCAA-TTTTCGCCTAAAATACTCATAAAAGATATATAATTCGGCATCAAAAAGA
1 AAGATTTTTCCTCAATTTTTAG-CTAAAATACTCATAAAA-ATATATAATTCAACACCAAAAAGA
* * * * * * *
20520 TTGAAGGGCTTTTAATGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTT-TCAAATTAATTTCTAATTAAA
64 TTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCT-GAATTAATTTCTAATTAAA
* * * *
20584 TCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATTCAACGTGGCTGAGATTTGGTTA
128 TCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTA
* *
20649 GATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTTGGCACCAAAAATCCTGCAAAACTGAGCCGGGCTCCAG
193 GATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCTCCAG
* * * *
20714 AACGCGGTTTTAGACGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTTGCAAAAAT
258 AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTTGCAAAAAT
*
20779 TGATTCAA
322 TGACTCAA
* * * * * * *
20787 AATATTTTTCCTCGATTTCTAGCAAAAATACTCATAAAAAGTATACAATTCAACATCAAAAGGAT
1 AAGATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAA-TATATAATTCAACACCAAAAAGAT
* * * * *
20852 TGGAGTACTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTCTCTAAATTAATTTCTAATTACAT
65 TGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTT-TCTGAATTAATTTCTAATTAAAT
* * * * * *
20917 CAAAACAAAATTCAGATGCACATAAAAACAAATTC-TAATATCCAATGTGGATGAGATTTGATTA
129 CGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA-ATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTA
* * * *
20981 GATGAATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGGGC-CCA
193 GATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGC-CGGGCTCCA
* * * ** * *
21045 GAAGGCTTTTTTAGCCCAAAACTATGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAT
257 GAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
* *
21110 T-AATTAA
322 TGACTCAA
* * * * *
21117 AAAATTATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTTATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAA
1 AAGATT-TTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGA
* * ** *
21182 TTGAAAGGA-TTTTGACG-TTTCTAATATCGTTTTTCCTATGTTTTCCAAATTAATTTTTAATTA
64 TTG-AAGGACTTTTCACGCTTT-TAATATCGTTTTTCATAT-TTTTCTGAATTAATTTCTAATTA
* * * * * *
21245 AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATTCTTAAATCTAATATGGCTAAGATTTGGT
126 AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGAT
* * * * *
21310 TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTGGCATCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGCCCC
191 TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCTCC
* * * * * * *
21375 GGAACG-TTGTTTTAGCCGAAAACCGTGATAGTTAGTAAATGATTTCGGCTAAAATTTTCACAAA
256 AGAACGCGT-TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT-GCAAA
*
21439 AATTGACTCGA
319 AATTGACTCAA
* * * * *
21450 AAGATTTTTCCTCGATTTTTAACGAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAAT
1 AAGATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGAT
* *
21515 TGAAAGCCTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAAT
65 TGAAGGAC-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAAT
* * *
21580 CGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAATAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAG
129 CGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAG
* ** * * *
21645 ATGAATATAGATATTTCAAGGAATCTTAACACAAAAACATCATGCAAAACTGA---GGCCT-TAG
194 ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAA-ATCATGCAAAACTGAGCCGGGCTCCAG
* * * * *
21706 AATGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTT-GTACACGATTTCGACTAAAACTTGGCAAAAATT
258 AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATT
*
21770 GAC-CTGA
323 GACTC-AA
* * ** * *
21777 AAGATTTTTCTGTCAATTTTTGGCTATTATACTCATAAAATATATACAATTTAA-AGCCAAAAAG
1 AAGATTTTTC-CTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAA-ATATATAATTCAACA-CCAAAAAG
* ** * * * * *
21841 ATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATTATTTCTAATGTTTTTTTGAATTAATTTCTAGTTAAA
63 ATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAA
* * * * *
21906 TCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTCAATCCAATGTAGCTGAAATTAGATTA
128 TCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTA
* * * * * * * * *
21971 AATGAATATGGATATCTCAAAGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGTCGGGGTCCCG
193 GATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCT-CCA
* * *
22036 GAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-CG-GA----T--TACACGATTTCGACTAGAACTTTGCAAAAAT
257 GAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
*
22093 TGACTCGA
322 TGACTCAA
* * *
22101 AAG-TTATTTCCTCAATTTTTATCCACAATACTCATAAAAATTATATAATTCAACACCAAAAAGA
1 AAGATT-TTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAA-TATATAATTCAACACCAAAAAGA
** * * * * *
22165 TTGAAGGGTTTTTCATGGTTCTAATATCGTTTTTCCTATTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAA
64 TTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-T-TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
* * * *** *
22230 ATCGAAACATGATTCATATGCTTGT-TTTACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
127 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATT
* * * * * * * *
22294 AGATAAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCAAAAAATCATGCAACACTAAACCGGGAC-CT
192 AGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG-CTC-
** * * * * * *
22358 TGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAAAACTGTGATTTCGACTAACGTACACGATTTTGGCTAATA
255 CAGAACGCGTTTTTAGC-----CAAAAACCGTGA--T-G-GTTA-GTACACGATTTCGGCTAAAA
22423 TTTTGCAAAAATTGAC-CAGA
310 TTTTGCAAAAATTGACTCA-A
* * * *
22443 AATATTTTTCCTCAATTTTT-GTCTTAAATACTCATAAAATATATATAATTCAACTCTAAAAAGA
1 AAGATTTTTCCTCAATTTTTAG-CTAAAATACTCATAAAA-ATATATAATTCAACACCAAAAAGA
* * * *
22507 TTGGAGGACTTTTCTCGCTTTTAATATCGCTTTTCATATTTTTCTTAATTAATTTCTAATTAAAT
64 TTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAAT
* * * * *
22572 CCAAAAAATATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATGCAATGTGGCT--GA---GATT--
129 CGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAG
* * ** * * *
22630 A--AATATAGACATTTCGAA-GAGTCTCGATACCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGACGCC-
194 ATGAATATAGATATTTC-AAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG-CTCCA
* *** *
22691 GAAACGCGTTTAATAAAAAAAAAACC------G-T-G-ACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAA
257 G-AACGCGTTT--TTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
*
22747 AAATGAC-CAGA
319 AATTGACTCA-A
* ** * ** * *
22758 AAAATATCAT-CTCAAATTTTAGC-CCAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAA
1 AAGAT-TTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGA
* * * *
22821 TTGAAGGGCTTTTCACGATTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAA
64 TTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA--TTTTTCTGAATTAATTTCTAATT-A
* * * * * *
22886 AAT-GAAACATGATTCAGATGTTTGT-------AA-----AAA--CAA--TGGTTGGGATTTGGT
126 AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGAT
* * * * * ** *
22934 TAGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATTCAAAATTGAATCGGGCCCC
191 TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCTCC
* * * *
22999 AGAACGCGTTTTTAGGCAAAAACAGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAACAA-TTTGCAAAA
256 AGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA-AATTTTGCAAAA
* *
23063 ATTGACCCGA
320 ATTGACTCAA
* ** * *
23073 AAGCTAGTTCCTCAATTTTTAG-TCACAATACTCATTAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA
1 AAGATTTTTCCTCAATTTTTAGCT-AAAATACTCA-TAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGA
* * * * *
23137 TTGAAGGGCTTTCCGCTCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTCATTAAA
64 TTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAA
* * * * * *
23202 TCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCCTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTTATTA
128 TCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTA
* * * * *
23267 TATGAATATAGATATTTCAAGGAGTGTCGGCGCCAAAAATCATGTAAAAACTGAGCCGGGGC-CC
193 GATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATG-CAAAACTGAGCC-GGGCTCC
* * * * *
23331 CGAAACGTGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAACTTTGCAAAA
256 AG-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
* *
23396 AATGACCCGAA
320 ATTGACTC-AA
* * * * *
23407 AAGTTTTTTTCCT--ATTTCTT-GATAAAATACTCTTAAAATATATATAATTTAACACCAAAAAT
1 AAG-ATTTTTCCTCAATTT-TTAGCTAAAATACTCATAAAA-ATATATAATTCAACACCAAAAAG
* * * * *
23469 ATTTG-AGAACTTTTCATGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTACTAAA
63 A-TTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
* * *
23533 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATA
127 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATT
* * * * * *
23598 AGATGAATATGGATATCTCAAGGATTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGACAGGGCTCC
192 AGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CCGGGCTCC
* * * * * *
23663 AAAACGCTTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTATTCCACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAA
256 AGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
* * *
23728 TTTA-TTAG
321 TTGACTCAA
* * * *
23736 AAGAATATTTCCTCAA-TTTTAGGTTAAAATACTTATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAG
1 AAG-ATTTTTCCTCAATTTTTA-GCTAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACACCAAAAAG
* * * * * **
23800 ATTGAAGGGCTTTTGAC-ATTTCCAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTA
63 ATTGAAGGACTTTTCACGCTTT-TAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTA
*
23864 AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGAT
126 AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGAT
* * * * *
23929 TAGATGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTTGG-AGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGAGTCC
191 TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCA-CCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG-GGCT
* * * * *
23993 CCGGAACGTGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTTGTTAGTACATGATTGCGGCTAAAATTTTG
254 CCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G---GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
*
24058 CAAAAATTGACACAA
315 CAAAAATTGACTCAA
* * **
24073 AAGATTTCTT-CTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAAAA
1 AAGATTT-TTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAA--C-ACCAAAAA
* * * * * *
24137 GACTGAAGTG-CTTTTTATGCTTTTAATATCGTATTTCTTATTTTTCCTAAATTAATTTCTAATT
62 GATTGAAG-GACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTT-CTGAATTAATTTCTAATT
* * * * * *
24201 AAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTTAAAA-AAATTCTTAAATCCAATGTTGCTGAGAGTTGG
125 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGA
24265 TTAGAT
190 TTAGAT
24271 TATGTAAAGT
Statistics
Matches: 3100, Mismatches: 558, Indels: 307
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
300 4 0.00
302 5 0.00
304 3 0.00
305 3 0.00
306 8 0.00
307 1 0.00
308 14 0.00
309 47 0.02
313 1 0.00
314 67 0.02
315 136 0.04
316 113 0.04
317 5 0.00
322 3 0.00
323 71 0.02
324 138 0.04
325 45 0.01
326 15 0.00
327 164 0.05
328 62 0.02
329 66 0.02
330 99 0.03
331 729 0.24
332 712 0.23
333 180 0.06
334 16 0.01
335 23 0.01
336 56 0.02
337 49 0.02
338 79 0.03
339 6 0.00
340 41 0.01
341 25 0.01
342 111 0.04
343 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (329 bp):
AAGATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATT
GAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCG
AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGAT
GAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCTCCAGAAC
GCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC
TCAA
Found at i:21419 original size:663 final size:657
Alignment explanation
Indices: 20129--24270 Score: 3772
Period size: 663 Copynumber: 6.3 Consensus size: 657
20119 TGACCCGAAG
* * * *
20129 ATTTTTCCTCAATTTTTGGC-AAAATACACATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAGGATTTG
1 ATTTTTCCTCAATTTTTAGCAAAAATACTCATAAAA-ATATATAATTCAACACCAAAAAGA-TTG
* * *
20193 ATG-ACTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
64 AAGTACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
* * * * * * *
20257 AACAAGATTTAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATG
129 AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATG
* ** * * * *
20322 AATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGATGCCAAAAATCATGCAAAACAGATTTGTGGCTCTAGATA
194 AATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA-CTGGGGC-CCAGA-A
* * *
20387 -GCGTTTTTAGCCAAAAACCT-TGATGGTTACTGCACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTG
256 CGCGTTTTTAGCCAAAAA-CTGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATT-
* * * * * * * * * ** **
20450 ACCTGAAAGA-CAATTACTCAATTTTCGCCTAAAATACTCATAAAAGATATATAATTCGGCATCA
319 AACTAAAAAATTATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCA
* * * * *
20514 AAAAGATTGAAGGGCTTTTAATGC-TTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCAAATTAATTTCTA
384 AAAAGATTGAA-GGATTTTCACGCTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTCCAAATTAATTTCTA
* * *
20578 ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATTCAACGTGGCTGAGATT
448 ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA-TCAATGTGGCTAAGATT
* * *
20643 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTTGGCACCAAAAATCCTGCAAAACTGAGCCGGG
512 TGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
* * * * * * * *
20708 CTCCAGAACGCGGTTTTAGACGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTTGC
577 CCCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTTGC
*
20773 AAAAATTGATTCAAAAT
641 AAAAATTGACTCAAAAT
* * * * * *
20790 ATTTTTCCTCGATTTCTAGCAAAAATACTCATAAAAAGTATACAATTCAACATCAAAAGGATTGG
1 ATTTTTCCTCAATTTTTAGCAAAAATACTCATAAAAA-TATATAATTCAACACCAAAAAGATTGA
* * * *
20855 AGTACTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTCTCTAAATTAATTTCTAATTACATCAA
65 AGTACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTT-TCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
* * * * *
20920 AACAAAATTCAGATGCACATAAAAACAAATTC-TAATATCCAATGTGGATGAGATTTGATTAGAT
129 AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAA-ATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* * * * *
20984 GAATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGGGCCCAGAAG
193 GAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA-CTGGGGCCCAGAAC
* * * * *
21049 GCTTTTTTAGCCCAAAACTATGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTAAT
257 GCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTAAC
*
21114 TAAAAAATTATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTTATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
322 TAAAAAATTATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * *
21179 AAATTGAAAGGATTTTGACG-TTTCTAATATCGTTTTTCCTATGTTTTCCAAATTAATTTTTAAT
387 AGATTG-AAGGATTTTCACGCTTTCTAATATCGTTTTTCCTAT-TTTTCCAAATTAATTTCTAAT
* * *
21243 TAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATTCTTAAATCTAATATGGCTAAGATTTG
450 TAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATC-AATGTGGCTAAGATTTG
* * * * *
21308 GTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTGGCATCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGCC
514 ATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCC
* * * *
21373 CCGGAACGT-TGTTTTAGCCGAAAACCGTGATAGTTAGTAAATGATTTCGGCTAAAATTTTCACA
579 CCGGAACGTGT-TTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT-GCA
* *
21437 AAAATTGACTCGAAAG
642 AAAATTGACTCAAAAT
* * * * *
21453 ATTTTTCCTCGATTTTTAACGAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGA
1 ATTTTTCCTCAATTTTTAGCAAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTG-
*
21518 AAG-CCTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCG
64 AAGTAC-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCG
* * *
21582 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAATAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
128 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* ** * * *
21647 GAATATAGATATTTCAAGGAATCTTAACACAAAAACATCATGCAAAACTGA----GGCCTTAGAA
193 GAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAA-ATCATGCAAAACTGACTGGGGCC-CAGAA
* * * * * * *
21708 TGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTT-GTACACGATTTCGACTAAAACTTGGCAAAAATTGA
256 CGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATT-A
* * * * ** * * * *
21772 CCTGAAAGATT-TTTCTGTCAATTTTTGGCTATTATACTCATAAAATATATACAATTTAAAGCCA
320 ACTAAAAAATTATTTC-CTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCA
* ** * ** * ***
21836 AAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTT-TAATATTATTTCTAATGTTTTTTTGAATTAATTTCTA
384 AAAAGATTGAAGGA-TTTTCACGCTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTCCAAATTAATTTCTA
* * * *
21900 GTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTCAATCCAATGTAGCTGAA-AT
448 ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT-CAATGTGGCT-AAGAT
* * * * * * * *
21964 TAGATTAAATGAATATGGATATCTCAAAGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGTCGG
511 TTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CCG
* * * * *
22029 GGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-CG-G--A--T--TACACGATTTCGACTAGAACTTTG
575 GGCCCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
*
22086 CAAAAATTGACTCGAAAGT
640 CAAAAATTGACTC-AAAAT
* * * *
22105 -TATTTCCTCAATTTTTATCCACAATACTCATAAAAATTATATAATTCAACACCAAAAAGATTGA
1 ATTTTTCCTCAATTTTTAGCAAAAATACTCATAAAAA-TATATAATTCAACACCAAAAAGATTGA
*** * * * * *
22169 AGGGTTTTTCATGGTTCTAATATCGTTTTTCCTATTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCG
65 AGTACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-T-TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCG
* * * *** *
22234 AAACATGATTCATATGCTTGT-TTTACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
128 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* * * * * * * * **
22298 AAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCAAAAAATCATGCAACACTAAACCGGGACCTTGGAA
193 GAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACT-GACTGGGGCC-CAGAA
* * * * * *
22363 CGCGTTTTTAGCAAAAAAAAAAACTGTGATTTCGACTAACGTACACGATTTTGGCTAATATTTTG
256 CGCGTTTTTAGC-----CAAAAACTGTGA--T-G-GTTA-TTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
* * * * * *
22428 CAAAAATTGACCAGAAATATT-TTTCCTCAATTTTTGTCTTAAATACTCATAAAATATATATAAT
311 CAAAAATTAACTA-AAAAATTATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAAT
* * * * * * **
22492 TCAACTCTAAAAAGATTGGAGGACTTTTCTCGCTTT-TAATATCGCTTTTCATATTTTTCTTAAT
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* * * *
22556 TAATTTCTAATTAAATCCAAAAAATATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATGCAATGTG
439 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT-CAATGTG
* * **
22621 GCT--GA---GATT--A--AATATAGACATTTCGAA-GAGTCTCGATACCAAAAATCATGCAAAA
503 GCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTC-AAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAA
* * * * * * ***
22676 CTAAGTCGGGACGCCGAAACGCGTTTAATAAAAAAAAAACC------G-T-G-ACACGATTTCGG
567 CTGAGCCGGG-CCCCGGAACGTGTTT--TTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGG
* * *
22732 CTAAAATTTTACAAAAAATGAC-CAGAAAA
629 CTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCA-AAAT
** * ** * *
22761 ATATCAT-CTCAAATTTTAGC-CCAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTG
1 AT-TTTTCCTCAATTTTTAGCAAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTG
** * * *
22824 AAGGGCTTTTCACGATTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAAT
64 AAGTACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA--TTTTTCTGAATTAATTTCTAATT-AAAT
* * * * *
22889 -GAAACATGATTCAGATGTTTGT-------AA-----AAA--CAA--TGGTTGGGATTTGGTTAG
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* * * * * *
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191 ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGACT-GGGGCCCAGA
* * *
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255 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAA-AATTTTGCAAAAATT
* *** ** * * * *
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** * * **
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383 AAAAAGATTGAAGGATTTTCACGCT-TTCTAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTCCAAATTAATTTC
* * * *
23194 TCATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCCTAAATGCAATGTGGCTAAGA
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* * * * * *
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510 TTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATG-CAAAACTGAGCC
* * * * *
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* *
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* * * *
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1 ATTTTTCCTCAATTT-TTAGCA-AAAATACTCATAAAA-ATATATAATTCAACACCAAAAAGA-T
* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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254 AACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATT
* * * * * *
23730 TATTAGAAGAA-TATTTCCTCAATTTTAGGTTAAAATACTTATAAAAAATATATAATTCAACGCC
319 AACTA-AAAAATTATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCC
* * * *
23794 AAAAAGATTGAAGGGCTTTTGAC-ATTTCCAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTC
383 AAAAAGATTGAA-GGATTTTCACGCTTTCTAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTCCAAATTAATTTC
* *
23858 TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGA
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* * *
23923 TTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTTGG-AGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCC
510 TTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCA-CCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC
* * * * *
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* *
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* **
24076 ATTTCTT-CTCAATTTTT-GGATAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAAAAGA
1 ATTT-TTCCTCAATTTTTAGCA-AAAATACTCATAAAAATATATAATTCAA--C-ACCAAAAAGA
* * * * * * *
24139 CTGAAGTGCTTTTTATGCTTTTAATATCGTATTTCTTATTTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAAA
61 TTGAAGTACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTT-CTGAATTAATTTCTAATTAAA
* * * *
24204 TCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTTAAAA-AAATTCTTAAATCCAATGTTGCTGAGAGTTGGTTA
125 TCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTA
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190 GAT
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GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGAT
GAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCCCCGGAAC
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TCAAAAT
Found at i:24641 original size:15 final size:16
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Indices: 24623--24652 Score: 53
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Statistics
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Consensus pattern (16 bp):
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Done.