Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01012552.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12585, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 112104
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.18, T:0.32
Found at i:3718 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 3658--3718 Score: 70
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
3648 TTAGTTTATG
* * **
3658 CTTTAATTTTCAATTTCTTTTATCTTATGT
1 CTTTAATTTTCAATTTCATTAATCAAATGT
3688 CTTTAATTTTCAAGTTTCATTAAT-AAATGT
1 CTTTAATTTTCAA-TTTCATTAATCAAATGT
3718 C
1 C
3719 ATAACGTGCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 2
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
30 18 0.69
31 8 0.31
ACGTcount: A:0.26, C:0.13, G:0.05, T:0.56
Consensus pattern (30 bp):
CTTTAATTTTCAATTTCATTAATCAAATGT
Found at i:4386 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 4293--4508 Score: 414
Period size: 86 Copynumber: 2.5 Consensus size: 86
4283 ATTTCTACAT
*
4293 CTTCCACAATTTGGCAAGATTTAGAAAATATTATCATTATTATTCATTCTTTATGATTTATTTAT
1 CTTCCACAATTTGGCAAGATTTAGAAAATATTATCATTATTATTCAATCTTTATGATTTATTTAT
4358 TTCTTAAAATATATCCTAAAC
66 TTCTTAAAATATATCCTAAAC
4379 CTTCCACAATTTGGCAAGATTTAGAAAATATTATCATTATTATTCAATCTTTATGATTTATTTAT
1 CTTCCACAATTTGGCAAGATTTAGAAAATATTATCATTATTATTCAATCTTTATGATTTATTTAT
4444 TTCTTAAAATATATCCTAAAC
66 TTCTTAAAATATATCCTAAAC
*
4465 CTTCCACAATTTGGCAAGATTTAGAAAATATTCTCATTATTATT
1 CTTCCACAATTTGGCAAGATTTAGAAAATATTATCATTATTATT
4509 TATTGATTAT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 2, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
86 128 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (86 bp):
CTTCCACAATTTGGCAAGATTTAGAAAATATTATCATTATTATTCAATCTTTATGATTTATTTAT
TTCTTAAAATATATCCTAAAC
Found at i:6212 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 6190--6223 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
6180 AAAAAGGGTA
*
6190 ATAAAAA-AATTGTTTTC
1 ATAAAAAGAAGTGTTTTC
6207 ATAAAAAGAAGTGTTTT
1 ATAAAAAGAAGTGTTTT
6224 TCATGATAGA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 7 0.47
18 8 0.53
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
ATAAAAAGAAGTGTTTTC
Found at i:7100 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7076--7111 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
7066 TGAAGACTTA
7076 TTGAAGACAATTTGAAGAT
1 TTGAAGACAA-TTGAAGAT
*
7095 TTGAAGACCATTGAAGA
1 TTGAAGACAATTGAAGA
7112 ATTATTTCCA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.44
19 9 0.56
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (18 bp):
TTGAAGACAATTGAAGAT
Found at i:12215 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 12191--12227 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
12181 GTGCCTTTGG
**
12191 TTTGTTTTTTTTTGGCATT
1 TTTGTTTTAGTTTGGCATT
12210 TTTGTTTTAGTTTGGCAT
1 TTTGTTTTAGTTTGGCAT
12228 GCTTCGCCGG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 16 1.00
ACGTcount: A:0.08, C:0.05, G:0.19, T:0.68
Consensus pattern (19 bp):
TTTGTTTTAGTTTGGCATT
Found at i:13871 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 13818--13871 Score: 63
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 26
13808 TACCTATACA
* * *
13818 AAATGCAATTTTAATAAAATAGAGCT
1 AAATGCAAATTTAATAAAACAGAACT
* *
13844 AAATGCAAATTTCATAAAGCAGAACT
1 AAATGCAAATTTAATAAAACAGAACT
13870 AA
1 AA
13872 GACGAAAAAC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 5, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 23 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.11, G:0.11, T:0.26
Consensus pattern (26 bp):
AAATGCAAATTTAATAAAACAGAACT
Found at i:14476 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 14376--14476 Score: 93
Period size: 39 Copynumber: 2.6 Consensus size: 39
14366 TCTAAAGAGG
* *
14376 GACCTGAGCCGGTTTGATTAAAC-GAAACTTTAAGCATA
1 GACCTAAGCAGGTTTGATTAAACGGAAACTTTAAGCATA
* * * *
14414 GACCTAAGCAGG-TTCACTAAAACGGGAA-TTCTACGCA-A
1 GACCTAAGCAGGTTTGA-TTAAACGGAAACTT-TAAGCATA
14452 GAACCTAAGCAGGTTTGATTAAACG
1 G-ACCTAAGCAGGTTTGATTAAACG
14477 AGAACTCCTA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 8, Indels: 9
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
37 3 0.06
38 19 0.38
39 25 0.50
40 3 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.20, G:0.22, T:0.23
Consensus pattern (39 bp):
GACCTAAGCAGGTTTGATTAAACGGAAACTTTAAGCATA
Found at i:14566 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 14523--14912 Score: 155
Period size: 39 Copynumber: 9.6 Consensus size: 39
14513 ATGGAATAGA
14523 GACCTAAGCAGGTTTGCTTAAACGGAAATTCTAAACAAG
1 GACCTAAGCAGGTTTGCTTAAACGGAAATTCTAAACAAG
* * * * * * * **
14562 GACCTAAGCAAGTGTTACTTAGATGGTAACTCAAAATGAG
1 GACCTAAGCAGGT-TTGCTTAAACGGAAATTCTAAACAAG
* * * *** *
14602 GGCCTAAACAGGTTTTCTTAAATAAAAATTCTGATGAGATTCTAATTATA
1 GACCTAAGCAGGTTTGCTTAAACGGAAATTCT-A--A-A--C--A--A-G
* * *
14652 GACCTAAGCAGGTTTCCTTAAA-TGAGATTCTAAACATA-
1 GACCTAAGCAGGTTTGCTTAAACGGAAATTCTAAACA-AG
* * * * *
14690 GACCTGAGCAGG-TT-CTTTGAAAGGGGAATCCTAAACGAGG
1 GACCTAAGCAGGTTTGC-TT-AAACGGAAATTCTAAAC-AAG
* * *
14730 TGAAGACCTAAGCAGGTTTGCTCAAACGAAAATTCTAAATAAG
1 -G-A--CCTAAGCAGGTTTGCTTAAACGGAAATTCTAAACAAG
**
14773 GACCTAAGCAGGTTTAATTAAAC-GAAAGTTCTAAACAAG
1 GACCTAAGCAGGTTTGCTTAAACGGAAA-TTCTAAACAAG
* * * * *
14812 GACCTATGCATGTTTGATTAAA-TGAAAGTTATAAACAAG
1 GACCTAAGCAGGTTTGCTTAAACGGAAA-TTCTAAACAAG
* * * *
14851 GACCTAAGCAGGTTTAG-TTAGATGGAAATTCTATACGAG
1 GACCTAAGCAGGTTT-GCTTAAACGGAAATTCTAAACAAG
* **
14890 GACCTAAACAGGTTCACTTAAAC
1 GACCTAAGCAGGTTTGCTTAAAC
14913 AAGACTCTAA
Statistics
Matches: 260, Mismatches: 63, Indels: 56
0.69 0.17 0.15
Matches are distributed among these distances:
36 1 0.00
37 4 0.02
38 17 0.07
39 137 0.53
40 37 0.14
41 3 0.01
42 3 0.01
43 4 0.02
44 21 0.08
45 4 0.02
46 2 0.01
48 1 0.00
49 7 0.03
50 19 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.20, T:0.26
Consensus pattern (39 bp):
GACCTAAGCAGGTTTGCTTAAACGGAAATTCTAAACAAG
Found at i:14691 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 14652--14911 Score: 161
Period size: 39 Copynumber: 6.6 Consensus size: 38
14642 TCTAATTATA
* *
14652 GACCTAAGCAGGTTTCCTTAAATGAGATTCTAAACATA-
1 GACCTAAGCAGGTTTCATTAAATGAAATTCTAAACA-AG
* * * * * *
14690 GACCTGAGCAGG-TTCTTTGAAAGGGGAATCCTAAACGAGGTGAA
1 GACCTAAGCAGGTTTCATT-AAA-TGAAATTCTAAAC-A----AG
* * *
14734 GACCTAAGCAGGTTTGC-TCAAACGAAAATTCTAAATAAG
1 GACCTAAGCAGGTTT-CATTAAATG-AAATTCTAAACAAG
* *
14773 GACCTAAGCAGGTTTAATTAAACGAAAGTTCTAAACAAG
1 GACCTAAGCAGGTTTCATTAAATGAAA-TTCTAAACAAG
* * * *
14812 GACCTATGCATGTTTGATTAAATGAAAGTTATAAACAAG
1 GACCTAAGCAGGTTTCATTAAATGAAA-TTCTAAACAAG
* * *
14851 GACCTAAGCAGGTTT-AGTTAGATGGAAATTCTATACGAG
1 GACCTAAGCAGGTTTCA-TTAAAT-GAAATTCTAAACAAG
*
14890 GACCTAAACAGG-TTCACTTAAA
1 GACCTAAGCAGGTTTCA-TTAAA
14912 CAAGACTCTA
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 31, Indels: 29
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
37 5 0.03
38 20 0.11
39 117 0.66
40 5 0.03
43 3 0.02
44 22 0.12
45 3 0.02
46 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (38 bp):
GACCTAAGCAGGTTTCATTAAATGAAATTCTAAACAAG
Found at i:24073 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 24035--24073 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
24025 CCACAAAATG
24035 CAAAAAGAAGAAAACA
1 CAAAAAGAAGAAAACA
*
24051 -AAGAAAGAGGAAAACA
1 CAA-AAAGAAGAAAACA
24067 CAAAAAG
1 CAAAAAG
24074 CAAGTTAGTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 4
0.80 0.04 0.16
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.10
16 16 0.80
17 2 0.10
ACGTcount: A:0.72, C:0.10, G:0.18, T:0.00
Consensus pattern (16 bp):
CAAAAAGAAGAAAACA
Found at i:27325 original size:10 final size:11
Alignment explanation
Indices: 27301--27329 Score: 51
Period size: 11 Copynumber: 2.7 Consensus size: 11
27291 AATAAAAAAA
27301 TTTTTGGTATC
1 TTTTTGGTATC
27312 TTTTTGGTAT-
1 TTTTTGGTATC
27322 TTTTTGGT
1 TTTTTGGT
27330 GTCTACTCTG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
10 8 0.44
11 10 0.56
ACGTcount: A:0.07, C:0.03, G:0.21, T:0.69
Consensus pattern (11 bp):
TTTTTGGTATC
Found at i:29250 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 29197--29250 Score: 81
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 26
29187 TACCTATGCA
* *
29197 AAATGCAAATTTAATAAAATAGAGCT
1 AAATGCAAATTTAATAAAACAGAACT
*
29223 AAATGCAAATTTAATAAAGCAGAACT
1 AAATGCAAATTTAATAAAACAGAACT
29249 AA
1 AA
29251 GACGAAAAAC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 25 1.00
ACGTcount: A:0.56, C:0.09, G:0.11, T:0.24
Consensus pattern (26 bp):
AAATGCAAATTTAATAAAACAGAACT
Found at i:31173 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 31146--31185 Score: 55
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
31136 GAAGCAAGGA
*
31146 AAAAGCAAAA-AAAAAAAC
1 AAAAGAAAAAGAAAAAAAC
*
31164 AAAAGAAAAAGAAAAAAGC
1 AAAAGAAAAAGAAAAAAAC
31183 AAA
1 AAA
31186 TGTGCCCCTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.47
19 10 0.53
ACGTcount: A:0.82, C:0.07, G:0.10, T:0.00
Consensus pattern (19 bp):
AAAAGAAAAAGAAAAAAAC
Found at i:33931 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 33892--35223 Score: 1332
Period size: 35 Copynumber: 37.8 Consensus size: 35
33882 GTAAACCAGT
* * *
33892 AAAGACTTATTTCGGGGTAATTAAGTAAAATCAGA
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
* * *
33927 AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGATCAGT
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
*
33961 AAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTA
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAG-A
*
33997 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTC
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAG-A
* * ** *
34033 AAAGACTTAATTCAGGGTAACTAAGT-AAATTGGTC
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAG-A
* *
34068 AAAGACTTAATTCGGGGAAATTAAGTAAAATCAGT
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
* *
34103 AAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGT
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
* *
34138 AAAGACTCAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTC
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAG-A
*
34174 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAATATCA-A
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
* *
34208 TAAGGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAATCA-A
1 -AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
* * *
34243 TAAGGACTAAATTCAGAGAAATTAAGTAAAATCAGTA
1 -AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAG-A
* * *
34280 AAAGACTTATTTCGGGGAAATTAAGTAAAATCAGTT
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAG-A
* *
34316 AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAATCAGTC
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAG-A
* * *
34351 GAAGACTTAATTAAGGGAAATTAAGTAAAATCAGT
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
**
34386 AAAGACTTAATTCAACGAAATTAAGTAAAATCA-A
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
* ** *
34420 TAAAGAATTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATTGGTC
1 -AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAG-A
* * * *
34457 AAAGACTTAATTTAGTGAAATTAA-TTAAATCAGTC
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAG-A
* * *
34492 AAAGACTTAAGTCAGGGTAATTAAGT-AAATCAGTC
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAG-A
* *
34527 AAAGACTTAATTTAGGGAAATTAAGTAAAACCA-A
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
* *
34561 AAAGGACTTAATTTAGGGAAATTAAGTAAAATCAGT
1 AAA-GACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
*
34597 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAACTAAAATCAG-
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
*** * * *
34631 TTTGACTTAATTCATGGTAATTAAGT-AAATCAGTC
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAG-A
* * *
34666 AAAGACTTAATTCTGGGAAAATTAAGTAAAACCAGT
1 AAAGACTTAATTCAGGG-AAATTAAGTAAAATCAGA
* * *
34702 AAGGACTTAATTCCGGGAAATTAAGTAAAATCAGT
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
* *
34737 AAGGACCTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTA
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAG-A
* *
34773 AAATACTTAATTCTGGGAAATTAAGTAAAATCAGTA
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAG-A
* * *
34809 AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAACCAGT
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
* *
34843 AAAGACTTAATTCAGGGAATTTAAGTAAAATCTATA
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATC-AGA
* * * *
34879 AAGGACTTAATTCATGGTAATTAAGT-AAATCAGTC
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAG-A
* *
34914 AAAGACTTAATTCAAGGTAATTAAGT-AAATCAGTA
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAG-A
* * * * *
34949 AAGGAATTAATTCA-TGATAATTAACTAAAATCAGT
1 AAAGACTTAATTCAGGGA-AATTAAGTAAAATCAGA
* *
34984 AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGT
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
*
35019 AAAGACTTAATTC-GGGATAATTAAGTAAAATTAGTA
1 AAAGACTTAATTCAGGGA-AATTAAGTAAAATCAG-A
* * * * *
35055 AATGACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAAATCTGT
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
* * * *
35090 AAAGATTTAATTCATGGTAATTAAGTAAAATCAGT
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
* * *
35125 AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAAGTCA-A
1 AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
* * * * * *
35159 TAAAGAACTTAATTCTGAGTAATTAAGTAGACTTA-A
1 -AAAG-ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
* *
35195 TAAAGAACTTAATTCATGGTAATTAAGTA
1 -AAAG-ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTA
35224 GGACATGAAA
Statistics
Matches: 1108, Mismatches: 158, Indels: 61
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
33 7 0.01
34 82 0.07
35 641 0.58
36 369 0.33
37 9 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (35 bp):
AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGA
Found at i:34112 original size:106 final size:105
Alignment explanation
Indices: 33888--35223 Score: 1584
Period size: 106 Copynumber: 12.6 Consensus size: 105
33878 ATCTGTAAAC
* * * * *
33888 CAGTAAAGACTTATTTCGGGGTAATTAAGTAAAATCAGAAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 CAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGT
* *
33953 -AGATCAGTAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAT
66 AAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAT
* *
33992 CAGTAAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAACTAA
1 CAGT-AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGT-AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAA
** *
34057 GT-AAATTGGTCAAAGACTTAATTCGGGGAAATTAAGTAAAAT
64 GTAAAATCAGT-AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAT
* *
34099 CAGTAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAGACTCAATTCAGGGAAATTAAGT
1 CAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGT
*
34164 AAAATCAGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAATAT
66 AAAATCAGT-AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAT
* * * * * * *
34205 CAATAAGGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAATCAATAAGGACTAAATTCAGAGAAATTAAGT
1 CAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGT
* *
34270 AAAATCAGTAAAAGACTTATTTCGGGGAAATTAAGTAAAAT
66 AAAATCAGT-AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAT
* * *
34311 CAGTTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAATCAGTCGAAGACTTAATTAAGGGAAATTAA
1 CAG-TAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGT-AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAA
**
34375 GTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAACGAAATTAAGTAAAAT
64 GTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAT
* * ** * *
34417 CAATAAAGAATTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATTGGTCAAAGACTTAATTTAGTGAAATTAA-
1 CAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGT-AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
* * *
34481 TTAAATCAGTCAAAGACTTAAGTCAGGGTAATTAAGT-AAAT
65 TAAAATCAGT-AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAT
* * * *
34522 CAGTCAAAGACTTAATTTAGGGAAATTAAGTAAAACCA-AAAAGGACTTAATTTAGGGAAATTAA
1 CAGT-AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAA-GACTTAATTCAGGGAAATTAA
*
34586 GTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAACTAAAAT
64 GTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAT
** * * *
34628 CAGT-TTGACTTAATTCATGGTAATTAAGT-AAATCAGTCAAAGACTTAATTCTGGGAAAATTAA
1 CAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGT-AAAGACTTAATTCAGGG-AAATTAA
* * *
34691 GTAAAACCAGTAAGGACTTAATTCCGGGAAATTAAGTAAAAT
64 GTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAT
* * * *
34733 CAGTAAGGACCTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAATACTTAATTCTGGGAAATTAAG
1 CAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGT-AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
* *
34798 TAAAATCAGTAAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAAC
65 TAAAATCAGT-AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAT
* * *
34839 CAGTAAAGACTTAATTCAGGGAATTTAAGTAAAATCTA-TAAAGGACTTAATTCATGGTAATTAA
1 CAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATC-AGTAAA-GACTTAATTCAGGGAAATTAA
* *
34903 GT-AAATCAGTCAAAGACTTAATTCAAGGTAATTAAGT-AAAT
64 GTAAAATCAGT-AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAT
* * * *
34944 CAGTAAAGGAATTAATTCA-TGATAATTAACTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAA
1 CAGTAAA-GACTTAATTCAGGGA-AATTAAGTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAA
35008 GTAAAATCAGTAAAGACTTAATTC-GGGATAATTAAGTAAAAT
64 GTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGA-AATTAAGTAAAAT
* * * * * * *
35050 TAGTAAATGACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAAATCTGTAAAGATTTAATTCATGGTAATTAAG
1 CAGTAAA-GACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
* * *
35115 TAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAAGT
65 TAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAT
* * * * * * * * * *
35156 CAATAAAGAACTTAATTCTGAGTAATTAAGTAGACTTAATAAAGAACTTAATTCATGGTAATTAA
1 CAGTAAAG-ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAG-ACTTAATTCAGGGAAATTAA
35221 GTA
64 GTA
35224 GGACATGAAA
Statistics
Matches: 1070, Mismatches: 132, Indels: 57
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
103 5 0.00
104 41 0.04
105 283 0.26
106 580 0.54
107 161 0.15
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (105 bp):
CAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGT
AAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAT
Found at i:34150 original size:141 final size:140
Alignment explanation
Indices: 33888--35223 Score: 1604
Period size: 141 Copynumber: 9.5 Consensus size: 140
33878 ATCTGTAAAC
* * *
33888 CAGTAAAGACTTATTTCGGGGTAATTAAGTAAAATCAG-AAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 CAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAATCAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* *
33952 T-AGATCAGTAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAAGACTTAATTCAGGGAA
65 TAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGT-AAAGACTTAATTCAGGGAA
34016 ATTAAGTAAAAT
129 ATTAAGTAAAAT
* ** * *
34028 CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAACTAAGTAAATTGGTCAAAGACTTAATTCGGGGAAATTAAG
1 CAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* *
34093 TAAAATCAGTAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAGACTCAATTCAGGGAAA
65 TAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAA
34158 TTAAGTAAAAT
130 TTAAGTAAAAT
* * * * *
34169 CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAATATCAAT-AAGGACTTAATTCAAGGAAATTAA
1 CAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA-ATCAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAA
* * * * * *
34233 GTAAAATCAATAAGGACTAAATTCAGAGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAAGACTTATTTCGGGGA
64 GTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGT-AAAGACTTAATTCAGGGA
34298 AATTAAGTAAAAT
128 AATTAAGTAAAAT
* * *
34311 CAGTTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGTCGAAGACTTAATTAAGGGAAATTAAG
1 CAG-TAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
** * *
34376 TAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAACGAAATTAAGTAAAATCAATAAAGAATTAATTCAGGGAAA
65 TAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAA
34441 TTAAGTAAAAT
130 TTAAGTAAAAT
** * * * * *
34452 TGGTCAAAGACTTAATTTAGTGAAATTAATTAAATCAGTCAAAGACTTAAGTCAGGGTAATTAAG
1 CAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* * * *
34517 T-AAATCAGTCAAAGACTTAATTTAGGGAAATTAAGTAAAACCA-AAAAGGACTTAATTTAGGGA
65 TAAAATCAGT-AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAA-GACTTAATTCAGGGA
34580 AATTAAGTAAAAT
128 AATTAAGTAAAAT
* * ** *
34593 CAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAACTAAAATCAGT--TTGACTTAATTCATGGTAATTAAG
1 CAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAATCAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* * * *
34656 T-AAATCAGTCAAAGACTTAATTCTGGGAAAATTAAGTAAAACCAGTAAGGACTTAATTCCGGGA
65 TAAAATCAGT-AAAGACTTAATTCAGGG-AAATTAAGTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGA
34720 AATTAAGTAAAAT
128 AATTAAGTAAAAT
* * * * * * *
34733 CAGTAAGGACCTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAATACTTAATTCTGGGAAATTAAG
1 CAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAATCAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* *
34798 TAAAATCAGTAAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAACCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAA
65 TAAAATCAGT-AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAA
*
34862 TTTAAGTAAAAT
129 ATTAAGTAAAAT
* *
34874 CTA-TAAAGGACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAATCAGTCAAAGACTTAATTCAAGGTAATTAA
1 C-AGTAAA-GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAA
* * *
34938 GT-AAATCAGTAAAGGAATTAATTCA-TGATAATTAACTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGG
64 GTAAAATCAGTAAA-GACTTAATTCAGGGA-AATTAAGTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGG
*
35001 TAATTAAGTAAAAT
127 AAATTAAGTAAAAT
* *
35015 CAGTAAAGACTTAATTC-GGGATAATTAAGTAAAATTAGT-AAATGACTTAATTCATGGTAATTA
1 CAGTAAAGACTTAATTCAGGG-TAATTAAGT-AAATCAGTCAAA-GACTTAATTCAGGGTAATTA
* * * * *
35078 AGTAAAATCTGTAAAGATTTAATTCATGGTAATTAAGTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGT
63 AGTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGA
* *
35143 AATTAAGTGAAGT
128 AATTAAGTAAAAT
* * * * * * *
35156 CAATAAAGAACTTAATTCTGAGTAATTAAGTAGACTTAAT-AAAGAACTTAATTCATGGTAATTA
1 CAGTAAAG-ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA-AATCAGTCAAAG-ACTTAATTCAGGGTAATTA
35220 AGTA
63 AGTA
35224 GGACATGAAA
Statistics
Matches: 1049, Mismatches: 116, Indels: 60
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
139 51 0.05
140 170 0.16
141 530 0.51
142 271 0.26
143 27 0.03
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (140 bp):
CAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
AAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAAT
TAAGTAAAAT
Found at i:35242 original size:71 final size:70
Alignment explanation
Indices: 33907--35223 Score: 974
Period size: 71 Copynumber: 18.7 Consensus size: 70
33897 CTTATTTCGG
* * * **
33907 GGTAATTAAGTAAAATCAGAAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGATCA-GTAAGGACTTA
1 GGTAATTAAGTAAAATTAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCATGTAAAAACTTA
*
33970 ATTCAG
66 ATTC-T
* * * *
33976 GGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCA-GTCAAAGACT
1 GGTAATTAAGTAAAATTAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCATGT-AAAAACT
*
34040 TAATTCAG
64 TAATTC-T
* * * * **
34048 GGTAACTAAGT-AAATTGGTCAAAGACTTAATTCGGGGAAATTAAGTAAAATCA-GTAAGGACTT
1 GGTAATTAAGTAAAATTAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCATGTAAAAACTT
*
34111 AATTCAG
65 AATTC-T
* * * * *
34118 GGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAGACTCAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCA-GTCAAAGACTT
1 GGTAATTAAGTAAAATTAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCATGT-AAAAACTT
*
34182 AATTCAG
65 AATTC-T
* * * * * * * * ** *
34189 GGAAATTAAGTAATATCAATAAGGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAATCA-ATAAGGACTAA
1 GGTAATTAAGTAAAATTAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCATGTAAAAACTTA
*
34253 ATTCA
66 ATTCT
* * * * * *
34258 GAGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAAGACTTATTTCGGGGAAATTAAGTAAAATCA-GTTAAAGAC
1 G-GTAATTAAGTAAAATTAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCATG-TAAAAAC
*
34322 TTAATTCAG
63 TTAATTC-T
* * * * *
34331 GGTAATTAAGT-AAATCAGTCGAAGACTTAATTAAGGGAAATTAAGTAAAATCA-GTAAAGACTT
1 GGTAATTAAGTAAAATTAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCATGTAAAAACTT
*
34394 AATTCAA
65 AATTC-T
* * * * * * *
34401 CGAAATTAAGTAAAATCAATAAAGAATTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAT--TGGTCAAAGACT
1 GGTAATTAAGTAAAATTAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAT-GT-AAAAACT
34464 TAATT-T
64 TAATTCT
* * * * *
34470 AGTGAAATTAA-TTAAATCAGTCAAAGACTTAAGTCAGGGTAATTAAGT-AAATCA-GTCAAAGA
1 -G-GTAATTAAGTAAAATTAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCATGT-AAAAA
34532 CTTAATT-T
62 CTTAATTCT
* ** * * * *
34540 AGGGAAATTAAGTAAAACCA-AAAAGGACTTAATTTAGGGAAATTAAGTAAAATCA-GTAAAGAC
1 --GGTAATTAAGTAAAATTAGTAAA-GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCATGTAAAAAC
*
34603 TTAATTCAG
63 TTAATTC-T
* * * ** * *
34612 GGAAATTAACTAAAATCAGT-TTGACTTAATTCATGGTAATTAAGT-AAATCA-GTCAAAGACTT
1 GGTAATTAAGTAAAATTAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCATGT-AAAAACTT
34674 AATTCT
65 AATTCT
* ** * * * ** *
34680 GGGAAAATTAAGTAAAACCAGTAAGGACTTAATTCCGGGAAATTAAGTAAAATCA-GTAAGGACC
1 -GG-TAATTAAGTAAAATTAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCATGTAAAAACT
*
34744 TAATTCAG
64 TAATTC-T
* * * * *
34752 GGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAATACTTAATTCTGGGAAATTAAGTAAAATCA-GTAAAAGACT
1 GGTAATTAAGTAAAATTAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCATGTAAAA-ACT
*
34816 TAATTCAG
64 TAATTC-T
** * *
34824 GGTAATTAAGT-AAACCAGTAAAGACTTAATTCAGGG-AATTTAAGTAAAATC-TATAAAGGACT
1 GGTAATTAAGTAAAATTAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAA-TTAAGTAAAATCATGTAAA-AACT
34886 TAATTCAT
64 TAATTC-T
* *
34894 GGTAATTAAGT-AAATCAGTCAAAGACTTAATTCAAGGTAATTAAGT-AAATCA-GTAAAGGAA-
1 GGTAATTAAGTAAAATTAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCATGTAAA--AAC
34955 TTAATTCAT
63 TTAATTC-T
* * * *
34964 GATAATTAACTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCA-GTAAAGACTTA
1 GGTAATTAAGTAAAATTAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCATGTAAAAACTTA
*
35028 ATTCG
66 ATTCT
* * *
35033 GGATAATTAAGTAAAATTAGTAAATGACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAAATC-TGTAAAGATT
1 GG-TAATTAAGTAAAATTAGTAAA-GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCATGTAAAAACT
35097 TAATTCAT
64 TAATTC-T
* * * *
35105 GGTAATTAAGTAAAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAAGTCA-ATAAAGAACTT
1 GGTAATTAAGTAAAATTAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCATGTAAA-AACTT
35169 AATTCT
65 AATTCT
* * * *
35175 GAGTAATTAAGTAGACTTAATAAAGAACTTAATTCATGGTAATTAAGTA
1 G-GTAATTAAGTAAAATTAGTAAAG-ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
35224 GGACATGAAA
Statistics
Matches: 1070, Mismatches: 127, Indels: 99
0.83 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
68 8 0.01
69 61 0.06
70 449 0.42
71 454 0.42
72 97 0.09
73 1 0.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (70 bp):
GGTAATTAAGTAAAATTAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCATGTAAAAACTTA
ATTCT
Found at i:36410 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 36383--36431 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
36373 TGATAGCCTG
*
36383 TATATAATATACAATACA
1 TATATTATATACAATACA
* *
36401 TATATTATATGCAATATA
1 TATATTATATACAATACA
36419 TATATATATATAC
1 TATAT-TATATAC
36432 CCATACAATT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 1
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
18 20 0.77
19 6 0.23
ACGTcount: A:0.49, C:0.08, G:0.02, T:0.41
Consensus pattern (18 bp):
TATATTATATACAATACA
Found at i:37965 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 37925--37969 Score: 65
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
37915 AAATCTCGAT
*
37925 AATCTTCAACAACGAGTTC
1 AATCTTCAACAACGAGTCC
37944 AATCTTCAACAACG-GATCC
1 AATCTTCAACAACGAG-TCC
37963 AATCTTC
1 AATCTTC
37970 TTTCGTCAGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
18 1 0.04
19 23 0.96
ACGTcount: A:0.36, C:0.29, G:0.09, T:0.27
Consensus pattern (19 bp):
AATCTTCAACAACGAGTCC
Found at i:41781 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 41769--41799 Score: 62
Period size: 7 Copynumber: 4.4 Consensus size: 7
41759 TAAGGAAGGC
41769 AAAAAAT
1 AAAAAAT
41776 AAAAAAT
1 AAAAAAT
41783 AAAAAAT
1 AAAAAAT
41790 AAAAAAT
1 AAAAAAT
41797 AAA
1 AAA
41800 GAAGGCTATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 24 1.00
ACGTcount: A:0.87, C:0.00, G:0.00, T:0.13
Consensus pattern (7 bp):
AAAAAAT
Found at i:51984 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 51909--52030 Score: 244
Period size: 61 Copynumber: 2.0 Consensus size: 61
51899 TTATGTACCT
51909 TTCTCCCTTTGCTTTACCTTATAACTTTCATGAAATTCAATTGAATTCAACCTGAATACTA
1 TTCTCCCTTTGCTTTACCTTATAACTTTCATGAAATTCAATTGAATTCAACCTGAATACTA
51970 TTCTCCCTTTGCTTTACCTTATAACTTTCATGAAATTCAATTGAATTCAACCTGAATACTA
1 TTCTCCCTTTGCTTTACCTTATAACTTTCATGAAATTCAATTGAATTCAACCTGAATACTA
52031 AATTACAAAT
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
61 61 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (61 bp):
TTCTCCCTTTGCTTTACCTTATAACTTTCATGAAATTCAATTGAATTCAACCTGAATACTA
Found at i:52377 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 52370--52399 Score: 60
Period size: 2 Copynumber: 15.0 Consensus size: 2
52360 TCATAACCAA
52370 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
52400 TGTAATTGTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 28 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:67883 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 67845--67935 Score: 130
Period size: 27 Copynumber: 3.4 Consensus size: 27
67835 ATAATTGAAG
67845 TGACCAAAATGCCCCTGGATGTGCAAA
1 TGACCAAAATGCCCCTGGATGTGCAAA
* *
67872 TGACCAAAATGCCCCCGGATGTGCAGA
1 TGACCAAAATGCCCCTGGATGTGCAAA
*
67899 TGACCAAAATGCCCCTGG-TCATGCAAA
1 TGACCAAAATGCCCCTGGAT-GTGCAAA
*
67926 TGATCAAAAT
1 TGACCAAAAT
67936 AAGAAGTAAA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 6, Indels: 2
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
26 1 0.02
27 56 0.98
ACGTcount: A:0.34, C:0.26, G:0.21, T:0.19
Consensus pattern (27 bp):
TGACCAAAATGCCCCTGGATGTGCAAA
Found at i:68691 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 68478--68769 Score: 397
Period size: 120 Copynumber: 2.4 Consensus size: 120
68468 AACTTATCAA
* * * * * *
68478 ATTCAATTAATGATT-AATTTAATCTCAAAAGAATTATGAAAGTTCCCCAAAATTTACTAACTGA
1 ATTCACTTAATGATTCAATTAAATCTTAAATGAATTATGAAAATT-CCCAAAATTTACTAACTAA
* * ***
68542 AGGTTGTAATCACTTAATTAAATCTAAAGTTTAAGGTCTCTTAACCTCAATTTCAT
65 AGGTTGTAATCACTTAATTAAAACTAAAGTTTAAGGTCACTTAACCTCAATCAAAT
* * *
68598 ATTCACTTAATGATTCACTTAAATCTTAAATGAATTATAAAAATTCCCAAAATTTATTAACTAAA
1 ATTCACTTAATGATTCAATTAAATCTTAAATGAATTATGAAAATTCCCAAAATTTACTAACTAAA
*
68663 GGTTGTAATCACTTAATTAAAACTAAAGTTTATGGTCACTTAACCTCAATCAAAT
66 GGTTGTAATCACTTAATTAAAACTAAAGTTTAAGGTCACTTAACCTCAATCAAAT
* * * *
68718 ATTCACTTAATGGTTCATTTAAATCTTAAATGAAATATGAAAATTACCAAAA
1 ATTCACTTAATGATTCAATTAAATCTTAAATGAATTATGAAAATTCCCAAAA
68770 AGATTGGTTT
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 20, Indels: 2
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
120 128 0.85
121 23 0.15
ACGTcount: A:0.42, C:0.14, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (120 bp):
ATTCACTTAATGATTCAATTAAATCTTAAATGAATTATGAAAATTCCCAAAATTTACTAACTAAA
GGTTGTAATCACTTAATTAAAACTAAAGTTTAAGGTCACTTAACCTCAATCAAAT
Found at i:87009 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 86971--87031 Score: 113
Period size: 29 Copynumber: 2.1 Consensus size: 29
86961 AAAGTAATCC
86971 CAAGTGCACAACCCACACTTGAACAAAGA
1 CAAGTGCACAACCCACACTTGAACAAAGA
*
87000 CAAGTGCACAACCCACACTTGAACAAATA
1 CAAGTGCACAACCCACACTTGAACAAAGA
87029 CAA
1 CAA
87032 AAACAAAGGT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 31 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.31, G:0.11, T:0.11
Consensus pattern (29 bp):
CAAGTGCACAACCCACACTTGAACAAAGA
Found at i:92718 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 92683--92721 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
92673 AATCAATTAG
92683 AAATCATAAAAACATAAAAAT
1 AAATCATAAAAACATAAAAAT
*
92704 AAATC-TAAAATCATAAAA
1 AAATCATAAAAACATAAAA
92722 TACCAAGATA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.71
21 5 0.29
ACGTcount: A:0.69, C:0.10, G:0.00, T:0.21
Consensus pattern (21 bp):
AAATCATAAAAACATAAAAAT
Found at i:100811 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 100778--100813 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
100768 TTGAGACAAT
100778 TCTTCAATGATCTTCAAA
1 TCTTCAATGATCTTCAAA
*
100796 TCTTCAAATTATCTTCAA
1 TCTTC-AATGATCTTCAA
100814 TAAGTCTTCA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.31
19 11 0.69
ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (18 bp):
TCTTCAATGATCTTCAAA
Found at i:104586 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 104562--104606 Score: 54
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
104552 TATTCTTGCC
*
104562 CAAATCATCATCAAAGCTCTT
1 CAAATCAACATCAAAGCTCTT
* * *
104583 CAAATGAACCTCAAAGGTCTT
1 CAAATCAACATCAAAGCTCTT
104604 CAA
1 CAA
104607 GTCTTCAAGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 20 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.27, G:0.09, T:0.24
Consensus pattern (21 bp):
CAAATCAACATCAAAGCTCTT
Done.