Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01012599.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12632, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9707
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Found at i:1944 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 1822--1959 Score: 210
Period size: 45 Copynumber: 3.2 Consensus size: 44
1812 AGAGTATTAC
1822 CTAA-ATTCTACT-T-CATCTCTAGGTAATTCATCAAAATAAAG
1 CTAATATTCTACTCTCCATCTCTAGGTAATTCATCAAAATAAAG
* * *
1863 CTAATATTATACTCCTCAATCTCTAGGTAACTCATCAAAATAAAG
1 CTAATATTCTACT-CTCCATCTCTAGGTAATTCATCAAAATAAAG
*
1908 CTAATATTCTACTCTCCATCTCTAGGTAATTCATCAAAATAAAC
1 CTAATATTCTACTCTCCATCTCTAGGTAATTCATCAAAATAAAG
1952 CTAATATT
1 CTAATATT
1960 AATTGTTGCT
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 7, Indels: 5
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 4 0.05
42 7 0.08
44 37 0.43
45 38 0.44
ACGTcount: A:0.38, C:0.22, G:0.06, T:0.34
Consensus pattern (44 bp):
CTAATATTCTACTCTCCATCTCTAGGTAATTCATCAAAATAAAG
Found at i:5103 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 5075--5119 Score: 90
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
5065 ACTGAATATT
5075 TCCAAATCAAAATCAATTTTTA
1 TCCAAATCAAAATCAATTTTTA
5097 TCCAAATCAAAATCAATTTTTA
1 TCCAAATCAAAATCAATTTTTA
5119 T
1 T
5120 TAATGATATT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 23 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.18, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (22 bp):
TCCAAATCAAAATCAATTTTTA
Found at i:5843 original size:195 final size:198
Alignment explanation
Indices: 5288--6346 Score: 1214
Period size: 195 Copynumber: 5.3 Consensus size: 198
5278 TTTTCACAAA
* * *
5288 AACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTTCAAAATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTA-ACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
* * * * **
5353 AGAATATTTATCCAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGTACGTGCGGGGTTTAACTTTAA
65 AGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC-AAG----A-TTTAA
*
5418 GGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATA--T--TTAATTATGAAATGA
124 GGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGA
5479 GGTATGTGTC
189 GGTATGTGTC
* * * * *
5489 AACTTCTTAACCCGTTTACGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTATATTATATAATAATTCTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTA-ACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
* * * * * *
5554 AGAAAAGTTATACAATAC-CCGCCAGTGAATTTTAGCAAACTGCACGTGCACGATTTAAGGGTTG
65 AGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAAGATTTAAGGGTTG
* *
5618 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATATATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGGAATGAGGTATG
130 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATG
*
5683 TGAC
195 TGTC
** * * * *
5687 AACTTCTTAAATCGTTTATGGAGTTCAAAATTT-A-T-ATAGTGTATTGTATAATAATCTTATAA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTAACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAA
* * * *
5749 GAAAAATTATACACTACACAGTCACTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGCAAGATTTAAGGGTTGA
66 GAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAAGATTTAAGGGTTGA
* * *
5814 CATGTATCCCCTTGGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGT
131 CATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATGT
5879 GTC
196 GTC
* * * *
5882 AACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACATTGACAGTGTATTATATAATAATCCTATG
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTA-ACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
* * *
5947 AGAAAATTTATACATTACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTAAC
65 AGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC-------AA---GA-
*
6012 TTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATA--T--TTAATTATGA
119 TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA
6073 AAT-AGGGTATGTGTC
184 AATGA-GGTATGTGTC
* * *
6088 AACTTCTTAATCCGGTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTAT-
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTA-ACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
* ** * * * * * *
6152 A-AAAAATTATACAATACACCGTCAGTGAAGTTTAATAGATTGTACGTACATGGTTGAAGGGTTG
65 AGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAAGATTTAAGGGTTG
* * * * *
6216 ACATGTGTCCTCTTAGGGAATATG-ATTAATATCAAATATTTAAGTAATTATGAATTGGGGTATG
130 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATG
6280 TGTC
195 TGTC
* *
6284 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAATGTATTTGTATAATAATCCT
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTA-ACTGACAGTGTA-TTGTATAATAATCCT
6347 TAATATAAAG
Statistics
Matches: 736, Mismatches: 95, Indels: 58
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
192 13 0.02
193 32 0.04
194 86 0.12
195 131 0.18
196 65 0.09
197 17 0.02
198 53 0.07
199 68 0.09
200 26 0.04
201 72 0.10
204 40 0.05
205 1 0.00
206 83 0.11
208 1 0.00
209 1 0.00
210 47 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (198 bp):
AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTAACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAA
GAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAAGATTTAAGGGTTGA
CATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATGT
GTC
Found at i:6421 original size:405 final size:401
Alignment explanation
Indices: 5288--6346 Score: 1125
Period size: 393 Copynumber: 2.6 Consensus size: 401
5278 TTTTCACAAA
** * *
5288 AACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTTCAAAATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
1 AACTTCTTAAATCGGTTATGGAGTTCAAAATTT--A-T-ACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
* * * * * * * * * * ** *
5353 AGAATATTTATCCAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGTACGTGCGGGGTTTAACTTTAA
62 AGAAAAATTATACAATACACAGTCACTGAAGTTTAACAGACTGCACATAC-AAG----A-TTGAA
* * * *
5418 GGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATA-TT---TAATTATGAAATGA
121 GGGTTGACATGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATCAAATATTTAAGTAATTATGAAATGG
* * * * * *
5479 GGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTACGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTATATTATATAA
186 GGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACATTGACAATGTATTATATAA
* * * * * * * *
5544 TAATTCTATAAGAAAAGTTATACAATAC-CCGCCAGTGAATTTTAGCAAACTGCACGT----G--
251 TAATCCTATGAGAAAACTTACACATTACACCGTCAGTGAAATTTAGCACACTGCACGTCAGAGTT
* * *
5602 -CAC-GA-TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATATATTAATATTAAATATTTAATT
316 TAACTAACTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATATATTAATATTAAATA-TT-ATT
*
5664 AATTATGGAATGAGGTATGTGAC
379 AATTATGAAATGAGGTATGTGAC
* * *
5687 AACTTCTTAAATCGTTTATGGAGTTCAAAATTTATATAGTGTATTGTATAATAATCTTATAAGAA
1 AACTTCTTAAATCGGTTATGGAGTTCAAAATTTATACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAA
* * * * *
5752 AAATTATACACTACACAGTCACTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGCAAGATTTAAGGGTTGACAT
66 AAATTATACAATACACAGTCACTGAAGTTTAACAGACTGCACATACAAGATTGAAGGGTTGACAT
* * *
5817 GTATCCCCTTGGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTC
131 GTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATCAAATATTTAAGTAATTATGAAATGGGGTATGTGTC
*
5882 AACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACATTGACAGTGTATTATATAATAATCCTATG
196 AACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACATTGACAATGTATTATATAATAATCCTATG
* * * * * * *
5947 AGAAAATTTATACATTACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTAAC
261 AGAAAACTTACACATTACACCGTCAGTGAAATTTAGCACACTGCACGT-CAGAGTTTAAC-TAAC
*
6012 TTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATA-T-TTAATTATGAAA
324 TTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATATATTAATATTAAATATTATTAATTATGAAA
*
6075 T-AGGGTATGTGTC
389 TGA-GGTATGTGAC
6088 AACTTCTT-AATCCGGTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTAT
1 AACTTCTTAAAT-CGGTTATGGAGTTCAAAATTT--A-T-ACAGTGTATTGTATAATAATCCTAT
* * * * * * * *
6152 -A-AAAAATTATACAATACACCGTCAGTGAAGTTTAATAGATTGTACGTACATGGTTGAAGGGTT
61 AAGAAAAATTATACAATACACAGTCACTGAAGTTTAACAGACTGCACATACAAGATTGAAGGGTT
* * *
6215 GACATGTGTCCTCTTAGGGAATATG-ATTAATATCAAATATTTAAGTAATTATGAATTGGGGTAT
126 GACATGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATCAAATATTTAAGTAATTATGAAATGGGGTAT
* *
6279 GTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAATGTATTTGTATAATAAT
191 GTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACATTGACAATGTA-TTATATAATAAT
6344 CCT
255 CCT
6347 TAATATAAAG
Statistics
Matches: 573, Mismatches: 64, Indels: 42
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
389 47 0.08
390 3 0.01
393 97 0.17
394 26 0.05
395 66 0.12
396 1 0.00
397 1 0.00
399 30 0.05
400 4 0.01
401 49 0.09
402 88 0.15
403 87 0.15
404 3 0.01
405 71 0.12
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (401 bp):
AACTTCTTAAATCGGTTATGGAGTTCAAAATTTATACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAA
AAATTATACAATACACAGTCACTGAAGTTTAACAGACTGCACATACAAGATTGAAGGGTTGACAT
GTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATCAAATATTTAAGTAATTATGAAATGGGGTATGTGTC
AACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACATTGACAATGTATTATATAATAATCCTATG
AGAAAACTTACACATTACACCGTCAGTGAAATTTAGCACACTGCACGTCAGAGTTTAACTAACTT
TAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATATATTAATATTAAATATTATTAATTATGAAATG
AGGTATGTGAC
Done.