Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01012604.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12637, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Period size: 646 Copynumber: 5.9 Consensus size: 660
** *
1 TTTCTTACGGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGT--A-TGTTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
1 TTTCTT-CGGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
63 TTCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATCTATATTTA
65 TTCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATCTATATTTA
* * *
128 TCTAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTGAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAATCTTGTTTCG
130 TCCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTGAATCTTGTTTCG
193 ATATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATCG-AAAAAAATGAAAAAATGATATTATAATTGTGAA
195 ATATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATCGAAAAAAAATGAAAAAATGATATTATAATTGTGAA
* *
257 AACCCTTTAAATTTTTTGGCTTTGAATTATATAGTTTTTCTGAGTATTTTGGCAAAAAAAATTGA
260 AACCCTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCTGAGTATTTTGGC-AAAAAAATTGA
* *
322 GGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGTAAAAATTTAGCCGAAATCGTGTACTAACACCATCACCG
324 GGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGGAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT-A-ACCATCACCG
** *
387 TTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGTGAGCCAGCTCAATTTTGTATGATTTTTGGCAGAGAGACTC
387 TTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGTCCGCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAGAGACTC
* *
452 CTTGAAATATCAATATTTACCTAACCAAATGTCAGCCATAACGGATTTAAGGACTTGTTTTTACG
452 CTTGAAATATCAATATTCACCTAACCAAATGTCAGCCATAACGGATTTAAGGATTTGTTTTTACG
* * * *
517 AGCATCTGAATCTTGCTTCGATTTAATTAGAAATAAATTATAAAAAAA-GGATAAACGGTATTAG
517 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTACAAAAAAATGGAAAAACGATATTAG
* * *
581 AAGCGTGAAAAACCCTTCAATCCTTTTGGCTTTAAATTATATATTTTTTATGACTATTGCGGCAA
582 AAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTATGACTATTGTGGCAA
646 AATATTGAGAAAAA
647 AATATTGAGAAAAA
*
660 TTTCTTTGGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG
1 TTTCTTCGGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAC--ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG
* *
725 TTTCGGGACACCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATCTATATAT
64 TTTCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATCTATATTT
*
790 ATCCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAATCTTGTTTC
129 ATCCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTGAATCTTGTTTC
855 GATATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAAATCGAAAAAAAATGAAAAAATGATATTATAATTGTG
194 GATATAATTAGAAATAAATTCG-AAAAAAATCGAAAAAAAATGAAAAAATGATATTATAATTGTG
*
920 AAAACCCTTTAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCTGAGTATTTTGGCAAAAAAATTG
258 AAAACCCTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCTGAGTATTTTGGCAAAAAAATTG
* * * * *
985 AGGAAAAACTTCTCGAGTAAGTTTTTGGAAATTTTTAGCCTAAACCGTGTACTAACCATCACCGT
323 AGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGGAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACCGT
** *
1050 TTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGTGAGCCAGCTCAATTTTGTATGATTTTTGGCAGAGAGACTCC
388 TTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGTCCGCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAGAGACTCC
* *
1115 TTGAAATATCAATACTT-ACCTAACCAAATGTCAGCCATAACAGATTTAAGGACTTGTTTTTACG
453 TTGAAATATCAATA-TTCACCTAACCAAATGTCAGCCATAACGGATTTAAGGATTTGTTTTTACG
* *
1179 AGCATCTGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTACAAAAAAA-GGAAAAACGGTATTAG
517 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTACAAAAAAATGGAAAAACGATATTAG
* * * *
1243 AAGCGTGAAAAACCCATCAATCTTTTTGGCTTTAAATTATATATTTTTTATGACTATTGCGGAAA
582 AAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTATGACTATTGTGGCAA
1308 AATATTGAGAAAAA
647 AATATTGAGAAAAA
* * *
1322 TTTCTTCGGATCAGTTTTT-----ATA-C--GT-CA-C-T----GTTTTTGTCTAAAAACACGTT
1 TTTCTTCGGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
* * *
1372 TCGGAACCCCAGCTTAGTTTTGGATGATTTTTGGCACAGAGACTCCTTAAAATATCTATATTTAT
66 TCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATCTATATTTAT
*
1437 CCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAATCTTGTTTCGA
131 CCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTGAATCTTGTTTCGA
1502 TATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATTCGAAAAAAAATTGAAAAAATGATATTATAATTGTGA
196 TATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAA-TCGAAAAAAAA-TGAAAAAATGATATTATAATTGTGA
* *
1567 AAACCCTTTAAATTTTTTGGCTTTGAATTATATAG-TTTTCTGAGTATTTTGGCAAAAAAATTGA
259 AAACCCTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCTGAGTATTTTGGCAAAAAAATTGA
* * *
1631 GGAAAAACTTTTCGGGTACGTTTTTGGAAAAGTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACCGTT
324 GGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGGAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACCG-T
* * * * * * *
1696 TTTTTGCTAAAAATGCGTTTCGGTCCGCTAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGTGAGACTTC
388 TTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGTCCGCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAGAGACTCC
*
1761 TTGAAATATTAATATTCACCTAACCAAATGTCAGCCATAACGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
453 TTGAAATATCAATATTCACCTAACCAAATGTCAGCCATAACGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
* * *
1826 GCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTAGAAAAAAAAATGGGAAAACGATATTA
518 GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATT--ACAAAAAAATGGAAAAACGATATTA
* * * *
1891 GAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTCTTTGG-TGTTGAATTGTATATTTTTTATGACCAATGTGGC
581 GAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCT-TTGAATTATATATTTTTTATGACTATTGTGGC
*
1955 AAAATGTTGAGAAAAA
645 AAAATATTGAGAAAAA
* * *
1971 TTTCTTCGAATAAGTTTTTAGCCGAAATC--GT-C-CAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
1 TTTCTTCGGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
*
2032 TCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCTGAGAGACTCCTTAAAATATCTATATTTAT
66 TCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATCTATATTTAT
* * * * *
2097 CCAACAAAATCCTAGCCACATTGGATTTAAGGGTTGGTTTTTACGAGTATTGATTCTTGTTTCGA
131 CCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTGAATCTTGTTTCGA
* **
2162 TATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAAT-G---------GAAAAAACGATATTATAAGCGTGAAA
196 TATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATCGAAAAAAAATGAAAAAATGATATTATAATTGTGAAA
* * * * *
2217 ACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAAGTACATAGATTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGG
261 ACCCTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCTGAGTATTTTGGCAAAAAAATTGAGG
*
2282 AAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGGAAAATATTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACCGTTTT
326 AAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGGAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACCGTTTT
* * * * *
2347 TGACTAAAAACGTGTTTCAAG-CCGCCAGCTCAGTTTTACATGATTTTTGGCAGAGACACTCCTT
391 TGGCTAAAAACGTGTTTC-GGTCCGCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTT
* ** *
2411 GAAATATCAATATTCACCTAACCAAATGTCAGCCATAACGAATTTAAATATTTGTTTTTACAAGC
455 GAAATATCAATATTCACCTAACCAAATGTCAGCCATAACGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
*
2476 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATT-CGAAAAAAATGGAAATACGATATTAGAA
520 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTAC-AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAA
* * *
2540 GCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGACCATTGTGGCAAAA
584 GCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTATGACTATTGTGGCAAAA
2605 TATTGAGAAATAA
649 TATTGAGAAA-AA
* * * * * * * * *
2618 TTT-TTTGGGTCATTTTTTAGCCGAAATTGAGTACTAATCATCA-GAATTTTTTGCTAAAAGCGC
1 TTTCTTCGGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAC--ACCATCACG-GTTTTTGGCTAAAAACGC
* * * * *
2681 G-TTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGG-AGCAAAGACTCCTTGAAATATATCTA
63 GTTTCGGGA-CCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAG-AGAGACTCCTT-AAA-ATATCTA
** * * * *
2744 -GGTTAGTCGAACAGAATCTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTG-TTTTACGAGCATCTGAATC
124 TATTTA-TCCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT-TGAATC
* * ** * * * * *
2807 TTATTTCGATTTAGCTAGAAATAAATTCG---------GAAAAAATATGGATAAATAATATTAGA
187 TTGTTTCGATATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATCGAAAAAAAATGAAAAAATGATATTATA
*** * * * * * * ** *
2863 AGCATGGAAAGCCTGTCAATTTTTTTGGCGTTAAAATATATATTTTTTCCCAATATTTT-G--AA
252 ATTGTGAAAACCCT-TCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCTGAGTATTTTGGCAAA
* * * *
2925 AAAATTGAGAAAAAAACTTTTCGTGTCAG----T-G-----TTTAGCCGAAATCGTGTACTAATC
316 AAAATTGAG-GAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGGAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
* * * * *
2980 ATCATCGCTTTTGCCTAAAAACGTGTTTCGGTGCGCTAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGA
380 ATCACCGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGTCCGCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGA
* * * * * * *
3045 GAGACTTCTTGAAATATCAATACTCACCTAACCAAAAGTCAGCAATAGCGAATTTAAAGATTT-T
445 GAGACTCCTTGAAATATCAATATTCACCTAACCAAATGTCAGCCATAACGGATTTAAGGATTTGT
* *
3109 TTTTAACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTAGAAAAAAA-GGAAAAAC
510 TTTT-ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTACAAAAAAATGGAAAAAC
* *
3173 GATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATGACTAT
574 GATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTATGACTAT
*
3238 TGTGGCAAAATATTGAGTTAAAA
639 TGTGGCAAAATATTGAG-AAAAA
* * * * * *
3261 -TTCTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATTGTGCAACAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACA
1 TTTCTTCGGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTG-TAC-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG
* * * *
3325 TTTCAGGACCCAAGATCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGGGACTCCTTAAAATATCTATATTT
64 TTTCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATCTATATTT
3390 ATCCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTGAATCTTGTTTC
129 ATCCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTGAATCTTGTTTC
* *
3455 GATATAATAAGAAATAAATTCGAAAAAACATCGAAAAAAATTGAAAAAATGATATTATAATTGTG
194 GATATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAA-ATCGAAAAAAAATGAAAAAATGATATTATAATTGTG
3520 AAAACCCTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCTGAGTATTTTGGCAAAAAAAATT
258 AAAACCCTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCTGAGTATTTTGGC-AAAAAAATT
** * *
3585 GAGGAAATGCTTTTCGGGTAAGTTTTTGGAAAATTTTAGCCTAAATTGTGTACTAACCATCACCG
322 GAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGGAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACCG
* * * * * * *
3650 TTTTTTTGG-TAAAACCGCGTTTTGGTCCGCTAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGATACAC
387 --TTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGTCCGCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAGAGAC
3714 TCCTTGAAATATCAATATTCACCTAACC-AATAGTCAGCCATAACGGATTTAAGGATTTGTTTTT
450 TCCTTGAAATATCAATATTCACCTAACCAAAT-GTCAGCCATAACGGATTTAAGGATTTGTTTTT
* *
3778 ACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTACGAAAAAAATGGAAAAA
514 ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTAC-AAAAAAATGGAAAAA
3838 AATTTTGGCA
Statistics
Matches: 2803, Mismatches: 277, Indels: 189
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
641 71 0.03
642 20 0.01
643 171 0.06
644 200 0.07
645 261 0.09
646 322 0.11
647 5 0.00
648 213 0.08
649 190 0.07
650 39 0.01
651 40 0.01
652 55 0.02
653 43 0.02
654 99 0.04
655 28 0.01
656 37 0.01
657 3 0.00
658 28 0.01
659 7 0.00
660 166 0.06
662 291 0.10
663 203 0.07
664 202 0.07
665 102 0.04
666 7 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (660 bp):
TTTCTTCGGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
TCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATCTATATTTAT
CCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTGAATCTTGTTTCGA
TATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATCGAAAAAAAATGAAAAAATGATATTATAATTGTGAAA
ACCCTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCTGAGTATTTTGGCAAAAAAATTGAGG
AAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGGAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACCGTTTT
TGGCTAAAAACGTGTTTCGGTCCGCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTG
AAATATCAATATTCACCTAACCAAATGTCAGCCATAACGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTACAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGC
GTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTATGACTATTGTGGCAAAATA
TTGAGAAAAA
Found at i:1524 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 1505--1549 Score: 56
Period size: 11 Copynumber: 4.1 Consensus size: 11
1495 GTTTCGATAT
* *
1505 AATTAGAAATA
1 AATTCGAAAAA
1516 AATTCGAAAAA
1 AATTCGAAAAA
1527 AATTCGAAAAAA
1 AATTCG-AAAAA
1539 AATT-GAAAAA
1 AATTCGAAAAA
1549 A
1 A
1550 TGATATTATA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 3
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
10 6 0.19
11 16 0.52
12 9 0.29
ACGTcount: A:0.67, C:0.04, G:0.09, T:0.20
Consensus pattern (11 bp):
AATTCGAAAAA
Found at i:4068 original size:645 final size:639
Alignment explanation
Indices: 40--4129 Score: 3646
Period size: 645 Copynumber: 6.3 Consensus size: 639
30 CGTGTATGTT
40 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAG
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAG
* *
105 ACTCCTTAAAATATCTATATTTATCTAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTGAAGGATTTGTTTT
66 ACTCCTTAAAATATCTATATTTATCCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
*
170 TACGAGCATTTAATCTTGTTTCGATATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATCGAAAAAAATGAA
131 TACGAGCATTGAATCTTGTTTCGATATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATCGAAAAAAATGAA
* *
235 AAAATGATATTATAATTGTGAAAACCCTTTAAATTTTTTGGCTTTGAATTATATAGTTTTTCTGA
196 AAAATGATATTATAATTGTGAAAACCCTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCTGA
* *
300 GTATTTTGGCAAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGTAAAAATTTAGCCGAAA
261 GTATTTTGGC-AAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGGAAAATTTTAGCCGAAA
** * * *
365 TCGTGTACTAACACCATCACCGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGTGAGCCAGCTCAATTTTGT
325 TCGTGTACT-A-ACCATCACCGTTTTT-GCTAAAAACGTGTTTCGGTCCGCTAGCTCAGTTTTGC
*
430 ATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTGAAATATCAATATTTACCTAACCAAATGTCAGCCATAACG
387 ATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCACCTAACCAAATGTCAGCCATAACG
* * *
495 GATTTAAGGACTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGCTTCGATTTAATTAGAAATAAATTA--T
452 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTACGA
* ** * * ** * *
558 AAAAAA-AGGATAAACGGTATTAGAAGCGTGAAAAACCCT-TCAATCCTTTTGGCTTTAAATTAT
517 AAAAAATAGGAAAAACAAT-TTTG--GCTTGAATTA---TAT-AAT--TTTT--CTGT--A--GT
** ** ** * * ** ** ***
621 ATATTTTTTATGACTATTG-CGGCAAAATATT-GAGAAAAATTTCTTTGGATCAGTTTTTAGCCG
567 A-A-TTTGGAAAAAAATTGTAGG-AAAATTTTCG-GGTAAA-TT-TTTCCA--AAAATTTAGCCG
684 AAATCGTGTACTAACCATC
624 AAA-CGTGTACT-A-CATC
*
703 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACACCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAG
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAG
*
768 ACTCCTTAAAATATCTATATATATCCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
66 ACTCCTTAAAATATCTATATTTATCCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
*
833 TACGAGCATTTAATCTTGTTTCGATATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAAATCGAAAAAAAATG
131 TACGAGCATTGAATCTTGTTTCGATATAATTAGAAATAAATTCG-AAAAAAATCG-AAAAAAATG
*
898 AAAAAATGATATTATAATTGTGAAAACCCTTTAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCT
194 AAAAAATGATATTATAATTGTGAAAACCCTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCT
* * * *
963 GAGTATTTTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACTTCTCGAGTAAGTTTTTGGAAATTTTTAGCCTAA
259 GAGTATTTTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGGAAAATTTTAGCCGAA
* ** * * *
1028 ACCGTGTACTAACCATCACCGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGTGAGCCAGCTCAATTTTGTA
324 ATCGTGTACTAACCATCACCGTTTTT-GCTAAAAACGTGTTTCGGTCCGCTAGCTCAGTTTTGCA
*
1093 TGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTGAAATATCAATACTT-ACCTAACCAAATGTCAGCCATAACA
388 TGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTGAAATATCAATA-TTCACCTAACCAAATGTCAGCCATAACG
* *
1157 GATTTAAGGACTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTAC--
452 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTACGA
** * * ** * * *
1220 AAAAAA-AGGAAAAACGGTATTAGAAGCGTGAAAAACCCATCAATCTTTT-TGGCT-TTAAATT-
517 AAAAAATAGGAAAAACAAT-TTTG--GCTTGAATTA--TAT-AAT-TTTTCT-G-TAGTAATTTG
* * ** * * ** * ** * *** *** * * *
1281 -ATATATTTTTTATGACTA-TTGCGGAAAAATATTGAGAAAAATTTCTTCGGATCAGTTTTTA-T
573 GAAAAAAATTGTAGGAAAATTTTCGGGTAAATTTTTCCAAAAATTTAGCCGAAAC-G--TGTACT
*
1343 ACGTC
635 ACATC
* * * * * *
1348 ACTGTTTTTGTCTAAAAACACGTTTCGGAACCCCAGCTTAGTTTTGGATGATTTTTGGCACAGAG
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAG
1413 ACTCCTTAAAATATCTATATTTATCCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
66 ACTCCTTAAAATATCTATATTTATCCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
*
1478 TACGAGCATTTAATCTTGTTTCGATATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATTCGAAAAAAAATT
131 TACGAGCATTGAATCTTGTTTCGATATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAA-TCG-AAAAAAA-T
* *
1543 GAAAAAATGATATTATAATTGTGAAAACCCTTTAAATTTTTTGGCTTTGAATTATATAG-TTTTC
193 GAAAAAATGATATTATAATTGTGAAAACCCTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTC
* *
1607 TGAGTATTTTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTACGTTTTTGGAAAAGTTTAGCCGA
258 TGAGTATTTTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGGAAAATTTTAGCCGA
* * *
1672 AATCGTGTATTAACCATCACCGTTTTTTTGCTAAAAATGCGTTTCGGTCCGCTAGCTCAGTTTTG
323 AATCGTGTACTAACCATCACCG--TTTTTGCTAAAAACGTGTTTCGGTCCGCTAGCTCAGTTTTG
* * *
1737 CATGATTTTTGGCAGTGAGACTTCTTGAAATATTAATATTCACCTAACCAAATGTCAGCCATAAC
386 CATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCACCTAACCAAATGTCAGCCATAAC
*
1802 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTA-G
451 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTACG
* * * * * ** *
1866 AAAAAAAAATGGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCT-TCAATCTCTTTGGTGTTGAATT
516 AAAAAAATA-GGAAAAACAAT-TTTG--GCTTGAATTA---TAT-AAT-T-TTT-CTG-T--A--
** * ** * ** * *
1930 GTATATTTTTTATGACCAA-TGT-GGCAAAATGTT-GAGAAAAATTTCTTCGAATAAGTTTTTAG
565 GTA-A-TTTGGA-AAAAAATTGTAGG-AAAATTTTCG-GGTAAATTT-TTCCAA-AA--ATTTAG
*
1992 CCGAAA--TCGT-CCA-ATC
621 CCGAAACGT-GTACTACATC
*
2008 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCTGAGAG
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAG
* * *
2073 ACTCCTTAAAATATCTATATTTATCCAACAAAATCCTAGCCACATTGGATTTAAGGGTTGGTTTT
66 ACTCCTTAAAATATCTATATTTATCCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
* *
2138 TACGAGTATTGATTCTTGTTTCGATATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAAT-G--------GAA
131 TACGAGCATTGAATCTTGTTTCGATATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATCGAAAAAAATGAA
* ** * * * *
2194 AAAACGATATTATAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAAGTACATAGATTTTCTGA
196 AAAATGATATTATAATTGTGAAAACCCTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCTGA
* *
2259 GTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGGAAAATATTAGCCGAAAT
261 GTATTTTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGGAAAATTTTAGCCGAAAT
* * *
2324 CGTGTACTAACCATCACCGTTTTTGACTAAAAACGTGTTTCAAG-CCGCCAGCTCAGTTTTACAT
326 CGTGTACTAACCATCACCGTTTTTG-CTAAAAACGTGTTTC-GGTCCGCTAGCTCAGTTTTGCAT
* *
2388 GATTTTTGGCAGAGACACTCCTTGAAATATCAATATTCACCTAACCAAATGTCAGCCATAACGAA
389 GATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCACCTAACCAAATGTCAGCCATAACGGA
** *
2453 TTTAAATATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATT-CGAAA
454 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTACGAAA
* * * * **
2517 AAAAT-GGAAATACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCT-TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTA-TA
519 AAAATAGGAAAAACAAT-TTTG--GCTTGAATTA---TAT-AA--TTTTT--C--TG---TAGTA
***** ** * * * * ***
2579 TATTTTTTCTGACCATTGT-GGCAAAATATT-GAGAAATAATTTTTTGGGTC-ATTTTTTAGCCG
568 -A-TTTGGAAAAAAATTGTAGG-AAAATTTTCG-G--GTAAATTTTT---CCAAAAATTTAGCCG
* *
2641 AAATTGAGTACTA-ATC
624 AAA-CGTGTACTACATC
* * * * * * *
2657 ATCAGAATTTTTTGCTAAAAGCGCG-TTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGG-AG
1 A-C-G-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGA-CCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAG
* ** * * * *
2720 CAAAGACTCCTTGAAATATATCTA-GGTTAGTCGAACAGAATCTCAGCCACATTGGATATAAGGA
62 -AGAGACTCCTT-AAA-ATATCTATATTTA-TCCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGA
* * ** *
2784 TTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAGCTAGAAATAAATTCGGAAAAAAT----
123 TTTGTTTTTACGAGCAT-TGAATCTTGTTTCGATATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATCGAA
* * * * *** * * * * *
2844 ----ATGGATAAATAATATTAGAAGCATGGAAAGCCTGTCAATTTTTTTGGCGTTAAAATATATA
187 AAAAATGAAAAAATGATATTATAATTGTGAAAACCCT-TCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATA
* ** * * * *
2905 TTTTTTCCCAATATTTT-G--AAAAAATTGAGAAAAAAACTTTTCGTGTCAG----T-G-----T
251 GTTTTTCTGAGTATTTTGGCAAAAAAATTGAG-GAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGGAAAATT
* * * *
2957 TTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCATCGCTTTTGCCTAAAAACGTGTTTCGGTGCGCTAGCTC
315 TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACCGTTTTTG-CTAAAAACGTGTTTCGGTCCGCTAGCTC
* * * *
3022 AATTTTGCATGATTTTTGGCAGAGAGACTTCTTGAAATATCAATACTCACCTAACCAAAAGTCAG
379 AGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCACCTAACCAAATGTCAG
* * * * *
3087 CAATAGCGAATTTAAAGATTT-TTTTTAACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
444 CCATAACGGATTTAAGGATTTGTTTTT-ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
* * * **
3151 AAATTA-G-AAAAAA-AGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCT-TCAATCTTTTTAGCG
508 AAATTACGAAAAAAATAGGAAAAACAAT-TTTG--GCTTGAATTA---TAT-AA--TTTTT--C-
** ** ** * * * ** *
3212 TTGAATTA-TATATTTTTTATGACTATTGT-GGCAAAATATT-GAGTTAAAATTCTTCGGGTTAG
561 -TG---TAGTA-A-TTTGGAAAAAAATTGTAGG-AAAATTTTCG-GGT-AAATTTTTC---CAAA
** * * *
3274 TTTTTAGCCGAAATTGTGCAACAACCATC
614 AATTTAGCCGAAA-CGTG-TACTA-CATC
* * * * * *
3303 ACGGTTTTTGGCTAAAAACACATTTCAGGACCCAAGATCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGGG
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAG
3368 ACTCCTTAAAATATCTATATTTATCCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
66 ACTCCTTAAAATATCTATATTTATCCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
*
3433 TACGAGCATTGAATCTTGTTTCGATATAATAAGAAATAAATTCGAAAAAACATCGAAAAAAATTG
131 TACGAGCATTGAATCTTGTTTCGATATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAA-ATCGAAAAAAA-TG
3498 AAAAAATGATATTATAATTGTGAAAACCCTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCT
194 AAAAAATGATATTATAATTGTGAAAACCCTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCT
** *
3563 GAGTATTTTGGCAAAAAAAATTGAGGAAATGCTTTTCGGGTAAGTTTTTGGAAAATTTTAGCCTA
259 GAGTATTTTGGC-AAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGGAAAATTTTAGCCGA
* * * * *
3628 AATTGTGTACTAACCATCACCGTTTTTTTGGTAAAACCGCGTTTTGGTCCGCTAGCTCAGTTTTG
323 AATCGTGTACTAACCATCACCG--TTTTTGCTAAAAACGTGTTTCGGTCCGCTAGCTCAGTTTTG
* *
3693 CATGATTTTTGGCAGATACACTCCTTGAAATATCAATATTCACCTAACC-AATAGTCAGCCATAA
386 CATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCACCTAACCAAAT-GTCAGCCATAA
* *
3757 CGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTAC
450 CGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTAC
*
3822 GAAAAAAAT-GGAAAAA-AATTTTGGCATTGAATTATATAGTTTTTCTGTAGTAATTTGGAAAAA
515 GAAAAAAATAGGAAAAACAATTTTGGC-TTGAATTATATAATTTTTCTGTAGTAATTTGGAAAAA
*
3885 AATTTGTAGGAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTCCAAAAATTTAGCCGAAACGTGTACTACATC
579 AA-TTGTAGGAAAA-TTTTCGGGTAAATTTTTCCAAAAATTTAGCCGAAACGTGTACTACATC
* * * *
3948 ACCGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGTGA-GCCAGCTCAATTTTGTATGATTTTTGGCAGAGA
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG-GACCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGA
* * * * ** * * **
4012 GACTCCTTGAAATATCAATATTCA-CCTAACCAAATGTCGGCCATAACGGATTTAAGGATTTGTT
65 GACTCCTTAAAATATCTATATTTATCC-AACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTT
* * * **
4076 TTTACGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAATTAAATTATAAAAAAA
129 TTTACGAGCAT-TGAATCTTGTTTCGATATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAA
4130 AAGAAAAGAA
Statistics
Matches: 2934, Mismatches: 358, Indels: 288
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
641 77 0.03
642 26 0.01
643 162 0.06
644 195 0.07
645 388 0.13
646 334 0.11
647 25 0.01
648 234 0.08
649 133 0.05
650 58 0.02
651 62 0.02
652 62 0.02
653 45 0.02
654 105 0.04
655 26 0.01
656 38 0.01
657 2 0.00
658 10 0.00
659 2 0.00
660 180 0.06
661 20 0.01
662 219 0.07
663 209 0.07
664 205 0.07
665 104 0.04
666 13 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (639 bp):
ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAG
ACTCCTTAAAATATCTATATTTATCCAACAAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
TACGAGCATTGAATCTTGTTTCGATATAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATCGAAAAAAATGAA
AAAATGATATTATAATTGTGAAAACCCTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCTGA
GTATTTTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGGAAAATTTTAGCCGAAAT
CGTGTACTAACCATCACCGTTTTTGCTAAAAACGTGTTTCGGTCCGCTAGCTCAGTTTTGCATGA
TTTTTGGCAGAGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCACCTAACCAAATGTCAGCCATAACGGATT
TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTACGAAAAA
AATAGGAAAAACAATTTTGGCTTGAATTATATAATTTTTCTGTAGTAATTTGGAAAAAAATTGTA
GGAAAATTTTCGGGTAAATTTTTCCAAAAATTTAGCCGAAACGTGTACTACATC
Found at i:4121 original size:301 final size:304
Alignment explanation
Indices: 3535--4130 Score: 873
Period size: 301 Copynumber: 2.0 Consensus size: 304
3525 CCTTCAAATT
* * *
3535 TTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCTGAGTATTTTGGCAAAAAAAATTGAGGAAATGCTTTTC
1 TTTTGGCATTGAATTATATAGTTTTTCTGAGTAATTTGGCAAAAAAAATTGAGGAAATACTTTTC
** * * * *
3600 GGGTAAGTTTTTGGAAAATTTTAGCCTAAATTGTGTACTAACCATCACCGTTTTTTTGGTAAAAC
66 GGGTAAGTTTTTCCAAAAATTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACCG-TTTTTTGGTAAAAA
* * * * *
3665 CGCGTTTTGGTCCGCTAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGATACACTCCTTGAAATATCAAT
130 CGCGTTTCGGTCAGCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAGACACTCCTTGAAATATCAAT
3730 ATTCACCTAACCAATAGTCAGCCATAACGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCTT
195 ATTCACCTAACCAATAGTCAGCCATAACGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCTT
*
3795 GTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTACGAAAAAAATGGAAAAAAA
260 GTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTACAAAAAAAATGGAAAAAAA
*
3840 TTTTGGCATTGAATTATATAGTTTTTCTGTAGTAATTTGG-AAAAAAATTTGTAGGAAA-ACTTT
1 TTTTGGCATTGAATTATATAGTTTTTCTG-AGTAATTTGGCAAAAAAAATTG-AGGAAATACTTT
3903 TCGGGTAAGTTTTTCCAAAAATTTAGCCGAAA-CGTGTACT-A-CATCACCG-TTTTTGGCTAAA
64 TCGGGTAAGTTTTTCCAAAAATTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACCGTTTTTTGG-TAAA
* * *
3964 AACGCGTTTCGGTGAGCCAGCTCAATTTTGTATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTGAAATATCA
128 AACGCGTTTCGGTCAGCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAGACACTCCTTGAAATATCA
* * *
4029 ATATTCACCTAACCAA-ATGTCGGCCATAACGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAT
193 ATATTCACCTAACCAATA-GTCAGCCATAACGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAAT
* * *
4093 CTTTTTTCGATTTAATTAGAATTAAATTATAAAAAAAA
257 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTACAAAAAAAA
4131 AGAAAAGAAA
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 25, Indels: 12
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
300 8 0.03
301 153 0.58
302 8 0.03
303 1 0.00
304 7 0.03
305 70 0.27
306 15 0.06
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (304 bp):
TTTTGGCATTGAATTATATAGTTTTTCTGAGTAATTTGGCAAAAAAAATTGAGGAAATACTTTTC
GGGTAAGTTTTTCCAAAAATTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACCGTTTTTTGGTAAAAAC
GCGTTTCGGTCAGCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAGACACTCCTTGAAATATCAATA
TTCACCTAACCAATAGTCAGCCATAACGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCTTG
TTTCGATTTAATTAGAAATAAATTACAAAAAAAATGGAAAAAAA
Done.