Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01012607.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12640, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 13193
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.17, T:0.32


Found at i:8086 original size:101 final size:104

Alignment explanation


    Indices: 7868--8105  Score: 306
    Period size: 101  Copynumber: 2.3  Consensus size: 104

       7858 CTAAGTTATA

                                                *                            
       7868 CAAATTAAAATTTTATTTTTATTTTAAGGGTAAATTTCAAAATTAATAATTTATTGTTATAGGGT
          1 CAAATTAAAA--TTATTTTTATTTTAAGGGTAAATTCCAAAATTAATAA-TTATTGTTATAGGGT

                                                      
       7933 TTTAGAAATAAAATACAAAACTAATTTCACTAAGTTTAGCCC
         63 TTTAGAAATAAAATACAAAACTAATTTCACTAAGTTTAGCCC

                                                 *                           
       7975 CAAATT-AAATT-TTTTTATTTTAAGGGTAAATTCCATAATTAATAA-TATTGTTATAGGGTTTT
          1 CAAATTAAAATTATTTTTATTTTAAGGGTAAATTCCAAAATTAATAATTATTGTTATAGGGTTTT

                         * *           *          **
       8037 AGAAATAAAAATATATAACTAA-TTCATTAAGTTTAG-TT
         66 AGAAAT-AAAATACAAAACTAATTTCACTAAGTTTAGCCC

            *              *               
       8075 TAAATTAAAATTAAAATTTTATTTTAAGGGT
          1 CAAATTAAAATT--ATTTTTATTTTAAGGGT

       8106 TAGAAAAATT


Statistics
Matches: 117,  Mismatches: 9, Indels: 13
        0.84            0.06        0.09

Matches are distributed among these distances:
 100    5  0.04
 101   41  0.35
 102   13  0.11
 103   32  0.27
 104   17  0.15
 106    3  0.03
 107    6  0.05

ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.10, T:0.43


Consensus pattern (104 bp):   
CAAATTAAAATTATTTTTATTTTAAGGGTAAATTCCAAAATTAATAATTATTGTTATAGGGTTTT
AGAAATAAAATACAAAACTAATTTCACTAAGTTTAGCCC

Done.