Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01012626.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12659, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2064
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.14, T:0.35


Found at i:61 original size:40 final size:40

Alignment explanation


    Indices: 2--425  Score: 595
    Period size: 40  Copynumber: 10.6  Consensus size: 40

          1 C

                                                    
          2 TTTA-CAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATCGT
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATCGT

                                 *               * *
         41 TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGC
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATCGT

                              *                   * 
         81 TTTATCAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGGATCATCTT
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATCGT

                                 *               * *
        121 TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGC
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATCGT

                              *                     
        161 TTTATCAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGGATCATC-T
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATCGT

                                 *               * *
        200 TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGC
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATCGT

                                  *        *      * *
        240 TTTATCAAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAAGATCATTGG
          1 TTTATC-AAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATCGT

                                     *            * 
        281 TTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTACTCAGGATCATCTT
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATCGT

                                 *               *   
        321 TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGCT
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATCG-T

                              *               *     
        362 TTT-TCAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGGATAATC-T
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATCGT

                                      
        400 TTTATCAAATTAATTTCAAAAATCCT
          1 TTTATCAAATTAATTTC-AAAATCCT

        426 ATTCAGGACC


Statistics
Matches: 341,  Mismatches: 38, Indels: 11
        0.87            0.10        0.03

Matches are distributed among these distances:
  38    4  0.01
  39   52  0.15
  40  243  0.71
  41   42  0.12

ACGTcount: A:0.33, C:0.21, G:0.09, T:0.37


Consensus pattern (40 bp):   
TTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATCGT

Found at i:348 original size:200 final size:199

Alignment explanation


    Indices: 2--420  Score: 741
    Period size: 200  Copynumber: 2.1  Consensus size: 199

          1 C

                                 *                 *                         
          2 TTTA-CAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATCGTTTTATCAAATTAATTTCAAAACCCT
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATCGCTTTATCAAATTAATTTCAAAACCCT

                 *                           *      *                        
         66 GCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAAT
         66 GCTCAAGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTACTCAGGATCATCTTTTTATCAAAT

                                                                            *
        131 TAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGGATC
        131 TAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGGATA

                
        196 ATCT
        196 ATCT

                                                 *                           
        200 TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAAATTAATTTCAAAACCC
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATCGCTTTATC-AAATTAATTTCAAAACCC

                           *                                                 
        265 TGCTCAAGATCATTGGTTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTACTCAGGATCATCTTTTTATCAAA
         65 TGCTCAAGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTACTCAGGATCATCTTTTTATCAAA

                                              *                              
        330 TTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGCTTTTTCAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGGAT
        130 TTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGGAT

                 
        395 AATCT
        195 AATCT

                                 
        400 TTTATCAAATTAATTTCAAAA
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAA

        421 ATCCTATTCA


Statistics
Matches: 210,  Mismatches: 9, Indels: 2
        0.95            0.04        0.01

Matches are distributed among these distances:
 198    4  0.02
 199   38  0.18
 200  168  0.80

ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.09, T:0.37


Consensus pattern (199 bp):   
TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATCGCTTTATCAAATTAATTTCAAAACCCT
GCTCAAGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTACTCAGGATCATCTTTTTATCAAAT
TAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGGATA
ATCT

Found at i:1241 original size:19 final size:19

Alignment explanation


    Indices: 1217--1253  Score: 65
    Period size: 19  Copynumber: 1.9  Consensus size: 19

       1207 TTCTTTGAGC

                               
       1217 CACTTATCTTAAATTGGGT
          1 CACTTATCTTAAATTGGGT

                        *     
       1236 CACTTATCTTAATTTGGG
          1 CACTTATCTTAAATTGGG

       1254 CTTTGGCCTT


Statistics
Matches: 17,  Mismatches: 1, Indels: 0
        0.94            0.06        0.00

Matches are distributed among these distances:
  19   17  1.00

ACGTcount: A:0.24, C:0.16, G:0.16, T:0.43


Consensus pattern (19 bp):   
CACTTATCTTAAATTGGGT
Done.