Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01012649.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12682, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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462 ATAGATGTTC
* * *
472 GTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGCAAAATTTTTCCTCAATTTTTTTTCACAACAT
1 GTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAACAT
* * * *
537 TCAGAAAATATATTTAATTCAACGCCAAGAATATTGATGGGTTTTTCACACATCTAATATCGTTT
66 TCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATATTGAAGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTT
* * ** *
602 TTCCATTTTTTTCTTAATTAATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAATAACAA
131 TTCCATTTTTTCCCTAATTAATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAA
* * *
667 ATCCTTAAATCTCATATGGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACG
196 ATCCTTAAATCCCATATTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATG
* * * *
732 CCAAAATTCATTCAAATCTGAGTCG--GCACCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATG
261 CCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGATGCA-CC-AGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATG
* * * *
795 GTTAATACATGATTTTGGCTAAAACCTGA-CCGAAAGAA-TTTCCTTCAATTTTTTGTCACAACA
1 GTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAA-AATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAACA
858 TTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATATTGAAGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTT
65 TTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATATTGAAGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTT
* ** *
923 TTCCCATTTTTT-CCTAATTAATTTCTAAATATAAA-GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAATAAC
130 TTTCCATTTTTTCCCTAATTAATTTCTAAATA-AAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAAC
** *
986 AAATCCTTAAATATCATATGGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTA
194 AAATCCTTAAATCCCATATTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTA
* * * ** * * * * *
1051 CGCCAAAAATCATTCAAAACTGAGACGGCGTC-CCGGAACGCGCTTTTAGCCAAAAAAACATAAT
259 TGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGATG-CACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGAT
1115 G
323 G
* * * * ** *
1116 ATTAATACTCGATTTTGGCTAAAACCTGACCCGAAAAAACTTCCTTC-ATGTTTTTGTCACAACA
1 GTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAAT-TTTTTGTCACAACA
* *
1180 TTCAGAAAATATATATAATTCAACGCCAAGAATATTTGATGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGT
65 TTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATA-TTGAAGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGT
* * * * ** *
1245 TTTTCCATTTTTTTTCCTAATTAATTTCTATATAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAATAA
129 TTTTCCA-TTTTTTCCCTAATTAATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAA
*
1310 CAAATCCTTAAATCCAATATTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT
193 CAAATCCTTAAATCCCATATTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT
* * * **
1375 AAGCC-AAAATCATTCAAAACTGAG-C-AGGCACCATGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAATTGT
258 ATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGATGCACCA--GAACGCGTTTTTAGCC-AAAAAACCGT
1437 GATG
320 GATG
* * * *
1441 GTTAATACACGATTTCAGCTAAAAACTCACACGGAAAATTTTCCCTCAA-TTTTTGTCACAACAT
1 GTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAACAT
* *
1505 TCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAGAATATTGAAGGGGTTTTCACACTTCTAATATCGTTT
66 TCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATATTGAAGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTT
* *
1570 TTCCATTTTTTCCCTAATTAATTTTTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAATAA
131 TTCCATTTTTTCCCTAATTAATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAA
* * * **
1635 ATCCTTAAATCCCTTGTTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTACA
196 ATCCTTAAATCCCATATTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATG
*
1700 CCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGATGCACCAGAAAGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGAT-
261 CCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATG
* *
1762 G---A-A-A--A------C------CTGACCCGAAAAATTTTCCCTCTATTTTTTGTCACAACGT
1 GTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAACAT
*
1808 TCAGAAAAAATATATAATTCAACGCGAAGAATATTGAAGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTT
66 TCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATATTGAAGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTT
* * * **
1873 TTCCATTTTTTTCCTAATTAATTTCTAAAGAAAACGAAACAAGATTCAGAT--GC-T---TTCAA
131 TTCCATTTTTTCCCTAATTAATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAA
* **
1932 ATCCTTAAATCCCATATTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTACA
196 ATCCTTAAATCCCATATTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATG
* * * *
1997 CCAAAAATCATGCAAAACTGATTTGATGCACTAGAACACGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATG
261 CCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATG
* *
2060 GTTAATACACTATTTCGGCTAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAACAT
1 GTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAACAT
* * *
2125 ACAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAGAATATTGAAGAGG-TTTTCACACTTATAATATCGTT
66 TCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATATTGAAG-GGTTTTTCACACTTCTAATATCGTT
** ** *
2189 TTTCCATTTTTTCCCTAATTAATTTCTAAATAAAGTGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAATAACA
130 TTTCCATTTTTTCCCTAATTAATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACA
* ** * *
2254 TATCCTTAAATCCCATATTGCAAAGATTTCACTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTAC
195 AATCCTTAAATCCCATATTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTAT
** * *
2319 GCCAAAAATCATGCAAATTTGAGTCG--GCACCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCCGTGAT
260 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGATGCA-CC-AGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGAT
2382 G
323 G
2383 GTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAACAT
1 GTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAACAT
*
2448 TCAGAAAAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATATTGAAGCGG-TTTTCATACTTCTAATATCGT
66 TCAG-AAAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATATTGAAG-GGTTTTTCACACTTCTAATATCGT
* * ** *
2512 TTTTCCATTTTTTTCCTAATTAATTT-TCAAATAAAACGAAACAAGATGCAGATGCTCGTAATAA
129 TTTTCCATTTTTTCCCTAATTAATTTCT-AAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAA
*
2576 CAAATCCTTAAATCCCATATGGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAATGG-GTCTT
193 CAAATCCTTAAATCCCATATTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAA-GGAGTCTT
** * *
2640 TAAACCAAAAATCATGCAAAACTGATTCGATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACTGTGA
257 TATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGA
2705 TG
322 TG
* ** * * *
2707 GTTAATACACTATTTC-AATAAAAACTGTCCTGAAAAATTTTCCCTCTATTTTTTGTCACAACAT
1 GTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAACAT
* * * * ** *
2771 ACAGAAAAAATATATAATTTAACACCAAGAATAATGAAGATTTTTTCACACTTCTAATATCGTAT
66 TCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATATTGAAGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTT
* * *
2836 TTCCATTATTTCCCTAATTAATTTCTAAATAAAACCAAACAAGATTCAGATAATCATAAAAACAA
131 TTCCATTTTTTCCCTAATTAATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAA
*
2901 ATCCTTAAATCCCATATTGTTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATAATTT-AAGGAGTCTTTAT
196 ATCCTTAAATCCCATATTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGAT-ATTTCAAGGAGTCTTTAT
* *
2965 GCCAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGATGCACCAGAACGCGTTTTTATCCAAAAAACCGTGATG
260 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATG
* * * * * * * *
3029 ATTAATACATGGTTTCGGCAAAAAACTGACCCGAAAAATTCTCCCTCAATTTTTTGCCAAAATAT
1 GTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAACAT
* ** * * * *
3094 TAAGAAAAAAAATATATAATTCAATTCCAGGGAGATTGAAGAG-TTTTCACACTTCTAATATCGT
66 TCAG--AAAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATATTGAAGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGT
* *
3158 TTTTCCATTTTTTTCCCTAATTAATTTATAAATAAAACGAAACAAGATTCGGATAATCGTAAAAA
129 TTTTCCA-TTTTTTCCCTAATTAATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAA
* *
3223 CAAATCCTTAAATCCCATATTGCTAAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTT
193 CAAATCCTTAAATCCCATATTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT
* ** *
3288 ATGCCACAAATCATGCAAAACTGAGTCGATGCACTTGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAC-TAAG
258 ATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGT--G
3352 ATG
321 ATG
* * * * * * * *
3355 GTTAATACACGATTTCAGCTAAAAACTGACCCAAAAAAATTTCCCTAAATTTATTGCCCCAATAT
1 GTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAACAT
* * * * * *
3420 TCAGAAAAAAATGTATAATTCAACTCCAGGAAGATTAAAGGGTTTTTCACACTTCTAAAATCGTT
66 TCAG-AAAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATATTGAAGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTT
* * *
3485 TTTCCATTTTTT-CCTAATTAATTTCTAAATAAAACGAGACAAGATTCGGATAATCGTAATAACA
130 TTTCCATTTTTTCCCTAATTAATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACA
* *
3549 AATCCTTAAATCCCATATTGTTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATAATTT-AAGGAGTGTTTA
195 AATCCTTAAATCCCATATTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGAT-ATTTCAAGGAGTCTTTA
* *
3613 TGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGATGTACCAGAACGCGTTTTAAGCCAAAAAGACCGTGAT
259 TGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-ACCGTGAT
3678 G
323 G
* * * * * * * *
3679 GTTAATTCATGATTTCGGCAAAAAACTGGCCCGGAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCAAAATAT
1 GTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAACAT
* ** * * * *
3744 TAAGAAAAAATATATAATTCAATTCCAGGGAGATTGAAGAGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTT
66 TCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATATTGAAGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTT
* *
3809 TCCCA-TTTTTCCCTAATTAATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCGGATAATCGTAAAAACAA
131 TTCCATTTTTTCCCTAATTAATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAA
* *
3873 ATCCTTAAATCCCATATTGCTGAGATTTCATTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTATG
196 ATCCTTAAATCCCATATTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATG
* ** * *
3938 CCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGACGCACTTGAACGCGTTTTTAGCCGAAAAACTGTGATG
261 CCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATG
* * *
4001 GTTAATACACGATTTCAGCTAAAAACTGACCCG-AAAATTTTCCCTAAATTTTTTG-CGACAATA
1 GTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTC-ACAACA
* * * * * * *
4064 TTCAAAAAAAATGTATAATTCAACTCCAGGAAGATTAAAGGGTTTTTCACACTTCTAATAACGTT
65 TTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATATTGAAGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTT
*
4129 TTTCCATTTTTT-CCTAATTAATTGCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACA
130 TTTCCATTTTTTCCCTAATTAATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACA
* * *
4193 AATCCTTAAATCCCATATTGTTGAGATTTCATTAGATGAATATAGAAAATTT-AAAGAGTCTTTA
195 AATCCTTAAATCCCATATTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAG-ATATTTCAAGGAGTCTTTA
** * * **
4257 TGCCAAAAATTGTGTAAAACTGAGTCAATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCTTAAAAACC------
259 TGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATG
* * *
4316 G----T----GA-TTCGGCAAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTTGTCAAAATA
1 GTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAA-TTTTTTGTCACAACA
* * * * * *
4372 TTCAGAAAAAATATATAATTCAACTCCAGGAAGATTAAAGGGTTTTTCACACTTCTAGTAACGTT
65 TTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATATTGAAGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTT
*
4437 TTTCCATTTTTT-CCTAATTAATTGCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACA
130 TTTCCATTTTTTCCCTAATTAATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACA
** *
4501 AATCCTTAAATCCCATATTATTGAGATTTCATTAGATGAATATAGAAAATTT-AAGGAGTCTTTA
195 AATCCTTAAATCCCATATTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAG-ATATTTCAAGGAGTCTTTA
** * *
4565 TGCCAAAAATTGTGTAAAACTGAGTCGATGCACCAGAACGCGTTTTAAGCCAAAAAACC------
259 TGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATG
* * *
4624 G----T----GA-TTCGGCAAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCAAAATAT
1 GTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAACAT
** * * *
4680 TCAGAAAAAATATATAATTCAATTCCAGGAAGATTGAAGAGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTT
66 TCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATATTGAAGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTT
*
4745 TTCCATTTTTTCCCTAATTAATTTCTAAATAAAATGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAA
131 TTCCATTTTTTCCCTAATTAATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAA
4810 ATCCTTAAATCCCATATTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATAATTT-AAGGAGTCTTTAT
196 ATCCTTAAATCCCATATTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGAT-ATTTCAAGGAGTCTTTAT
* * *
4874 GCAAAAAATCATGCAAAACTGAATCGATGTACCAGAA
260 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGATGCACCAGAA
4911 AAATTATATA
Statistics
Matches: 3688, Mismatches: 348, Indels: 175
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
297 122 0.03
298 1 0.00
300 1 0.00
301 2 0.00
302 21 0.01
303 125 0.03
305 1 0.00
306 18 0.00
307 104 0.03
308 437 0.12
309 1 0.00
311 2 0.00
314 1 0.00
315 1 0.00
316 1 0.00
317 143 0.04
318 3 0.00
319 1 0.00
320 2 0.00
321 439 0.12
322 578 0.16
323 616 0.17
324 573 0.16
325 403 0.11
326 92 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (323 bp):
GTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAACAT
TCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATATTGAAGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTT
TTCCATTTTTTCCCTAATTAATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAA
ATCCTTAAATCCCATATTGCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATG
CCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATG
Found at i:2517 original size:324 final size:320
Alignment explanation
Indices: 1763--4910 Score: 4050
Period size: 324 Copynumber: 9.9 Consensus size: 320
1753 AACCGTGATG
* * **
1763 AAAACCTGACCCGAAAAATTTTCCCTCTATTTTTTGTCACAACGTTCAGAAAAAATATATAATTC
1 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAATATTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * *
1828 AACGCGAAGAATATTGAAGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCTAATTA
66 AACTCCAGGAAGATTGAAGGG-TTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCCTAATTA
* * **
1893 ATTTCTAAAGAAAACGAAACAAGATTCAGAT--GC-T---TTCAAATCCTTAAATCCCATATTGC
130 ATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGC
* **
1952 TGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTACACCAAAAATCATGCAAAACTG
195 TGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTT-AAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTG
* * * * *
2017 ATTTGATGCACTAGAACACGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAATACACTATTTCGGCT
259 AGTCGA-GCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCT
* * *
2080 AAAAACTGTCCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAACATACAGAAAAAATATATAATTC
1 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAATATTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * *
2145 AACACCAAGAATATTGAAGAGGTTTTCACACTTATAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCCTAATTA
66 AACTCCAGGAAGATTGAAG-GGTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCCTAATTA
** ** * *
2210 ATTTCTAAATAAAGTGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAATAACATATCCTTAAATCCCATATTGC
130 ATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGC
** * * **
2275 AAAGATTTCACTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAATTTG
195 TGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTT-AAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTG
* *
2340 AGTCG-GCACCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCT
259 AGTCGAGCA-CC-AGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCT
*
2403 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAACATTCAGAAAAAAATATATAATT
1 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAATATTCAG-AAAAAATATATAATT
* * * * *
2468 CAACGCCAAGAATATTGAAGCGGTTTTCATACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCTAATT
65 CAACTCCAGGAAGATTGAAG-GGTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCCTAATT
* ** * *
2533 AATTT-TCAAATAAAACGAAACAAGATGCAGATGCTCGTAATAACAAATCCTTAAATCCCATATG
129 AATTTCT-AAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATT
**
2597 GCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAATGG-GTCTTTAAACCAAAAATCATGCAAAA
193 GCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTT-AA-GGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAA
* * * **
2661 CTGATTCGATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACTGTGATGGTTAATACACTATTTC-AA
256 CTGAGTCGA-GCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGC
2725 T
320 T
* * * * * *
2726 AAAAACTGTCCTGAAAAATTTTCCCTCTATTTTTTGTCACAACATACAGAAAAAATATATAATTT
1 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAATATTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * ** * *
2791 AACACCAAGAATAATGAAGATTTTTTCACACTTCTAATATCGTATTTCCATTATTTCCCTAATTA
66 AACTCCAGGAAGATTGAAG-GGTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCCTAATTA
* * *
2856 ATTTCTAAATAAAACCAAACAAGATTCAGATAATCATAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGT
130 ATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGC
*
2921 TGAGATTTCATTAGATGAATATAGATAATTTAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATTATGCAAAACTG
195 TGAGATTTCATTAGATGAATATAGAT-ATTTAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTG
* * * * *
2986 AGTCGATGCACCAGAACGCGTTTTTATCCAAAAAACCGTGATGATTAATACATGGTTTCGGCA
259 AGTCGA-GCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCT
* * * *
3049 AAAAACTGACCCGAAAAATTCTCCCTCAATTTTTTGCCAAAATATTAAGAAAAAAAATATATAAT
1 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAATATTCAG--AAAAAATATATAAT
* * *
3114 TCAATTCCAGGGAGATTGAAGAGTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCCTAAT
64 TCAACTCCAGGAAGATTGAAGGGTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTCCCTAAT
* *
3179 TAATTTATAAATAAAACGAAACAAGATTCGGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATT
128 TAATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATT
* * *
3244 GCTAAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTATGCCACAAATCATGCAAAAC
193 GCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTT-AAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAAC
** * *
3309 TGAGTCGATGCACTTGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAC-TAAGATGGTTAATACACGATTTCAG
257 TGAGTCGA-GCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGT--GATGGTTAATACACGATTTCGG
3373 CT
319 CT
* * * * * * *
3375 AAAAACTGACCCAAAAAAATTTCCCTAAATTTATTGCCCCAATATTCAGAAAAAAATGTATAATT
1 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAATATTCAG-AAAAAATATATAATT
* *
3440 CAACTCCAGGAAGATTAAAGGGTTTTTCACACTTCTAAAATCGTTTTTCCATTTTTT-CCTAATT
65 CAACTCCAGGAAGATTGAAGGG-TTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCCTAATT
* * *
3504 AATTTCTAAATAAAACGAGACAAGATTCGGATAATCGTAATAACAAATCCTTAAATCCCATATTG
129 AATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTG
* *
3569 TTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATAATTTAAGGAGTGTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACT
194 CTGAGATTTCATTAGATGAATATAGAT-ATTTAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACT
* * * * *
3634 GAGTCGATGTACCAGAACGCGTTTTAAGCCAAAAAGACCGTGATGGTTAATTCATGATTTCGGCA
258 GAGTCGA-GCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-ACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCT
* * * * *
3699 AAAAACTGGCCCGGAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCAAAATATTAAGAAAAAATATATAATTC
1 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAATATTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * *
3764 AATTCCAGGGAGATTGAAGAGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTCCCA-TTTTTCCCTAATTA
66 AACTCCAGGAAGATTGAAG-GGTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCCTAATTA
*
3828 ATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCGGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGC
130 ATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGC
* *
3893 TGAGATTTCATTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTG
195 TGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTT-AAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTG
** * * *
3958 AGTCGACGCACTTGAACGCGTTTTTAGCCGAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCT
259 AGTCGA-GCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCT
* * *
4021 AAAAACTGACCCG-AAAATTTTCCCTAAATTTTTTG-CGACAATATTCAAAAAAAATGTATAATT
1 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTC-ACAATATTCAGAAAAAATATATAATT
* *
4084 CAACTCCAGGAAGATTAAAGGGTTTTTCACACTTCTAATAACGTTTTTCCATTTTTT-CCTAATT
65 CAACTCCAGGAAGATTGAAGGG-TTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCCTAATT
*
4148 AATTGCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTG
129 AATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTG
* * * ** *
4213 TTGAGATTTCATTAGATGAATATAGAAAATTTAAAGAGTCTTTATGCCAAAAATTGTGTAAAACT
194 CTGAGATTTCATTAGATGAATATAG-ATATTTAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACT
* ** *
4278 GAGTCAATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCTTAAAAACC------G----T----GA-TTCGGCA
258 GAGTCGA-GCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCT
*
4327 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTTGTCAAAATATTCAGAAAAAATATATAATT
1 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAA-TTTTTTGTCACAATATTCAGAAAAAATATATAATT
* * *
4392 CAACTCCAGGAAGATTAAAGGGTTTTTCACACTTCTAGTAACGTTTTTCCATTTTTT-CCTAATT
65 CAACTCCAGGAAGATTGAAGGG-TTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCCTAATT
* *
4456 AATTGCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTA
129 AATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTG
* * ** *
4521 TTGAGATTTCATTAGATGAATATAGAAAATTTAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATTGTGTAAAACT
194 CTGAGATTTCATTAGATGAATATAG-ATATTTAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACT
* *
4586 GAGTCGATGCACCAGAACGCGTTTTAAGCCAAAAAACC------G----T----GA-TTCGGCA
258 GAGTCGA-GCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCT
*
4635 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCAAAATATTCAGAAAAAATATATAATTC
1 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAATATTCAGAAAAAATATATAATTC
* *
4700 AATTCCAGGAAGATTGAAGAGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCCTAATTA
66 AACTCCAGGAAGATTGAAG-GGTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCCTAATTA
*
4765 ATTTCTAAATAAAATGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGC
130 ATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGC
*
4830 TGAGATTTCATTAGATGAATATAGATAATTTAAGGAGTCTTTATGCAAAAAATCATGCAAAACTG
195 TGAGATTTCATTAGATGAATATAGAT-ATTTAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTG
* *
4895 AATCGATGTACCAGAA
259 AGTCGA-GCACCAGAA
4911 AAATTATATA
Statistics
Matches: 2540, Mismatches: 250, Indels: 91
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Consensus pattern (320 bp):
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GAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
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Found at i:3105 original size:647 final size:643
Alignment explanation
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* * * **
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* * * *
1828 AACGCGAAGAATATTGAAGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCTAATTA
66 AACTCCAGGAAGATTGAAGGG-TTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCTAATTA
* * **
1893 ATTTCTAAAGAAAACGAAACAAGATTCAGAT--GC-T---TTCAAATCCTTAAATCCCATATTGC
130 ATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGC
**
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* * * * * *
2017 ATTTGATGCACTAGAACACGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAATACACTATTTCGGCTAA
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* * *
2082 AAACTGTCCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAACATACAGAAAAAATATATAATTCAA
324 AAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAATATTCAGAAAAAATATATAATTCAA
* * * * *
2147 CACCAAGAATATTGAAGAGGTTTTCACACTTATAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCCTAATTAAT
389 CTCCAGGAAGATTGAAGAGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTCCCTAATTAAT
** ** * * ***
2212 TTCTAAATAAAGTGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAATAACATATCCTTAAATCCCATATTGCAA
453 TTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGTTG
* * **
2277 AGATTTCACTAGATGAATATAGAT-ATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAATTTGA
518 AGATTTCATTAGATGAATATAGATAATTT-AAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
* * * *
2341 GTCG--GCACCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCT
582 GTCGATGCA-CC-AGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAATACATGATTTCGGCA
* *
2403 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAACATTCAGAAAAAAATATATAATT
1 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCAAAATATTCAG-AAAAAATATATAATT
* * * *
2468 CAACGCCAAGAATATTGAAGCGGTTTTCATACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCTAATT
65 CAACTCCAGGAAGATTGAAG-GGTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCTAATT
* ** * *
2533 AATTT-TCAAATAAAACGAAACAAGATGCAGATGCTCGTAATAACAAATCCTTAAATCCCATATG
129 AATTTCT-AAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATT
* **
2597 GCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAATGGGTCTTTAAACCAAAAATCATGCAAAAC
193 GCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAAC
* * * *
2662 TGATTCGATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACTGTGATGGTTAATACACTATTTCAATA
258 TGAGTCGATGCACTAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCACTA
* * * * * *
2727 AAAACTGTCCTGAAAAATTTTCCCTCTATTTTTTGTCACAACATACAGAAAAAATATATAATTTA
323 AAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAATATTCAGAAAAAATATATAATTCA
* * * * * *
2792 ACACCAAGAATAATGAAGATTTTTTCACACTTCTAATATCGTATTTCCATTATTTCCCTAATTAA
388 ACTCCAGGAAGATTGAAGAGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATT-TTTCCCTAATTAA
* *
2857 TTTCTAAATAAAACCAAACAAGATTCAGATAATCATAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGTT
452 TTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGTT
*
2922 GAGATTTCATTAGATGAATATAGATAATTTAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATTATGCAAAACTGA
517 GAGATTTCATTAGATGAATATAGATAATTTAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
* * *
2987 GTCGATGCACCAGAACGCGTTTTTATCCAAAAAACCGTGATGATTAATACATGGTTTCGGCA
582 GTCGATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAATACATGATTTCGGCA
* * *
3049 AAAAACTGACCCGAAAAATTCTCCCTCAATTTTTTGCCAAAATATTAAGAAAAAAAATATATAAT
1 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCAAAATATTCAG--AAAAAATATATAAT
* * *
3114 TCAATTCCAGGGAGATTGAAGAGTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCCTAAT
64 TCAACTCCAGGAAGATTGAAGGGTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTT-CCTAAT
* *
3179 TAATTTATAAATAAAACGAAACAAGATTCGGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATT
128 TAATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATT
* *
3244 GCTAAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTATGCCACAAATCATGCAAAAC
193 GCTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAAC
* **
3309 TGAGTCGATGCACTTGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAACTAAGATGGTTAATACACGATTTCAGC
258 TGAGTCGATGCACTAGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCA-C
* * * * * * *
3374 TAAAAACTGACCCAAAAAAATTTCCCTAAATTTATTGCCCCAATATTCAGAAAAAAATGTATAAT
321 TAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAATATTCAG-AAAAAATATATAAT
* * * *
3439 TCAACTCCAGGAAGATTAAAGGGTTTTTCACACTTCTAAAATCGTTTTTCCATTTTTTCCTAATT
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* * *
3504 AATTTCTAAATAAAACGAGACAAGATTCGGATAATCGTAATAACAAATCCTTAAATCCCATATTG
450 AATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTG
*
3569 TTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATAATTTAAGGAGTGTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACT
515 TTGAGATTTCATTAGATGAATATAGATAATTTAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACT
* * *
3634 GAGTCGATGTACCAGAACGCGTTTTAAGCCAAAAAGACCGTGATGGTTAATTCATGATTTCGGCA
580 GAGTCGATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-ACCGTGATGGTTAATACATGATTTCGGCA
* * * *
3699 AAAAACTGGCCCGGAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCAAAATATTAAGAAAAAATATATAATTC
1 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCAAAATATTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * *
3764 AATTCCAGGGAGATTGAAGAGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTCCCA-TTTTTCCCTAATTA
66 AACTCCAGGAAGATTGAAG-GGTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCTAATTA
*
3828 ATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCGGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGC
130 ATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGC
*
3893 TGAGATTTCATTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTG
195 TGAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTG
* * *
3958 AGTCGACGCACTTGAACGCGTTTTTAGCCGAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCTAA
260 AGTCGATGCACTAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCA-CTAA
* * *
4023 AAACTGACCCG-AAAATTTTCCCTAAATTTTTTG-CGACAATATTCAAAAAAAATGTATAATTCA
324 AAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTC-ACAATATTCAGAAAAAATATATAATTCA
* * * *
4086 ACTCCAGGAAGATTAAAGGGTTTTTCACACTTCTAATAACGTTTTTCCATTTTTTCCTAATTAAT
388 ACTCCAGGAAGATTGAAGAGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTCCCTAATTAAT
*
4151 TGCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGTTG
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* * ** *
4216 AGATTTCATTAGATGAATATAGAAAATTTAAAGAGTCTTTATGCCAAAAATTGTGTAAAACTGAG
518 AGATTTCATTAGATGAATATAGATAATTTAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* **
4281 TCAATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCTTAAAAACC------G--------TGA-TTCGGCA
583 TCGATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAATACATGATTTCGGCA
4327 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTTGTCAAAATATTCAGAAAAAATATATAATT
1 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAA-TTTTTTGTCAAAATATTCAGAAAAAATATATAATT
* * *
4392 CAACTCCAGGAAGATTAAAGGGTTTTTCACACTTCTAGTAACGTTTTTCCA-TTTTTTCCTAATT
65 CAACTCCAGGAAGATTGAAGGG-TTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCTAATT
* *
4456 AATTGCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTA
129 AATTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTG
* * * ** *
4521 TTGAGATTTCATTAGATGAATATAGAAAATTT-AAGGAGTCTTTATGCCAAAAATTGTGTAAAAC
194 CTGAGATTTCATTAGATGAATATAG-ATATTTCAATGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAAC
* * * *
4585 TGAGTCGATGCACCAGAACGCGTTTTAAGCCAAAAAACCGTGA----T--T---CG---GCA--A
258 TGAGTCGATGCACTAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCACTA
*
4636 AAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCAAAATATTCAGAAAAAATATATAATTCA
323 AAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAATATTCAGAAAAAATATATAATTCA
*
4701 ATTCCAGGAAGATTGAAGAGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCCTAATTAA
388 ACTCCAGGAAGATTGAAGAGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTCCCTAATTAA
* *
4766 TTTCTAAATAAAATGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGCT
452 TTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGTT
*
4831 GAGATTTCATTAGATGAATATAGATAATTTAAGGAGTCTTTATGCAAAAAATCATGCAAAACTGA
517 GAGATTTCATTAGATGAATATAGATAATTTAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
* *
4896 ATCGATGTACCAGAA
582 GTCGATGCACCAGAA
4911 AAATTATATA
Statistics
Matches: 2277, Mismatches: 203, Indels: 80
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
614 13 0.01
615 91 0.04
616 148 0.06
617 2 0.00
620 2 0.00
623 1 0.00
625 1 0.00
628 35 0.02
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ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (643 bp):
AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCAAAATATTCAGAAAAAATATATAATTC
AACTCCAGGAAGATTGAAGGGTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCTAATTAA
TTTCTAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGCT
GAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
GTCGATGCACTAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCACTAAAA
ACTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGTCACAATATTCAGAAAAAATATATAATTCAACT
CCAGGAAGATTGAAGAGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTCCCTAATTAATTTC
TAAATAAAACGAAACAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCCATATTGTTGAGA
TTTCATTAGATGAATATAGATAATTTAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCG
ATGCACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAATACATGATTTCGGCA
Done.