Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01012657.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12690, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:636 original size:335 final size:333
Alignment explanation
Indices: 1--3076 Score: 4002
Period size: 335 Copynumber: 9.2 Consensus size: 333
* * *
1 TTTTTAGCCAAAAACCGTGA-CGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAATTTGACCCG
1 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCG
* *
65 AAATATATTTT-CTTAATTTTGGGCAAAAATACTCATAAAAAATATATATAATTCAACGCAAAAA
66 AAATAT-TTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCAT-AAAAATATATATAATTCAACGCAAAAA
** *
129 AGTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATAAAGTTTTCCAATTTTTTTCTAAATTAATTTCTGATTA
129 AGTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTTCCTAAATTAATTTCTGATTA
*
194 AATCAAAACCAGATATTGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGT
194 AATCGAAACCAGAT-TTGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGT
* * * * * * *
259 TAGATGCATGTAGAAATTTTAACGAGTCTCGGTACTAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGATACCC
258 TAGATGAATATAGATATTTTAACGACTCTCGGTACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGATGCCC
*
324 CTAAGCACGCG
323 CTAAACACGCG
*
335 TTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTGCACGATTTCGGCTAAAATATTT-CAAAAATTGACC
1 -TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT-TTTGCAAAAATTGACC
* ** * * *
399 CGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCATGATAATCAT-AAAA-ATATATAATTCAAAGCCAAAA
64 CGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATATAATTCAACGCAAAAA
* * * *
462 AGTTTGAAGGGCTTTTGACGTTTCTAATATTGTTCTTCCAATTTTTTCCTAAATTAATTTCTGAT
129 AGTTTGAA-GGCGTTTAATGTTTCTAATATCGTT-TTCCAATTTTTTCCTAAATTAATTTCTGAT
* ** * * * *
527 TAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTCAAATTCAATCTGGCTGAGATTTG
192 TAAATCGAAACCAGATTT-GATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTG
* * ** * * *
592 GTTAGATGAATATAGATATATTAAAGACTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGTGC
256 GTTAGATGAATATAGATATTTTAACGACTCTCGGTACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGATGC
** *
657 CCC-GGA-ACGCA
321 CCCTAAACACGCG
* * * *
668 TTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATGGACTCG
1 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCG
* * *
733 AAATATTTTTTCTTAATTTTGGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATATAAGTCAACGCAAAAAA
66 AAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCAT-AAAAATATATATAATTCAACGCAAAAAA
* *
798 GTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTCCCTAAATTAATTTCTGAGTAA
130 GTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTTCCTAAATTAATTTCTGATTAA
863 ATCGAAACCAGATATTGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
195 ATCGAAACCAGAT-TTGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
* * * * * * * *
928 GGATGAATATAGATATTTTAATGACTCTTGGTACTAAGAATCATGCATAACTGAGCAGATACCCC
259 AGATGAATATAGATATTTTAACGACTCTCGGTACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGATGCCCC
*
993 TAAACACTCG
324 TAAACACGCG
* * *
1003 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACAGGATTTCGGTTAAAATTTTTCAAAAATTGACCCG
1 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCG
* * * *
1068 AAATATTTATCCTCAATTTTTTGGCCAAGATACTCATAAAAAATATATATAATTCAACACAAAAA
66 AAATATTTTTCCTTAA-TTTTTGGCCAAAATACTCAT-AAAAATATATATAATTCAACGCAAAAA
* * * *
1133 ATTTTGAAGGCATTTAATGTTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTTTCCTAAATTAAATTCTGATTA
129 AGTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTTCCTAAATTAATTTCTGATTA
* * **
1198 AATCGAAACCATATATGAGTGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTAAT
194 AATCGAAACCAGATTTGA-TGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGT
*
1263 T--A-GAATATAGATATTTTAACGACTCTCGGTACCAAAAATCATGTAAAACTGAGCCGATGCCC
258 TAGATGAATATAGATATTTTAACGACTCTCGGTACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGATGCCC
1325 CTAAACACGCG
323 CTAAACACGCG
* * * *
1336 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCG
1 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCG
* *
1401 AAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCTTAAAAAGTATATATAATTGAACGCAAAAAA
66 AAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAA-TATATATAATTCAACGCAAAAAA
* **
1466 GTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCATTTTCCAATTTTCCCCTAAATTAATTTCTGATTAA
130 GTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTTCCTAAATTAATTTCTGATTAA
* *
1531 ATTGAAACCAGATATTGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGGGATTTGGTT
195 ATCGAAACCAGAT-TTGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
* * * * *
1596 GGATGAATATAGATATTTTAACGACTCTTGGTACTAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGATACCCC
259 AGATGAATATAGATATTTTAACGACTCTCGGTACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGATGCCCC
* *
1661 TAAACACTCA
324 TAAACACGCG
* * * * *
1671 TTTTTAGTCAAAAATCGTGATAGTTAGTACAGGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAATTGACCCG
1 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCG
* * ** *
1736 AAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAGATACTCATAAAAA-ATATATAATTCAAATCCAAAAAG
66 AAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATATAATTCAACGCAAAAAAG
* * * *
1800 TTTGAAGGGCTTTTGACGTTTCTAATATAGTTTTTCCAATTTTTTCCTAAATTAATTTCTGATTA
131 TTTGAA-GGCGTTTAATGTTTCTAATATCG-TTTTCCAATTTTTTCCTAAATTAATTTCTGATTA
** * * * * *
1865 AATCGAAAAAAGATTTAGA-GACTCGTAAAAA-TAAATCCTCAAATTCAATCTGCCTGAGATTTG
194 AATCGAAACCAGATTT-GATG-CTCATAAAAACT-AATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTG
* * ** * * *
1928 GTTAGATGAATATAGATATATTAAAGACTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGTGC
256 GTTAGATGAATATAGATATTTTAACGACTCTCGGTACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGATGC
** *
1993 CCC-GGA-ACGCA
321 CCCTAAACACGCG
* * * *
2004 TTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATGGACTCG
1 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCG
* * *
2069 AAATATTTTTTCTTAATTTTGGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATATAATTCAACGCAGAAAA
66 AAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCAT-AAAAATATATATAATTCAACGCAAAAAA
* * *
2134 GTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCATTTTCCAATTTTTTTCTAAACTAATTTCTGATTAA
130 GTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTTCCTAAATTAATTTCTGATTAA
**
2199 ATCGAAACCAGATATTGATGCTCATAAAAACTAATCAAAAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
195 ATCGAAACCAGAT-TTGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
* * * * * * * *
2264 AGATGAATGTAGAAATTTTAACGAGTATCGGTACTAAAAATCATGCGAAACTGAGCAGATACCCC
259 AGATGAATATAGATATTTTAACGACTCTCGGTACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGATGCCCC
*
2329 TAAACACTCG
324 TAAACACGCG
*
2339 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAATTGACCCG
1 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCG
* * ** *
2404 AAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAGATACTCATAAAAA-ATATATAATTCAAATCCAAAAAG
66 AAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATATAATTCAACGCAAAAAAG
* * ** *
2468 TTTGAAGGGCTTTTGACCTTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCTAAATTAATTTCTGATTA
131 TTTGAA-GGCGTTTAATGTTTCTAATATCG-TTTTCCAATTTTTTCCTAAATTAATTTCTGATTA
** * * * * *
2533 AATCGAAAAAAGATTTAGAGGCTCGTAAAAA-TAAATCCTCAAATCCAATCTGCCTGAGATTTGG
194 AATCGAAACCAGATTT-GATGCTCATAAAAACT-AATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG
* * * * * *
2597 TTAGATGAATATAGATATATTAAAGACTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGTGCC
257 TTAGATGAATATAGATATTTTAACGACTCTCGGTACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGATGCC
** *
2662 CC-GGA-ACGCA
322 CCTAAACACGCG
* * ** * * *
2672 TTTTTAGCCAAAAACCGTAATAGTTAGTATTCGATTTCAGCTAAAATTTTACAAAAATTGATCCG
1 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCG
*
2737 AAATATTTTT-CTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATATAATTGAACGCAAAAAAG
66 AAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATATAATTCAACGCAAAAAAG
*
2801 TTTGAAGGCGTTTTATGTTTCTAATATCGTTTTCCAA-TTTTTCCTAAATTAATTTCTGATTAAA
131 TTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTTCCTAAATTAATTTCTGATTAAA
* *
2865 TCGAAACCAGATATGGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGGTTA
196 TCGAAACCAGAT-TTGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTA
*
2930 GATGAATATAGATATTTT-ATGACTCTCGGTACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGATGCCCCT
260 GATGAATATAGATATTTTAACGACTCTCGGTACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGATGCCCCT
2994 AAACACGCG
325 AAACACGCG
** * *
3003 TTTTTAGCC-AAAACCGTGATGGAAATGTACATGATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAATTGACCC
1 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC
*
3067 GAAACATTTT
65 GAAATATTTT
3077 ATAAGATTAA
Statistics
Matches: 2351, Mismatches: 348, Indels: 88
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
329 40 0.02
330 109 0.05
331 70 0.03
332 285 0.12
333 675 0.29
334 134 0.06
335 813 0.35
336 222 0.09
337 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (333 bp):
TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCG
AAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATATAATTCAACGCAAAAAAG
TTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTTCCTAAATTAATTTCTGATTAAA
TCGAAACCAGATTTGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAG
ATGAATATAGATATTTTAACGACTCTCGGTACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGATGCCCCTA
AACACGCG
Found at i:1342 original size:668 final size:667
Alignment explanation
Indices: 1--3076 Score: 4694
Period size: 668 Copynumber: 4.6 Consensus size: 667
* * * *
1 TTTTTAGCCAAAAACCGTGACG-TTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAATTTGACCCG
1 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCG
* *
65 AAATATATTTTCTTAATTTTGGGCAAAAATACTCATAAAAAATATATATAATTCAACGCAAAAAA
66 AAATATTTTTTCTTAATTTTGGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATATAATTCAACGCAAAAAA
** **
130 GTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATAAAGTTTTCCAATTTTTTTCTAAATTAATTTCTGATTAA
131 GTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTCCCTAAATTAATTTCTGATTAA
*
195 ATCAAAACCAGATATTGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
196 ATCGAAACCAGATATTGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
* * * * * *
260 AGATGCATGTAGAAATTTTAACGAGTCTCGGTACTAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGATACCCC
261 AGATGAATATAGATATTTTAACGACTCTCGGTACTAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGATACCCC
* * * *
325 TAAGCACGCGTTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTGCACGATTTCGGCTAAAATATTTCAA
326 TAAACACTCG-TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAA
* *
390 AAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCATGATAATCAT-AAAAATATATAATTCAA
390 AAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAGATACTCATAAAAAATATATAATTCAA
* * *
454 AGCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTTTGACGTTTCTAATATTGTTCTTCCAATTTTTTCCTAAATTAA
455 ATCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTTTGACGTTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTCCTAAATTAA
* * * * * *
519 TTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTCAAATTCAATCTGGCT
520 TTTCTGATTAAATCGAAAAAAGATTTAGAGGCTCGTAAAAATAAATCCTCAAATCCAATCTGCCT
584 GAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATATTAAAGACTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGT
585 GAGATTTGGTTA-ATGAATATAGATATATTAAAGACTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGT
649 GTCGGTGCCCCGGAACGCA
649 GTCGGTGCCCCGGAACGCA
* *
668 TTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATGGACTCG
1 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCG
*
733 AAATATTTTTTCTTAATTTTGGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATATAAGTCAACGCAAAAAA
66 AAATATTTTTTCTTAATTTTGGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATATAATTCAACGCAAAAAA
*
798 GTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTCCCTAAATTAATTTCTGAGTAA
131 GTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTCCCTAAATTAATTTCTGATTAA
863 ATCGAAACCAGATATTGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
196 ATCGAAACCAGATATTGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
* * * * *
928 GGATGAATATAGATATTTTAATGACTCTTGGTACTAAGAATCATGCATAACTGAGCAGATACCCC
261 AGATGAATATAGATATTTTAACGACTCTCGGTACTAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGATACCCC
* *
993 TAAACACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACAGGATTTCGGTTAAAATTTTTCAAA
326 TAAACACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAA
*
1058 AATTGACCCGAAATATTTATCCTCAATTTTTTGGCCAAGATACTCATAAAAAATATATATAATTC
391 AATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAA-TTTTTGGCCAAGATACTCAT-AAAAA-ATATATAATTC
* * * * * *
1123 AACA-CAAAAAATTTTGAA-GGCATTTAATGTTTCTAATATCG-TTTTCCATTTTTTTCCTAAAT
453 AA-ATCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTTTGACGTTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTCCTAAAT
* ** * * * * *
1185 TAAATTCTGATTAAATCGAAACCATATAT-GAGTGCTCATAAAAACT-AATCATCAAATCCAATG
517 TAATTTCTGATTAAATCGAAAAAAGATTTAGAG-GCTCGTAAAAA-TAAATCCTCAAATCCAATC
* ** * * ** *
1248 TGGCTGAGATTTAATT-A-GAATATAGATATTTTAACGACTCTCGGTACCAAAAATCATGTAAAA
580 TGCCTGAGATTTGGTTAATGAATATAGATATATTAAAGACTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
* * * ** *
1311 CTGAGCCGATGCCCCTAAACACGCG
645 CTGTGTCGGTGCCCC-GGA-ACGCA
* *
1336 TTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-AGTTAGTATACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-TC
1 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGA-TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACT-
* * * * *
1399 CGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCTTAAAAAGTATATATAATTGAACGCAAAA
64 CGAAATATTTTTTCTTAATTTTGGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATATAATTCAACGCAAAA
* *
1464 AAGTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCATTTTCCAATTTTCCCCTAAATTAATTTCTGATT
129 AAGTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTCCCTAAATTAATTTCTGATT
* *
1529 AAATTGAAACCAGATATTGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGGGATTTGG
194 AAATCGAAACCAGATATTGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG
* *
1594 TTGGATGAATATAGATATTTTAACGACTCTTGGTACTAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGATACC
259 TTAGATGAATATAGATATTTTAACGACTCTCGGTACTAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGATACC
* * * * *
1659 CCTAAACACTCATTTTTAGTCAAAAATCGTGATAGTTAGTACAGGATTTCGGCTAAAATTTTTCA
324 CCTAAACACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCA
1724 AAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAGATACTCATAAAAAATATATAATTCA
389 AAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAGATACTCATAAAAAATATATAATTCA
*
1789 AATCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTTTGACGTTTCTAATATAGTTTTTCCAATTTTTTCCTAAATTA
454 AATCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTTTGACGTTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTCCTAAATTA
* *
1854 ATTTCTGATTAAATCGAAAAAAGATTTAGAGACTCGTAAAAATAAATCCTCAAATTCAATCTGCC
519 ATTTCTGATTAAATCGAAAAAAGATTTAGAGGCTCGTAAAAATAAATCCTCAAATCCAATCTGCC
1919 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATATTAAAGACTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTG
584 TGAGATTTGGTTA-ATGAATATAGATATATTAAAGACTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTG
1984 TGTCGGTGCCCCGGAACGCA
648 TGTCGGTGCCCCGGAACGCA
* *
2004 TTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATGGACTCG
1 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCG
*
2069 AAATATTTTTTCTTAATTTTGGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATATAATTCAACGCAGAAAA
66 AAATATTTTTTCTTAATTTTGGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATATAATTCAACGCAAAAAA
* ** *
2134 GTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCATTTTCCAATTTTTTTCTAAACTAATTTCTGATTAA
131 GTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTCCCTAAATTAATTTCTGATTAA
**
2199 ATCGAAACCAGATATTGATGCTCATAAAAACTAATCAAAAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
196 ATCGAAACCAGATATTGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
* * * * *
2264 AGATGAATGTAGAAATTTTAACGAGTATCGGTACTAAAAATCATGCGAAACTGAGCAGATACCCC
261 AGATGAATATAGATATTTTAACGACTCTCGGTACTAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGATACCCC
2329 TAAACACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAA
326 TAAACACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAA
2394 AATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAGATACTCATAAAAAATATATAATTCAAA
391 AATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAGATACTCATAAAAAATATATAATTCAAA
* *
2459 TCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTTTGACCTTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCTAAATTAAT
456 TCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTTTGACGTTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTCCTAAATTAAT
2524 TTCTGATTAAATCGAAAAAAGATTTAGAGGCTCGTAAAAATAAATCCTCAAATCCAATCTGCCTG
521 TTCTGATTAAATCGAAAAAAGATTTAGAGGCTCGTAAAAATAAATCCTCAAATCCAATCTGCCTG
*
2589 AGATTTGGTTAGATGAATATAGATATATTAAAGACTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGTG
586 AGATTTGGTTA-ATGAATATAGATATATTAAAGACTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGTG
2654 TCGGTGCCCCGGAACGCA
650 TCGGTGCCCCGGAACGCA
* ** * *
2672 TTTTTAGCCAAAAACCGTAAT-AGTTAGTATTCGATTTCAGCTAAAATTTTACAAAAATTGA-TC
1 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGA-TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACT-
* *
2735 CGAAATA-TTTTTCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCAT-AAAAATATATATAATTGAACGCAAAA
64 CGAAATATTTTTTCTTAATTTTGGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATATAATTCAACGCAAAA
*
2798 AAGTTTGAAGGCGTTTTATGTTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTT-CCTAAATTAATTTCTGATT
129 AAGTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTCCCTAAATTAATTTCTGATT
* *
2862 AAATCGAAACCAGATATGGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGG
194 AAATCGAAACCAGATATTGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG
* * * *
2927 TTAGATGAATATAGATATTTT-ATGACTCTCGGTACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGATGCC
259 TTAGATGAATATAGATATTTTAACGACTCTCGGTACTAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGATACC
* ** * * *
2991 CCTAAACACGCGTTTTTAGCC-AAAACCGTGATGGAAATGTACATGATTTCGGCTAAAATATTGC
324 CCTAAACACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTC
*
3055 AAAAATTGACCCGAAACATTTT
388 AAAAATTGACCCGAAATATTTT
3077 ATAAGATTAA
Statistics
Matches: 2192, Mismatches: 192, Indels: 53
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
663 14 0.01
664 101 0.05
665 122 0.06
666 145 0.07
667 231 0.11
668 1392 0.64
669 85 0.04
670 76 0.03
671 25 0.01
672 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (667 bp):
TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCG
AAATATTTTTTCTTAATTTTGGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATATAATTCAACGCAAAAAA
GTTTGAAGGCGTTTAATGTTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTCCCTAAATTAATTTCTGATTAA
ATCGAAACCAGATATTGATGCTCATAAAAACTAATCATCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
AGATGAATATAGATATTTTAACGACTCTCGGTACTAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGATACCCC
TAAACACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAA
AATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAGATACTCATAAAAAATATATAATTCAAA
TCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTTTGACGTTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTCCTAAATTAAT
TTCTGATTAAATCGAAAAAAGATTTAGAGGCTCGTAAAAATAAATCCTCAAATCCAATCTGCCTG
AGATTTGGTTAATGAATATAGATATATTAAAGACTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGTGT
CGGTGCCCCGGAACGCA
Found at i:6747 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 6720--6780 Score: 113
Period size: 24 Copynumber: 2.5 Consensus size: 24
6710 TTGTGGCGAT
*
6720 CATAAGCAGGACTCCGAGCCCTAC
1 CATAATCAGGACTCCGAGCCCTAC
6744 CATAATCAGGACTCCGAGCCCTAC
1 CATAATCAGGACTCCGAGCCCTAC
6768 CATAATCAGGACT
1 CATAATCAGGACT
6781 AGGTCGCCTG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 36 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.34, G:0.18, T:0.16
Consensus pattern (24 bp):
CATAATCAGGACTCCGAGCCCTAC
Found at i:13783 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 13740--13783 Score: 54
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
13730 ATTAAAAAAA
**
13740 GAAAAGACAAAGTCGAGGAATTT
1 GAAAAGACAAAGTCGAAAAATTT
*
13763 GAAAAG-CAAATTCGAAAAATT
1 GAAAAGACAAAGTCGAAAAATT
13784 CCAGTGAGTG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 1
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
22 12 0.67
23 6 0.33
ACGTcount: A:0.52, C:0.09, G:0.20, T:0.18
Consensus pattern (23 bp):
GAAAAGACAAAGTCGAAAAATTT
Done.