Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01012665.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12698, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 93597
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.17, T:0.31
Found at i:650 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 621--3024 Score: 2121
Period size: 26 Copynumber: 85.0 Consensus size: 26
611 TCAATTGTTT
*
621 TGCAACTATAT-ACCCCGTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCC-TACTGAATA
647 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
* **
673 TGCAACTATACGAGCTATACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
* *
699 TGCAACTATATGAGTCCTACTGAACA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
* * ** **
725 TTCAATTATATGCCCCCTACTGAAGG
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
*
751 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAAGA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
* *
777 TGCAACTATATGAACCCTACTGAACA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
*
803 TGCAAC--TATG-TCCCATACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCC-TACTGAATA
827 TGCAA-TATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
852 TGCAACTATATG-GCCCTTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCC-TACTGAATA
878 TGCAACTATATG-GCCCTTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCC-TACTGAATA
**
904 TGCAACTATATGCCCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
**
930 TGCAACTATATGCCCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
**
956 TGCAACTATATGCCCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
*
982 TGCAACTATATG-GCCCCAACTGAATA
1 TGCAACTATATGAG-CCCTACTGAATA
*
1008 TTCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
*
1034 TGCAACTATATGAGTCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
* ** * *
1060 TGCAATTATATGCCCCCTAATGAAGA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
* *
1086 TGCAACTATATGTGCCCTACTGAAGA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
* *
1112 TGCAACTATTTGAGCCCAACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
* **
1138 TGCAACAATATGTCCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1164 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1190 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
*
1216 TGCAACTATATGACCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1242 TGCAACTATATGGTATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
*
1273 TGCAACTATATAAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
*
1299 TGCAACTATATGATATGAGTCCTACTGAATA
1 TGCAAC----T-ATATGAGCCCTACTGAATA
* *
1330 TGCAACTATATGAGTCCTACAGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1356 TGCAACTATATGGTATGACCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATAT-G-A-G--CCCTACTGAATA
1387 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
*
1413 TGCAACTATATGAGCCCTATTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1439 TGCAACTATATGTTATGAGCCCTACTGAATATA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTG-A-ATA
*
1472 TGCAACTATATGGGATGAGCCCTACTAAATA
1 TGCAAC--TAT---ATGAGCCCTACTGAATA
1503 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
*
1529 TGCAACTATATGATATGAGCCCTACTAAATA
1 TGCAAC----T-ATATGAGCCCTACTGAATA
1560 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1586 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1612 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1638 TGCAACTAGATGATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAAC----T-ATATGAGCCCTACTGAATA
* *
1669 TGTAACTATATGGATTGAGCCCTACTAAATA
1 TGCAAC--TAT--A-TGAGCCCTACTGAATA
*
1700 TACAACTATATGATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAAC----T-ATATGAGCCCTACTGAATA
1731 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1757 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1783 TGCAACTATATGCTATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
* *
1814 TGCAACTATATGTTATGAGCCCTATTGATTA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
*
1845 TGCAAATATATGCTATGAGCCCTACTGAATA
1 TGC-AA-CTA---TATGAGCCCTACTGAATA
*
1876 TGCAACTATATGGAATGAGCCCTATTGAATA
1 TGCAAC--TAT---ATGAGCCCTACTGAATA
*
1907 TGCAAATATATGCTATGAGCCCTACTGAATA
1 TGC-AA-CTA---TATGAGCCCTACTGAATA
1938 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1964 TGCAACTATATGGTATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
1995 TGCAACTATATGTTATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
2026 TGCAACTATATGCTATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
* *
2057 TGCAACTATATGTTATGAGCACTACTGATTA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
*
2088 TGCAAATATATGCTATGAGCCCTACTGAATA
1 TGC-AA-CTA---TATGAGCCCTACTGAATA
*
2119 TGCAACTATATGGTATGAGTCCTACTGAATA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
*
2150 TGCAACTATATGGTATGAGTCCTACTGAATA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
*
2181 TGCAACTATATGAGTCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
2207 TGCAACTATATGCTATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
** *
2238 TGCAACTATATGTTATGAGTTCTACTCAATA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
*
2269 TGCAACTATATGTTATGAGCCCTACTGATTA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
*
2300 TGCAAATATATGCTATGAGCCCTACTGAATA
1 TGC-AA-CTA---TATGAGCCCTACTGAATA
2331 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
2357 TGCAACTATATGGTATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
*
2388 TGCAACTATATGGTATGAGCCATACTGAATA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
*
2419 TGTAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
*
2445 TGCAACTATATGCTATGAGCCCTATTGAATA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
* *
2476 TGTAATTATATGTTATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAA--CTA---TATGAGCCCTACTGAATA
* *
2507 TGCAACTATATGTTATGAGTCATACTGAATA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
*
2538 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAAAA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
2564 TGCAACTATATGCTATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
* *
2595 TGCAACTATATGTTATGAGCCCTATTGATTA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
*
2626 TGCAAATATATGCTATGACCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATG--A-G--CCCTACTGAATA
2657 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
*
2683 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATG
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
2709 TGCAACTATATGGTATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
2740 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
* *
2766 TGCAACTATATGATATGAGTCATACTGAATA
1 TGCAAC----T-ATATGAGCCCTACTGAATA
2797 TGCAACTATATGGTATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
2828 TGCAACTATATGGTATGATCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATAT-G-A-G--CCCTACTGAATA
2859 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
*
2885 TGCAACTATATGATATGAGTCCTACTGAATA
1 TGCAAC----T-ATATGAGCCCTACTGAATA
2916 TGCAACTATATGGTATGAGCCCCTACTGAATA
1 TGCAAC--TA---TATGAG-CCCTACTGAATA
* * *
2948 TGCAACTATATATGGGTCTTACTGAATA
1 TGCAAC--TATATGAGCCCTACTGAATA
*
2976 TGCAACTATAT--GCCCTACTGAAGA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
*
3000 TGCAACTATATG-CCTCCTACTGAAT
1 TGCAACTATATGAGC-CCTACTGAAT
3025 GATCTATATG
Statistics
Matches: 2088, Mismatches: 153, Indels: 274
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
23 3 0.00
24 38 0.02
25 23 0.01
26 950 0.45
27 13 0.01
28 45 0.02
29 40 0.02
30 17 0.01
31 896 0.43
32 32 0.02
33 28 0.01
34 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.21, G:0.16, T:0.29
Consensus pattern (26 bp):
TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
Found at i:755 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 621--3024 Score: 2121
Period size: 88 Copynumber: 28.3 Consensus size: 78
611 TCAATTGTTT
* *
621 TGCAACTATAT-ACCCCGTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATACG
1 TGCAACTATATGAGCCC-TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
**
685 AGCTATACTGAATA
65 AGCCCTACTGAATA
* * * * ** **
699 TGCAACTATATGAGTCCTACTGAACATTCAATTATATGCCCCCTACTGAAGGTGCAACTATATGA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGA
*
764 GCCCTACTGAAGA
66 GCCCTACTGAATA
* * *
777 TGCAACTATATGAACCCTACTGAACATGCAAC--TATG-TCCCATACTGAATATGCAA-TATATG
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC-TACTGAATATGCAACTATATG
838 AGCCCTACTGAATA
65 AGCCCTACTGAATA
852 TGCAACTATATG-GCCCTTACTGAATATGCAACTATATG-GCCCTTACTGAATATGCAACTATAT
1 TGCAACTATATGAGCCC-TACTGAATATGCAACTATATGAGCCC-TACTGAATATGCAACTATAT
**
915 GCCCCCTACTGAATA
64 GAGCCCTACTGAATA
** **
930 TGCAACTATATGCCCCCTACTGAATATGCAACTATATGCCCCCTACTGAATATGCAACTATATG-
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGA
*
994 GCCCCAACTGAATA
66 G-CCCTACTGAATA
* * * *
1008 TTCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGTCCTACTGAATATGCAATTATATGC
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGA
* * *
1073 CCCCTAATGAAGA
66 GCCCTACTGAATA
* * * * * *
1086 TGCAACTATATGTGCCCTACTGAAGATGCAACTATTTGAGCCCAACTGAATATGCAACAATATGT
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGA
*
1151 CCCCTACTGAATA
66 GCCCTACTGAATA
1164 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGA
*
1229 CCCCTACTGAATA
66 GCCCTACTGAATA
*
1242 TGCAACTATATGGTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATAAGCCCTACTGAATATGCAACTA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--
*
1307 TATGATATGAGTCCTACTGAATA
59 --T-ATATGAGCCCTACTGAATA
* *
1330 TGCAACTATATGAGTCCTACAGAATATGCAACTATATGGTATGACCCCTACTGAATATGCAACTA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-G-A-G--CCCTACTGAATATGCAACTA
1395 TATGAGCCCTACTGAATA
61 TATGAGCCCTACTGAATA
*
1413 TGCAACTATATGAGCCCTATTGAATATGCAACTATATGTTATGAGCCCTACTGAATATATGCAAC
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTG-A-ATATGCAAC
*
1478 TATATGGGATGAGCCCTACTAAATA
59 --TAT---ATGAGCCCTACTGAATA
*
1503 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGATATGAGCCCTACTAAATATGCAACTA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC----T-ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTA
1568 TATGAGCCCTACTGAATA
61 TATGAGCCCTACTGAATA
1586 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTAGATGA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC----T-A
1651 TATGAGCCCTACTGAATA
61 TATGAGCCCTACTGAATA
* * *
1669 TGTAACTATATGGATTGAGCCCTACTAAATATACAACTATATGATATGAGCCCTACTGAATATGC
1 TGCAAC--TAT--A-TGAGCCCTACTGAATATGCAAC----T-ATATGAGCCCTACTGAATATGC
1734 AACTATATGAGCCCTACTGAATA
56 AACTATATGAGCCCTACTGAATA
1757 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGCTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--
* *
1822 TATGTTATGAGCCCTATTGATTA
59 TA---TATGAGCCCTACTGAATA
* *
1845 TGCAAATATATGCTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGGAATGAGCCCTATTGAATATGC
1 TGC-AA-CTA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TAT---ATGAGCCCTACTGAATATGC
*
1910 AAATATATGCTATGAGCCCTACTGAATA
56 -AA-CTA---TATGAGCCCTACTGAATA
1938 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--
2003 TATGTTATGAGCCCTACTGAATA
59 TA---TATGAGCCCTACTGAATA
* *
2026 TGCAACTATATGCTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTTATGAGCACTACTGATTATGC
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGC
*
2091 AAATATATGCTATGAGCCCTACTGAATA
56 -AA-CTA---TATGAGCCCTACTGAATA
* *
2119 TGCAACTATATGGTATGAGTCCTACTGAATATGCAACTATATGGTATGAGTCCTACTGAATATGC
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGC
*
2184 AACTATATGAGTCCTACTGAATA
56 AACTATATGAGCCCTACTGAATA
** *
2207 TGCAACTATATGCTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTTATGAGTTCTACTCAATATGC
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGC
*
2272 AACTATATGTTATGAGCCCTACTGATTA
56 AAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATA
*
2300 TGCAAATATATGCTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTA
1 TGC-AA-CTA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--
2365 TATGGTATGAGCCCTACTGAATA
59 TA---TATGAGCCCTACTGAATA
* *
2388 TGCAACTATATGGTATGAGCCATACTGAATATGTAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTA
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--
*
2453 TATGCTATGAGCCCTATTGAATA
59 TA---TATGAGCCCTACTGAATA
* * * *
2476 TGTAATTATATGTTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTTATGAGTCATACTGAATATGC
1 TGCAA--CTA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGC
*
2541 AACTATATGAGCCCTACTGAAAA
56 AACTATATGAGCCCTACTGAATA
* *
2564 TGCAACTATATGCTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTTATGAGCCCTATTGATTATGC
1 TGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGC
*
2629 AAATATATGCTATGACCCCTACTGAATA
56 AACTATATG--A-G--CCCTACTGAATA
*
2657 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATGTGCAACTATATGG
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA---
2722 TATGAGCCCTACTGAATA
61 TATGAGCCCTACTGAATA
* *
2740 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGATATGAGTCATACTGAATATGCAACTA
1 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC----T-ATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--
2805 TATGGTATGAGCCCTACTGAATA
59 TA---TATGAGCCCTACTGAATA
2828 TGCAACTATATGGTATGATCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTA
1 TGCAACTATAT-G-A-G--CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--
*
2893 TATGATATGAGTCCTACTGAATA
59 --T-ATATGAGCCCTACTGAATA
* * *
2916 TGCAACTATATGGTATGAGCCCCTACTGAATATGCAACTATATATGGGTCTTACTGAATATGCAA
1 TGCAAC--TA---TATGAG-CCCTACTGAATATGCAAC--TATATGAGCCCTACTGAATATGCAA
*
2981 CTATAT--GCCCTACTGAAGA
58 CTATATGAGCCCTACTGAATA
*
3000 TGCAACTATATG-CCTCCTACTGAAT
1 TGCAACTATATGAGC-CCTACTGAAT
3025 GATCTATATG
Statistics
Matches: 2033, Mismatches: 159, Indels: 268
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
74 3 0.00
75 48 0.02
76 16 0.01
77 22 0.01
78 417 0.21
79 14 0.01
80 3 0.00
81 3 0.00
82 3 0.00
83 311 0.15
84 20 0.01
85 21 0.01
86 17 0.01
87 12 0.01
88 635 0.31
89 24 0.01
90 77 0.04
91 38 0.02
92 9 0.00
93 334 0.16
94 6 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.21, G:0.16, T:0.29
Consensus pattern (78 bp):
TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGA
GCCCTACTGAATA
Found at i:1265 original size:31 final size:30
Alignment explanation
Indices: 834--2987 Score: 2311
Period size: 31 Copynumber: 75.0 Consensus size: 30
824 ATATGCAATA
834 TATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
860 TATG-GCCCTTACTGAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCC-TACTGAATATGCAACTATATG
886 TATG-GCCCTTACTGAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCC-TACTGAATATGCAACTATATG
**
912 TATGCCCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
**
938 TATGCCCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
**
964 TATGCCCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
* * *
994 ---G-CCCCAACTGAATATTCAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1016 TATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
*
1042 TATGAGTCCTACTGAATATGCAA-T-TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
** * *
1068 TATGCCCCCTAATGAAGATGCAACTATATG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
*
1098 --T--GCCCTACTGAAGATGCAAC--TAT-
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
*
1121 T-TGAGCCCAACTGAATATGCAAC-A-A--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
**
1146 TATGTCCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1172 TATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1198 TATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
*
1224 TATGACCCCTACTGAATATGCAACTATATGG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-G
1255 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1283 TA--AGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
*
1311 ATATGAGTCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
* *
1338 TATGAGTCCTACAGAATATGCAACTATATGG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-G
*
1369 TATGACCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1395 TATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
*
1421 TATGAGCCCTATTGAATATGCAACTATATG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1451 TTATGAGCCCTACTGAATATATGCAACTATATGG
1 -TATGAGCCCTACTG-A-ATATGCAACTATAT-G
* *
1485 GATGAGCCCTACTAAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1511 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
*
1541 ATATGAGCCCTACTAAATATGCAAC--TA--
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1568 TATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1594 TATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
*
1620 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTAGATG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
*
1650 ATATGAGCCCTACTGAATATGTAACTATATG
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
* * *
1681 GATTGAGCCCTACTAAATATACAACTATATG
1 TA-TGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1712 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1739 TATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1765 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1795 CTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
* * *
1826 TTATGAGCCCTATTGATTATGCAAATATATG
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1857 CTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGG
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-G
* * *
1889 AATGAGCCCTATTGAATATGCAAATATATG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1919 CTATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1946 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-G
1977 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
2007 TTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
2038 CTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
* * *
2069 TTATGAGCACTACTGATTATGCAAATATATG
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
2100 CTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGG
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-G
*
2132 TATGAGTCCTACTGAATATGCAACTATATGG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-G
*
2163 TATGAGTCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
*
2189 TATGAGTCCTACTGAATATGCAACTATATG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
2219 CTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
** *
2250 TTATGAGTTCTACTCAATATGCAACTATATG
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
* *
2281 TTATGAGCCCTACTGATTATGCAAATATATG
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
2312 CTATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
2339 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-G
2370 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-G
* *
2401 TATGAGCCATACTGAATATGTAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
2427 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
* * *
2457 CTATGAGCCCTATTGAATATGTAATTATATG
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
2488 TTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
* *
2519 TTATGAGTCATACTGAATATGCAAC--TA--
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
*
2546 TATGAGCCCTACTGAAAATGCAACTATATG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
2576 CTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
* * *
2607 TTATGAGCCCTATTGATTATGCAAATATATG
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
*
2638 CTATGACCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
2665 TATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
*
2691 TATGAGCCCTACTGAATGTGCAACTATATGG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-G
2722 TATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
2748 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
* *
2778 ATATGAGTCATACTGAATATGCAACTATATGG
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-G
2810 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-G
*
2841 TATGATCCCTACTGAATATGCAAC--TA--
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
2867 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
*
2897 ATATGAGTCCTACTGAATATGCAACTATATGG
1 -TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-G
2929 TATGAGCCCCTACTGAATATGCAACTATA--
1 TATGAG-CCCTACTGAATATGCAACTATATG
* * *
2958 TATGGGTCTTACTGAATATGCAACTATATG
1 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
2988 CCCTACTGAA
Statistics
Matches: 1894, Mismatches: 124, Indels: 216
0.85 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
24 6 0.00
25 6 0.00
26 775 0.41
27 5 0.00
28 54 0.03
29 33 0.02
30 3 0.00
31 957 0.51
32 28 0.01
33 26 0.01
34 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.21, G:0.16, T:0.30
Consensus pattern (30 bp):
TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
Found at i:1280 original size:57 final size:56
Alignment explanation
Indices: 638--3011 Score: 2337
Period size: 57 Copynumber: 41.8 Consensus size: 56
628 ATATACCCCG
* **
638 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--TACGAGCTA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
* * * **
690 TACTGAATATGCAACTATATGAGTCCTACTGAACATTCAA-T-TA--TATGCCCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
** *
742 TACTGAAGGTGCAACTATATGAGCCCTACTGAAGATGCAACTATATG-A--A-CCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
* *
794 TACTGAACATGCAAC--TATG-TCCCATACTGAATATGC-A--ATA--TATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCC-TACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
843 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCCTTACTGAATATGCAAC--TA--TATG-GCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCC-TACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
** **
894 TTACTGAATATGCAACTATATGCCCCCTACTGAATATGCAAC--TA--TATGCCCCC
1 -TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
** *
947 TACTGAATATGCAACTATATGCCCCCTACTGAATATGCAACTATATG---G-CCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
* * *
999 AACTGAATATTCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--TATGAGTCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
* ** * *
1051 TACTGAATATGCAATTATATGCCCCCTAATGAAGATGCAACTATATG--T--GCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
* * * **
1103 TACTGAAGATGCAACTATTTGAGCCCAACTGAATATGCAAC-A-A--TATGTCCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
1155 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--TATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
*
1207 TACTGAATATGCAACTATATGACCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-GTATGAGCCC
* *
1264 TACTGAATATGCAACTATATAAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGATATGAGTCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG-TATGAGCCC
* * *
1321 TACTGAATATGCAACTATATGAGTCCTACAGAATATGCAACTATATGGTATGACCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-GTATGAGCCC
1378 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--TATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
* *
1430 TATTGAATATGCAACTATATGTTATGAGCCCTACTGAATATATGCAACTATATGGGATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTG-A-ATATGCAACTATAT-GTATGAGCCC
*
1494 TACTAAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGATATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG-TATGAGCCC
*
1551 TACTAAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--TATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
*
1603 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTAGATGATATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG-TATGAGCCC
* * *
1660 TACTGAATATGTAACTATATGGATTGAGCCCTACTAAATATACAACTATATGATATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAAC--TAT--A-TGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG-TATGAGCCC
1722 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--TATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
1774 TACTGAATATGCAACTATATGCTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTTATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG-TATGAGCCC
* * * *
1836 TATTGATTATGCAAATATATGCTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGGAATGAGCCC
1 TACTGAATATGC-AA-CTA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-GTATGAGCCC
* *
1898 TATTGAATATGCAAATATATGCTATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--TA--TATGAGCCC
1 TACTGAATATGC-AA-CTA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
1955 TACTGAATATGCAACTATATGGTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTTATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG-TATGAGCCC
*
2017 TACTGAATATGCAACTATATGCTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTTATGAGCAC
1 TACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG-TATGAGCCC
* * *
2079 TACTGATTATGCAAATATATGCTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTATGAGTCC
1 TACTGAATATGC-AA-CTA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-GTATGAGCCC
* *
2141 TACTGAATATGCAACTATATGGTATGAGTCCTACTGAATATGCAAC--TA--TATGAGTCC
1 TACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
**
2198 TACTGAATATGCAACTATATGCTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTTATGAGTTC
1 TACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG-TATGAGCCC
* * *
2260 TACTCAATATGCAACTATATGTTATGAGCCCTACTGATTATGCAAATATATGCTATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG-TATGAGCCC
2322 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-GTATGAGCCC
* *
2379 TACTGAATATGCAACTATATGGTATGAGCCATACTGAATATGTAAC--TA--TATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
* * *
2436 TACTGAATATGCAACTATATGCTATGAGCCCTATTGAATATGTAATTATATGTTATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG-TATGAGCCC
* *
2498 TACTGAATATGCAACTATATGTTATGAGTCATACTGAATATGCAAC--TA--TATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
*
2555 TACTGAAAATGCAACTATATGCTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTTATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG-TATGAGCCC
* * *
2617 TATTGATTATGCAAATATATGCTATGACCCCTACTGAATATGCAAC--TA--TATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATG--A-G--CCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
*
2674 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATGTGCAACTATATGGTATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-GTATGAGCCC
* *
2731 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGATATGAGTCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG-TATGAGCCC
*
2788 TACTGAATATGCAACTATATGGTATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTATGATCCC
1 TACTGAATATGCAAC--TA---TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-GTATGAGCCC
*
2850 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGATATGAGTCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG-TATGAGCCC
* * *
2907 TACTGAATATGCAACTATATGGTATGAGCCCCTACTGAATATGCAACTATA--TATGGGTCT
1 TACTGAATATGCAAC--TA---TATGAG-CCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
*
2967 TACTGAATATGCAACTATAT--GCCCTACTGAAGATGCAACTATATG
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
3012 CCTCCTACTG
Statistics
Matches: 2042, Mismatches: 144, Indels: 270
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
46 1 0.00
47 3 0.00
48 1 0.00
49 21 0.01
50 19 0.01
51 25 0.01
52 519 0.25
53 9 0.00
54 17 0.01
55 11 0.01
56 6 0.00
57 705 0.35
58 7 0.00
59 43 0.02
60 42 0.02
61 5 0.00
62 558 0.27
63 29 0.01
64 21 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.21, G:0.16, T:0.29
Consensus pattern (56 bp):
TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTATGAGCCC
Found at i:3002 original size:24 final size:26
Alignment explanation
Indices: 2937--3023 Score: 97
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 26
2927 GGTATGAGCC
* **
2937 CCTACTGAATATGCAACTATATATGGGT
1 CCTACTGAAGATGCAAC--TATATGCCT
* *
2965 CTTACTGAATATGCAACTATATG-C-
1 CCTACTGAAGATGCAACTATATGCCT
2989 CCTACTGAAGATGCAACTATATGCCT
1 CCTACTGAAGATGCAACTATATGCCT
3015 CCTACTGAA
1 CCTACTGAA
3024 TGATCTATAT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 4, Indels: 6
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
24 21 0.40
25 1 0.02
26 15 0.28
28 16 0.30
ACGTcount: A:0.32, C:0.23, G:0.15, T:0.30
Consensus pattern (26 bp):
CCTACTGAAGATGCAACTATATGCCT
Found at i:10589 original size:337 final size:333
Alignment explanation
Indices: 9880--12255 Score: 2775
Period size: 337 Copynumber: 7.2 Consensus size: 333
9870 AAATTTTAGC
** * *
9880 AAAATTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTAAATTAA-AATCACGGTTTTT
1 AAAATTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
* * * * *
9944 GGCTGAAAACGCGTTTCGGGACCCTGACTCAGATTTCCATGATTTTTTGCAGAAAGACTCCTCGA
66 GGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTCGA
**** * *
10009 AATATCCGCATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTACA-GATTTGTTTTTACGAGCA
131 AATATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTA-AGGATTTATTTTTACGAGCA
* *
10073 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAGAAATAAATTCAGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAG
195 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAG
* *
10138 CGTGAAAAACATTATAATTTTTTT-TGGTTGAATTATATGATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAA
260 CGTGAAAAACCTTATAATTTTTTTGTCGTTGAATTATATGATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAA
10202 ATTGGGGAA
325 ATTGGGGAA
* * * *
10211 AAAATTATCGGGTCAGTTTTTTACAAAATATTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
1 AAAATTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
* * * * * *
10276 GGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCTCTTG-GTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAAAAAAGACTCCTCT
66 GGCTAAAAACGCGTTTCGGGGC-CCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTCG
* * * * * *
10340 AAATATATATATTCATCTAATCAAGTCTTAGTCACAATGGATTTAAGGATTTATTTTTACCAGTA
130 AAATATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCA
* * * *
10405 TCTGAATTTTGTTTTTCGATTTAGTTAAAAATAAATTCAGAAAAAAAAATGGAAAACCGATATTA
195 TCTGAATCTTG--TTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAG--AAAAAAATGGAAAAACGATATTA
* * *
10470 GAAGCGTGAAAAACATTAAAATTTTTTTGTTGTTGAATTATATGGA-TTTTCTGAGTATTGTGGC
256 GAAGCGTGAAAAACCTTATAATTTTTTTGTCGTTGAATTATAT-GATTTTTCTGAGTATTGTGGC
*
10534 AAAAAATTGGTGAA
320 AAAAAATTGGGGAA
* * **
10548 AAAATTATCGGGTCAGTTTTTTACAAAATTTTAATCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
1 AAAATTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
* * * *
10613 GGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCTCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAAGAAAGACTCCTCGA
66 GGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTCGA
* * * * *
10678 AATATATATATTCATCTAATCAAGTCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTATTTTTACCAGTAT
131 AATATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCAT
* *
10743 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCATAAAAAAAAATAG-AAAACGATATTAGAA
196 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC--AGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAA
* * * *
10807 GCGTGAAAAACCCT-TCATTATTTTTGGCGTTGAATTATATGATTTTTCTAAGTATTGTGGCAAA
259 GCGTGAAAAACCTTATAATT-TTTTTGTCGTTGAATTATATGATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAA
10871 AAATTGGGGAA
323 AAATTGGGGAA
* *
10882 AAAATTTTCGGGTAAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTCTACTAACCATCACGGTTTTT
1 AAAATTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
* * * * *
10947 GGTTAAAAATGCGTTTCGTGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGGCAGAAAGACTTCTTG
66 GGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGGCAGAAAGACTCCTCG
* * * *
11012 AAATATCTATATTCATCTCATCAAATATCTCAGCCACAATGGATTTACGGATTTATTTTTACGAG
130 AAATATATATATTCATCT-AACCAA-ATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTATTTTTACGAG
* * * ** ** *
11077 TATCTGAATCTTCTTTCGATTTAATTCGAAATGTATTGTGGCAAAAAATGGAAAAACGATATTAG
193 CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATT-CAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAG
* * * * * *
11142 AAGCATGAAAAACCCTAAAATATTTTTGGCATTGAATTATATGATTTTTCTGAGTATTGTGGCAA
257 AAGCGTGAAAAACCTTATAATTTTTTTGTCGTTGAATTATATGATTTTTCTGAGTATTGTGGC-A
*
11207 AAAAAAT-GGGAA
321 AAAAATTGGGGAA
* * *
11219 AAAATTTTTCGAGTCAGTTTTTTGCAAAATTTGAGCCGAAATCGTGTACTAAGCATCACGGTTTT
1 AAAA-TTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
* * * *
11284 TGGCTGAAAACGAGTTTCGAGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCAGAAAGACTCCTCG
65 TGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTCG
* ** * * *
11349 AAATATCTGCAATCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTACA-GATTTGTTTTTACGAGC
130 AAATATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTA-AGGATTTATTTTTACGAGC
*
11413 ATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAA
194 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAA
* * *
11478 GCGTGAAAAACATTATAATTTTTTTGTTGTTGAATTATATGATTTTTCTGAGTTTTGTGGCAAAA
259 GCGTGAAAAACCTTATAATTTTTTTGTCGTTGAATTATATGATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAA
11543 AATTGGGGAA
324 AATTGGGGAA
* * * *
11553 AAACTTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTGT
1 AAAATTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
* * *** * * *
11618 GGCTAAAAACGCGTTTCGAGACCCT-ACCTCTA-TTTTGCATGATTTTACACGGAAAGACTGCTT
66 GGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCTGA-CTC-AGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTC
* * * * * * *
11681 GAAATATATATATTCAGCTAA-CAAATCTCACCCACATTGAATTTACGGGTTTGTTTTTACGAGC
129 GAAATATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTATTTTTACGAGC
* * * * * * * *
11745 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-TGGAAAAAAGGGAAAAACAAAATAATAA
194 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAA
* * * * * * *
11809 GCGTGAAAACCCTT-CAATTGTTTTGACGTTTAATTATAT-ATTTTTTCTGAGTATTTTGGCAAG
259 GCGTGAAAAACCTTATAATTTTTTTGTCGTTGAATTATATGA-TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAA
* **
11872 GAATTGAAG-A
323 AAATTGGGGAA
* * * **
11882 AAAATTTTCCGGGTCAG-----T------TTTTAGCTGAAATGGTGTA-T----ATTACTATTTT
1 AAAATTTT-CGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
* * * * * * * * *
11931 TCGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCGCTGTCTCTGTTTTGAATGACTTTTGGCAGAAAGACGCCTCG
65 TGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTCG
* * * *
11996 AAATATTTGTATTCATCTAACCAAAATCTCATCCACAATGGATTTACGGATTTATTTTTACGAGC
130 AAATATATATATTCATCTAACC-AAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTATTTTTACGAGC
* **
12061 ATCTGAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATAAATTCAGAAAAATTTGGAAAAACGATATTAGAA
194 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAA
* * ** * *
12126 GCATGAAAAACCCTATAATACTTTTGTCGTTGAATTATATGATTTTACTAAGTATTGTGGCAAAA
259 GCGTGAAAAACCTTATAATTTTTTTGTCGTTGAATTATATGATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAA
12191 AATT-GGGAA
324 AATTGGGGAA
* *
12200 AAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTATACTAACCAT
1 AAAA-TTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAT
12256 ATGTCCCCTA
Statistics
Matches: 1743, Mismatches: 248, Indels: 105
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
314 71 0.04
315 1 0.00
316 71 0.04
317 31 0.02
318 56 0.03
319 21 0.01
323 1 0.00
325 1 0.00
329 26 0.01
330 54 0.03
331 78 0.04
332 195 0.11
333 136 0.08
334 282 0.16
335 134 0.08
336 65 0.04
337 416 0.24
338 104 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (333 bp):
AAAATTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
GGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTCGA
AATATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCAT
CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGC
GTGAAAAACCTTATAATTTTTTTGTCGTTGAATTATATGATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAA
TTGGGGAA
Found at i:11222 original size:671 final size:660
Alignment explanation
Indices: 9880--12255 Score: 2846
Period size: 671 Copynumber: 3.6 Consensus size: 660
9870 AAATTTTAGC
* ** * *
9880 AAAATTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTAAATTAAAATCACGGTTTTTG
1 AAAATTTTCGGGTCAGTTTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTG
* * * * * *
9945 GCTGAAAACGCGTTTCGGGACCCTGACTCAGATTTCCATGATTTTTTGCAGAAAGACTCCTCGAA
66 GCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTCGAA
* * *
10010 ATATCCGCATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTACAGATTTGTTTTTACGAGCATC
131 ATATCTGCATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTACAGATTTATTTTTACGAGCATC
* *
10075 TGAATCTTGTTTCGATTTAATAAGAAATAAATTCAGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCG
196 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCG
* * *
10140 TGAAAAACATTATAATTTTTTTTG-GTTGAATTATATGATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT
261 TGAAAAACACTATAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATGATTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAT
* * * *
10204 TGGGGAAAAAATTATCGGGTCAGTTTTTTACAAAATATTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCAC
326 TGGGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC
* * * * * *
10269 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCTCTTG-GTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAAAAAAGA
391 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGC-CCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGA
* * * *
10333 CTCCTCT-AAATATATATATTCATCTAATCAAGTCTTAGTCACAATGGATTTAAGGATTTATTTT
455 CTCCT-TGAAATATATATATTCATCT-ATCAAATCTCAGCCACAATGGATTTACGGATTTATTTT
* * * * * * * * *
10397 TACCAGTATCTGAATTTTGTTTTTCGATTTAGTTAAAAATAAATTCAGAAAAAAAAATGGAAAAC
518 TACGAGTATCTGAA-TCT-TCTTTCGATTTAATTAGAAAT-TATT-TG--GAAAAAATGGAAAAA
** **
10462 CGATATTAGAAGCGTGAAAAACATTAAAATTTTTTTGTTGTTGAATTATATGGA-TTTTCTGAGT
577 CGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTAAAA-TTTTTTGACGTTGAATTATAT-GATTTTTCTGAGT
*
10526 ATTGTGGCAAAAAATTGGTGAA
640 ATTGTGGCAAAAAAATGG-GAA
* **
10548 AAAATTATCGGGTCAGTTTTTTACAAAATTTTAATCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
1 AAAATTTTCGGGTCAGTTTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA-CATCACGGTTTTT
* * *
10613 GGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCTCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAAGAAAGACTCCTCGA
65 GGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTCGA
* ** * * * * *
10678 AATATATATATTCATCTAATCAAGTCTTAGCCACAATGGATTTA-AGGATTTATTTTTACCAGTA
130 AATATCTGCATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTACA-GATTTATTTTTACGAGCA
* *
10742 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCATAAAAAAAAATAG-AAAACGATATTAGA
194 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC--AGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGA
* *
10806 AGCGTGAAAAACCCT-TCATTATTTTTGGCGTTGAATTATATGATTTTTCTAAGTATTGTGGCAA
257 AGCGTGAAAAACACTATAATT-TTTTTGGCGTTGAATTATATGATTTTTCTAAGTATTGTGGCAA
* *
10870 AAAATTGGGGAAAAAATTTTCGGGTAAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTCTACTAACC
321 AAAATTGGGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
* * *
10935 ATCACGGTTTTTGGTTAAAAATGCGTTTCGTGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGGCAG
386 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGGCAG
* *
11000 AAAGACTTCTTGAAATATCTATATTCATCTCATCAAATATCTCAGCCACAATGGATTTACGGATT
450 AAAGACTCCTTGAAATATATATATTCATCT-ATC-AA-ATCTCAGCCACAATGGATTTACGGATT
*
11065 TATTTTTACGAGTATCTGAATCTTCTTTCGATTTAATTCGAAATGTATTGTGGCAAAAAATGGAA
512 TATTTTTACGAGTATCTGAATCTTCTTTCGATTTAATTAGAAAT-TATT-TGG-AAAAAATGGAA
* * *
11130 AAACGATATTAGAAGCATGAAAAACCCTAAAATATTTTTGGCATTGAATTATATGATTTTTCTGA
574 AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTAAAAT-TTTTTGACGTTGAATTATATGATTTTTCTGA
11195 GTATTGTGGCAAAAAAAATGGGAA
638 GTATTGTGGC-AAAAAAATGGGAA
* * *
11219 AAAATTTTTCGAGTCAGTTTTTTGCAAAATTTGAGCCGAAATCGTGTACTAAGCATCACGGTTTT
1 AAAA-TTTTCGGGTCAGTTTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA-CATCACGGTTTT
* * * * *
11284 TGGCTGAAAACGAGTTTCGAGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCAGAAAGACTCCTCG
64 TGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTCG
* * *
11349 AAATATCTGCAATCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTACAGATTTGTTTTTACGAGCA
129 AAATATCTGCATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTACAGATTTATTTTTACGAGCA
*
11414 TTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAG
194 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAG
* ** * *
11479 CGTGAAAAACATTATAATTTTTTTGTTGTTGAATTATATGATTTTTCTGAGTTTTGTGGCAAAAA
259 CGTGAAAAACACTATAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATGATTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAA
* *
11544 ATTGGGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATC
324 ATTGGGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
* * * *** *
11609 ACGATTTGTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGACCCT-ACCTCTA-TTTTGCATGATTTTACACGGAA
389 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCTGA-CTC-AGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAA
* * * * * * * *
11672 AGACTGCTTGAAATATATATATTCAGCTAACAAATCTCACCCACATTGAATTTACGGGTTTGTTT
452 AGACTCCTTGAAATATATATATTCATCTATCAAATCTCAGCCACAATGGATTTACGGATTTATTT
* * * * *
11737 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAGGGAAAAACAAA
517 TTACGAGTATCTGAATCTTCTTTCGATTTAATTAGAAATT-ATTTGGAAAAAATGGAAAAACGAT
* * ** * *
11802 ATAATAAGCGTG-AAAACCCTTCAATTGTTTTGACGTTTAATTATAT-ATTTTTTCTGAGTATTT
581 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTAAAATT-TTTTGACGTTGAATTATATGA-TTTTTCTGAGTATTG
** * *
11865 TGGC-AAGGAATTGAAGA
644 TGGCAAAAAAATGGGA-A
* * * **
11882 AAAATTTTCCGGGTCAG-----T------TTTTAGCTGAAATGGTGTA-T---ATTACTATTTTT
1 AAAATTTT-CGGGTCAGTTTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTT
* * * * * * * *
11932 CGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCGCTGTCTCTGTTTTGAATGACTTTTGGCAGAAAGACGCCTCGA
65 GGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTCGA
* * * *
11997 AATATTTGTATTCATCTAACCAAAATCTCATCCACAATGGATTTACGGATTTATTTTTACGAGCA
130 AATATCTGCATTCATCTAACC-AAATCTCAGCCACAATGGATTTACAGATTTATTTTTACGAGCA
* **
12062 TCTGAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATAAATTCAGAAAAATTTGGAAAAACGATATTAGAAG
194 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAG
* * ** * *
12127 CATGAAAAACCCTATAATACTTTTGTCGTTGAATTATATGATTTTACTAAGTATTGTGGCAAAAA
259 CGTGAAAAACACTATAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATGATTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAA
* *
12192 ATT-GGGAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTATACTAACCAT
324 ATTGGGGAAAAAA-TTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAT
12256 ATGTCCCCTA
Statistics
Matches: 1482, Mismatches: 198, Indels: 76
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
647 87 0.06
648 207 0.14
651 1 0.00
652 16 0.01
658 1 0.00
662 11 0.01
663 14 0.01
664 45 0.03
665 24 0.02
666 4 0.00
667 66 0.04
668 47 0.03
669 160 0.11
670 83 0.06
671 400 0.27
672 269 0.18
673 5 0.00
674 42 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (660 bp):
AAAATTTTCGGGTCAGTTTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTG
GCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTCGAA
ATATCTGCATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTACAGATTTATTTTTACGAGCATC
TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCG
TGAAAAACACTATAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATGATTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAT
TGGGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC
GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAC
TCCTTGAAATATATATATTCATCTATCAAATCTCAGCCACAATGGATTTACGGATTTATTTTTAC
GAGTATCTGAATCTTCTTTCGATTTAATTAGAAATTATTTGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAG
AAGCGTGAAAAACCCTAAAATTTTTTGACGTTGAATTATATGATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAA
AAAATGGGAA
Found at i:12290 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 12261--12873 Score: 779
Period size: 26 Copynumber: 23.7 Consensus size: 26
12251 ACCATATGTC
* **
12261 CCCTACTAAATATGCAACTATATGTC
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
12287 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * *
12313 ACCTAATGAGTA-GCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
*
12338 CCCTACTGAATATGCAACTATAT-AC
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* **
12363 CCCGTACTGAATATGCAATTATATGCC
1 CCC-TACTGAATATGCAACTATATGAG
*
12390 CCCTACTGGATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
*
12416 CCCTACTGAATATGCAACTATACGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
*
12442 CCATACTGAATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * * **
12468 TCCTACTGAACATTCAATTATATGCC
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
** *
12494 CCCTACTGAAGGTGCAACTATATGTG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
*
12520 CCCTACTGAAGATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* *
12546 CCCTACTGAACATGCAACTATATG-T
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* *
12571 CCCATACTAAATATGCAACTATATAAG
1 CCC-TACTGAATATGCAACTATATGAG
12598 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * **
12624 CCCTAATTAATATGCAACTATATGCC
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
*
12650 CCCTACTGAATATGCAACTATATG-C
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
*
12675 CCCTACTGAATATGCAACTATAT-ATC
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGA-G
*
12701 CCCTATTGAATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
12727 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
*
12753 CGCTACTGAATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
12779 CCCTACTGAATATGCAACTATATG-G
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* *
12804 CCCCAACTGAATATTCAACTATATGAG
1 -CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
*
12831 CCCTACTGAATATGCAACTATACGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * *
12857 TCCTACTAAACATGCAA
1 CCCTACTGAATATGCAA
12874 TTTTTGTAGT
Statistics
Matches: 514, Mismatches: 63, Indels: 20
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
25 54 0.11
26 451 0.88
27 9 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.24, G:0.14, T:0.27
Consensus pattern (26 bp):
CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
Found at i:13075 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 13045--13084 Score: 64
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
13035 TCTCTAGGTA
13045 ATTCATCAAAATAAAACTAAT
1 ATTCATCAAAATAAAACTAAT
*
13066 ATTC-TCAAAATAAAGCTAA
1 ATTCATCAAAATAAAACTAA
13085 CATTAATTGT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 14 0.78
21 4 0.22
ACGTcount: A:0.55, C:0.15, G:0.03, T:0.28
Consensus pattern (21 bp):
ATTCATCAAAATAAAACTAAT
Found at i:20953 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 20923--20976 Score: 90
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
20913 ACTCACATAA
*
20923 TTTCCCTATTTGTTTCTTCACTTTTCT
1 TTTCCCTACTTGTTTCTTCACTTTTCT
*
20950 TTTCCCTACTTGTTTTTTCACTTTTCT
1 TTTCCCTACTTGTTTCTTCACTTTTCT
20977 AATCTTTACC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 25 1.00
ACGTcount: A:0.07, C:0.26, G:0.04, T:0.63
Consensus pattern (27 bp):
TTTCCCTACTTGTTTCTTCACTTTTCT
Found at i:27812 original size:41 final size:42
Alignment explanation
Indices: 27755--27838 Score: 136
Period size: 41 Copynumber: 2.0 Consensus size: 42
27745 AGACTCACCC
*
27755 ACCATCACCAGATGTGCGACGTGAGTCGGATCCGGAT-TAAT
1 ACCATCACCAGATGTGCGACATGAGTCGGATCCGGATATAAT
27796 ACCATCACCATG-TGTGCGACATGAGTCGGATCCGGATATAAT
1 ACCATCACCA-GATGTGCGACATGAGTCGGATCCGGATATAAT
27838 A
1 A
27839 AAAAAAAAAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 3
0.91 0.02 0.07
Matches are distributed among these distances:
41 34 0.85
42 6 0.15
ACGTcount: A:0.29, C:0.24, G:0.25, T:0.23
Consensus pattern (42 bp):
ACCATCACCAGATGTGCGACATGAGTCGGATCCGGATATAAT
Found at i:28973 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 28949--28987 Score: 78
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
28939 ACTTTGAAAT
28949 CATTTGTCATTCTTAAAGC
1 CATTTGTCATTCTTAAAGC
28968 CATTTGTCATTCTTAAAGC
1 CATTTGTCATTCTTAAAGC
28987 C
1 C
28988 TAGTGTCTGC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 20 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (19 bp):
CATTTGTCATTCTTAAAGC
Found at i:78281 original size:12 final size:13
Alignment explanation
Indices: 78255--78279 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
78245 AATTTCACCT
78255 TTTATTAAAAAAA
1 TTTATTAAAAAAA
78268 TTTATTAAAAAA
1 TTTATTAAAAAA
78280 TTCTACACCC
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (13 bp):
TTTATTAAAAAAA
Found at i:84258 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 84234--84270 Score: 65
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
84224 TACGATAATA
84234 ACTGTATAGATGAGATTAC
1 ACTGTATAGATGAGATTAC
*
84253 ACTGTATAGATTAGATTA
1 ACTGTATAGATGAGATTA
84271 AGTATTGTAC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (19 bp):
ACTGTATAGATGAGATTAC
Found at i:86112 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 86088--86124 Score: 74
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
86078 TTGTTTAACA
86088 ACTGTACATATGAGATTAC
1 ACTGTACATATGAGATTAC
86107 ACTGTACATATGAGATTA
1 ACTGTACATATGAGATTA
86125 TTAGAGCAGC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 18 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (19 bp):
ACTGTACATATGAGATTAC
Found at i:86184 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 86138--86207 Score: 131
Period size: 35 Copynumber: 2.0 Consensus size: 35
86128 GAGCAGCGAT
*
86138 TGAAACGAAATTTACACTTAAGCTTCGTTTGGTGC
1 TGAAACGAAATTTACACTTAAGCTTCATTTGGTGC
86173 TGAAACGAAATTTACACTTAAGCTTCATTTGGTGC
1 TGAAACGAAATTTACACTTAAGCTTCATTTGGTGC
86208 CAAAACGGTG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 34 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (35 bp):
TGAAACGAAATTTACACTTAAGCTTCATTTGGTGC
Found at i:88521 original size:43 final size:44
Alignment explanation
Indices: 88472--88565 Score: 120
Period size: 50 Copynumber: 2.0 Consensus size: 44
88462 ATATCTTCTT
88472 TTTTGTCGGATTATG-T-ATAAATAAAAGATCGATTTTTATTTAA
1 TTTTGTCGGATTATGTTAATAAATAAAAGATCGA-TTTTATTTAA
88515 TTTTGTCGGATTATGTCTTATAAATAAATAAAAGATCGATTTTATTTAA
1 TTTTGTCGGATTATG---T-T-AATAAATAAAAGATCGATTTTATTTAA
88564 TT
1 TT
88566 AATGAATACC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 0, Indels: 8
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
43 15 0.34
48 1 0.02
49 12 0.27
50 16 0.36
ACGTcount: A:0.35, C:0.05, G:0.13, T:0.47
Consensus pattern (44 bp):
TTTTGTCGGATTATGTTAATAAATAAAAGATCGATTTTATTTAA
Found at i:88690 original size:102 final size:104
Alignment explanation
Indices: 88515--88705 Score: 269
Period size: 102 Copynumber: 1.8 Consensus size: 104
88505 TTTTATTTAA
88515 TTTTGTCGGATTATGTCTTATAAATAAATAAAAGATCGATTTTATTTAATTAATGAATACCTACT
1 TTTTGTCGGATTATGTCTTAT-AATAAATAAAAGATCGATTTTATTTAATTAATGAATACCTACT
* * *
88580 TGTTTTATACTGAAAAGTGAAATTCAAATCATATCTTCTT
65 TGTATTATACTAAAAAGAGAAATTCAAATCATATCTTCTT
* * * * **
88620 TTTTGTCGGATTATGTCTTGT-ATAAATAAGAGATCGA-TTTATTTCATTAATGAATACTTTTTT
1 TTTTGTCGGATTATGTCTTATAATAAATAAAAGATCGATTTTATTTAATTAATGAATACCTACTT
*
88683 GTATTATATTAAAAAGAGAAATT
66 GTATTATACTAAAAAGAGAAATT
88706 TCAACCGTCG
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 10, Indels: 3
0.85 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
102 41 0.54
103 15 0.20
105 20 0.26
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.12, T:0.44
Consensus pattern (104 bp):
TTTTGTCGGATTATGTCTTATAATAAATAAAAGATCGATTTTATTTAATTAATGAATACCTACTT
GTATTATACTAAAAAGAGAAATTCAAATCATATCTTCTT
Found at i:88923 original size:139 final size:133
Alignment explanation
Indices: 88764--89034 Score: 325
Period size: 133 Copynumber: 2.0 Consensus size: 133
88754 AATGGATATT
* *
88764 TTTTTTGTATTATATTAAAACGACAAATT-TAATCATATCT-GATATCTTTGCTTTTGTCACATC
1 TTTTTTGTATTATATTAAAACGACAAATTCGAATCATATCTCCAT-T-TTTG---TTG---CATC
* * * * * *
88827 GTGTCTTATGAATAAA-AGATTTATTTATTCTTAAGATACAATGCGACAAAAATTGAGATATGAT
58 GTGTCTTAGGAATAAATAGATCT-CTTATTCATAAGACACAATGCGACAAAAATAGAGATATGAT
88891 TCAAATTTGTCA
122 TCAAATTTGTCA
*
88903 TTTTTTGTATTAT-TTAAAAACGACAAATTCGAATCATATCTCCATTTTTGTTGCATTGTGTCTT
1 TTTTTTGTATTATATT-AAAACGACAAATTCGAATCATATCTCCATTTTTGTTGCATCGTGTCTT
* *
88967 AGGAATAAATAGATCTCTTATTCATAAGACACGATGCGACAAAAATAGAGATATGATTCGAATTT
65 AGGAATAAATAGATCTCTTATTCATAAGACACAATGCGACAAAAATAGAGATATGATTCAAATTT
89032 GTC
130 GTC
89035 GCTTTTAAAG
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 11, Indels: 14
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
133 64 0.55
134 5 0.04
136 3 0.03
138 2 0.02
139 30 0.26
140 11 0.09
141 2 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (133 bp):
TTTTTTGTATTATATTAAAACGACAAATTCGAATCATATCTCCATTTTTGTTGCATCGTGTCTTA
GGAATAAATAGATCTCTTATTCATAAGACACAATGCGACAAAAATAGAGATATGATTCAAATTTG
TCA
Found at i:90768 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 90748--90791 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.9 Consensus size: 15
90738 TTAGCATTTA
*
90748 GTATTTCTTCAATTC
1 GTATTTCTTAAATTC
*
90763 GTATTTTTTAAATTC
1 GTATTTCTTAAATTC
* *
90778 ATATTTTTTAAATT
1 GTATTTCTTAAATT
90792 ATTAGATGGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 26 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.09, G:0.05, T:0.59
Consensus pattern (15 bp):
GTATTTCTTAAATTC
Found at i:93368 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 93292--93395 Score: 208
Period size: 51 Copynumber: 2.0 Consensus size: 51
93282 TAATATCTAG
93292 TTACTAGCTAGTATATATATATCTTTGGGGCAACTTTCGCATATAGTGAAA
1 TTACTAGCTAGTATATATATATCTTTGGGGCAACTTTCGCATATAGTGAAA
93343 TTACTAGCTAGTATATATATATCTTTGGGGCAACTTTCGCATATAGTGAAA
1 TTACTAGCTAGTATATATATATCTTTGGGGCAACTTTCGCATATAGTGAAA
93394 TT
1 TT
93396 GCAAATTGCA
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
51 53 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (51 bp):
TTACTAGCTAGTATATATATATCTTTGGGGCAACTTTCGCATATAGTGAAA
Done.