Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01012734.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12767, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 34946
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.19, T:0.29
Found at i:10348 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 10321--10477 Score: 201
Period size: 24 Copynumber: 6.6 Consensus size: 24
10311 GAAAATCACA
* *
10321 CGGCCACATTGTGGTCATGAGATT
1 CGGCCACATAGTGGTCGTGAGATT
10345 CGGCCACATAGTGGTCGTGAGATT
1 CGGCCACATAGTGGTCGTGAGATT
* *
10369 CAGCCACATAGTGGTCGTGGGATT
1 CGGCCACATAGTGGTCGTGAGATT
*
10393 CGGCGACAT-GATGGTCGTGAGATT
1 CGGCCACATAG-TGGTCGTGAGATT
* * *
10417 CGGCCACATGGTGGCCGGGAGATT
1 CGGCCACATAGTGGTCGTGAGATT
*
10441 CGGCCACATAGTGGTCGAGAGATT
1 CGGCCACATAGTGGTCGTGAGATT
*
10465 CGACC-CATAGTGG
1 CGGCCACATAGTGG
10478 CCGTTAGAAA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 14, Indels: 5
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 9 0.08
24 107 0.91
25 1 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.22, G:0.34, T:0.23
Consensus pattern (24 bp):
CGGCCACATAGTGGTCGTGAGATT
Found at i:11271 original size:218 final size:218
Alignment explanation
Indices: 10893--11327 Score: 825
Period size: 218 Copynumber: 2.0 Consensus size: 218
10883 GAAAGGGATC
*
10893 TTGTCGGAAGCCTTGGTTATATAAGCAGACATACCTCAAACGTTGAAAGCCCCTCTCCGGACACC
1 TTGTCGGAAGCCTTGGTTATATAAGCAAACATACCTCAAACGTTGAAAGCCCCTCTCCGGACACC
*
10958 CCCTTCCCCTGCGGAAATACAAACCTCTCTCTTAAGAGATGCATACTTTTGTTTGATCAACTTTG
66 CCCTTCCCCTGCGGAAATACAAACCTCTCTCTTAAGAGATGCATACTTTTGTTTGATCAACCTTG
11023 TCGTTCAATTTCCTTTCCTTGTCTTTTAATTTCAATCTTGCGTTTCTCACTTTCAAGTTGTAATC
131 TCGTTCAATTTCCTTTCCTTGTCTTTTAATTTCAATCTTGCGTTTCTCACTTTCAAGTTGTAATC
11088 CTGTTATTACAATCTAGTGAAAT
196 CTGTTATTACAATCTAGTGAAAT
* *
11111 TTGTCGGAAGCCTTGGTTATATAAGCAAACATACCTCCAATGTTGAAAGCCCCTCTCCGGACACC
1 TTGTCGGAAGCCTTGGTTATATAAGCAAACATACCTCAAACGTTGAAAGCCCCTCTCCGGACACC
*
11176 CCCTTCCCCTGCGGAAATACAAACCTCTCTCTTCAGAGATGCATACTTTTGTTTGATCAACCTTG
66 CCCTTCCCCTGCGGAAATACAAACCTCTCTCTTAAGAGATGCATACTTTTGTTTGATCAACCTTG
11241 TCGTTCAATTTCCTTTCCTTGTCTTTTAATTTCAATCTTGCGTTTCTCACTTTCAAGTTGTAATC
131 TCGTTCAATTTCCTTTCCTTGTCTTTTAATTTCAATCTTGCGTTTCTCACTTTCAAGTTGTAATC
11306 CTGTTATTACAATCTAGTGAAA
196 CTGTTATTACAATCTAGTGAAA
11328 CTTTACTCTT
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 5, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
218 212 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.26, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (218 bp):
TTGTCGGAAGCCTTGGTTATATAAGCAAACATACCTCAAACGTTGAAAGCCCCTCTCCGGACACC
CCCTTCCCCTGCGGAAATACAAACCTCTCTCTTAAGAGATGCATACTTTTGTTTGATCAACCTTG
TCGTTCAATTTCCTTTCCTTGTCTTTTAATTTCAATCTTGCGTTTCTCACTTTCAAGTTGTAATC
CTGTTATTACAATCTAGTGAAAT
Found at i:14190 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 14158--14314 Score: 251
Period size: 24 Copynumber: 6.5 Consensus size: 24
14148 AAAATCACAT
14158 GGCCACATAGTGGTCGTGAGATTC
1 GGCCACATAGTGGTCGTGAGATTC
14182 GGCCACATAGTGGTCGTGAGATTC
1 GGCCACATAGTGGTCGTGAGATTC
14206 GGCCACATAGTGGTCGTGAGATTC
1 GGCCACATAGTGGTCGTGAGATTC
* * *
14230 GGCGACATGGTGGTCGTGAGATTT
1 GGCCACATAGTGGTCGTGAGATTC
* *
14254 GGCCACATGGTGGTCGGGAGATTC
1 GGCCACATAGTGGTCGTGAGATTC
*
14278 GGCCACATAGTGGTCGAGAGATTC
1 GGCCACATAGTGGTCGTGAGATTC
*
14302 GACCACATAGTGG
1 GGCCACATAGTGG
14315 CTGTTAGAAA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 9, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 124 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.20, G:0.36, T:0.24
Consensus pattern (24 bp):
GGCCACATAGTGGTCGTGAGATTC
Found at i:17356 original size:218 final size:217
Alignment explanation
Indices: 16972--17408 Score: 784
Period size: 218 Copynumber: 2.0 Consensus size: 217
16962 GAAAGGGATC
* * *
16972 TTGTCGGAAGCCTTGGTTATATAAGCAGACATACCTCCAACGTTGAAATCCCCTCTCCGAACACC
1 TTGTCGAAAGCCTTGGTTATACAAGCAGACATACCTCCAACGTTGAAAGCCCCTCTCCGAACACC
* *
17037 CCTTCCCCTGTGGAAATACAAACCTCTCTCTTAAGAGATGCATACTTTTGTTTGATCAACCTTGT
66 CCTTCCCCTGCGGAAATACAAACCTCTCTCTTAAGAGATGCATACTTTTGTTCGATCAACCTTGT
17102 CGTTCAATTTCCTTTCCTTGTCTTTTAATTTCAATCTTGAGTTTCTCACTTTCAAGTTGTAATCC
131 CGTTCAATTTCCTTTCCTTGTCTTTTAATTTCAATCTTGAGTTTCTCACTTTCAAGTTGTAATCC
17167 TGTTATTACAATCTAGTGAAAT
196 TGTTATTACAATCTAGTGAAAT
17189 TTGTCGAAAGCCTTGGTTATACAAGCAGACATACCTCCAACGTTGAAAGCCCCTCTCCGAACACC
1 TTGTCGAAAGCCTTGGTTATACAAGCAGACATACCTCCAACGTTGAAAGCCCCTCTCCGAACA-C
*
17254 CCCTTCCCCTGCGGAAATACAAACCTCTCTCTTCAGAGATGCATACTTTTGTTCGATCAACCTTG
65 CCCTTCCCCTGCGGAAATACAAACCTCTCTCTTAAGAGATGCATACTTTTGTTCGATCAACCTTG
* *
17319 TCGTTCAATTTCCTTTCCTTGTCTTTTAATTTCAATCTTGCGTTTCTTACTTTCAAGTTGTAATC
130 TCGTTCAATTTCCTTTCCTTGTCTTTTAATTTCAATCTTGAGTTTCTCACTTTCAAGTTGTAATC
*
17384 CTGTTATTGCAATCTAGTGAAAT
195 CTGTTATTACAATCTAGTGAAAT
17407 TT
1 TT
17409 TACTCTTTCC
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 9, Indels: 1
0.95 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
217 60 0.29
218 150 0.71
ACGTcount: A:0.24, C:0.26, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (217 bp):
TTGTCGAAAGCCTTGGTTATACAAGCAGACATACCTCCAACGTTGAAAGCCCCTCTCCGAACACC
CCTTCCCCTGCGGAAATACAAACCTCTCTCTTAAGAGATGCATACTTTTGTTCGATCAACCTTGT
CGTTCAATTTCCTTTCCTTGTCTTTTAATTTCAATCTTGAGTTTCTCACTTTCAAGTTGTAATCC
TGTTATTACAATCTAGTGAAAT
Found at i:19159 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 19132--19177 Score: 65
Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
19122 AGAAACCTAG
*
19132 AGAAAAGAAAGAGAAGGAAATATC
1 AGAAAAGAAAGAGAAGAAAATATC
* *
19156 AGAAAAGGAGGAGAAGAAAATA
1 AGAAAAGAAAGAGAAGAAAATA
19178 GCTGGCGGAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 19 1.00
ACGTcount: A:0.63, C:0.02, G:0.28, T:0.07
Consensus pattern (24 bp):
AGAAAAGAAAGAGAAGAAAATATC
Found at i:20295 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 20199--21284 Score: 697
Period size: 36 Copynumber: 30.0 Consensus size: 35
20189 TATGCATCCA
* *
20199 TAAAGCAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAAGTAGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
20234 TAAAAGT-GATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
1 T-AAAGTAG-TC---AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
*
20273 TAAGAGTAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAA-AGTAGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
** * *
20309 TAAACACAGTCAAAGACTTAATTCAAGGTAATTAAG
1 TAAA-GTAGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
* *
20345 TAAACATAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAA-GTAGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
* *
20381 TAAAAGTATTCAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAAG
1 T-AAAGTAGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
*
20417 TAAAAGTAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
1 T-AAAGTAGTC---AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
* * *
20456 TAAGAGTAGTCGAAGACTTAATTCAGGGTAATCAAG
1 TAA-AGTAGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
** *
20492 TAAACACAGTCAAAGACTTAATTC-GAGGTAATTAAG
1 TAAA-GTAGTCAAAGACTTAATTCAG-GGAAATTAAG
* * * *
20528 TAAAGGCAATCAAAGACCTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAA-GTAGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
*
20564 TAAAAGTAGTCAAAAACTTAATTCAGGGAAATTAAG
1 T-AAAGTAGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
* * *
20600 TAAAAGTAATCAGTAAAGATTTAATTCAAGGAAATTAAG
1 T-AAAGTAGTC---AAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
* * *
20639 TAAGAGCAGTCAAAGACTTAATTTAGGGTAATTAAG
1 TAA-AGTAGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
** * *
20675 TAAACACAGTCAAAGACTTAATTCAAGGTAATTAAG
1 TAAA-GTAGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
* * *
20711 TAAAGGCAATCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAA-GTAGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
* **
20747 TAAA-TCAAG-CAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTGGG
1 TAAAGT--AGTCAAAGACTTAA-TTCAGGGAAATTAAG
** * *
20783 TAAGAACAAG-CAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGG
1 T-A-AAGTAGTCAAAGACTTAA-TTCAGGGAAATTAAG
* * *
20820 TAAAATCAAG-CACAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAAGT--AGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
*** *
20856 TAAA-TCAAAGAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAAG
1 TAAAGT-AGTCAAAGACTTAA-TTCAGGGAAATTAAG
* *
20892 TAAA-TCAAG-CAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGG
1 TAAAGT--AGTCAAAGACTTAA-TTCAGGGAAATTAAG
** * * *
20928 TAAGAACAAG-AAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGG
1 T-A-AAGTAGTCAAAGACTTAA-TTCAGGGAAATTAAG
* * *
20965 TAAAATCAAG-CAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGG
1 TAAAGT--AGTCAAAGACTTAA-TTCAGGGAAATTAAG
* ** *
21002 TAAAATCAAG-CACCGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAAGT--AGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
** ** *
21038 TAAA-TCAAACAAAGACTTAATTTCAAAGAAATTAGG
1 TAAAGT-AGTCAAAGACTTAA-TTCAGGGAAATTAAG
** * *
21074 TAAGAACAAG-CAAAGACTTGATTC-GAGGAAATTAGG
1 T-A-AAGTAGTCAAAGACTTAATTCAG-GGAAATTAAG
* ** * *
21110 TAAAAGCAAACAAAGACTTAATTTAGGGAAATTAGG
1 T-AAAGTAGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
* *
21146 TAAAAATCAGTCAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAAG
1 T-AAAGT-AGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
** * *
21183 TAAAG-AGTCAAA-A-AAAATTCTGGGTAATTAAG
1 TAAAGTAGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
* *
21215 T--AG-AGTCAATAAACTTAATTC-GAGGTAATTAAG
1 TAAAGTAGTCAA-AGACTTAATTCAG-GGAAATTAAG
* *
21248 TAAAGTCAAT-AAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAAGT-AGTCAAAG-ACTTAATTCAGGGAAATTAAG
21284 T
1 T
21285 GGGGACATTA
Statistics
Matches: 877, Mismatches: 117, Indels: 113
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
30 8 0.01
31 1 0.00
32 17 0.02
33 17 0.02
34 9 0.01
35 47 0.05
36 508 0.58
37 167 0.19
38 13 0.01
39 89 0.10
40 1 0.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.10, G:0.18, T:0.25
Consensus pattern (35 bp):
TAAAGTAGTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
Found at i:20359 original size:72 final size:71
Alignment explanation
Indices: 20205--21194 Score: 781
Period size: 72 Copynumber: 13.6 Consensus size: 71
20195 TCCATAAAGC
*
20205 AGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGTGATCAGT-AAAGACTTAATTCAGGGAAAT
1 AGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAA---A-CAGTCAAAGACTTAATTCAAGGAAAT
*
20269 TAAGTAAGA-GT
61 TAAGTAA-ACAT
*
20280 AGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAACACAGTCAAAGACTTAATTCAAGGTAATTAAG
1 AGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-ACAGTCAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAAG
20345 TAAACAT
65 TAAACAT
* *
20352 AGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGTATTCAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAAG
1 AGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAA-CAGTCAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAAG
20417 TAAA-AGT
65 TAAACA-T
* * ** * * * *
20424 AATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAGAGTAGTCGAAGACTTAATTCAGGGTAATC
1 AGTC---AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA-AACAGTCAAAGACTTAATTCAAGGAAATT
*
20489 AAGTAAACAC
62 AAGTAAACAT
* * * * *
20499 AGTCAAAGACTTAATTC-GAGGTAATTAAGTAAAGGCAATCAAAGACCTAATTCAGGGTAATTAA
1 AGTCAAAGACTTAATTCAG-GGTAATTAAGTAAA-ACAGTCAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAA
20563 GTAAA-AGT
64 GTAAACA-T
* * *
20571 AGTCAAAAACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGTAATCAGT-AAAGATTTAATTCAAGGAAAT
1 AGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT--AA--AA-CAGTCAAAGACTTAATTCAAGGAAAT
20635 TAAGTAAGAGC--
61 TAAGTAA-A-CAT
* *
20646 AGTCAAAGACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAACACAGTCAAAGACTTAATTCAAGGTAATTAAG
1 AGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-ACAGTCAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAAG
20711 TAAAGGCA-
65 TAAA--CAT
* **
20719 A-TCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAG-CAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTGG
1 AGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAC-AGTCAAAGACTTAA-TTCAAGGAAATTAA
20782 GTAAGAACA-
64 GT-A-AACAT
* * * * * *
20791 AG-CAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAG-CACAGACTTAATTCAGGGTAATTA
1 AGTCAAAGACTTAA-TTCAGGGTAATTAAGTAAAA-C-AGTCAAAGACTTAATTCAAGGAAATTA
*
20854 AGTAAATCAA
63 AGTAAA-CAT
* * *
20864 AG--AAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAAGTAAATCAAG-CAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTA
1 AGTCAAAGACTTAA-TTCAGGGTAATTAAGTAAAAC-AGTCAAAGACTTAA-TTCAAGGAAATTA
*
20926 GGTAAGAACA-
63 AGT-A-AACAT
* * * *
20936 AG-AAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAG-CAAAGACTTAATTTCAAGGAAATT
1 AGTCAAAGACTTAA-TTCAGGGTAATTAAGTAAAA-C-AGTCAAAGACTTAA-TTCAAGGAAATT
*
20999 AGGTAAA-AT
62 AAGTAAACAT
** * ** *
21008 CAAG-CACCGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAACAAAGACTTAATTTCAAAGAAATTA
1 --AGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAACAGTCAAAGACTTAA-TTCAAGGAAATTA
*
21072 GGTAAGAACA-
63 AGT-A-AACAT
* * * ** * * *
21082 AG-CAAAGACTTGATTC-GAGGAAATTAGGTAAAAGCAAACAAAGACTTAATTTAGGGAAATTAG
1 AGTCAAAGACTTAATTCAG-GGTAATTAAGTAAAA-CAGTCAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAA
*
21145 GTAAAAAT
64 GTAAACAT
* * *
21153 CAGTCAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAAGT-AAAGAGTCAAA
1 -AGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAACAGTCAAA
21195 AAAAATTCTG
Statistics
Matches: 779, Mismatches: 84, Indels: 108
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
70 3 0.00
71 53 0.07
72 385 0.49
73 123 0.16
74 67 0.09
75 141 0.18
76 7 0.01
ACGTcount: A:0.47, C:0.11, G:0.18, T:0.25
Consensus pattern (71 bp):
AGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAACAGTCAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAAGT
AAACAT
Found at i:20515 original size:183 final size:180
Alignment explanation
Indices: 20207--21284 Score: 1132
Period size: 183 Copynumber: 6.0 Consensus size: 180
20197 CATAAAGCAG
* * * *
20207 TCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGTGATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAA
1 TCAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAAGTAATCAGTAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAA
20272 GTAAGAGTAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAACACAGTCAAAGACTTAATTCAAGG
66 GTAA-AGTAGTC-AAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAACACAGTCAAAGACTTAATTCAAGG
*
20337 TAATTAAGTAAA-CATAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGTAT
129 TAATTAAGTAAAGCA-A-TCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGTAA
*
20390 TCAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAAGTAATCAGTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAA
1 TCAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAAGTAATCAGTAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAA
* *
20455 GTAAGAGTAGTCGAAGACTTAATTCAGGGTAATCAAGTAAACACAGTCAAAGACTTAATTCGAGG
66 GTAA-AGTAGTC-AAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAACACAGTCAAAGACTTAATTCAAGG
* *
20520 TAATTAAGTAAAGGCAATCAAAGACCTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGTAG
129 TAATTAAGTAAA-GCAATCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGTAA
* * *
20573 TCAAAAACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGTAATCAGTAAAGATTTAATTCAAGGAAATTAA
1 TCAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAAGTAATCAGTAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAA
* *
20638 GTAAGAGCAGTCAAAGACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAACACAGTCAAAGACTTAATTCAAGG
66 GTAA-AGTAGTC-AAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAACACAGTCAAAGACTTAATTCAAGG
20703 TAATTAAGTAAAGGCAATCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAA-TCAA
129 TAATTAAGTAAA-GCAATCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGT-AA
* ** *
20755 GCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTGGGT--AAG-AA-CAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAAT
1 TCAAAGACTTAA-TTCAAGGAAATTAAGTAAAAGTAATC-AGTAAAGACTTAA-TTCAAGGAAAT
* * *
20816 TAGGTAAAATCAAG-CACAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAAG--AAAGACTTAATT
63 TAAGTAAAGT--AGTCA-AGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-CACAGTCAAAGACTTAA-T
* * * * * * *
20878 TCAAGGAAATTAAGTAAATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAGAA-CAA
123 TCAAGGTAATTAAGTAAAGCAATCAAAGACTTAA-TTCAGGGTAATTAAGTAA-AAGTAA
** * * *
20937 GAAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAA-TCA--AGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATT
1 TCAAAGACTTAA-TTCAAGGAAATTAAGTAAAAGTAATCAGTAAAGACTTAA-TTCAAGGAAATT
* * * *
20999 AGGTAAAATCAAG-CACCGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCA-A-ACAAAGACTTAATTT
64 AAGTAAAGT--AGTCA-AGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-CACAGTCAAAGACTTAA-TT
* * * * * * * * *
21061 CAAAGAAATTAGGTAAGAACAAGCAAAGACTTGATTC-GAGGAAATTAGGTAAAAGCAA
124 CAAGGTAATTAAGTAA-AGCAATCAAAGACTTAATTCAG-GGTAATTAAGTAAAAGTAA
* * * *
21119 ACAAAGACTTAATTTAGGGAAATTAGGT-AAA--AATCAGTCAAAGACTTAATTCAAGGAAATTA
1 TCAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAAGTAATCAGT-AAAGACTTAATTCAAGGAAATTA
*** * * * *
21181 AGTAAAG-AGTCAA-AAAAAATTCTGGGTAATTAAGT----AGAGTCAATAAACTTAATTCGAGG
65 AGTAAAGTAGTCAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAACACAGTCAA-AGACTTAATTCAAGG
21240 TAATTAAGTAAAGTCAAT-AAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
129 TAATTAAGTAAAG-CAATCAAAG-ACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
21285 GGGGACATTA
Statistics
Matches: 792, Mismatches: 71, Indels: 73
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 6 0.01
174 37 0.05
175 8 0.01
177 18 0.02
178 2 0.00
179 4 0.01
180 42 0.05
181 116 0.15
182 187 0.24
183 365 0.46
184 4 0.01
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.10, G:0.18, T:0.25
Consensus pattern (180 bp):
TCAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAAGTAATCAGTAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAA
GTAAAGTAGTCAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAACACAGTCAAAGACTTAATTCAAGGTA
ATTAAGTAAAGCAATCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGTAA
Found at i:20973 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 20951--21011 Score: 61
Period size: 19 Copynumber: 3.3 Consensus size: 19
20941 AGACTTAATT
20951 TCAAGGAAATTAGGTAAAA
1 TCAAGGAAATTAGGTAAAA
* * ** **
20970 TCAAGCAAA-GACTTAATT
1 TCAAGGAAATTAGGTAAAA
20988 TCAAGGAAATTAGGTAAAA
1 TCAAGGAAATTAGGTAAAA
21007 TCAAG
1 TCAAG
21012 CACCGACTTA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 12, Indels: 2
0.67 0.28 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.41
19 17 0.59
ACGTcount: A:0.49, C:0.10, G:0.18, T:0.23
Consensus pattern (19 bp):
TCAAGGAAATTAGGTAAAA
Found at i:23456 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 23431--23471 Score: 73
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
23421 AAAAAGACCA
23431 CCAATTTGCAAATCAAATGC
1 CCAATTTGCAAATCAAATGC
*
23451 CCAATTTGTAAATCAAATGC
1 CCAATTTGCAAATCAAATGC
23471 C
1 C
23472 TTGTATTTTC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 20 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.24, G:0.10, T:0.27
Consensus pattern (20 bp):
CCAATTTGCAAATCAAATGC
Found at i:28486 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 28452--28500 Score: 89
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
28442 AATTTGCATA
*
28452 GCATTGTTATACTTCATGGTAGATG
1 GCATTGTTATACTACATGGTAGATG
28477 GCATTGTTATACTACATGGTAGAT
1 GCATTGTTATACTACATGGTAGAT
28501 TAGAGATTTG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 23 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.12, G:0.22, T:0.39
Consensus pattern (25 bp):
GCATTGTTATACTACATGGTAGATG
Done.