Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01012770.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12803, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11610
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Found at i:1761 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 1752--1776 Score: 50
Period size: 4 Copynumber: 6.2 Consensus size: 4
1742 AATCTTATTC
1752 TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT T
1 TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT T
1777 GCATCAGAGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 21 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.00, T:0.76
Consensus pattern (4 bp):
TTAT
Found at i:2519 original size:245 final size:245
Alignment explanation
Indices: 2089--2579 Score: 946
Period size: 245 Copynumber: 2.0 Consensus size: 245
2079 CTTTAACTAG
2089 TCTATATACTATATAAGTCTAAACTTCAAAACCATTGACTTGAAATATCTAAAATAACCTTTTTA
1 TCTATATACTATATAAGTCTAAACTTCAAAACCATTGACTTGAAATATCTAAAATAACCTTTTTA
2154 ATTTTAAAAGTTTAGTATTCATTTTATAAAGGGTAAACATGTATTTATCAAATTAAACTTTTAAG
66 ATTTTAAAAGTTTAGTATTCATTTTATAAAGGGTAAACATGTATTTATCAAATTAAACTTTTAAG
*
2219 GTTCAATATGTAATTTTATTTATCAATTAAATTAAATATATTATTATATTAAAATTTATAATTTC
131 GTTCAATATGTAATTTCATTTATCAATTAAATTAAATATATTATTATATTAAAATTTATAATTTC
**
2284 TTTTACCGCACCCTTATTTCAATTAATTTTTAATTTTTATGTAATATATA
196 TTTTACCGCACCCTTATTTCAATTAATTTTTAATTCCTATGTAATATATA
2334 TCTATATACTATATAAGTCTAAACTTCAAAACCATTGACTTGAAATATCTAAAATAACCTTTTTA
1 TCTATATACTATATAAGTCTAAACTTCAAAACCATTGACTTGAAATATCTAAAATAACCTTTTTA
2399 ATTTTAAAAGTTTAGTATTCATTTTATAAAGGGTAAACATGTATTTATCAAATTAAACTTTTAAG
66 ATTTTAAAAGTTTAGTATTCATTTTATAAAGGGTAAACATGTATTTATCAAATTAAACTTTTAAG
2464 GTTCAATATGTAATTTCATTTATCAATTAAATTAAATATATTATTATATTAAAATTTATAATTTC
131 GTTCAATATGTAATTTCATTTATCAATTAAATTAAATATATTATTATATTAAAATTTATAATTTC
*
2529 TTTTACTGCACCCTTATTTCAATTAATTTTTAATTCCTATGTAATATATA
196 TTTTACCGCACCCTTATTTCAATTAATTTTTAATTCCTATGTAATATATA
2579 T
1 T
2580 AAGAACTAAA
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 4, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
245 242 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (245 bp):
TCTATATACTATATAAGTCTAAACTTCAAAACCATTGACTTGAAATATCTAAAATAACCTTTTTA
ATTTTAAAAGTTTAGTATTCATTTTATAAAGGGTAAACATGTATTTATCAAATTAAACTTTTAAG
GTTCAATATGTAATTTCATTTATCAATTAAATTAAATATATTATTATATTAAAATTTATAATTTC
TTTTACCGCACCCTTATTTCAATTAATTTTTAATTCCTATGTAATATATA
Found at i:2635 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 2567--2647 Score: 119
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
2557 TTTAATTCCT
*
2567 ATGTAATATATATAAGAACTAAAATACTTACATTAATTAA
1 ATGTAATATATATAAGAACTAAAACACTTACATTAATTAA
* * *
2607 ATGTAATA-CTATAATAACTGAAACACTTACATTAATTAA
1 ATGTAATATATATAAGAACTAAAACACTTACATTAATTAA
2646 AT
1 AT
2648 TCTTAGGTTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 29 0.78
40 8 0.22
ACGTcount: A:0.51, C:0.10, G:0.05, T:0.35
Consensus pattern (40 bp):
ATGTAATATATATAAGAACTAAAACACTTACATTAATTAA
Found at i:3109 original size:201 final size:202
Alignment explanation
Indices: 2756--3160 Score: 717
Period size: 202 Copynumber: 2.0 Consensus size: 202
2746 TTCCTTAATA
* *
2756 ATAAATAACTCGGATCTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTA
1 ATAAATAAATCGGATCTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATATAATTTA
*
2821 ATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTGTATAGTTCTATATATATAATAGTA
66 ATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTGTATAGTTCTATATATATAATAATA
* *
2886 ATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAATATTAATAACATTC
131 ATGTGTTGTATCTTAGTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTC
2951 A-CATTG
196 ACCATTG
2957 ATAAATAAATCGGATCTTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATATAATTT
1 ATAAATAAATCGGATC-TTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATATAATTT
*
3022 AATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTACTTTTTTTTGGTATAGTT-T-TATATATAATAA
65 AATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTT-GTATAGTTCTATATATATAATAA
3085 TAATGTGTTGTATCTTAGTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACAT
129 TAATGTGTTGTATCTTAGTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACAT
3150 TCACCATTG
194 TCACCATTG
3159 AT
1 AT
3161 CATAAAGTTA
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 6, Indels: 5
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
201 92 0.47
202 95 0.49
203 8 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (202 bp):
ATAAATAAATCGGATCTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATATAATTTA
ATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTGTATAGTTCTATATATATAATAATA
ATGTGTTGTATCTTAGTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTC
ACCATTG
Found at i:4627 original size:860 final size:861
Alignment explanation
Indices: 2969--4689 Score: 3338
Period size: 860 Copynumber: 2.0 Consensus size: 861
2959 AAATAAATCG
*
2969 GATCTTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATATAATTTAATTTAATAAAT
1 GATCTTTAATATCTTTCATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATATAATTTAATTTAATAAAT
3034 CAACCACTAATGTTCAACTACTTTTTTTTGGTATAGTTTTATATATAATAATAATGTGTTGTATC
66 CAACCACTAATGTTCAACTACTTTTTTTTGGTATAGTTTTATATATAATAATAATGTGTTGTATC
3099 TTAGTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTGATCAT
131 TTAGTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTGATCAT
3164 AAAGTTATTAAGCATGTAAGGTTGCTACATTTCTTGATATAATACTATAGTTTAACTTTCTAATT
196 AAAGTTATTAAGCATGTAAGGTTGCTACATTTCTTGATATAATACTATAGTTTAACTTTCTAATT
3229 AGTAAGCATAAATGAGAAATTTGATAACCAAAATTGCTAAGAATGTAAGGTTATTAAATTAGTTG
261 AGTAAGCATAAATGAGAAATTTGATAACCAAAATTGCTAAGAATGTAAGGTTATTAAATTAGTTG
3294 AAAGTTATCTAAAAAAAATTAGTTGAAAGTAGTATAATGCCTTTTTAATGATCATTATAGTTTTT
326 AAAGTTATCTAAAAAAAATTAGTTGAAAGTAGTATAATGCCTTTTTAATGATCATTATAGTTTTT
3359 TTTAACCTTAAATAAGATCATTACCTTTTTGCTATGTTATTTTAGATCACATTGATCATTCATTA
391 TTTAACCTTAAATAAGATCATTACCTTTTTGCTATGTTATTTTAGATCACATTGATCATTCATTA
3424 ATTTGGTAGAGTTATAGCGAGATATCAATTTTAATTTTACTTCAACTTGCCAAAAATACGCATAT
456 ATTTGGTAGAGTTATAGCGAGATATCAATTTTAATTTTACTTCAACTTGCCAAAAATACGCATAT
*
3489 ATAGTATATAAATTATTCTTCTATCACCAAAAAAAAGGAAGGACATATGAATTAGTAACTAGGAA
521 ATAGTATATAAATTATTCTTCTATCACCAAAAAAAAGGAAAGACATATGAATTAGTAACTAGGAA
*
3554 TCAATTTTGTACACCTAATTTTATAGTTCCTTATGTTGCATTAAGTTCAGTTATAAATTATAACC
586 TCAATTTTGTACACCTAATTTTATACTTCCTTATGTTGCATTAAGTTCAGTTATAAATTATAACC
3619 TTATATGGAAATTTGACTTATAGGTCCGAGTATGTTTGGTTGAATTGTGAGATTTTGGAGAGATA
651 TTATATGGAAATTTGACTTATAGGTCCGAGTATGTTTGGTTGAATTGTGAGATTTTGGAGAGATA
*
3684 TGATAATTAAAATTACAAAAAATGTAATAAGAAATTTGATAACCAATATCACAAAAGATGTAAGG
716 TGATAATCAAAATTACAAAAAATGTAATAAGAAATTTGATAACCAATATCACAAAAGATGTAAGG
3749 TTATTGAATTAGTGGATAGTACTATACCTCTTTTGTGATCATTATAAATTTTTCAGTAACTTTTG
781 TTATTGAATTAGTGGATAGTACTATACCTCTTTTGTGATCATTATAAATTTTTCAGTAACTTTTG
3814 -AAAAAAAATGGCAAA
846 AAAAAAAAATGGCAAA
*
3829 GATCTTTAATATCTTTCATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAAT
1 GATCTTTAATATCTTTCATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATATAATTTAATTTAATAAAT
3894 CAACCACTAATGTTCAACTACTTTTTTTTGGTATAGTTTTATATATAATAATAATGTGTTGTATC
66 CAACCACTAATGTTCAACTACTTTTTTTTGGTATAGTTTTATATATAATAATAATGTGTTGTATC
*
3959 TTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTGATCAT
131 TTAGTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTGATCAT
*
4024 AAAGTTATTAAGCATGTAAGGTTGCTACATTTCTTGATATAATACTATAGTTTAGCTTTCTAATT
196 AAAGTTATTAAGCATGTAAGGTTGCTACATTTCTTGATATAATACTATAGTTTAACTTTCTAATT
4089 AGTAAGCATAAATGAGAAATTTGATAACCAAAATTGCTAAGAATGTAAGGTTATTAAATTAGTTG
261 AGTAAGCATAAATGAGAAATTTGATAACCAAAATTGCTAAGAATGTAAGGTTATTAAATTAGTTG
4154 AAAGTTATCTAAAAAAAATTAGTTGAAAGTAGTATAATGCCTTTTTAATGATCATTATAGTTTTT
326 AAAGTTATCTAAAAAAAATTAGTTGAAAGTAGTATAATGCCTTTTTAATGATCATTATAGTTTTT
4219 TTTAACCTTAAATAAGATCATTACCTTTTTGCTATGTTATTTTAGATCACATTGATCATTCATTA
391 TTTAACCTTAAATAAGATCATTACCTTTTTGCTATGTTATTTTAGATCACATTGATCATTCATTA
4284 ATTTGGTAGAGTTATAGCGAGATATCAATTTTAATTTTACTTCAACTTGCCAAAAATACGCATAT
456 ATTTGGTAGAGTTATAGCGAGATATCAATTTTAATTTTACTTCAACTTGCCAAAAATACGCATAT
4349 ATAGTATATAAATTATT-TCTCTATCACCAAAAAAAAGGAAAGACATATGAATTAGTAACTAGGA
521 ATAGTATATAAATTATTCT-TCTATCACCAAAAAAAAGGAAAGACATATGAATTAGTAACTAGGA
*
4413 ATCAATTTTGTACACCTAATTTTATACTTCCTTATGTTGCATTAAGTTTAGTTATAAATTATAAC
585 ATCAATTTTGTACACCTAATTTTATACTTCCTTATGTTGCATTAAGTTCAGTTATAAATTATAAC
4478 CTTATATGGAAATTTGACTTATAGGTCCGAGTATGTTTGGTTGAATTGTGAGATTTTGGAGAGAT
650 CTTATATGGAAATTTGACTTATAGGTCCGAGTATGTTTGGTTGAATTGTGAGATTTTGGAGAGAT
4543 ATGATAATCAAAATTACAAAAAATGTAATAAGAAATTTGATAACCAATATCACAAAAGATGTAAG
715 ATGATAATCAAAATTACAAAAAATGTAATAAGAAATTTGATAACCAATATCACAAAAGATGTAAG
*
4608 GTTATTGAATTAGTGGATAGTACTATACCTCTTTTGTGATCATTATAGATTTTTCAGTAACTTTT
780 GTTATTGAATTAGTGGATAGTACTATACCTCTTTTGTGATCATTATAAATTTTTCAGTAACTTTT
4673 GAAAAAAAAATGGCAAA
845 GAAAAAAAAATGGCAAA
4690 TATTCACCGT
Statistics
Matches: 850, Mismatches: 9, Indels: 3
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
859 1 0.00
860 834 0.98
861 15 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (861 bp):
GATCTTTAATATCTTTCATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATATAATTTAATTTAATAAAT
CAACCACTAATGTTCAACTACTTTTTTTTGGTATAGTTTTATATATAATAATAATGTGTTGTATC
TTAGTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTGATCAT
AAAGTTATTAAGCATGTAAGGTTGCTACATTTCTTGATATAATACTATAGTTTAACTTTCTAATT
AGTAAGCATAAATGAGAAATTTGATAACCAAAATTGCTAAGAATGTAAGGTTATTAAATTAGTTG
AAAGTTATCTAAAAAAAATTAGTTGAAAGTAGTATAATGCCTTTTTAATGATCATTATAGTTTTT
TTTAACCTTAAATAAGATCATTACCTTTTTGCTATGTTATTTTAGATCACATTGATCATTCATTA
ATTTGGTAGAGTTATAGCGAGATATCAATTTTAATTTTACTTCAACTTGCCAAAAATACGCATAT
ATAGTATATAAATTATTCTTCTATCACCAAAAAAAAGGAAAGACATATGAATTAGTAACTAGGAA
TCAATTTTGTACACCTAATTTTATACTTCCTTATGTTGCATTAAGTTCAGTTATAAATTATAACC
TTATATGGAAATTTGACTTATAGGTCCGAGTATGTTTGGTTGAATTGTGAGATTTTGGAGAGATA
TGATAATCAAAATTACAAAAAATGTAATAAGAAATTTGATAACCAATATCACAAAAGATGTAAGG
TTATTGAATTAGTGGATAGTACTATACCTCTTTTGTGATCATTATAAATTTTTCAGTAACTTTTG
AAAAAAAAATGGCAAA
Found at i:10611 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 10579--10628 Score: 100
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
10569 GTGGTGTCTA
10579 TACAAAAGTAGTTAGTATTTGATG
1 TACAAAAGTAGTTAGTATTTGATG
10603 TACAAAAGTAGTTAGTATTTGATG
1 TACAAAAGTAGTTAGTATTTGATG
10627 TA
1 TA
10629 ATGATCTTTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 26 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.04, G:0.20, T:0.38
Consensus pattern (24 bp):
TACAAAAGTAGTTAGTATTTGATG
Done.