Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01012849.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12882, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:1162 original size:333 final size:332
Alignment explanation
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1 TTATT
* *
6 GAAATTAATTCAG-AAAAATTGG-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCATTTTG
1 GAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTG
* * *
69 GCTTTGAATTATATATATTTTATGAGAGTTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAA
66 TCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAA
* * *
134 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGCACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAAAGCGTTTC
131 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTC
* * *
199 GAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCACGAAGACTCCTT-AAACCATCTATATTTATC
196 GAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCAAGAAGACTCCTTGAAA-TATCTATATTCATC
* *
263 AGACTAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTA
260 TGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTA
*
328 TATAATTC
325 TTTAATTC
* * *
336 GAAATTAAGTCAGAAAAAATTTGGAAAAACGATATTGGAAGCCTGAAAAACTCTTCAATCTTTTT
1 GAAATTAATTCAGAAAAAA-TTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTT
* * *
401 GTCTTTGAATTATAT-TTTTTTATGAAAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTT-TGGATC
65 GTCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTCCGGATC
* * * * * *
464 -ATTTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTCTAACAC-AGTTTTAAGCTAAAAAAGCAT
129 AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGA-TTTTAAGCTAAAAACGCGT
* * * * * *
527 TTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAGAAGACTTCTTCATATAT-TCATATTT
193 TTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCAAGAAGACTCCTTGAAATATCT-ATATTC
* * * *
591 ATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGACCATCTAAATCATGTTT
257 ATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTT
* * *
656 CGATTTTATTT
322 CTATTTAATTC
* * *
667 GAAATTAATTCAGAAAAAATTGGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCGTTTTG
1 GAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTG
* * * *
732 GCTTTGAATTATATATATTTTATGAGAGTTGTGCCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCTGGATCAA
66 TCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAA
* * * *
797 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAATTCATGCACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAATGCGTTTC
131 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTC
* *
862 GAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCACGAAGACTCCTT-AAACTATCTATATACATC
196 GAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCAAGAAGACTCCTTGAAA-TATCTATATTCATC
* * * *
926 TGACCAATTCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGTTTTATTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCTA
260 TGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTA
991 TTTAATTC
325 TTTAATTC
* * * * *
999 AAAATTAATTAAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAACCTTTCAAGCTTTTT
1 GAAATTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTT
** * *
1064 GTCTTTGAATTATATATTTTCAATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGATGAAAAATTTTCCGAATCA
65 GTCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCA
* *
1129 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGTGTTT
130 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTT
* * * * * *
1194 CAAGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTTAAATATCTATATTCATC
195 CGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCAAGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
* * *
1259 TGACCAAATCTCAGCTACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTCACGAGCATCTAAATCATGTTTCTA
260 TGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTA
1324 TTTAATTC
325 TTTAATTC
*
1332 GAAATTAATTCAGAAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTT
1 GAAATTAATTCAG--AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTT
* * * * *
1397 TGTCTTTGAATTATAT-TTTTTTATGAAAATTGTGTCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGTATC
64 TGTCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATC
* * * * * * * * *
1461 AAATTTTACAAAATTTTAGCAGAAATCGTATACTTTCTATTACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTT
129 AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTT
* * * * * *
1526 TCG-GAACACCGACTTAGTTTTGCCTGATTTTTTGCATA-AAGACTCCTTGAAATATTTATATTC
194 TCGAG-GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCA-AGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
* * * *
1589 ATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGTATTTGTTGTTACGAGCATTTGTATCATGTTT
257 ATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTT
1654 CTATTTAATTC
322 CTATTTAATTC
* * * * * * *
1665 AAAATTAATTAAGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCCTGAAAAACCTTTCAAGCTTTCT
1 GAAATTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTT
** * *
1730 GTCTTTGAATTATATATTTTCAATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGATGAAAAATTTTCCGAATCA
65 GTCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCA
* * *
1795 ATTTTTGTAAAATTTTATCCGAAATCGTGCACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTT
130 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTT
* * *
1860 CGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCAAAAAGACTCCTTGAACTATATATATTCATC
195 CGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCAAGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
* * * * *
1925 TGACCAAATCTCAACCACTTTGGATTCAATGATTTTTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCTA
260 TGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTA
1990 TTTAATTC
325 TTTAATTC
* *
1998 GAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACACTTCGATCTTTTTG
1 GAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTG
* *
2063 TCTTTGAATTATATATATATATTATGAGAGTTGTGGCCATAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATC
66 TCTTTGAATTATATAT-T-TTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATC
* * * * * *
2128 AATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTATACTTTTCATCACTG-CTTTAAGCTAAAAACACGT
129 AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCAC-GATTTTAAGCTAAAAACGCGT
* * * * *
2192 TTCG-GGACACCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCATA-AATACTCCTTGAAATATTTATATT
193 TTCGAGG-CCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCA-AGAAGACTCCTTGAAATATCTATATT
* * *
2255 CATCTGACCAAATCTCAGCGACTTTGGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGTATCATGT
256 CATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGG-ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGT
2320 TTCTATTTAATTC
320 TTCTATTTAATTC
* * * * * *
2333 AAAATAAATTCAG-AAAAATTGGAAAAAAGATATTAAAAGCTTGAAAAACCCTTCAAGCTGTTTT
1 GAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCT-TTTT
* * * * * * *
2397 TTCTTTGAATTGTATATTGTCTATGAGAATTGTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCA
65 GTCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCA
* * * *
2462 GTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCACTATCCATCACAATTTTAAGCTAAAAACGTGTTT
130 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTT
* *
2527 CGAGGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCAAGAAGACTCCTTGAACTATCTATATTCATC
195 CGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCAAGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
* * *
2592 TGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTAAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTGAATCCTGTTTCTA
260 TGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTA
2657 TTTAATTC
325 TTTAATTC
2665 GAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTT-
1 GAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTG
* * * *
2729 T-TTTGAATTATAT-TTTTTTATGAAAATTGTGGCCAAAAATTGTGGACAAATCTTT-CGGATCA
66 TCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTCCGGATCA
* * * *
2791 A-TTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTCTATCAC-AGTTTTAAGCTAAAAAAGCGTT
130 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGA-TTTTAAGCTAAAAACGCGTT
* * * * * * *
2854 TCGGGGCCTCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAAGAAGACTTCTTGAAATATTTATATTTAT
194 TCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCAAGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* ** * * * *
2919 CTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGACCATCTAAATCATGTTTCG
259 CTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCT
*
2984 ATGTT-ATTT
324 AT-TTAATTC
* * *
2993 GAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCCTTCAATCGTTTT
1 GAAATTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTT
* *
3058 GGCTTTGAATCATATATTTTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCA
65 GTCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCA
* * * * * * * *
3123 ATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTATACTTTCCATCATTG-CTCTAAGCAAAAAACACGTT
130 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCA-CGATTTTAAGCTAAAAACGCGTT
* * * * *
3187 TCG-GGACACCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCATA-AACACTCCTTGAAATATTTATATTC
194 TCGAGG-CCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCA-AGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
* * * *
3250 ATCTGACTAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATTTGTATCATGTTT
257 ATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTT
3315 CTATTTAATTC
322 CTATTTAATTC
* * * * * *
3326 AAAATTAATTAAGAAAAAATTTGGAAAAACAATATTAAAAGCCTGAAAAACCTTTCAAGCTTTTT
1 GAAATTAATTCAGAAAAAA-TTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTT
** * * *
3391 GTCTTTGAATTATATATTTTCAATGAGAATTGTGGGCAAAAATTGATGAAAAATTTTCCGGATCA
65 GTCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCA
*
3456 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGATTTTAAGTTAAAAACGCGTTT
130 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTT
* * *
3521 CGAGGCCCCGACTCTA-TTTTGCATGATTTTTAGCACGAAGGCTCCTTGAACTATCTATATTCAT
195 CGAGGCCCCGACTC-AGTTTTGCATGATTTTTAGCAAGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
*
3585 CTGACCAAATTTCAGCCAC------TTT--GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCT
259 CTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCT
*
3642 ATTTAATTT
324 ATTTAATTC
*
3651 GAAATTAATTCAGAAAAAATTGG-AAAACGATATTAGAAGTCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTG
1 GAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTG
* * *
3715 TCTTTGAATTATATTTTTTTTATGAAAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTT-CGGATCA
66 TCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTCCGGATCA
* * * * * *
3779 A-TTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTCTATCAC-AGTTTTAAGGTAAAAAAGTGTT
130 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGA-TTTTAAGCTAAAAACGCGTT
* * * * * *
3842 TCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAAGAAAACAT-CTTGAAATATTTATATTTA
194 TCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCAAGAAGAC-TCCTTGAAATATCTATATTCA
* * * *
3906 TCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGACCATCTAAATCATGTTTC
258 TCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTC
* * *
3971 GATTTTATTT
323 TATTTAATTC
** * *
3981 GAAATTAATTCAG-AAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGAGAAAAACCCATCAATCGTTTTG
1 GAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTG
* * *
4045 GCTTTGAATTATATATATATTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTC
66 TCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTC
4102 TCTTGACCCT
Statistics
Matches: 3273, Mismatches: 428, Indels: 130
0.85 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
321 2 0.00
322 124 0.04
323 92 0.03
324 7 0.00
325 57 0.02
327 4 0.00
328 186 0.06
329 101 0.03
330 221 0.07
331 253 0.08
332 465 0.14
333 1401 0.43
334 284 0.09
335 76 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
GAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTG
TCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAA
TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTC
GAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCAAGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
GACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTAT
TTAATTC
Done.