Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01012902.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig12935, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:2562 original size:986 final size:958
Alignment explanation
Indices: 1060--3703 Score: 2671
Period size: 986 Copynumber: 2.7 Consensus size: 958
1050 AAATCGTGTA
* * * * *
1060 ATAATCATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCAGGGCCCCAGGTCAGTATTGTATGATTTTT
1 ATAATCATCACG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGACCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTT
* * * * * * **
1125 GGCGCTAAGAATCCTTGAGATATCCATTTTAATCTAATCAAATCTCATCCACATTGCATTTATTA
65 GGCGCCAAGACTCTTTGAGATATCCATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGA
* * *
1190 ATTTGTTTTTACGAACATCTATATCTTGTTTC-AATTTAATTACAAATTAATT-AGAAAAACT-A
130 ATTTGTTTTTACGAATATCTAAATCTTGTTTCGAATTTAATTAAAAATTAATTGAGAAAAA-TAA
* * * * *
1252 TGAAAAATGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTACAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTC
194 T-AAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGTTCT-CAATATTTTTGGCATTAAATTATATATATTTT
* * * **
1317 ATGAGTATTTTAGACAAAAATTAAGGAAAAATTTTTCTGGTCATTTTTTACAAAA-TTTAGCCGA
257 ATGAGTATTTTAG-CAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTGGCAAAATTTTAGCCGA
* * * * *
1381 AATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTTTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCCCCGACTC
321 AATCTTGTACTAACCATCAC-G-------ATTTTTGGCTAAAAACGCG-TTTCGGGCGCCGACTC
* *
1446 AGTTTTGCATGATTTTTGCCGTCGAGACTCCTTGACATATCTATATAT-ATCTAATCAAATCTCA
377 AGTTTTGCATGATTTTTG-CTTCGAGACTCCTTGAAATATCTATAT-TCATCTAATCAAATCTCA
* * * * * *
1510 GCTACATTGCATTTAAGGATGTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGATTTAATTTGAAAT
440 GCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
* * * *
1575 TAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTTCTGCAATCTTTTTGGCATTG
505 TAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTCCAATCTTTTTGGTATTG
* *
1640 AAATATATATTTTTTATGAGTATTTTACACAAAAATTAGGGAAAAATAATTCTGGTCAATTTTTG
570 AAATATATATTTTTTATGAGTATTTTAC-CAAAAATT--GGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTG
* * * * *
1705 CAAAAATATAGCCGAAATCGTGTACGTTAGTCGAAATTACGTTTTTTTTTTTTTGCTAAAAACGC
632 CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC--CA-TC---A-CA-G------TTTTTTGGCTAAAAACGC
* * *
1770 ATTCCGGGGTCCC-GGTACAGTGTTGCATGATTTTTGGCGTTG-AGACTCCTTGAAATATCTATA
683 ACTCCGGGG-CCCAGGT-CAGTGTTGCATGATTTTT--CGTGGAAAACTCCTTGAAATATCTATA
*
1833 TTCATCTAACCAAATCTCGGCCACA-TTGGATTTAAGGAAAT-CTAAAACAAGCATCTGAATCAT
744 TTCATCTAACCAAATCTCAGCCACACTT-GATTTAAGGAAATGCTAAAACAAGCATCTGAATCAT
*
1896 GTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGAAAAATAATAGGAAAAACGATATGAGAAGCATGAAAAA
808 GTTTCAATTTAATCAGAAATTAATTCG-AAAA-AATAGGAAAAACGATATGAGAAGCATG-AAAA
1961 CCCTTCAATCTTATTGGCGTTGAATTATATAATTTTAATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGAA
870 CCC--CAATCTTATTGGCGTTGAATTATATAATTTTAATGAGTATTGTGGCTAAAAATT--GGAA
*
2026 ATAA-CTTT-GGCT-AA-AAT-GGTT-CG
931 A-AATATTTCGGCTCAATAATAGGTTACG
* * *
2049 ATAATCATCACAGTTTTCGGCTAAAATCGCGTTTC-GGGACCCGGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
1 ATAATCATCAC-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGACCCGGG-TCAGTTTTGCATGATTTT
* * * *
2113 TTGCGCCAAGACTCTTTGAGATATCCATATTCATCTAATCAAATATCAGCAACATTGGATTTAAG
64 TGGCGCCAAGACTCTTTGAGATATCCATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAG
* * ** * * *
2178 AATTTGTTTTTATGAGTATCTGGATTTTATTTCGAATTTAGTTAAAAATTAATTGAGAAAAATAA
129 AATTTGTTTTTACGAATATCTAAATCTTGTTTCGAATTTAATTAAAAATTAATTGAGAAAAATAA
*
2243 TAAAAATGATATTAAAAGCATGAAAAGTTCTCCAATATTTTTGGCATTAAATTATATATATATAT
194 TAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGTTCT-CAATATTTTTGGCATTAAATTATATATAT-T-T
*
2308 TATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGTCGGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTGGCAAAATTTTAGCC
256 TATGAGTATTTTAG-CAAAAATTG-AGGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTGGCAAAATTTTAGCC
* * *
2373 GAAATCTTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCGCCAACTTAGTTTT
319 GAAATCTTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCG-GGCGCCGACTCAGTTTT
* ** * *
2438 GCATGATTGTTTGCTTTGAGACTTGTTAAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCATAT
383 GCATGATT-TTTGCTTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACAT
*
2503 TGAATCTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA
447 TGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA
* * *
2568 GAAAAATATGAAAAACGATATTAAATGCGTGAAAAATCCTCCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATA
512 GAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTCCAATCTTTTTGGTATTGAAATATA
* * ** *
2633 TATATTTTATGAGTGTTGTGGCCTAAAATTGAGACAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATT
577 TATTTTTTATGAGTATT-TTACCAAAAATTG-GA-AAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATT
* **
2698 TTAGCCGAAATCGTTTACCATCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGTGCTCCGGGGCCCAGGGTCAGT
639 TTAGCCGAAATCGTGTACCATCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCACTCCGGGGCCCA-GGTCAGT
* *
2763 TTTGCATGATTTTTCGTGGCAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCA
703 GTTGCATGATTTTTCGTGG-AAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCA
** * **** * * * *
2828 CACTTGATTTAAGGATTTGTTTTTGCGAGCATTTGAATTATGTTTCAATTTAATTAGAAATTAAT
767 CACTTGATTTAAGGAAATGCTAAAACAAGCATCTGAATCATGTTTCAATTTAATCAGAAATTAAT
* ** * * * * *
2893 TTGAAAAAATAGGAAAAATTATATTAGAAGCGTGAGAAGCCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATA
832 TCGAAAAAATAGGAAAAACGATATGAGAAGCATGAAAACCCCAATCTTATTGGCGTTGAATTATA
* * **
2958 TCATTTTAATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGTAATATTTT
897 TAATTTTAATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGGAAAAATATTTCGGCTCAA------TAATAGGTT
3023 AGCCG
956 A--CG
* * *
3028 A-AATCGTGTATCATCTTTGTTTCTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCTGGGTCAGTTTTGCA
1 ATAATC----ATCA-C---GTTT-TTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGACCCGGGTCAGTTTTGCA
* ** * * *
3092 TGATTTTTGGCGCCAAAACTCCTTAAAATATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATT
57 TGATTTTTGGCGCCAAGACT-CTT-TGAGATATCCATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATT
* * * * ***
3157 GTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAATTTCTAAATCTTGTTTTG-ATTTAATCGGAAATTAATTTG
120 GCATTTAAGAATTTGTTTTTACGAATATCTAAATCTTGTTTCGAATTTAATTAAAAATTAA-TTG
* * * * *
3221 -GAAATAA-AATAGGTTAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAAGGCTT-TC-ATTTTTTTGGTATTG
184 AGAAA-AATAATA---AAAATGATATTAAAAGCGTG-AAAA-G-TTCTCAATATTTTTGGCATTA
* * * * * *
3282 AATTATATATTTTTTATGAGTATTTTTGCTAGAAATCGAGGAAAAATATATCGGGTCAATTTTTG
242 AATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGC-AAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAA-TTTTG
* * * * *
3347 G-AAAATTTTAGCTGAAATCTTGTATTAACCATCACAATTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCGGG-G
305 GCAAAATTTTAGCCGAAATCTTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCG
* * * * *
3410 TCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTG-TGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACC
370 -CCGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGCT-TCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATC
* * * *
3474 AAATCTTAGCCACATT-AGATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGGTTCGATTTA
432 AAATCTCAGCCACATTGA-ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTA
* * * * * * * *
3538 ATTAGAAATTAATTCGGAAAGAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCTTTAAAAACCCTTCAATCT
496 ATTAGAAATTAATTCAG-AA-AAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTCCAATCT
* *
3603 TTTTGATATTG-AATCATATATTTTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATT-GAATAAATATCTTTC
559 TTTTGGTATTGAAAT-ATATATTTTTTATGAGTATTTTA-CCAAAAATTGGAA-AAATA--TTTC
*
3666 GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAC
619 GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
3704 TAACCATCAC
Statistics
Matches: 1386, Mismatches: 202, Indels: 135
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
965 2 0.00
966 8 0.01
967 3 0.00
968 54 0.04
970 9 0.01
971 26 0.02
972 98 0.07
973 43 0.03
975 3 0.00
976 2 0.00
978 5 0.00
979 4 0.00
980 1 0.00
982 4 0.00
983 3 0.00
984 2 0.00
985 15 0.01
986 436 0.31
987 117 0.08
988 215 0.16
989 125 0.09
990 114 0.08
991 15 0.01
992 24 0.02
993 30 0.02
994 28 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (958 bp):
ATAATCATCACGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGACCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTG
GCGCCAAGACTCTTTGAGATATCCATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGAA
TTTGTTTTTACGAATATCTAAATCTTGTTTCGAATTTAATTAAAAATTAATTGAGAAAAATAATA
AAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGTTCTCAATATTTTTGGCATTAAATTATATATATTTTATGA
GTATTTTAGCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTGGCAAAATTTTAGCCGAAATCT
TGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCGCCGACTCAGTTTTGCATGATT
TTTGCTTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAA
GGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAT
GAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTCCAATCTTTTTGGTATTGAAATATATATTTTTTA
TGAGTATTTTACCAAAAATTGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
GTGTACCATCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCACTCCGGGGCCCAGGTCAGTGTTGCATGATTTT
TCGTGGAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACACTTGATTTAAGG
AAATGCTAAAACAAGCATCTGAATCATGTTTCAATTTAATCAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGA
AAAACGATATGAGAAGCATGAAAACCCCAATCTTATTGGCGTTGAATTATATAATTTTAATGAGT
ATTGTGGCTAAAAATTGGAAAAATATTTCGGCTCAATAATAGGTTACG
Found at i:3857 original size:334 final size:331
Alignment explanation
Indices: 541--6612 Score: 2857
Period size: 330 Copynumber: 18.2 Consensus size: 331
531 CAGCCATTGC
* * * *
541 TTTTACAAGCATCTGAATCATGTTTC-ATTTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAACATAAGAAAA
1 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGA-TTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA-ATAGGAAAA
* * * * * *
605 ACGGTATTAGAAGCATG-AAAA-CCTTTCAATC-TTTTGGCGTTGAATTATATAT-TATTTATAA
64 ACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCC-TCCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATAT-TTTATGA
* * * * * * * *
666 GCATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTTGGGTCAATTTTTCCAAAATATTAGCCGAAATC
127 GTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
* ** * *
731 GTG--TAA-CATCACGGTTTTTTTTTTTTG-TCAAAAA-GCGTTCCGAGACCCCGGGTCAGTTTT
192 GTGTATAACCATCACGG-----TTTTTTGGCT-AAAAACGCGTTCCG-GGGCCCAGCTCAGTTTT
* * * *
791 GCATGA----T-GCGCCAAAAAT-CATGCAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA
250 GCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTG-AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACA
* *
850 TTGGAATTAAGAATTT-T
314 TTGGATTTAAGGATTTGT
* * ** *
867 TTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTC-ATATTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAGTAGGGAAAA
1 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAT-TTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA-GGAAAA
* * * * * *
931 A-GATATTAGAAGCATAAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGA-TGAATTATATAT-TTTT-T--
64 ACGATATTAAAAGCGT-GAAAAATCCTCCAATCTTTTTGGC-ATTGAATTATATATATTTTATGA
* * * * * *
990 -TATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAATATTTTTTTC-GGTCAATTTTTGAAAAATGTTAGCCGAAA
127 GTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAA-A-ATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
* * * * * *
1053 TCGTGTAATAATCATCAC-GTTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCAGGGCCCCAGGTCAGTATTGTA
190 TCGTGT-ATAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGGCCCAGCTCAGTTTTGCA
* * * * * * * * *
1117 TGATTTTTGGCGCTAAGAATCCTTGAGATATCCATTTTAATCTAATCAAATCTCATCCACATTGC
253 TGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGG
***
1182 ATTTATTAATTTGT
318 ATTTAAGGATTTGT
* * * * *
1196 TTTTACGAACATCT-ATATCTTGTTTCAATTTAATTACAAATTAATT-AGAAAAACTATGAAAAA
1 TTTTACGAGCATCTGA-ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAA
* * * * * * *
1259 TGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTACAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTA
65 CGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTCCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATATTTTATGAGTA
* * * * *
1324 TTTTAGACAAAAATT-AAGGAAAAATTTTTCTGGTCATTTTTTACAAAA-TTTAGCCGAAATCGT
130 TTTTAGCCAAAAATTGAA-GAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
* * ** *
1387 GTACTAACCATCACAGTTTTTTTTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCCCCGACTCAGTTTT
194 GTA-TAACCATCAC-G------GTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCAG-CTCAGTTTT
* * * * * *
1452 GCATGATTTTTGCCGTCGAGACTCCTTGACATATCTATATAT-ATCTAATCAAATCTCAGCTACA
250 GCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATAT-TCATCTAACCAAATCTCAGCCACA
* *
1516 TTGCATTTAAGGATGTGT
314 TTGGATTTAAGGATTTGT
* * * *
1534 TTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGATTTAATTTGAAATTAATTCAG-AAAAATATGAAAAAC
1 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAAC
* * * * *
1598 GATATTAAAAGCGTGAAAAGTTCTGCAATCTTTTTGGCATTGAAATATATATTTTTTATGAGTAT
66 GATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTCCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATATTTTATGAGTAT
* * * * *
1663 TTTA-CACAAAAATT-AGGGAAAAATAATTCTGGTCAATTTTTGCAAAAATATAGCCGAAATCGT
131 TTTAGC-CAAAAATTGA-AGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
* * * * * * *
1726 GTACGTTAGTCGAAATTACGTTTTTTTTTTTTTGCTAAAAACGCATTCCGGGGTCCC-GGTACAG
194 GTA---TA-AC--CATCACG-----GTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGG-CCCAGCT-CAG
* *** *
1790 TGTTGCATGATTTTTGGCGTTGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCGGCC
246 TTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC
** *
1855 ACATTGGATTTAAGGAAAT-C
311 ACATTGGATTTAAGGATTTGT
*** * * *
1875 TAAAACAAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTC-GAAAAATAATAGGAAAA
1 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAA-AATAGGAAAA
* * * * * * *
1939 ACGATATGAGAAGCATGAAAAACCCTTCAATCTTATTGGCGTTGAATTATATA-ATTTTAATGAG
64 ACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTCCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATATTTT-ATGAG
* * * * * *
2003 TATTGTGGCTAAAAATTGAGGAAATAA-CTTT--GG-C------T--AAAA---T-G--G--TTC
128 TATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAA-AATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
* * * * * * *
2048 --G-ATAATCATCACAG-TTTTCGGCTAAAATCGCGTTTCGGGACCCGGGCTCAGTTTTGCATGA
192 GTGTATAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC-AGCTCAGTTTTGCATGA
* * * * * * *
2109 TTTTTTGCGCCAAGACTCTTTGAGATATCCATATTCATCTAATCAAATATCAGCAACATTGGATT
256 TTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATT
*
2174 TAAGAATTTGT
321 TAAGGATTTGT
* * * * * * * * **
2185 TTTTATGAGTATCTGGATTTTATTTCGAATTTAGTTAAAAATTAATTGAG-AAAAATAATAAAAA
1 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG-ATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAA
* * * * * *
2249 TGATATTAAAAGCATGAAAAGTTCTCCAATATTTTTGGCATTAAATTATATATATATATTATGAG
65 CGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTCCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATAT-T-TTATGAG
* ** * *
2314 TATTTTAGTCAAAAATTGTCGGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTGGCAAAATTTTAGCCGAAATC
128 TATTTTAGCCAAAAATTG-AAGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
* * * * *
2379 TTGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCGCCAACTTAGTTTTGCATG
192 GTGTA-TAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGC-CCAGCTCAGTTTTGCATG
**** ** * * * *
2443 ATTGTTT-GCTTTGAGACTTGTTAAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCATATTGAA
255 ATT-TTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGA
*
2507 TCTAAGGATTTGT
319 TTTAAGGATTTGT
* *
2520 TTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATATGAAAAAC
1 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAAC
* ** *
2584 GATATTAAATGCGTGAAAAATCCTCCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATATTTTATGAGTGT
66 GATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTCCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATATTTTATGAGTAT
* * *
2649 TGTGGCCTAAAATTG-AGACAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT-
131 TTTAGCCAAAAATTGAAGA-AAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
* * * *
2712 T-T-ACCATCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGTGCTCCGGGGCCCAGGGTCAGTTTTGCATGATTT
195 TATAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCA-GCTCAGTTTTGCATGATTT
* * * * *
2775 TTCGTGGCAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACACTT-GATTTA
259 TTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACA-TTGGATTTA
2839 AGGATTTGT
323 AGGATTTGT
* * * *
2848 TTTTGCGAGCATTTGAAT-TATGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATT-TGAAAAAATAGGAAAAA
1 TTTTACGAGCATCTGAATCT-TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAA
** * * * * *
2911 TTATATTAGAAGCGTG-AGAA-GC-CCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATCAT-TTTAATGAGT
65 CGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTCCAATCTTTTTGGCATTGAATTATAT-ATATTTTATGAGT
* * * * *
2972 ATTGTGGCTAAAAATTG--GAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGTAATATTTTAGCCGAAATCGT
129 ATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
*** * ** *
3035 GTAT---CATCTTTGTTTCTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCTGGGTCAGTTTTGCATGATT
194 GTATAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGG-CCCAGCTCAGTTTTGCATGATT
* * *
3097 TTTGGCGCCAAAACTCCTTAAAATATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGTATT
258 TTTGGCGCCAAGACTCCTT-GAA-ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATT
3162 TAAGGATTTGT
321 TAAGGATTTGT
*** * * ** ** **
3173 TTTTACGAATTTCTAAATCTTGTTTTGATTTAATCGGAAATTAATTTGGAAATAAAATAGGTTAA
1 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AA-AAAATAGGAAAA
* * * * * *
3238 ACGATATTAAAAGCGTGAAAAAGGCTTTC-ATTTTTTTGGTATTGAATTATATATTTTTTATGAG
64 ACGATATTAAAAGCGTGAAAAA-TCCTCCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATATTTTATGAG
* * * * * * * * *
3302 TATTTTTGCTAGAAATCGAGGAAAAATATATCGGGTCAATTTTTGGAAAATTTTAGCTGAAATCT
128 TATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
** * * **
3367 TGTATTAACCATCAC-AATTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCTGGCTCAGTTTTGCATGAT
193 TGTA-TAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCAGCTCAGTTTTGCATGAT
* * * *
3431 TTTTTGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACATTAGATTT
257 TTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTT
*
3496 AAGGATTTAT
322 AAGGATTTGT
* *
3506 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGGTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAGAAATAGGAAAAA
1 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAA-AAATAGGAAAAA
* * * * * * ** *
3571 CAATATTAGAAGCTTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATATTGAATCATATAT-TTTTCATGAGT
65 CGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTCCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATATTTT-ATGAGT
* * * *
3635 ATTTTAGCCAAAAATTGAATAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGT
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** * ** * **
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Done.