Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013088.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13121, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6329
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.20, T:0.38
Found at i:1905 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1464--2458 Score: 1428
Period size: 154 Copynumber: 6.5 Consensus size: 154
1454 AGATGATTGC
* *
1464 TTTGGTGAGATTAGTCCACCGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGTGCCTAT
1 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
** * * *
1529 CGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCAT
66 CGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCAT
*
1594 TGTTTATGGCC-AAATAATAATCAT
131 TGTTTATGGCCTAACT-ATAATCAT
* * *
1618 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTGGGAAGACTTTTTATTTT-GGCCTAT
1 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
* ** * * * *
1682 CGGAGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTAGCAACCCTCAATTCTTTTCTTTCCAT
66 CGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCAT
* * * *
1747 TGTTTAGGGCCTAAATCTAATAAT
131 TGTTTATGGCCTAACTATAATCAT
* * *
1771 TTTGGTGAGATTATTCCACTGTTAAGTTTTTAGGTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
1 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
* * *
1836 CGGGGCCCATTAGTGACGTATTGATTCGTATTCGATTTGGCAAACCTCAAGGCTTTTCTTTCCAT
66 CGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCAT
*
1901 TGTTTATGGCCTAACTATAATAAT
131 TGTTTATGGCCTAACTATAATCAT
* *
1925 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
1 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
* * * *
1990 TGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCTTCTTCGAATTGGCAAACCTCAATGCTTTTGTTTCCAT
66 CGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCAT
* *
2055 TGTTTATGGGCTACCTATAATCAT
131 TGTTTATGGCCTAACTATAATCAT
* * * *
2079 TTTGTTTAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTCGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
1 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
* *
2144 CGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTTTTCGATTTGGCAAACCTGAATGC-TTTCTTTCCAT
66 CGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCAT
*
2208 TGTTTATGGCATAACTATAATCA-
131 TGTTTATGGCCTAACTATAATCAT
* *
2231 TTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGGTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT-GGCCTAT
1 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
* * *
2295 CGGAGGCCCATTAGT-TCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCC
66 CGG-GGCCCATTAGTGAC-GTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCC
*
2359 ATTGTTTATGGCATAACTATAATCAT
129 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATCAT
* *
2385 TTTAGTGAGATTAGTCCACTGTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACATG-TATTTTGGGCCTA
1 TTTGGTGAGATTAGTCCACTG-TGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTA
*
2449 TTGGGGCCCA
65 TCGGGGCCCA
2459 ACCTCAATGC
Statistics
Matches: 760, Mismatches: 73, Indels: 16
0.90 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
151 11 0.01
152 94 0.12
153 198 0.26
154 421 0.55
155 36 0.05
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.40
Consensus pattern (154 bp):
TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
CGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCAT
TGTTTATGGCCTAACTATAATCAT
Found at i:2418 original size:461 final size:461
Alignment explanation
Indices: 1468--2458 Score: 1454
Period size: 461 Copynumber: 2.2 Consensus size: 461
1458 GATTGCTTTG
* * *
1468 GTGAGATTAGTCCACCGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGTGCCTATCGGG
1 GTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATTGGG
** * * *
1533 GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
66 GCCCATTAGTGACGTATTGAATCATCTTCGAATTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* * *
1598 TATGGCCAAATAATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTGGGAAG
131 TATGGCCAAATAATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTCGGAAC
* ** * *
1663 ACTTTTTATTTTGGCCTATCGGAGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTAGCAACCC
196 ACTTGTTATTTTGGCCTATCGGAGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACC
* * * * *
1728 TCAATTCTTTTCTTTCCATTGTTTAGGGCCTAAATCTAATAATTTTGGTGAGATTATTCCACTGT
261 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAGGGCATAAATATAATAATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGT
* * *
1793 TAAGTTTTTAGGTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATT
326 GAAGGTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATT
* * *
1858 GATTCGTATTCGATTTGGCAAACCTCAAGGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATA
391 GAATCGTATTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCATAACTATAATA
*
1923 ATTTTG
456 ATTTTA
* *
1929 GTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTAATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATTGGG
1 GTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATTGGG
* *
1994 GCCCATTAGTGACGTATTGAATCTTCTTCGAATTGGCAAACCTCAATGCTTTTGTTTCCATTGTT
66 GCCCATTAGTGACGTATTGAATCATCTTCGAATTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* ** * *
2059 TATGGGCTACCT-ATAATCATTTTGTTTAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTCGGAA
131 TAT-GGCCAAATAATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTCGGAA
* * *
2123 CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTTTTCGATTTGGCAAA
195 CACTTGTTATTTT-GGCCTATCGGAGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAA
* * * *
2188 CCTGAATGC-TTTCTTTCCATTGTTTATGGCATAACTATAATCA-TTTAGTGAGATTAGTCCACT
259 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAGGGCATAAATATAATAATTTTAGTGAGATTAGTCCACT
*
2251 GTGAAGGTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT-GGCCTATCGGAGGCCCATTAGT-TCTG
324 GTGAAGGTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGG-GGCCCATTAGTGAC-G
* *
2314 TTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCATAACTAT
387 TATTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCATAACTAT
*
2379 AATCATTTTA
452 AATAATTTTA
*
2389 GTGAGATTAGTCCACTGTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACATG-TATTTTGGGCCTATTGG
1 GTGAGATTAGTCCACTG-TGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATTGG
2453 GGCCCA
65 GGCCCA
2459 ACCTCAATGC
Statistics
Matches: 474, Mismatches: 51, Indels: 11
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
459 11 0.02
460 172 0.36
461 235 0.50
462 56 0.12
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.40
Consensus pattern (461 bp):
GTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATTGGG
GCCCATTAGTGACGTATTGAATCATCTTCGAATTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
TATGGCCAAATAATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTCGGAAC
ACTTGTTATTTTGGCCTATCGGAGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACC
TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAGGGCATAAATATAATAATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGT
GAAGGTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATT
GAATCGTATTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCATAACTATAATA
ATTTTA
Found at i:2560 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 2338--2569 Score: 385
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 120
2328 CGATTTGGCA
* *
2338 AACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCATAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCA
1 AACCTCAAAGCTTTTCTTTACATTGTTTATGGCATAACTATAATCATTTGAGTGAGATTAGTCCA
2403 CTGTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACATGTATTTTGGGCCTATTGGGGCCC
66 CTGTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACATGTATTTTGGGCCTATTGGGGCCC
* * * *
2458 AACCTCAATGCTTTTCTTTAGATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTGGGTGAGATTAGTCCA
1 AACCTCAAAGCTTTTCTTTACATTGTTTATGGCATAACTATAATCATTTGAGTGAGATTAGTCCA
*
2523 CTG-TGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
66 CTGTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACATG-TATTTTGGGCCTAT
2570 CCCCATTAGT
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 7, Indels: 2
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
119 28 0.27
120 76 0.73
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (120 bp):
AACCTCAAAGCTTTTCTTTACATTGTTTATGGCATAACTATAATCATTTGAGTGAGATTAGTCCA
CTGTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACATGTATTTTGGGCCTATTGGGGCCC
Found at i:2712 original size:270 final size:268
Alignment explanation
Indices: 2186--2728 Score: 797
Period size: 270 Copynumber: 2.0 Consensus size: 268
2176 CGATTTGGCA
* *
2186 AACCTGAATGCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCATAACTATAATCATTTAGTGAGATTAGTCCACT
1 AACCTCAATGCTTTCTTTACATTGTTTATGGCATAACTATAATCATTTAGTGAGATTAGTCCACT
*
2251 GTGAAGGTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGCCTATCGGAGGCCCATTAGTTCTGTT
66 GTGAAGGTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGCCTATC----GCCCATTAGTACTGTT
* *
2316 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCATAACTATAA
127 TTAAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCAATGTTTATGGCATAACTATAA
* * *
2381 TCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACATGTATTTTGGGC
192 TCATTTTAGTAAGATTAGTCCACTGTTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACATGTATTTTGGAC
* *
2446 CTATTGGGGCCC
257 ATATCGGGGCCC
* * *
2458 AACCTCAATGCTTTTCTTTAGATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTGGGTGAGATTAGTCCA
1 AACCTCAATGC-TTTCTTTACATTGTTTATGGCATAACTATAATCATTT-AGTGAGATTAGTCCA
*
2523 CTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC-CCCATTAGTGAC-GTT
64 CTGTGAAGGTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT-GGCCTATCGCCCATTAGT-ACTGTT
* * *
2586 TTAAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAA
127 TTAAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCAATGTTTATGGCATAACTATAA
* *
2651 TCATTTTGGTAAGATTAGTCCACT-TTGAAGTTTTTAACTCATTTGGTACAC-TAGTTATTTTGG
192 TCATTTTAGTAAGATTAGTCCACTGTTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACAT-G-TATTTTGG
2714 ACATATCGGGGCCC
255 ACATATCGGGGCCC
2728 A
1 A
2729 TTAGTTCCGT
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 19, Indels: 14
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
268 1 0.00
269 26 0.11
270 114 0.46
271 1 0.00
272 10 0.04
273 34 0.14
274 52 0.21
275 8 0.03
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (268 bp):
AACCTCAATGCTTTCTTTACATTGTTTATGGCATAACTATAATCATTTAGTGAGATTAGTCCACT
GTGAAGGTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGCCTATCGCCCATTAGTACTGTTTTAA
ATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCAATGTTTATGGCATAACTATAATCAT
TTTAGTAAGATTAGTCCACTGTTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACATGTATTTTGGACATAT
CGGGGCCC
Found at i:3019 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 2460--6322 Score: 5958
Period size: 154 Copynumber: 25.1 Consensus size: 154
2450 TGGGGCCCAA
** *
2460 CCTCAATGCTTTTCTTTAGATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTGGGTGAGATTAGTCCACT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
**
2525 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC----CCCATTAGTGACGTT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
*
2586 TTAAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
131 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* *
2610 CCTCAATGCTTTTCTTTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* * * * * *
2675 TTGAAGTTTTTAACTCATTTGGTACACTAGTTATTTTGGACATATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
**
2740 TTGAATCGTCTTCGATTTTCCAAC
131 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* * ** *
2764 CATCAATGCTTTTCTTTCCATT-TTTATGGCTTAACTATAATGTTTTTGGTGAGATTAGTCCACA
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* ***
2828 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGATCACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGAAGTT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
* *
2893 TTGAATCGTCTACGATTTGGCAAA
131 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* * *
2917 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTCTAATAATTTTGGTGAGATTATTCCACT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* * *
2982 GTTAAGTTTTTAGGTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGACCCATTAGTTCCGTT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
3047 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
131 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* *
3071 CCTTAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCACTTTGGTGAGATTAGTCCACT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
**
3136 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
3201 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
131 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* * ** *
3225 CCTCAATTCTTTACTTTAGATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTATTCCACT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* ** *
3290 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCTGGGCCCATTAGTGACATT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
* * *
3355 TTGAATCGTCTTCAATTTCGCAAT
131 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
3379 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* * * *
3444 GTGAAGTTTTTAACTCATTTAGAACACTTGTTAGTTTTGGGCCTAGTGGGGGGACCCATTAG-TG
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTA-TTTTGGGCCTA-T-CGGGG-CCCATTAGTTC
**
3508 ATTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
127 CGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* * *
3536 CCTCAAT-CCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTGTAGATTATTCCAC
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG-AGATTAGTCCAC
* * ** *
3600 TGTGAAG-TTTTAGGTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGACCCATTAGTGACAT
65 TGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGT
*
3664 TTTGAATCGTCTTCGATTTCGCAAC
130 TTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* *
3689 CCTCAATGCTTTTCCTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACA
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* * * *
3754 GTGAAGTTTTTAGCTGATTTTGAACACTTGTTATTTTGTGCTTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
* *
3819 TTGAATCCTCTTCGATTTCGCAAC
131 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* * * **
3843 CATCAATGCTTTACCTTAGATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
*
3908 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGCCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
3973 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
131 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
3997 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* *
4062 GTGAAGTTTTTAGGTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGACCCATTAGTTCCGTT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
4127 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
131 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* * * * *
4151 CCTCAATGTTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACAATAATTATTTTGGTGCGATTAGTCTACT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* * *
4216 TTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGTGCCTATCGGGGCCCATTAGTTTCGTT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
*
4281 TTGAATCGTTTTCGATTTGGCAAC
131 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
*
4305 CATCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* *
4370 TTGAAGTTTTTAGCTTATTTGGAACACTTG-TATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
4434 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
131 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
4458 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* ** *
4523 GTGAAGTTTTTAGTTCATTTGGAACACAAGTTATTTTGGGCCTATCGGGACCCATTAGTTCCGTT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
4588 TTGAATCGTCTTCGATTTGGTCAAC
131 TTGAATCGTCTTCGATTTGG-CAAC
* *
4613 CCTTAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCACTTTGGTGAGATTAGTCCACT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* *
4678 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCCATAGGGGCCCATTAGTTCCGTT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
*
4743 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAA
131 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* *
4767 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGTTGAGATTAGTCCATT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
4832 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC-CTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
*
4896 TTGAATCGTCCTCGATTTGGCAAC
131 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* * ** * * *
4920 CATCAATGCTTTACTTTAGATTGTTTATGGCATAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTACAAT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* *
4985 GTGAAGTTTTTTAGCTCATTTTGAACACTT-TTATTTTGGGCCTACCGGGGCCCATTAGTTCCGT
66 GTGAAG-TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGT
*
5049 TTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAA
130 TTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* * * *
5074 CCTCAATGTTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACAATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCTACT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* **
5139 TTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
5204 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
131 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* * * *
5228 CATCAATGCTTTTCGTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGTTGAGATTAGTCCATT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* *
5293 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC-CTAGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCACATTAGTTCCGTT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
*
5357 TTGAATCGTCCTCGATTTGGCAAC
131 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* ** * * *
5381 CATCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAAAGCATAAATATAATCATTTTGGTGAGATTAGTACACT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* * * ****
5446 GTGAAGTTTTTAACCCA-TTGAGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATGGGGGCCCATTAGTGATTT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTG-GAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGT
5510 TTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
130 TTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* * *
5535 CCTCAATCCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTATTCCACT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* * *
5600 GTGAAGTTTTTAGGTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGACCCATTAGTCCCGTT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
5665 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
131 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* *
5689 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACA
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
*
5754 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCTCATTAGTTCCGTT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
*
5819 TTGAATCGTTTTCGATTTGGCAAC
131 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* * *
5843 CCT-ATATGTTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAAATTAGTCCAT
1 CCTCA-ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCAC
* * * * * * ***
5907 TGTGAAGTTTTTAGCTAAATTGGAACACTTTTTATTTTAGTCCTATCGGGGCCCATTTGAGACGT
65 TGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGT
5972 TTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
130 TTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
*
5997 CCTCAA-GCTTTTCTTTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
1 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* *
6061 TTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAATCACTTGTTATTTTGGGCCAATCGGGGCCCATTAGTTCCGT
66 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA-CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGT
*
6126 TTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAA
130 TTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
*
6151 CCTCAATGTCTTTTCTTTCCATTTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGTTGAGATTAGTCCA
1 CCTCAATG-CTTTTCTTTCCA-TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
*
6216 TTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC-CTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCG
64 CTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCG
*
6280 TTTTGAATCGTCCTCGATTTGGCAAC
129 TTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
* *
6306 CATCAATGCTTTACTTT
1 CCTCAATGCTTTTCTTT
6323 AGATTGA
Statistics
Matches: 3373, Mismatches: 313, Indels: 50
0.90 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
150 100 0.03
152 11 0.00
153 683 0.20
154 2133 0.63
155 243 0.07
156 79 0.02
157 116 0.03
158 8 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTT
TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
Done.