Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013150.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13183, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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1 T
* * * * *
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1 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTC
* * * * * *
67 AAGCTTTTCATATTGTGTTTCATATTTATTT-TGAATTGACTTCTAATTAAGTCGAAACAAAATT
66 ACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTT-TTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATT
* * *
131 TAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGGGATTTGATTAGATGAATATGCAT
130 CAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGAT
* * * * * * * *
196 TTCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATTATGCAAAACTGACCCAGGGACTCGAAACGC-TTTTTA
195 ATCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTA
* * * ** * * * **
260 GCCAAAAACCGTGAT--TTATTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAGTGAACTGAAAAAA
260 GCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAATT
323 TTTTCCTC
325 TTTTCCTC
* *
331 AATTTTTGGCTAAAATAGTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTA
1 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTC
* *
396 ACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTATTTAAGTCGAAACAAGATTT
66 ACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTC
* *
461 AGATGCTTGT----ATAAA--C--AAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAA-ATTGGAT
131 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATA-TGGAT
* * * ** * *
517 ATCTCAAGGAGTTTTGGCATAAAAAATCATGCGAAACTAAGTTGGAGCCTCGAAACACGTTTCTA
195 ATCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTA
* * * *
582 GCAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTTGGTTAAAATGTTGGAAAAAATGACCCGAAAAT
260 GC-AAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAT
*
647 TTTTTCCTT
324 TTTTTCCTC
* * *
656 AATTTTTTGGCAAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAACGCCAAAACGATTGGAGGACTTTT
1 AA-TTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTT
* *
721 AACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTATTTAAGTCGAAACAAGATT
65 CACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATT
* * *
786 CAGATGCTCATAAAAACAAATCCCTAAAAGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGAT
130 CAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGAT
* * *
851 ATCTCAAGGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGTGTTCCTA
195 ATCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTA
* * * *
916 GC-AAAAACTGTGATCGTTAGTACATGATTTCGGTTAAAATTTTGAAAAAAATAACCCGAAAATT
260 GCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAA-T
*
980 TTTTTCCTA
324 TTTTTCCTC
* * * *
989 AAATTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTCAACGCTAAAAAGGTTGGAGGACTTTTC
1 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTC
* * * * * *
1054 ACGCTTTTCATCTCATGTTTCATATTTTTTCTGAATTAACTTCTAATTAAGTCAAAACAAGATTT
66 ACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTC
* * *
1119 AGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATGCAATGTGGCTGATATTTGATTAGATGAATATGCATA
131 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATA
* ** * * *
1184 TCTCAAGGAGTCTTGCCAACAAAAATCATGCAAAACTGA-CACGGGGCCTCGAAACGC-TTTTTA
196 TCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGC-CGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTA
* * * * * * * *
1247 GCCAAAAACCGTGAT--TTATTACACGATTTCGGTTAAAATTTT-TATAAAAATGACCTGAAAAA
260 GCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCA-AAAAATGACCCGAAAAT
*
1309 TGTTTCCTC
324 TTTTTCCTC
* * *
1318 AATTTTTGGCTAAAATACTCCTGAAATAGATGTAGTTTAATGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTC
1 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTC
* *
1383 ACGCTTTTCATATCG-TTTTCATA--TTTTCTGAATTTATTTGTAATTAAGTCGAAACAAGATTC
66 ACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTC
* *
1445 AGATGCTCCT----ATAAA--C--AAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAA-ATTGGAT
131 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATA-TGGAT
* * * * *
1501 ATCTCAAGGAGTCTTGGCGTAAAAAATCTTGCGAAACTAAGCCGGAGCCTTGAAACACGTTTCTA
195 ATCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTA
* *
1566 GCAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGTTAAAATGTTGCAAAAAATGACCCGAAAAT
260 GC-AAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAT
*
1631 TTTTTCCTT
324 TTTTTCCTC
* * * *
1640 AATTTTTTTAGCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAATGACAAAAAGATTGGAGGACTTT
1 AA--TTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTT
* *
1705 TCACGCTTTTCACATAGTTTTTCATAATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGA
64 TCACGCTTTTCATATCGTTTTTCAT-ATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGA
* *
1770 TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGTTGAGATTTGATTAGATAAATATGG
128 TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGG
*
1835 ATATCTCAAGGAGTCATGGCGTCAAAAAT-ATTGCGAAACT-AGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTT
193 ATATCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCA-TGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTT
* *
1898 CTACCAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTACCCGAA
257 CTAGC-AAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAA
** **
1963 TTTTTTTTTATC
321 AATTTTTTCCTC
* * * *
1975 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAACACCTAAAAGATTGAAGGACTTTTC
1 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTC
* *
2040 ACGCTTTTCTTATCGTTTTTCATATTTTTT-TAAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTC
66 ACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTC
*
2104 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATT
131 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATA
* * * * * * *
2169 TCTCAAGGAGTGTTAGCGACAAAAAACATGCGAAAATAAGCCGGGACCTCGAATCGCGTTTCTAG
196 TCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTAG
* * *
2234 CGAAAAACTGTGAT-G---G----TGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAATGACCCGAAAAATT
261 CAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAATTT
2291 TTTCCTC
326 TTTCCTC
* * *
2298 AATTTTTCGCTAAAATACTCATGAAATAGATTTAATTTAATGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTC
1 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTC
* * * *
2363 ACGCTTTTCATATTGTTTTTCTTATTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTATGTCGAAACAAGAA
66 ACGCTTTTCATATCGTTTTTC--ATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGAT
* * * *
2428 TAAGATGCTCGTATAAA-AAATCCTTAAATGTAATGTGGCTGGGATTTGATTAGATGAATATGGA
129 TCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGA
* *
2492 TATTTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTATCT
194 TATCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCT
* * *
2557 AGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGATAAAATTTTGCAAAAAATTACGCGAAAAT
259 AGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAT
2622 TTTTTCCTC
324 TTTTTCCTC
2631 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTC
1 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTC
* *
2696 ACGCTTTTCATATCATTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTTGAAACAAGATTC
66 ACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTC
* * *
2761 TGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGTGATTTGATTAGATGAATATGGATA
131 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATA
* * * * *
2826 TCTCAAGGAGTCCTGGCGTCAAAAATCATGCGAAATTAAGCCGGGGTCTCGAAACACGTTTCTAC
196 TCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTAG
* * * *
2891 CAAAAAAAACTGTGATGATTAGTAGATGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAAATGTCCCGAAAAT
261 C--AAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAT
2956 TTTTTCCTC
324 TTTTTCCTC
* * *
2965 AATTTTTGCCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAACGCCAAAATGATTGGAGGACTTTTC
1 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTC
*
3030 ACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTGATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTC
66 ACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTC
*
3095 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGAATTGATTAGATGAATATGGATA
131 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATA
* * *
3160 TCTCAAGGAGTCTTGGCATC-AAAATCATGCGAAACTAAGCTGGGGCCTCGAAACGCATTTCTAG
196 TCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTAG
* * *
3224 CAATAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAAATGACCC-AATAATT
261 CAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAA-AATT
*
3288 ATTTTCCTT
325 -TTTTCCTC
* * * * *
3297 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGTTGTAATTCAACGCTAAAAGGATTGGAGGACATTTC
1 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTC
* * * *
3362 ACGCTTTTCATATCATGTTTCATATTTTTTCTGAGTTAACTTCTAATTAAGTCGAAACAAGAATT
66 ACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAG-ATT
* * * *
3427 -AGGTGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGATATTTGATTAGATGAATATGCAT
130 CAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGAT
* * * * * *
3491 ATCTCAATGACTCTTGGCGTCAAAAATCATGCAAAACTGA-CTCGGGGCTTCGAAACGC-TTTTT
195 ATCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGC-CGGGGCCTCGAAACGCGTTTCT
* * * * * * *
3554 ATCCAAAAAAAATCGTGAT--TTATTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCTAAAAATGA-CCTAA
259 A-GC-AAAAAACT-GTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAA
*
3616 AAGATTTTTCCTC
321 AA-TTTTTTCCTC
* * * *
3629 AATTTTTGGGTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAATGCCAATAAGATTGGAGGAATTTTC
1 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTC
* * * *
3694 ACACTTTTTCATATCGTTTTTCTTATTATTTTCTGAATAAATTTCTAATTATGTCGAAACAAGAT
66 ACGC-TTTTCATATCGTTTTTCATATT-TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGAT
* * * *
3759 TCAGATTCTCGTATAAAAAAAATCCTTAAATGCAATGTTGCTGCGATTTGATTAGATGAATATGG
129 TCAGATGCTCGTA-AAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGG
* * * *
3824 ATATCTCAAGGAGTGTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAAATAAGCCGGGACCTCGAAACGCGTTTT
193 ATATCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTC
* **
3889 TAGCAAAAAACTGTTATGGTTAGTACATGATTTTTGCTAAAAT
258 TAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAT
3932 ACTCATGAAT
Statistics
Matches: 3154, Mismatches: 370, Indels: 148
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
317 1 0.00
318 82 0.03
319 8 0.00
320 12 0.00
321 80 0.03
322 59 0.02
323 131 0.04
324 71 0.02
325 179 0.06
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327 1 0.00
328 56 0.02
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330 46 0.01
331 247 0.08
332 704 0.22
333 348 0.11
334 418 0.13
335 212 0.07
336 77 0.02
337 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTC
ACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTC
AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATA
TCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTAG
CAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAATTT
TTTCCTC
Found at i:3370 original size:666 final size:661
Alignment explanation
Indices: 2--3931 Score: 5128
Period size: 666 Copynumber: 6.0 Consensus size: 661
1 T
* * * *
2 AATTATTGGCTAATATACTCATGAAATAGATGTAATTCAACGCCAGAAAGACTGGAGGACTTTTC
1 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCA-AAAGATTGGAGGACTTTTC
* * * * * *
67 AAGCTTTTCATATTGTGTTTCATATTTATTT-TGAATTGACTTCTAATTAAGTCGAAACAAAATT
65 ACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTT-TTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATT
* * *
131 TAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGGGATTTGATTAGATGAATATGCAT
129 CAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGAT
* * * * * * * *
196 TTCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATTATGCAAAACTGACCCAGGGACTCGAAACGC-TTTTTA
194 ATCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTA
* * ** * * * *
260 GCC-AAAAACCGTGAT-TTATTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAGTGAACTGAAAAAA
259 -CCAAAAAACTGTGATGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAAT
*
323 TTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATAGTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAG
323 TTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAG
* *
388 GACTTTTAACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTATTTAAGTCGAAA
388 GACTTTTCACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAA
* * *
453 CAAGATTTAGATGCTTGT----ATAAA--C--AAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAA
453 CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAA
* * ** * *
510 -ATTGGATATCTCAAGGAGTTTTGGCATAAAAAATCATGCGAAACTAAGTTGGAGCCTCGAAACA
518 TA-TGGATATCTCAAGGAGTCTTGGCATCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACG
* * * *
574 CGTTTCTAGCAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTTGGTTAAAATGTTGGAAAAAATGAC
582 CGTTTCTAGC-AAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAAATGAC
*
639 CCGAAAATTTTTTCCTT
646 CC-AAAATTTTTTCCTC
* *
656 AATTTTTTGGCAAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAACGCCAAAACGATTGGAGGACTTTT
1 AA-TTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAA-GATTGGAGGACTTTT
* *
721 AACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTATTTAAGTCGAAACAAGATT
64 CACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATT
* * *
786 CAGATGCTCATAAAAACAAATCCCTAAAAGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGAT
129 CAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGAT
* * *
851 ATCTCAAGGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGTGTTCCTA
194 ATCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTA
* * * * *
916 GC-AAAAACTGTGATCGTTAGTACATGATTTCGGTTAAAATTTTGAAAAAAATAACCCGAAAATT
259 CCAAAAAACTGTGAT-GTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAA-A
* * * * *
980 TTTTTCCTAAAATTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTCAACGCTAAAAAGGTTGGA
322 TTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGA
* * * * *
1045 GGACTTTTCACGCTTTTCATCTCATGTTTCATATTTTTTCTGAATTAACTTCTAATTAAGTCAAA
387 GGACTTTTCACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAA
* * *
1110 ACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATGCAATGTGGCTGATATTTGATTAGATGA
452 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGA
* * * * *
1175 ATATGCATATCTCAAGGAGTCTTGCCAACAAAAATCATGCAAAACTGA-CACGGGGCCTCGAAAC
517 ATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGGCATCAAAAATCATGCGAAACTAAGC-CGGGGCCTCGAAAC
* * * * * * * *
1239 GC-TTTTTAGCCAAAAACCGTGAT--TTATTACACGATTTCGGTTAAAATTTTTATAAAAATGAC
581 GCGTTTCTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAAATGAC
* * *
1301 CTGAAAAATGTTTCCTC
646 C-CAAAATTTTTTCCTC
* * *
1318 AATTTTTGGCTAAAATACTCCTGAAATAGATGTAGTTTAATGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTC
1 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCC-AAAAGATTGGAGGACTTTTC
* *
1383 ACGCTTTTCATATCG-TTTTCATA--TTTTCTGAATTTATTTGTAATTAAGTCGAAACAAGATTC
65 ACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTC
* *
1445 AGATGCTCCT----ATAAA--C--AAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAA-ATTGGAT
130 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATA-TGGAT
* * * * *
1501 ATCTCAAGGAGTCTTGGCGTAAAAAATCTTGCGAAACTAAGCCGGAGCCTTGAAACACGTTTCTA
194 ATCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTA
* * * *
1566 GCAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGTTAAAATGTTGCAAAAAATGACCCGAAAAT
259 -CCAAAAAACTGTGAT-GTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAA
* * * * *
1631 TTTTTCCTTAATTTTTTTAGCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAATGACAAAAAGATTG
322 TTTTTCCTCAA--TTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTG
* *
1696 GAGGACTTTTCACGCTTTTCACATAGTTTTTCATAATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTC
385 GAGGACTTTTCACGCTTTTCATATCGTTTTTCAT-ATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTC
*
1761 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGTTGAGATTTGATTAGA
449 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGA
* * *
1826 TAAATATGGATATCTCAAGGAGTCATGGCGTCAAAAAT-ATTGCGAAACT-AGCCGGGGCCTCGA
514 TGAATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGGCATCAAAAATCA-TGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGA
* *
1889 AACGCGTTTCTACCAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAA
578 AACGCGTTTCTAGC-AAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAAA
* ** **
1954 TTACCCGAATTTTTTTTTATC
642 TGACCC-AAAATTTTTTCCTC
* * *
1975 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAACACCTAAAAGATTGAAGGACTTTTC
1 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCC-AAAAGATTGGAGGACTTTTC
* *
2040 ACGCTTTTCTTATCGTTTTTCATATTTTTT-TAAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTC
65 ACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTC
*
2104 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATT
130 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATA
* * * * * * * *
2169 TCTCAAGGAGTGTTAGCGACAAAAAACATGCGAAAATAAGCCGGGACCTCGAATCGCGTTTCTAG
195 TCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTAC
* *
2234 CGAAAAACTGTGATG---G----TGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAATGACCCGAAAAATTT
260 CAAAAAACTGTGATGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATTT
* * *
2292 TTCCTCAATTTTTCGCTAAAATACTCATGAAATAGATTTAATTTAATGCCAAAAAGATTGGAGGA
325 TTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGA
* * *
2357 CTTTTCACGCTTTTCATATTGTTTTTCTTATTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTATGTCGAAA
390 CTTTTCACGCTTTTCATATCGTTTTTC--ATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAA
* * * * *
2422 CAAGAATAAGATGCTCGTATAAA-AAATCCTTAAATGTAATGTGGCTGGGATTTGATTAGATGAA
453 CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAA
* *
2486 TATGGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGC
518 TATGGATATCTCAAGGAGTCTTGGCATCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGC
* * * *
2551 GTATCTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGATAAAATTTTGCAAAAAATTACGC
583 GTTTCTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAAATGAC-C
*
2616 GAAAATTTTTTCCTC
647 CAAAATTTTTTCCTC
2631 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTC
1 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCC-AAAAGATTGGAGGACTTTTC
* *
2696 ACGCTTTTCATATCATTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTTGAAACAAGATTC
65 ACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTC
* * *
2761 TGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGTGATTTGATTAGATGAATATGGATA
130 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATA
* * * *
2826 TCTCAAGGAGTCCTGGCGTCAAAAATCATGCGAAATTAAGCCGGGGTCTCGAAACACGTTTCTAC
195 TCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTAC
* * * *
2891 CAAAAAAAACTGTGATGATTAGTAGATGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAAATGTCCCGAAAAT
260 C--AAAAAACTGTGATG-TTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAA
* * *
2956 TTTTTCCTCAATTTTTGCCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAACGCCAAAATGATTGGA
322 TTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGA
*
3021 GGACTTTTCACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTGATTTCTAATTAAGTCGAA
387 GGACTTTTCACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAA
*
3086 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGAATTGATTAGATGA
452 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGA
*
3151 ATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGGCATC-AAAATCATGCGAAACTAAGCTGGGGCCTCGAAACG
517 ATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGGCATCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACG
* * *
3215 CATTTCTAGCAATAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAAATGACC
582 CGTTTCTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAAATGACC
*
3280 CAATAATTATTTTCCTT
647 CAA-AATT-TTTTCCTC
* * * *
3297 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGTTGTAATTCAACGCTAAAAGGATTGGAGGACATTTC
1 AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAA-GATTGGAGGACTTTTC
* * * *
3362 ACGCTTTTCATATCATGTTTCATATTTTTTCTGAGTTAACTTCTAATTAAGTCGAAACAAGAATT
65 ACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAG-ATT
* * * *
3427 -AGGTGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGATATTTGATTAGATGAATATGCAT
129 CAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGAT
* * * * * *
3491 ATCTCAATGACTCTTGGCGTCAAAAATCATGCAAAACTGA-CTCGGGGCTTCGAAACGC-TTTTT
194 ATCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGC-CGGGGCCTCGAAACGCGTTTCT
* * * * * *
3554 ATCCAAAAAAAATCGTGAT-TTATTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCTAAAAATGA-CCTAAA
258 A-CC-AAAAAACT-GTGATGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAA
* * *
3617 AGATTTTTCCTCAATTTTTGGGTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAATGCCAATAAGATT
320 A-ATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATT
* * * * *
3682 GGAGGAATTTTCACACTTTTTCATATCGTTTTTCTTATTATTTTCTGAATAAATTTCTAATTATG
384 GGAGGACTTTTCACGC-TTTTCATATCGTTTTTCATATT-TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAG
* * * *
3747 TCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTATAAAAAAAATCCTTAAATGCAATGTTGCTGCGATTTGATT
447 TCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA-AAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATT
* * * *
3812 AGATGAATATGGATATCTCAAGGAGTGTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAAATAAGCCGGGACCTC
511 AGATGAATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGGCATCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTC
* * **
3877 GAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTTATGGTTAGTACATGATTTTTGCTAAAAT
576 GAAACGCGTTTCTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAT
3932 ACTCATGAAT
Statistics
Matches: 2869, Mismatches: 334, Indels: 132
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
649 1 0.00
650 96 0.03
651 11 0.00
652 57 0.02
653 91 0.03
654 148 0.05
655 236 0.08
656 312 0.11
657 378 0.13
658 234 0.08
659 53 0.02
660 12 0.00
661 67 0.02
662 55 0.02
663 11 0.00
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665 196 0.07
666 436 0.15
667 285 0.10
668 75 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (661 bp):
AATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAGATTGGAGGACTTTTCA
CGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTCA
GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATAT
CTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTACC
AAAAAACTGTGATGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATTTT
TCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGAC
TTTTCACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAA
GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAT
GGATATCTCAAGGAGTCTTGGCATCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTT
TCTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAAATGACCCAAA
ATTTTTTCCTC
Found at i:4129 original size:284 final size:288
Alignment explanation
Indices: 3630--4217 Score: 878
Period size: 284 Copynumber: 2.0 Consensus size: 288
3620 TTTTTCCTCA
* * *
3630 ATTTTTGGGTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAATGCCAATAAGATTGGAGGAATTTTCA
1 ATTTTT-GCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGAATTTTCA
* *
3695 CACTTTTTCATATCGTTTTTCTTATTATTTTCTGAATAAATTTCTAATTATGTCGAAACAAGATT
65 CACTTTTTCATATCGTTTTTCATATTATTTTCTGAATAAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATT
* * * *
3760 CAGATTCTCGTATAAAAAAAATCCTTAAATGCAATGTTGCTGCGATTTGATTAGATGAATATGGA
130 CAGATGCTCGTATAAAAAAAATCCCTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGA
* * **
3825 TATCTCAAGGAGTGTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAAATAAGCCGGGACCTCGAAACGCGTTTTT
195 TATCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAAATAAACCGGGACCTCGAAACGCGTTCCT
* *
3890 AGC-AAAAAACTGTTATGGTTAGTACATG
260 ACCAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATG
* *
3918 ATTTTTGCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCAC
1 ATTTTTGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGAATTTTCAC
* * *
3983 GC-TTTTCATATCGTTTTTCATATT-TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTT
66 ACTTTTTCATATCGTTTTTCATATTATTTTCTGAATAAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTC
* * *
4046 AGATGCTTGTA-AAAATAAATCCCTAAGTGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGAT
131 AGATGCTCGTATAAAAAAAATCCCTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGAT
* * *
4110 ATTTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAACCGGGGCCTCGAAACGCGTTCCTA
196 ATCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAAATAAACCGGGACCTCGAAACGCGTTCCTA
4175 CCAAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATG
261 CC-AAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATG
**
4204 ATTTCGGCTAAAAT
1 ATTTTTGCTAAAAT
4218 TTTGCAAAAA
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 28, Indels: 6
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
284 107 0.40
285 45 0.17
286 57 0.21
287 55 0.20
288 6 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (288 bp):
ATTTTTGCTAAAATACTCATGAAATAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGAATTTTCAC
ACTTTTTCATATCGTTTTTCATATTATTTTCTGAATAAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTC
AGATGCTCGTATAAAAAAAATCCCTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGAT
ATCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAAATAAACCGGGACCTCGAAACGCGTTCCTA
CCAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATG
Found at i:5426 original size:335 final size:331
Alignment explanation
Indices: 3918--6107 Score: 2894
Period size: 335 Copynumber: 6.7 Consensus size: 331
3908 TTAGTACATG
3918 ATTTTT-GCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCA
1 ATTTTTGGCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCA
*
3982 CGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTTA
66 CGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTCA
* * *
4047 GATGCTTGTAAAAATAAATCCCTAAGTGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATAT
131 GATGCTCGTAAAAACAAATCCCTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATAT
* * *
4112 TTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAACCGGGGCCTCGAAACGCGTTCCTACC
196 TTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTAGC
*
4177 AAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAATT
261 --AAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAA-T
*
4242 TTTTCCTTA
323 TTTTCCTCA
* *
4251 ATTTTTGGCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTGAACGCCAAAAAGATTGTAGG-------A
1 ATTTTTGGCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCA
* ** *
4309 --CTTTTCATATCGTTTCTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAATTAAGATTCT
66 CGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTCA
* * *
4372 GATGCTCATAAAAACAAATCCCAAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGTTTAGATGAATATGGATAT
131 GATGCTCGTAAAAACAAATCCCTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATAT
* *
4437 TTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGTCGGGGCCAT-GAAATGCGTTTCTAG
196 TTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCC-TCGAAACGCGTTTCTAG
* *
4501 C-AAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATGTTGCAAAAAATTACCCGAAAATTT
260 CAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAA-TT
4565 TTTCCTCA
324 TTTCCTCA
* * *
4573 ATTTTTGGCTAAAATACCCATGAAATAGATGTAATGTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCA
1 ATTTTTGGCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCA
* *
4638 GGCTTTTC--A-------T-A-A-TTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTCA
66 CGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTCA
* *
4691 GATACTCGT---AA-AAA---C-AAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATTTGGATAT
131 GATGCTCGTAAAAACAAATCCCTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATAT
* * * * *
4748 CTCAAGGAGTCATGGCATCAAAAATCATGTGACACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTAGC
196 TTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTAGC
* *
4813 AAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGTTAAAATATTGCAAAAAATGACCCGAAAAATT
261 -AAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCG-AAAATT
*
4878 TTTCCTTA
324 TTTCCTCA
4886 ATTTTTGGCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCA
1 ATTTTTGGCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCA
* *
4951 TGCTTTTCATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTGTATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTCA
66 CGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTCA
*
5015 GATGCTCGTAAAAACAAATCCCTAAATGAAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATAT
131 GATGCTCGTAAAAACAAATCCCTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATAT
* *
5080 TTCAAGGAGTCTTGGCGTCAGAAATCATGTGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTAGC
196 TTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTAGC
5145 -AAAAACTGTGATGGTGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAAATGACCCGAAAA
261 AAAAAACTGTGAT-G-GTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGC--AAAAAATGACCCGAAAA
5209 TTTTTCCTCA
322 TTTTTCCTCA
* * ** *
5219 ATTTTTTGTCTAAAATACTCATTAAAAAGATGTAATGTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTC
1 A-TTTTTGGCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTC
* *
5284 ACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTTATTTCTCATTAAGTCGAAACAAGATTC
65 ACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTC
** * *
5349 AGATGCTTATAAAAACAAATCCTTAAATGTAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATA
130 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCCTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATA
* * *
5414 TCTCAAGGAGTCTTGGCATCAAAAATCATGCGAAACTAAGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTAG
195 TTTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTAG
* * **
5479 CATAAAAAAATTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAATATTTTGCAAAAAATGACTCAAAAA
260 C---AAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGAC-CCGAAA
5544 ATTTTTCCTCA
321 ATTTTTCCTCA
*
5555 ATTTTTGGCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAACGCCCAAAAGATTGGAGGACTTTTCA
1 ATTTTTGGCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCA
* * * * *
5620 CGCTTTTCATATCGTTTTTCAAATTTTTTTTTAATTAATTTCGAATTAAGTCAAAACAAGATTCA
66 CGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTCA
*
5685 GATGCTCGTAAAAACAAAT-CCTCCAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATA
131 GATGCTCGTAAAAACAAATCCCT-AAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATA
** * * * * * * *
5749 TCCCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCAAAACTGACCCAGGGCC-CTGGACCGC-TTTTTA
195 TTTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTC-GAAACGCGTTTCTA
* * * ** * * **
5812 GCCAAAAACCGTAATTATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAGCTGACCCGAAATAT
259 GCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAA-AT
*
5877 ATTTCCTCA
323 TTTTCCTCA
* * * ** * * * * * * *
5886 ATTTTTGACTAAAATACTTATAAAAAAG-TATAATTCAATGCCAAAAATATTGAAGGATTTTTTA
1 ATTTTTGGCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCA
* * * * * * *
5950 CGCTTCTAATATCGTTTTTCCTACTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTA
66 CGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTCA
* *** * * *
6015 GATGCTTGT-TTTACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCG-TTAGATGAATATAGATA
131 GATGCTCGTAAAAACAAATCCCTAAATGCAATGTGGCTGAGATTT-GATTAGATGAATATGGATA
* *
6078 TTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATG
195 TTTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATG
6108 TAACACTGAA
Statistics
Matches: 1643, Mismatches: 164, Indels: 104
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
310 1 0.00
311 96 0.06
312 1 0.00
313 131 0.08
314 4 0.00
315 4 0.00
316 2 0.00
319 44 0.03
320 1 0.00
321 1 0.00
322 121 0.07
323 1 0.00
324 48 0.03
325 175 0.11
326 1 0.00
327 3 0.00
328 3 0.00
329 70 0.04
330 108 0.07
331 84 0.05
332 128 0.08
333 20 0.01
334 152 0.09
335 387 0.24
336 16 0.01
337 29 0.02
338 1 0.00
339 11 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (331 bp):
ATTTTTGGCTAAAATACTCATGAATTAGATGTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCA
CGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTCA
GATGCTCGTAAAAACAAATCCCTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATAT
TTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCGAAACTAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTCTAGC
AAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAATTTT
TCCTCA
Found at i:7219 original size:334 final size:333
Alignment explanation
Indices: 6632--7464 Score: 1029
Period size: 334 Copynumber: 2.5 Consensus size: 333
6622 TTCTAGCCAT
* ** *
6632 AATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTAAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATC
1 AATACTAATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATC
* *
6697 GTTTTTCATATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAACTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAG
66 G-TTTTCATA-TTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAA
* ** * *
6762 AA-AAAATCCTTAAATGGAATGTGGCTA-AGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
129 AACAAAAT-TTTAAATCCAATGTGG-TAGAGATTTGATGAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
* * * *
6825 CTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGATACAGGGTCCCGGAATGCATTTTTAGCCAAAAA-C-T
192 CTCGGAGCCAAAAATCATGCAAAACTGATACAGGGTCCCAGAACGCATTTTTAACCAAAAACCGT
* * *
6888 G-CGATAGTTAGTACACGATTTTGGCTAAGATTTTGCCAAAAAAAATT-AC-TCAAAAAAATTT-
257 GACGATAGTTAGTACACGATTTTCGATAAAATTTTG-C---AAAAATTGACAT--AAAAAATTTC
*
6949 TCCTAAATTTTTGGATAA
316 TCCTAAATTTTTAGATAA
* * * * *
6967 AATACTTATAAAATATATATAATTTAACGTCAAAAAGATTGGAGGACTTTCCGCGCTTTTAATAT
1 AATACTAATAAAA-ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATAT
* *
7032 CGTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
65 CGTTTTCATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
*
7097 ACAAAATTTTAAATCCAATGTGGTAGAGATTTGATGAGATGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTC
130 ACAAAATTTTAAATCCAATGTGGTAGAGATTTGATGAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTC
* * * *
7162 GGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGA-GCTGGGTCCCAAGAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGA
195 GGAGCCAAAAATCATGCAAAACTGATACAGGGTCCC-AGAACGCATTTTTAACCAAAAACCGTGA
* * * * * *
7226 TGGTTTGTTAGTACACGATTTTCGATAAAATTTTGCAAAAATTGACATGAAAGATTTCTCCTCAA
259 -CGATAGTTAGTACACGATTTTCGATAAAATTTTGCAAAAATTGACATAAAAAATTTCTCCTAAA
*
7291 TTTTTAGCTAA
323 TTTTTAGATAA
* * *
7302 ATTACTAATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAAGACTTTTCACGCTTTTCATATC
1 AATACTAATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATC
* * * * *
7367 GTATTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGTTTCAGAAGCTCTTAAAA
66 GT-TTTCATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
* *
7432 AC-AAATTCTTAAATCCAATGTTGTTGAGATTTG
130 ACAAAATT-TTAAATCCAATGTGGTAGAGATTTG
7465 GTTCAATGAT
Statistics
Matches: 431, Mismatches: 54, Indels: 26
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
333 10 0.02
334 209 0.48
335 134 0.31
336 49 0.11
337 1 0.00
338 28 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (333 bp):
AATACTAATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATC
GTTTTCATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
CAAAATTTTAAATCCAATGTGGTAGAGATTTGATGAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCG
GAGCCAAAAATCATGCAAAACTGATACAGGGTCCCAGAACGCATTTTTAACCAAAAACCGTGACG
ATAGTTAGTACACGATTTTCGATAAAATTTTGCAAAAATTGACATAAAAAATTTCTCCTAAATTT
TTAGATAA
Found at i:7824 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 7800--7850 Score: 50
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
7790 ATATCTTAAC
7800 ATAATTAAAATAAAAAGT-TT
1 ATAATTAAAATAAAAA-TATT
* *
7820 GATAACTATAAATAATAATATT
1 -ATAATTA-AAATAAAAATATT
7842 ATAATTAAA
1 ATAATTAAA
7851 TATATTATAA
Statistics
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Consensus pattern (20 bp):
ATAATTAAAATAAAAATATT
Found at i:7855 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 7837--7866 Score: 53
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7827 ATAAATAATA
7837 ATATTATAAT-TAAAT
1 ATATTATAATCTAAAT
7852 ATATTATAATCTAAA
1 ATATTATAATCTAAA
7867 AATAATTATT
Statistics
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15 10 0.71
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Consensus pattern (16 bp):
ATATTATAATCTAAAT
Found at i:12550 original size:25 final size:25
Alignment explanation
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12506 AAAGACGAAG
12516 AATCATTGTAGATAGTTCACTAATT
1 AATCATTGTAGATAGTTCACTAATT
*
12541 AATCATTGTAGGTAGTTCACTAATT
1 AATCATTGTAGATAGTTCACTAATT
12566 AATC
1 AATC
12570 TTTGAATTCC
Statistics
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AATCATTGTAGATAGTTCACTAATT
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Alignment explanation
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12554 AGTTCACTAA
* * * *
12564 TTAATCTTTGAATTCCTTTCTTTTGTGAGGTTTTTAACTACAAAGTTAAATTGTAAGTTTACCAT
1 TTAATCTTTAAATTCCCTTCTTTTGTGAAGTTTTTAACTACAAAGTTAAATTCTAAGTTTACCAT
* *
12629 GCTACTTGTGAACATGATATTGAAACGAGTTACACAACAG
66 ACTACTTATGAACATGATATTGAAACGAGTTACACAACAG
* *
12669 TTAATCTTTAAATTCCCTTCTTTTGTGAAGTTTTTAACTACTAAGTTAAGTTCTAAGTTTACCAT
1 TTAATCTTTAAATTCCCTTCTTTTGTGAAGTTTTTAACTACAAAGTTAAATTCTAAGTTTACCAT
*
12734 ACTACTTATGAACATGATATTGAAATGAGTTACA
66 ACTACTTATGAACATGATATTGAAACGAGTTACA
12768 TAATAGGAGG
Statistics
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TTAATCTTTAAATTCCCTTCTTTTGTGAAGTTTTTAACTACAAAGTTAAATTCTAAGTTTACCAT
ACTACTTATGAACATGATATTGAAACGAGTTACACAACAG
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Alignment explanation
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16944 CCAACACCTT
16954 TTTTTGAGAAAAAAATATGTTTATTAG
1 TTTTTGAGAAAAAAATATGTTTATTAG
*
16981 TTTTTGA-AAGAAAATATGTTTATTAG
1 TTTTTGAGAAAAAAATATGTTTATTAG
17007 TT
1 TT
17009 AAAACAAAAA
Statistics
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Consensus pattern (27 bp):
TTTTTGAGAAAAAAATATGTTTATTAG
Found at i:17020 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 16962--17021 Score: 66
Period size: 26 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26
16952 TTTTTTTGAG
***
16962 AAAAAAATATGTTTATTAGTTTTTGA
1 AAAAAAATATGTTTATTAGTTTAAAA
* *
16988 AAGAAAATATGTTTATTAGTTAAAACA
1 AAAAAAATATGTTTATTAGTTTAAA-A
17015 AAAAAAA
1 AAAAAAA
17022 AATTGATTTG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 6, Indels: 1
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
26 20 0.74
27 7 0.26
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (26 bp):
AAAAAAATATGTTTATTAGTTTAAAA
Found at i:26745 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 26738--26762 Score: 50
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26728 ATCCTTGGAT
26738 TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC T
1 TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC T
26763 TTTTTTAGTT
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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TC
Found at i:29660 original size:43 final size:44
Alignment explanation
Indices: 29607--29710 Score: 165
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29597 ACCATGAATG
29607 AAAAGGCAATAGAAGGATGTAACTTAAAATCAGACAACCATGC-
1 AAAAGGCAATAGAAGGATGTAACTTAAAATCAGACAACCATGCT
*
29650 AAAAGGCAATAGAAGGATGTAATTTAAAATCAGACAACCATGCTT
1 AAAAGGCAATAGAAGGATGTAACTTAAAATCAGACAACCATGC-T
*
29695 GAAAAGGCAAAAGAAG
1 -AAAAGGCAATAGAAG
29711 TTTAGTAACT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 2, Indels: 3
0.92 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
43 42 0.75
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Consensus pattern (44 bp):
AAAAGGCAATAGAAGGATGTAACTTAAAATCAGACAACCATGCT
Done.