Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013185.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13218, whole genome shotgun sequence
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* * * *
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* *
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*
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*
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* * * *
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260 AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGCCTGAGAT
*
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325 TTGA
** * *
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1 TTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG-GGCC
* * *
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65 CT-GAACGCCG--TTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTAC-ATGATTTCGGCTAAAATTTTGC
* * * * * * * * * *
5855 AAAAATTGACCCGAAAGATATTTGCTCAATTTTTGGCTACAATACCCATAAAAAATGTATAATTC
126 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAATTC
* * * * * *
5920 GAA-ATCAAAAAGATT-GAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCATATTTTTTTCAAAT
191 -AACGTCAAAAGGATTGGAA-GGCTTTTCACGCTT-TAATATCGTTTTTCATATTTTTCT-GAAT
* * * *
5983 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTTAATGTG
252 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTG
* *
6048 GCTGAGATTTGG
317 CCTGAGATTTGA
* * * * * *
6060 TTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCAAGCAAAATTTAGTCGGGCCC
1 TTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCCC
* *
6125 TGAACGCCGTTTTAGCCGAAAACCGTAATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAA
66 TGAACGCCGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
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131 TTGACCCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAATTCAACGT
* * *
6255 CAAAAGGATTGGAAGACTTGTCATGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTA
196 CAAAAGGATTGGAAGGCTTTTCACGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTA
* * * *
6320 TTTAAATCGAAACGAGATTCAGATTCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGTCTGAGATT
261 ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGCCTGAGATT
6385 TGA
326 TGA
* *
6388 TTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCG
1 TTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG
6448 TGACCCTGGA
Statistics
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TTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCCC
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TTGACCCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAATTCAACGT
CAAAAGGATTGGAAGGCTTTTCACGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTA
ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGCCTGAGATT
TGA
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6174 TAAAATTTTT
6184 CAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAATT
1 CAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAATT
*
6249 CAACGTCAAAAGGATTGGAAGACTTGTCATGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAA
66 CAACGTCAAAAGGATTGGAAGACTTGTCACGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAA
* * * * * *
6314 TTTCTATTTAAATCGAAACGAGATTCAGATTCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGTCT
131 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAAGGTGCCT
* * *
6379 GAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGA
196 AAGATTTAATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACAGA
* *
6444 GCCGTGACCCTGGAATGCG-TTTTTAGG
261 GCCGTGACCCTGGAACGCGTTTTTTAGC
* ** *
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* *
6536 TCAACGTCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTA
65 TCAACGTCAAAAGGATTGGAAGACTTGTCACGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTA
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130 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAAGGTGCC
*
6666 TAAGATTTAATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCAAGCAAAACAG
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*
6731 AGCCGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTTAGC
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1 CAAAAA
6766 ACAGTTAGTA
Statistics
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CAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAATT
CAACGTCAAAAGGATTGGAAGACTTGTCACGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAA
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AAGATTTAATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACAGA
GCCGTGACCCTGGAACGCGTTTTTTAGC
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* ** *
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1 GCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCG-AAAATACTCATAAAAAATATAAAA
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* * *
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130 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCACATAAAAAC-AATCCTTAAATCTAATGTGC
* * * *
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* * *
6730 GAGCCGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTTAGCCAAAAAAC---A--GTTAGTACACGATTTCGGCTA
259 GAGCCGTGACCCTGGAATGCG-TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
* * * *
6790 AAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTGCTCAATTTTTGGCTAAAATACCCAT-AAAAAT
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* * * * * *
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388 ATAGAATTCGAAATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTGCCTA-TTTT
* * *
6919 TTCAAATTAATTTCTAATTAATTCGAAACAAGATTCAA-ATGCTCGTCAAAACAAATCCTTAAAT
452 TTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT-AAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTAAAT
*
6983 TTAATGTT-GCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTTGGCACCAAAAATC
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* * *
7047 AAGCAAAACTGAGGCGGGCCCAGAACGCCGTTTTAGCCGAAAACCATGATGGTTAGTACATGATT
580 AAGCAAAACTGAGCCGGGCCCTGAACGCCGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATT
7112 TCGGCTAAAATTTT
645 TCGGCTAAAATTTT
* * * * *
7126 GCAAACATTGACCCAAAATATTTTTCTTTGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAAT
1 GCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAAT
* * * * *
7191 TCAACATCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTAATATCGTTTTTCATACTCTTATTAATTA
66 TCAACGTCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTA
*
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131 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCACATAAAAACAATCCTTAAATCTAATGTGCCT
* *
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** * * * * * *
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261 GCCGTGACCCTGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAACA
* *
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*
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391 GAATT-CGAAATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTGCCTATTTTTTC
* * *
7580 AAATTAATTTGTAATTAAATCGAAAGAAGATTAAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTCAATTTAA
455 AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTAAATTTAA
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520 TTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCAAGCA
* * * *
7710 AAACTGAGCCGGACCCTGAACGCAGTTTTAGCCGAAAACCATGATAGTTAGTACATGATTTCGGC
585 AAACTGAGCCGGGCCCTGAACGCCGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGC
*
7775 TTAAATTTT
650 TAAAATTTT
* *
7784 GCAAACATTGAGCCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAAT
1 GCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAAT
7849 TCAACGTCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTA
66 TCAACGTCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTA
* *
7914 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAAACAATCCTTAAATCTAATGTGCA
131 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCACAT-AAAAACAATCCTTAAATCTAATGTGCC
7979 TGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAG
195 TGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAG
*
8044 AGCCGTGACCCTGGAATGCGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAC
260 AGCCGTGACCCTGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAC
8109 ATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATAT
325 ATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATAT
8174 AGAATTCGAAATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTGCCTATTTTTTC
390 AGAATTCGAAATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTGCCTATTTTTTC
* *
8239 AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAGAAGATTAAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTCAATTTAA
455 AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTAAATTTAA
*
8304 TTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAATCTTGGCACCAAAAATCAAGCA
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8434 TAAAATTTT
650 TAAAATTTT
8443 GCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAAT
1 GCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAAT
*
8508 TCAACGTCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTAATATCGTTGTTCATATTTTTCTGAATTA
66 TCAACGTCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTA
* *
8573 ATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCACATAAAAACCAATCCTTAAATCCT-AGGTGC
131 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCACATAAAAA-CAATCCTTAAAT-CTAATGTGC
* * * *
8637 CTAAGATTTAATTAGATGAATAAAGAAATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATACAAAACA
194 CTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACA
8702 GAGCCGTGACCCTGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
259 GAGCCGTGACCCTGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
* * * *
8767 CATTTTGCAAAAAATGATCCGAAAGATATTTCGTCAATTATTGGCTAAAATTCTCATAAAAAATA
324 CATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATA
* * * *
8832 TAGAATTCGAAATCAAAAAGATTGAAGGGATTTTAACGCTTCTAAAATTGGTTTACCTATTTTTT
389 TAGAATTCGAAATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTGCCTATTTTTT
* * *
8897 CAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTTA
454 CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTAAATTTA
* *
8962 ATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGGAACCAAAAATCAAGC
519 ATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCAAGC
* * *
9027 AAAACTGAGCCGGGCCCTGAGCGCTGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTATATGATTTCGG
584 AAAACTGAGCCGGGCCCTGAACGCCGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGG
9092 CTAAAATTTT
649 CTAAAATTTT
*
9102 GCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAAT
1 GCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAAT
* *
9167 TCAACGTCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTATTAATTA
66 TCAACGTCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTA
*
9232 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCACATAAAAAAAATCCTTAAATCTAATGTGCCT
131 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCACATAAAAACAATCCTTAAATCTAATGTGCCT
*
9297 GAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACATA
196 GAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGA
* * * * *
9362 GCAGTGACGCTGGAATGCGTTTTTATCCAAAAACAGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAACA
261 GCCGTGACCCTGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAACA
* * *
9427 TTTTGCAAAAATTGATCCGAAAGATATTTCCTTAATTTTTTGCTAAAATACTCATAAAGAATATA
326 TTTTGCAAAAATTGATCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATA
* *
9492 GAATTCGAAATCAAAAAAGATTGAAGTGATTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTGCCTATTTTTTC
391 GAATTCGAAATC-AAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTGCCTATTTTTTC
* *
9557 AAATTAATTTCTAACTAAATCGAAAGAAGATTAAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTAAATTTAA
455 AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTAAATTTAA
9622 TTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCAAGCA
520 TTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCAAGCA
* *
9687 AAACTGAGCCGGGCCCTGAACGCCGTTTTAGCCGAAAACCATGATGGTTAGTACATGATTGCGGC
585 AAACTGAGCCGGGCCCTGAACGCCGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGC
9752 TAAAATTTT
650 TAAAATTTT
* *
9761 GCAAAATTTGACCTGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAAT
1 GCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAAT
9826 TCAACGTCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTA
66 TCAACGTCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTA
9891 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGCC
131 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCACATAAAAAC-AATCCTTAAATCTAATGTGCC
* * *
9956 TGAGATTTGATTAGATGTATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATAATGCAAAACAG
195 TGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAG
* * * *
10021 AGCAGTGGCCCTGGAATGCGTTTTTTAGGC-AAAACCGTGATGGTTAGTTCACGATTTCGGCTAA
260 AGCCGTGACCCTGGAATGCG-TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
* * * * * ** *
10085 AATTTTGCAAAATTTGACCCGAAAGATTTTTGCTCAATTTTTTACTAAAATACCCATAAAAAATA
324 CATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATA
* * * * *
10150 TATAATTCGACATCAAAATGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCTTATTTTTT
389 TAGAATTCGAAATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTGCCTA-TTTTT
* *
10215 TCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCT-CAACAAAACAAATCC-TAAATT
453 TCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCCTA-AAAACAAATCCTTAAATT
* * *
10278 TAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAAGAATATAGATATTTGAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCAA
517 TAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCAA
* * * *
10343 GCAAAGCTGAGTCGGGCCCTGAACGCCGTTTTAGCCGAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATTTT
582 GCAAAACTGAGCCGGGCCCTGAACGCCGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTC
*
10408 GGCTAAAATTTA
647 GGCTAAAATTTT
**
10420 GCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTTTATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAAT
1 GCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAAT
*
10485 TCAACGTCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCAAGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTA
66 TCAACGTCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTA
* *
10550 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGCTTCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTTCC
131 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCACATAAAAAC-AATCCTTAAATCTAATGTGCC
** *
10615 TGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTAGTGCCAAAAATCATGCAAAACAG
195 TGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAG
*
10680 AGCCGTGACTCTGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTT-GTTACACGATTTCGGCTAA
260 AGCCGTGACCCTGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG-TACACGATTTCGGCTAA
*
10744 CATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTTGCTAAAATACTCATAAAAAATA
324 CATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATA
10809 TAGAATTCGAAATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTGCCTATTTTTT
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** * * * * *
10874 CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCACATTATAACAAATCCTTAAATCCT
454 CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTAAAT-TT
** * * ** * * * * *
10939 -AGGTGCCTAAGATTTAATTAGATGAATAAAGATATTTGAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATG
518 AATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCAAG
* * ** *
11003 CAAAACTAAGGCGGGCCCTGAACGCCGTTTTAGCCGAAAATTGGGATGGTTAGTACATGATTTCG
583 CAAAACTGAGCCGGGCCCTGAACGCCGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCG
*
11068 GCTAAAATATT
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*
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*
11144 TTAACGTCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTA
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* *
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* * *
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* ** * * *
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* *
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650 TAAAATTTT
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*
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** * * * *
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*
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* *
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* *
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* * * *
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* ** * *
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* * *
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* *
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*
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*
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * *
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* *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * *
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* * * *
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*
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* * * * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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*
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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*
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* * *
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* * * *
11783 TCAACGTCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTT-TAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATT
66 TCAACATCAAAAGGATTGAAGGACTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTT-TAAATT
* * *
11847 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCACATAAAAAACCAATCCTTAAATCCT-AGGT
130 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACAT-AAAAACAAATCCTTAAAT-CTAATGT
** * * *
11911 GAATAAGATTTAATTAGATGAATAAAGATATTTGAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
193 GCCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
* * * *
11976 TAGAGCCGTGACCCTGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCT
258 CAGAGCCGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
*
12041 AACATTTT
323 AAAATTTT
* * * * * * *
12049 GCAAAAATTAATCCGAAAGATATTTCTTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATAGAAT
1 GCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAAT
* * * * * * *
12114 TCGAA-ATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAAAGCTTCTAATTTTGTTTTGCCTATTTTTTCAAAT
66 TC-AACATCAAAAGGATTGAAGGACTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTT-AAAT
* * * * * * *
12178 TAAATTCTAATTAAATCAAAACAA-ATTTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTTAATTT
129 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA-TTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGT
* * * * *** *
12242 GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAAGAGTCTTACCCCCAAAAATCATGCAAAA
193 GCCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
12307 TTGAGGCGGA
Statistics
Matches: 4616, Mismatches: 760, Indels: 264
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
308 55 0.01
309 111 0.02
310 8 0.00
311 81 0.02
324 13 0.00
325 47 0.01
326 110 0.02
327 302 0.07
328 872 0.19
329 897 0.19
330 1002 0.22
331 846 0.18
332 272 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (330 bp):
GCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAAAAT
TCAACATCAAAAGGATTGAAGGACTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTTAAATTA
ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGCC
TGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAG
AGCCGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
ATTTT
Done.