Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013186.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13219, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2695
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.16, T:0.31
Found at i:1322 original size:330 final size:328
Alignment explanation
Indices: 854--2169 Score: 1563
Period size: 330 Copynumber: 4.0 Consensus size: 328
844 TCACTTGGCA
* * * *
854 CCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGACCCTGAACACCGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAA
1 CCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGACCCTGAAC-GCGTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
* * * *
919 TACATGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGAGAA
65 TACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTCTAGCGAA
* * * *
984 AATACTCATAAAAAATATAGAACTCAACATC-AAAAGTATTGGAGGAATTTTCACGCTT-TAATA
130 AATACTCATAAAAAATATAGAATTCAACATCAAAAAG-ATTGAAGGACTTTTAACGCTTCTAATA
* **
1047 TCGTTTTTCATATTTTTCT-GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATGGAGATGCACATAA
194 TCGTTTTTCATATTTTT-TAAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAA
* * * * *
1111 AAACAAATCATTAAATCCT-AGGTGCCTAATATTTAATTAGATGAATAAAGATATTTGAAGGAGT
258 AAACAAATCCTTAAAT-CTAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTGAAGGAGT
1175 CTCGGCG
322 CTCGGCG
*
1182 CCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGTGACCCTGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTT
1 CCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCG-GACCCT-GAACGCG-TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTT
* * * * * * *
1247 AGTACACGATTTCGGCTAACATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAGATATTTCCTAAATTTTTGGCT
63 AGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTCTAGCG
*
1312 AAAATACTCATAAAAAATATAGAATTCGAA-ATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAA
128 AAAATACTCATAAAAAATATAGAATTC-AACATCAAAAAGATTGAAGGACTTTTAACGCTTCTAA
* * * * * ** * * *
1376 TATTGTTTTGCCTATTTTTTCAAATTAATTTCTATTTAAAAAGAATCAAGATTCAGATGCTCGTA
192 TATCGTTTTTCATATTTTTTAAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATA
* * ** * * *
1441 AAAACAAATCCTTAAATTTAATTTGGTTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGT
257 AAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTGAAGGAGT
* *
1506 CTTGGACA
322 CTCGG-CG
* * * * *
1514 CCAGAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGCCCTGAACGCCGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAG
1 CCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGACCCTGAACG-CGTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
* *
1579 TACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAA
65 TACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTCTAGCGAA
* * * * *
1644 AATACTCATAAAAAATATAAAATTCAACGTCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTT-TAATAT
130 AATACTCATAAAAAATATAGAATTCAACATCAAAAAGATTGAAGGACTTTTAACGCTTCTAATAT
*
1708 CGTTTTTCATATTTTTCT-GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAT-CACATAA
195 CGTTTTTCATATTTTT-TAAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG-ATGCACATAA
* * *
1771 AAACGAATCCTTAAATCTAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGTATAAAGATATTTCAAGGAGTC
258 AAACAAATCCTTAAATCTAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTGAAGGAGTC
*
1836 TCGGTG
323 TCGGCG
* * * * * * *
1842 CCAAAAATCATGCAAACCAGAGCTGTGGCCCTGGAACGTGTTTTTTAGGCAAAATCTGTGATGGT
1 CCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCG-GACCCT-GAACGCG--TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
* * * *
1907 TAGTACATGATTTCGGCTAATATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTGCTCAATTTTTGGC
62 TAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTCTAGC
* * * * * *
1972 TAAGATACCCATAAAAAATATATAATTCGACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACG-TATCTA
127 GAAAATACTCATAAAAAATATAGAATTCAACATCAAAAAGATTGAAGGACTTTTAACGCT-TCTA
* * * * *
2036 ATATTGTTTTTCCTATTTTTTAAAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCG
191 ATATCGTTTTTCATATTTTTT-AAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACA
* * * * *
2101 TAAAAACAAATCCTTAAAT-TCAATTTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTTGAAGG
255 TAAAAACAAATCCTTAAATCT-AATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTGAAGG
2165 AGTCT
319 AGTCT
2170 TGGTGATCGG
Statistics
Matches: 835, Mismatches: 130, Indels: 41
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
328 44 0.05
329 130 0.16
330 270 0.32
331 251 0.30
332 46 0.06
333 94 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (328 bp):
CCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGACCCTGAACGCGTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGT
ACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTCTAGCGAAA
ATACTCATAAAAAATATAGAATTCAACATCAAAAAGATTGAAGGACTTTTAACGCTTCTAATATC
GTTTTTCATATTTTTTAAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAA
CAAATCCTTAAATCTAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTGAAGGAGTCTCG
GCG
Done.