Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01001320.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig01320, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 628

Length: 1048
ACGTcount: A:0.42, C:0.16, G:0.18, T:0.25


Found at i:49 original size:36 final size:36

Alignment explanation


    Indices: 1--211  Score: 232
    Period size: 36  Copynumber: 5.9  Consensus size: 36

                   *                        *   
          1 GCAAAGAATTAATTTCAAGGAAATTAAGTAAATCCA
          1 GCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAAGTAAAACCA

                                      *        * 
         37 GCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAGAACAA
          1 GCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAAGTAA-AACCA

                                             *  
         74 GCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAAGT-AAATCA
          1 GCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAAGTAAAACCA

                      *                 *      * 
        109 GCAAAGACTTGA-TTCAAGGAAATTAAGCAAAAGCAA
          1 GCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAAGTAAAA-CCA

            *                *  *            *  
        145 ACAAAGACTTAATTT-AGGGTAATTAAGTAAAAACA
          1 GCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAAGTAAAACCA

                 *            *  *           
        180 GTCAAGGACTTAA-TTCAGGGTAATTAAGTAAA
          1 G-CAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAAGTAAA

        212 GAGTCAATAA


Statistics
Matches: 149,  Mismatches: 20, Indels: 12
        0.82            0.11        0.07

Matches are distributed among these distances:
  34   15  0.10
  35   20  0.13
  36   81  0.54
  37   33  0.22

ACGTcount: A:0.48, C:0.11, G:0.17, T:0.24


Consensus pattern (36 bp):   
GCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAAGTAAAACCA

Found at i:190 original size:107 final size:105

Alignment explanation


    Indices: 9--279  Score: 278
    Period size: 107  Copynumber: 2.5  Consensus size: 105

          1 GCAAAGAA

                                     *  *                *  *     *    *     
          9 TTAATTTCAAGGAAATTAAGTAAATCCAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAGAACAA
          1 TTAA-TTCAAGGAAATTAAGTAAA-GCAACAAAGACTTAATTT-AGGGTAATTAAGTAAAAACAA

                                                      *  
         74 GCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAAGTAAATCAG-CAA-AGAC
         63 GCAAAGACTTAA-TTCAAGGAAATTAAGTAAA-CAGTCAATAAAC

              *                 *                                            
        117 TTGATTCAAGGAAATTAAGCAAAAGCAAACAAAGACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAAAAC-AG
          1 TTAATTCAAGGAAATTAAG-TAAAGC-AACAAAGACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAAAACAAG

                *           *  *           *           
        181 TCAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGAGTCAATAAAC
         64 -CAAAGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAACAGTCAATAAAC

                   *   *                *             *             
        224 TTAATTCGAGGTAATTAAGTAAAGTCAATAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
          1 TTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAG-CAACAAAG-ACTTAATTTAGGGTAATTAAGT

        280 GGGGACAATA


Statistics
Matches: 137,  Mismatches: 19, Indels: 15
        0.80            0.11        0.09

Matches are distributed among these distances:
 105    2  0.01
 106   32  0.23
 107   82  0.60
 108   21  0.15

ACGTcount: A:0.47, C:0.10, G:0.17, T:0.26


Consensus pattern (105 bp):   
TTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAGCAACAAAGACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAAAACAAGCA
AAGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAACAGTCAATAAAC

Found at i:273 original size:36 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 76--279  Score: 175
    Period size: 36  Copynumber: 5.7  Consensus size: 35

         66 AAGAACAAGC

                           *  *               **
         76 AAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAAGTAAA-TCAGC
          1 AAAGACTTAA-TTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAAT

                    *     *  *        *         *
        111 AAAGACTTGATTCAAGGAAATTAAGCAAAAG-CAAAC
          1 AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG-TAAAGTC-AAT

                        *                **  * 
        147 AAAGACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAAAACAGT
          1 AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAAT

               *                                  
        182 CAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGAGTCAAT
          1 -AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AA-AGTCAAT

                                                
        220 -AA-ACTTAATTC-GAGGTAATTAAGTAAAGTCAAT
          1 AAAGACTTAATTCAG-GGTAATTAAGTAAAGTCAAT

                                       
        253 AAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
          1 AAAG-ACTTAATTCAGGGTAATTAAGT

        280 GGGGACAATA


Statistics
Matches: 140,  Mismatches: 17, Indels: 23
        0.78            0.09        0.13

Matches are distributed among these distances:
  33    7  0.05
  34   20  0.14
  35   37  0.26
  36   69  0.49
  37    3  0.02
  38    4  0.03

ACGTcount: A:0.47, C:0.10, G:0.17, T:0.26


Consensus pattern (35 bp):   
AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAAT

Found at i:289 original size:36 final size:36

Alignment explanation


    Indices: 147--299  Score: 154
    Period size: 36  Copynumber: 4.3  Consensus size: 36

        137 AAAAGCAAAC

                         *                *   * 
        147 AAAG-ACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAAAACAGT
          1 AAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGACAAT

            *   *                                 
        182 CAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGAGTCAAT
          1 AAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGA--CAAT

                                            *    
        220 --A-AACTTAATTC-GAGGTAATTAAGTAAAGTCAAT
          1 AAAGAACTTAATTCAG-GGTAATTAAGTAAAGACAAT

                                       ***      
        253 AAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGGGGACAAT
          1 AAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGACAAT

               *       
        289 AAATAACTTAA
          1 AAAGAACTTAA

        300 CCCAAAAGGA


Statistics
Matches: 99,  Mismatches: 11, Indels: 15
        0.79            0.09        0.12

Matches are distributed among these distances:
  33    4  0.04
  34    1  0.01
  35   28  0.28
  36   62  0.63
  37    1  0.01
  38    3  0.03

ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.18, T:0.27


Consensus pattern (36 bp):   
AAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGACAAT
Done.